Testes Bioinformática

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1.
		Sobre a Teoria Sintética de Evolução, assinale V (verdadeiro) e F (falso) as afirmações abaixo, em seguida marque a letra com SEQUÊNCIA CORRETA:
(  ) Há dois fatores principais na variabilidade genética: mutações e recombinações genéticas;
(  ) Mutação não é a única maneira de surgirem novos genes em uma população;
(  ) Alterações provocadas pelo ambiente nas características físicas de um indivíduo adulto são transmitidas a sua prole;
(  ) A Teoria Sintética de Evolução conseguiu explicar o rearranjo dos genes que chegam aos gametas, permitindo variabilidade genética a partir de fenômenos como a Reprodução Sexuada e Crossing-Over;
(  ) A mutação mistura novos genes e a recombinação cria os genes já existentes;
	
	
	
	V-F-F-V-F
	
	
	V-F-V-F-F
	
	
	V-V-F-V-F
	
	
	V-F-F-F-V
 
	
	
	F-F-V-V-V
	
Explicação:
Resposta correta é a letra E, pois a mutação não é o unico mecanismo associado a variação gênica e as alterações associadas a células sométicas (caracteristicas físicas) não são passadas para prole, apenas as alterações em células gaméticas que são herdadas pela prole. Além disso a mutação leva a alteração de um gene já existente: subsitituição, adição, deleção ...
	
	
	
	 
		
	
		2.
		A respeito dos computadores, marque a(S) alternativa(S) INCORRETA(S).
	
	
	
	Software é composto por programas como o Windows, pelo HD e memória enquanto o hardware é composto por placa mãe e memória secundária
	
	
	Todo computador é divido em dois sistemas eletrônicos: software e hardware
	
	
	O software dos computadores nada é do que o sistema e o programa que executam os comandos do usuário.
	
	
	Os supercomputadores são aqueles que apresentam uma velocidade maior no processamento de dados, sendo ideal para serem utilizados em estudos de bioinformática.
	
	
	Os computadores podem ser classificados quanto a sua utilização em: pessoais, científico e comercias.
	
Explicação:
Todo computador necessita de um sofware e um hardware para funcionar.
	
	
	
	 
		
	
		3.
		Alguns organismos de espécies diferentes possuem órgãos que exercem a mesma função, mas que possuem origem embrionária diferenciada. A asa de uma borboleta e a de uma ave, por exemplo, obedecem a esse princípio.
Analise as alternativas a seguir e marque aquela que indica corretamente o nome dado a esses órgãos.
	
	
	
	 vestigiais.
	
	
	análogos.
	
	
	divergentes.
	
	
	 homólogos.
	
	
	convergentes. 
	
Explicação:
Os órgãos análogos são aqueles que desempenham funções semelhantes em espécies diferentes, mas não possuem a mesma origem embrionária.
	
	
	
	 
		
	
		4.
		Qual das alternativas apresenta um par de estruturas homólogas?
	
	
	
	 Carapaça de tatu e concha de caramujo.
	
	
	Asa de ave e asa de morcego.
	
	
	Nadadeira de peixe e asa de borboleta.
	
	
	Concha de caramujo e escama de peixe.
	
	
	Asa de morcego e asa de borboleta.
	
Explicação:
As asas de aves e morcegos, apesar de possuírem funções diferentes, apresentam esqueletos homólogos. 
	1a Questão
	
	
	
	Qual dos cientistas a seguir teve grande contribuição para o avanço da bioinformática como área da ciência?
		
	 
	Magaret Dayhoff, que usou computadores para o estudo de proteínas, criando o primeiro ¿Atlas de Proteínas¿.
	
	Werner Karl Heisenberg, pela criação da mecânica quântica.
	
	Marie Curie, pela sua pesquisa sobre dois novos elementos químicos: o rádio e polônio.
	
	Charles Darwin, com a publicação do livro ¿A origem das espécies¿.
	
	Alexander Fleming, com a descoberta da penicilina.
	Respondido em 18/05/2020 14:27:21
	
Explicação:
A brilhante Magaret Dayhoff  desvendou a ordem dos aminoácidos que formavam algumas proteínas e a forma que essas proteínas tinham, criando o primeiro ¿Atlas de Proteínas¿. Este é considerado um dos primeiros experimentos em bioinformática, que foi publicado em 1965.
		1.
		Sobre o splicing, é incorreto afirmar que:
	
	
	
	Consiste na retirada de sequências não codificadoras denominadas íntrons.
	
	
	Necessária a formação de grandes arranjos compostos por snRNPs e precursores de RNAm.
	
	
	Antes considerados DNA lixo, sabe-se atualmente que os éxons permitem a codificação de múltiplas proteínas por um mesmo gene, através do splicing alternativo.
	
	
	Consiste em um processamento necessário para tornar o mRNA funcional.
	
	
	Mecanismo complexo, altamente regulado, onde uma mutação em um elemento regulador, pode ocasionar uma falha no processo.
	
Explicação:
Antes considerados DNA lixo, sabe-se atualmente que os íntrons permitem a codificação de múltiplas proteínas por um mesmo gene, através do splicing alternativo.
	
	
	
	 
		
	
		2.
		Qual das alternativas abaixo não está relacionada ao controle pós-transcricional de um gene?
	
	
	
	Modificação covalente de ambas as extremidades do RNA.
	
	
	Adição de cauda poli-A e do CAP 5'. 
	
	
	Atuação de ativadores e de repressores eucarióticos por meio de vários mecanismos.
	
	
	Ocorrência após a RNA-polimerase ter se ligado ao promotor do gene e iniciado a síntese do RNA.
	
	
	Remoção de íntrons e união dos éxons.
	
Explicação:
Os ativadores e os repressores eucarióticos atuam por meio de vários mecanismos ¿ geralmente alterando a estrutura local da cromatina e controlando a associação dos fatores gerais de transcrição e da RNA-polimerase no promotor e estão envolvidos no controle transcricional do gene.
	
	
	
	 
		
	
		3.
		Uma molécula de RNA é formada a partir de uma molécula de DNA, que atua como um molde. Esse processo é denominado de:
	
	
	
	transcrição reversa.
	
	
	transcrição.
	
	
	reprodução
	
	
	tradução.
	
	
	 replicação.
	
Explicação:
Transcrição é o nome do processo em que a molécula de RNA é formada a partir do DNA como molde.
	
	
	
	 
		
	
		4.
		São afirmativas relacionadas à terapia gênica, exceto:
 
	
	
	
	Transferência de genes para células com finalidade terapêutica.
	
	
	Técnica em que são inseridos genes funcionais em uma célula para que ela interrompa a produção de proteínas defeituosas.
	
	
	Manipulação ou correção da expressão gênica em células-alvo.
	
	
	Forma de tratamento que consiste na transferência de material genético exógeno para dentro de células de um indivíduo.
	
	
	Não há risco na sua utilização e, desta forma, a terapia gênica não apresenta potencial para desencadear outras doenças.
	
Explicação:
Apesar dos enormes benefícios relacionados à terapia gênica, há o risco do tratamento desencadear outras doenças, como câncer.
	
	
	
	 
		
	
		5.
		A partir do Dogma Central da Biologia Molecular, podemos entender como uma molécula de DNA pode ocasionar a formação de uma proteína. Sobre a síntese proteica, marque a alternativa correta:
	
	
	
	Uma proteína é formada a partir da leitura, pelos ribossomos, de uma sequência do DNA.
	
	
	Uma proteína é formada a partir de um ácido nucleico, e o processo inverso é denominado transcrição reversa.
	
	
	O processo de síntese proteica é denominado transcrição.
	
	
	Para formar uma proteína, é necessária a união de vários aminoácidos, correspondendo ao padrão de códons presentes no RNAm.
	
	
	Para que a tradução ocorra, é necessário que se forme uma molécula de RNA por replicação de DNA.
	
Explicação:
A única alternativa correta é a letra "b".
	
		1.
		A coleta e o armazenamento de amostras destinadas as técnicas de biologia molecular devem ser realizadas com muito cuidado devido ao alto risco de degradação das moléculas de ácidos nucleicos. A respeito destes processos marque a alternativa CORRETA.  
	
	
	
	A coleta de tecido proveniente de biópsia pode ser armazenado e transporta resfriado a temperatura de 2º a 8ºC
	
	
	As amostras de tecido destinadas a extração do DNA devem obrigatoriamente ser armazenadas em nitrogênio líquido.
	
	
	Independente do tipo de amostra, a coleta de espécimes clínicos destinados a extração de DNA e RNA devem ser realizadascom estabilizadores
	
	
	Para amostras de sangue e de medula as amostras destinadas a extração do RNA devem ser armazenadas em freezer -70ºC
	
	
	Não há necessidade de transportar as amostras coletadas em caixas isotérmicas com gelo seco.
	
Explicação:
Neste tipo de amostras o RNA só se mantem instavel por algum tempo se armazenado em temperaturas superiores a -70ºC
	
	
	
	 
		
	
		2.
		O processo de extração tem como objetivo isolar o ácidos nucleico dos demais componentes celulares. Baseado neste processo marque a alternativa incorreta
	
	
	
	A precipitação do ácido nucleico pode se realizada com etanol ou álcool isopropílico.
	
	
	A remoção do RNA é uma etapa exclusiva da extração de DNA
	
	
	Substâncias com ação de detergentes podem ser utilizadas para remoção dos lipídios da amostra
	
	
	O fenol clorofórmio é um insumo muito utilizado para promover a precipitação de proteínas.
	
	
	A primeira etapa da extração é a lise de membranas onde são utilizados substância com ação de solvente
	
Explicação:
Letra A. São substância detergentes e não solventes. 
	
	
	
	 
		
	
		3.
		Eduardo está desenvolvendo uma pesquisa para investigar a associado de mutações em células da mucosa da laringe com o desenvolvimento de câncer. Assim, ele recrutou pacientes saudáveis e com câncer de laringe para fazer a coleta do material. Após a biopsia Eduardo não sabia como armazenar este espécime clinico e de uma forma precisa e correta sua amiga Luana o orientou a: 
	
	
	
	 
Manter o tecido no freezer (2º a 8ºC) para posterior extração do DNA das células do tecido da laringe
 
	
	
	 
Manter o tecido no freezer (-70ºC) para posterior extração do DNA das células do tecido da laringe
 
	
	
	 
Armazenar o tecido em nitrogênio líquido (-196ºC) para posterior extração do DNA das células do tecido da laringe
	
	
	Manter  o tecido em geladeira (2º a 8ºC) para posterior extração do DNA das células do tecido da laringe
 
	
	
	 
Armazenar o tecido no freezer (-10ºC ) para posterior extração do DNA das células do tecido da laringe
 
	
Explicação:
Para a extração da DNA é suficiente armazenar em freezer -70º graus
	
	 
		
	
		1.
		Uma fita de DNA apresenta a seguinte sequência:
TCAAGT
Marque a alternativa que indica corretamente a sequência encontrada na fita complementar:
	
	
	
	AGUUGA
	
	
	AGTTCA
	
	
	AGUUCA
	
	
	ATAAUA
	
	
	UCTTGU
	
Explicação:
 É importante perceber que o DNA é composto por duas fitas e que uma complementa a outra. Sabemos que na molécula de DNA a adenina sempre se une à timina e que a citosina sempre se liga à guanina. Sendo assim, uma sequência TCAAGT liga-se a uma sequência AGTTCA.
	
	
	
	 
		
	
		2.
		Em relação às macromoléculas que constituem a maioria dos seres vivos, é correto afirmar que
	
	
	
	o glicogênio e o amido são polissacarídeos produzidos pelas células vegetais
	
	
	os lipídeos e os peptideoglicanos compõem a membrana plasmática de todos os eucariotos.
	
	
	 os ácidos nucleicos, DNA e RNA, são formados por várias unidades chamadas de nucleotídeos.
	
	
	as enzimas e os esteroides são proteínas.
	
	
	os triglicerídeos e polissacarídeos são carboidratos
	
Explicação:
Os ácidos nucleicos, DNA e RNA, são polímeros de monômeros denominados nucleotídeos.
	
	
	
	 
		
	
		3.
		(PUC-SP) [¿] De outro lado, o galardão de química ficou com os inventores de ferramentas para estudar proteínas, os verdadeiros atores do drama molecular da vida.
É verdade que a Fundação Nobel ainda fala no DNA como o diretor da cena a comandar a ação das proteínas, mas talvez não seja pretensioso supor que foi um lapso, e que o sinal emitido por essas premiações aponta o verdadeiro futuro das pesquisas biológicas e médicas muito além do genoma e de seu sequenciamento (uma simples soletração). (¿)
* LEITE, Marcelo. De volta ao sequenciamento. Folha de S. Paulo- 20 out. 2002.
O autor refere-se às proteínas como ¿atores do drama molecular¿ e ao DNA como ¿diretor de cena¿. Essa referência deve-se ao fato de:
	
	
	
	o DNA controlar a produção de proteínas e estas controlarem a atividade celular.
	
	
	as proteínas não terem controle sobre o metabolismo celular.
	
	
	o DNA controlar a produção de proteínas e também atuar como catalisador de reações químicas celulares.
	
	
	o material genético ser constituído por proteínas.
	
	
	não ocorrer uma correlação funcional entre DNA e proteínas no meio celular.
	
Explicação:
O DNA possui sequências de nucleotídeos que serão usadas para a síntese de proteínas, que atuam em todas as atividades do nosso organismo.
		1.
		As alternativas a seguir estão relacionadas à transcriptômica, exceto:
	
	
	
	É usada para quantificar a abundância, modificação e interação de peptídeos.
	
	
	A atividade das proteínas codificadas pelos mRNAs é regulada em vários níveis após a sua expressão
	
	
	Várias técnicas podem ser aplicadas para o estudo, dentre elas, a técnica de microarranjos de DNA (DNA microarray).
	
	
	A abundância do mRNA nem sempre é bem correlacionada com a abundância da proteína.
	
	
	Determina os perfis da expressão de todos os genes presentes em um genoma.
	
Explicação:
A proteômica, por sua vez, faz parte das ômicas e é usada para quantificar a abundância, modificação e interação de peptídeos, além de determinar sua localização sub-celular.
	
	
	
	 
		
	
		2.
		Assinale a alternativa que corresponde à descrição a seguir: "consiste na análise global e em larga escala dos conjuntos de proteínas e suas isoformas expressas em uma amostra biológica, ou seja, em um organismo, tecido, biofluido ou célula."
	
	
	
	metagenômica
	
	
	transcriptômica
	
	
	genômica
	
	
	metabolômica
	
	
	proteômica
	
Explicação:
A proteômica consiste na análise global e em larga escala dos proteomas, que são o conjunto de proteínas e suas isoformas expressas em uma amostra biológica, ou seja, em um organismo, tecido, biofluido ou célula.
	
	
	
	 
		
	
		3.
		São aspectos relacionados à transcriptômica, exceto:
	
	
	
	Várias técnicas podem ser aplicadas para seu estudo, a exemplo dos microarranjos de DNA.
	
	
	Tem sido utilizada para o estudo das respostas metabólicas de organismos a fatores bióticos e abióticos.
	
	
	Tem como objetivo determinar os perfis da expressão de todos os genes presentes em um genoma.
	
	
	Uma de suas limitações está relacionada ao fato de que a abundância do mRNA nem sempre é bem correlacionada com a abundância da proteína.
	
	
	Sua análise é característica de cada tipo de célula, e pode diferir em função de diferentes situações fisiológicas ou patológicas.
	
Explicação:
A metabolômica estuda as mudanças na expressão de pequenas moléculas orgânicas, conhecidas como metabólitos.
	
	
	
	 
		
	
		4.
		Com relação aos bancos de dados e uma melhor cobertura das análises metabolômicas, podemos afirmar que: 
	
	
	
	Para garantir maior confiabilidade, as análises não devem se restringir ao uso de uma única base de dados . 
	
	
	As ferramentas usadas para as análises de transcriptômica e proteômica são totalmente apropriadas para as análises metabolômicas. 
	
	
	A normalização dos dados é desnecessária em quaisquer análises metabolômicas.
	
	
	Atualmente, os bancos de dados são atualizados o suficiente para garantir uma ampla cobertura sem entradas replicadas. 
	
	
	Os dados gerados por microarranjos de DNA são suficientes para gerar bancos de dados completos. 
	
Explicação:
A única alternativa correta é a letra "a".
	
	
	
	 
		
	
		5.
		Em relação às ômicas e sua importância para as pesquisas científicas, qual das alternativas a seguir está incorreta:
	
	
	
	A tecnologia de microarranjos de DNA possibilita a avaliação simultânea da expressão de milhares de genes em diferentes tecidos de um determinado organismo, e em diferentes estágios de desenvolvimento ou condições ambientais.
	
	
	A metabolômica podeauxiliar na demonstração de como os genótipos estão associados aos fenótipos, além de permitir simulações de mecanismos celulares em larga escala.
	
	
	Entre os grandes dificultadores nos estudos de biologia molecular estão a necessidade de acesso a várias fontes de dados para responder uma questão simples e a utilização de ferramentas de análise sofisticadas.
	
	
	A genômica pode ser estrutural ou funcional; a primeira objetiva a caracterização da natureza física dos genomas completos e a segunda busca caracterizar a função biológica dos genes.
	
	
	Um projeto de pesquisa só pode ser iniciado a partir de sequências genômicas conhecidas, não havendo possibilidade de efetuar estudos com sequências desconhecidas.
	
Explicação:
Um projeto de pesquisa pode iniciar com uma série de sequências genômicas, conhecidas ou não. As sequências desconhecidas podem ser submetidas a uma busca em bancos de dados por sequências similares, como será visto na próxima aula, ou podem ter suas identidades e funções preditas por meio do uso de algoritmos computacionais.
		1.
		Á respeito da temática "alinhamento genômico" marque a opção correta.
	
	
	
	Os alinhamentos multiplos globais são método  que exigem pouca capacidade computacional e, dependendo da quantidade de sequências envolvidas, pode requerer tempos curtos para processamento.
	
	
	Os alinhamentos genômicos são técnicas de comparação entre sequências biológicas, que utilizam algoritmos computacionais apenas para apontar as diferenças localizadas na mesma posição das sequências analisadas
	
	
	O BLAST é uma ferramenta de busca por alinhamento global básico par-a-par 
	
	
	Os traços que podem aparecer nas sequencias após o alinhamento  são os indels, que representam as translocações que foram realizadas naquele genoma.
	
	
	Softwares de alinhamento genômico analisam os diferentes tipos de alinhamentos e nos sugerem o ¿alinhamento ótimo¿ no final do processo. 
	
Explicação:
Resposta correta letra C
	
	
	
	 
		
	
		2.
		O BLAST e o CLUSTALW são ferramentas comuns utilizadas nos estudos de bioinformática, mas essas ferramentas são constituídas de algoritmos distintos que vão buscar parâmetros diferentes. A respeito desta afirmativa assinale a questão incorreta sobre essas ferramentas.
	
	
	
	 O Clustal é um algoritmo de alinhamento múltiplo local que se baseia na distância evolutiva.
 
	
	
	 O BLAST efetua um alinhamentos mais simples que comparam apenas regiões de alta similaridade entre apenas duas sequências.
	
	
	O BLAST é um algoritmo de alinhamento local que busca de forma rápida pequenas regiões de similaridades
	
	
	ClustalW efetua um alinhamento mais complexo que estabelece a relação evolutiva entre todas as sequências utilizadas.
	
	
	De maneira geral, a opção pelo uso do Blast ou do ClustalW vai depender do objetivo da pesquisa. 
	
Explicação:
O clustalW é uma ferramenta de alinhamento global. 
	
		1.
		Em relação ao alinhamento de sequência, ela pode ocorrer sendo alinhamento global ou local. Em relação ao alinhamento global, é correto, afirmar que:
	
	
	
	identificam regiões de similaridade dentro de sequencias longas que são geralmente bastante divergentes em um todo.
	
	
	É realizado através do desenho primer
	
	
	é uma forma de otimização global que "força" o alinhamento a cobrir todo o comprimento de todas as sequencias interrogadas (query).
	
	
	Localiza similaridades apenas de um ponto específico da sequência.
	
	
	Ocorre pelo programa clustal W
	
Explicação:
É um tipo de alinhamento, aonde ocorre a leitura de toda a sequência para que posteriormente, possam ser analisados os pontos de similaridade.
	
	
	
	 
		
	
		2.
		Em relação ao desenho de primers, é incorreto, afirmar que:
	
	
	
	Repetições não aumenta o potencial de anelamento incorreto/inespecífco
	
	
	O número máximo de repetições aceitável é de 4 dinucleotdeos
	
	
	O tamanho dos primers determina especificidade e afeta seu anelamento com o DNA molde
	
	
	Primers de tamanho muito curto leva a  baixa especifcidade, resultando em amplifcação não específca
	
	
	Incompatibilidade signifcativa do par de primers pode levar à má amplifcação
	
Explicação:
Repetições longas aumenta o potencial de anelamento inespecífco, pois pode ocorrer um erro de leitura da fita. O ideal é que no desenho de primers, não exista repetições longas para que não ocorra o anelamento inespecífico.
		1.
		Escolha a sequência correta de etapas envolvidas no processo de interpretação do genoma de um organismo:
	
	
	
	predição gênica -> extração do DNA -> anotação funcional -> sequenciamento.
	
	
	extração do DNA -> sequenciamento -> anotação funcional -> predição gênica.
	
	
	extração do DNA -> predição gênica -> sequenciamento -> anotação funcional.
	
	
	sequenciamento -> predição gênica -> anotação funcional -> extração do DNA.
	
	
	extração do DNA -> sequenciamento -> predição gênica -> anotação funcional.
	
Explicação:
Primeiro é necessário obter o material biológico (DNA), determinar sua sequência de bases nitrogenadas, encontrar os genes e por fim determinar a função dessses genes.
	
	
	
	 
		
	
		2.
		A anotação funcional de um gene inclui saber a função da proteína codificada pelo gene e também identificar a qual processo biológico aquela proteína faz parte. Dentre os processos que ocorrem em uma célula podemos incluir as reações metabólicas e o processamento da informação genética.  Qual dos bancos de dados abaixo auxilia na busca por informações sobre processos biológicos?
	
	
	
	Nenhuma das opções anteriores.
	
	
	PDB.
	
	
	SWISS-Prot.
	
	
	GenBank.
	
	
	KEGG.
	
Explicação:
KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) é um banco de dados extremamente completo. Conseguimos extrair dele informações como qual via metabólica a proteína está inserida, doenças relacionadas, dentre outras.
	
	
	
	 
		
	
		3.
		"Um programa usado para anotação gênica de procariotos normalmente pode ser utilizado para anotação gênica de eucariotos". Julgue a afirmativa anterior.
	
	
	
	Falsa, porque existem poucas espécies de bactérias e milhares de espécies de organismos eucariotos.
	
	
	Falsa, devido à complexidade da estrutura gênica em eucariotos, que possuem íntrons interrompendo as regiões codificantes, por exemplo.
	
	
	Verdadeira, pois os dois grupos de organismos possuem DNA como material genético.
	
	
	Falsa, devido à ausência de membrana nuclear nos procariotos e a dispersão do DNA pela célula.
	
	
	Verdadeira, devido a característica universal do código genético.
	
Explicação:
Predição gênica é a mesma coisa que encontrar um gene em meio a uma sequencia de DNA. A organização do genoma de procariotos é mais simples quando comparada aos eucariotos. 
	
	 
		
	
		1.
		Julgue as afirmativas abaixo usando seus conhecimentos sobre bancos de dados biológicos utilizados para anotação gênica.
I- Diversos bancos de dados podem ser utilizados para anotação de um gene, cada um deles focando em um conjunto de informações, como sequência, estrutura e vias metabólicas.
II- Os bancos de dados biológicos usados para anotação gênica só podem ser acessados mediante o pagamento de uma mensalidade pelo usuário.
	
	
	
	A afirmativa I é uma proposição verdadeira, e a II é uma proposição falsa.
	
	
	As afirmativas I e II são proposições falsas.
	
	
	As afirmativas I e II são proposições verdadeiras.
	
	
	A afirmativa I é uma proposição falsa, e a II é uma proposição verdadeira.
	
	
	Nenhuma das afirmativas anteriores.
	
Explicação:
Todos os bancos de dados citados nas apostilas são de livre acesso para toda comunidade.
	
	
	
	 
		
	
		2.
		O repositório mundial de estruturas 3D de grandes moléculas biológicas, incluindo proteínas e ácidos nucleicos é o:
	
	
	
	KEGG.
	
	
	GenBank.
	
	
	SWISS-Prot.
	
	
	Gene Ontology (GO).
	
	
	PDB.
	
Explicação:
PDB: Protein Data Banking