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Biossíntese de aminoácidos e proteínas Muitos aminoácidos são sintetizados por vias metabólicas presentes somente em plantas e em microrganismos. Uma vez que os mamíferos devem obter esses aminoácidos nas suas dietas, essas substâncias são conhecidas como aminoácidos essenciais. Os outros aminoácidos, os quais podem ser sintetizados pelos mamíferos a partir de intermediários comuns, são denominados aminoácidos não essenciais. Os esqueletos de carbono de seus a- cetoácidos são convertidos em aminoácidos por reações de transaminação utilizando o nitrogênio a- amino pré-formado de outro aminoácido, geralmente o glutamato. Os aminoácidos não-essenciais são sintetizados nos animais a partir de moléculas precussoras que fazem parte do ciclo de Krebs e do grupamento amino proveniente da degradação de aminoácidos. Como vários aminoácidos fornecem intermediários do ciclo de Krebs, há uma interdependência entre os aminoácidos no seu processo de degradação e síntese. Com exceção da tirosina, todos os aminoácidos não essenciais são sintetizados por vias simples a partir de um dos quatro intermediários metabólicos comuns: o piruvato, o oxaloacetato, o a-cetoglutarato e o 3- fosfoglicerato. A tirosina, classificada erroneamente como não essencial, é sintetizada pela hidroxilação do aminoácido essencial fenilalanina, a qual ocorre em um único passo . De fato, a necessidade de fenilalanina na dieta reflete a necessidade de tirosina também. A presença de tirosina na dieta diminui, desse modo, a necessidade por fenilalanina. A alanina, a asparagina, o aspartato, o glutamato e a glutamina são sintetizados a partir de piruvato, oxaloacetato e a-cetoglutarato. O piruvato, o oxaloacetato e o a-cetoglutarato são os a- cetoácidos (os chamados esqueletos carbônicos) que correspondem à alanina, ao aspartato e ao glutamato, respectivamente. De fato, a síntese de cada um desses aminoácidos é uma reação de transaminação de uma só etapa. A fonte final de α-amino nessas reações é o glutamato, sintetizado pela glutamato-sintase em microrganismos, plantas e eucariotos inferiores. Essa enzima não existe nos vertebrados. A asparagina e a glutamina são, respectivamente, sintetizadas a partir de aspartato e de glutamato por uma amidação dependente de ATP. A glutamina-sintase é um ponto central no metabolismo do nitrogênio. A glutamina é o doador do grupo amino na formação de muitos produtos biossintéticos, ao mesmo tempo em que é uma forma de reserva de amônia. O controle de glutamina-sintase é, portanto, vital para a regulação do metabolismo do nitrogênio. As glutamina-sintases de mamíferos são ativadas por a- cetoglutarato, produto da desaminação oxidativa do glutamato. Esse controle, presumivelmente, evita o acúmulo da amônia produzida por aquela reação. O glutamato é o precursor de prolina, ornitina e arginina. A serina, a cisteína e a glicina são derivadas de 3- fosfoglicerato. A serina é formada a partir do intermediário glicolítico 3-fosfoglicerato em uma via de três reações Os aminoácidos essenciais, assim como os aminoácidos não essenciais, são sintetizados a partir de precursores metabólicos conhecidos. No entanto, suas vias metabólicas estão presentes somente em microrganismos e em plantas e, geralmente, envolvem mais etapas do que as dos aminoácidos não essenciais. As enzimas que sintetizam aminoácidos essenciais aparentemente foram perdidas no início da evolução animal, possivelmente devido à pronta disponibilidade desses aminoácidos na sua dieta. Serão enfocadas somente algumas das muitas reações na biossíntese de aminoácidos essenciais. A lisina, a metionina e a treonina são sintetizadas a partir de aspartato. A leucina, a isoleucina e a valina são derivadas do piruvato. A valina e a isoleucina seguem a mesma via biossintética, utilizando piruvato como composto inicial, Os aminoácidos aromáticos fenilalanina, tirosina e triptofano são sintetizados a partir de derivados da glicose. Os precursores dos aminoácidos aromáticos são os intermediários glicolíticos fosfoenolpiruvato (PEP) e eritrose-4- -fosfato (intermediário na via das pentoses-fosfato; A biossíntese da histidina inclui um intermediário na biossíntese de nucleotídeos. Cinco dos seis átomos de C da histidina são derivados de 5-fosforribosil-a- pirofosfato Síntese de proteínas A biossíntese protéica é resultado do processo de tradução da informação contida no material genético da célula; as proteínas são, portanto, a expressão da informação genética. Esta informação flui do DNA para o RNA e deste para uma cadeia polipeptídica , no considerado "dogma central" da bioquímica. O processo de tradução requer um CÓDIGO GENÉTICO, através do qual a informação contida em uma sequência de nucleotídeos de um ácido nucléico é expressa na forma de uma sequência específica de aminoácidos de um peptídeo. Uma alteração na sequência original de nucleotídeos leva a uma alteração na sequência de aminoácidos, potencialmente causando uma doença - às vezes letal ao organismo. Estas "palavras" de três letras são denominadas CÓDONS, e são possíveis 64 tipos diferentes de códons. Os códons são expressos na linguagem do RNA Mensageiro, sempre no sentido 5’ - 3’, e cada códon pode ser traduzido em um aminoácido específico. Três códons sinalizam o término da sequência polipeptídica, e são ditos de encerramento: UGA , AUG e UAA. O códon AUG codifica a metionina e, em certas condições, a iniciação de uma cadeia polipeptídica, com a metionina como aminoácido amino-terninal. Componentes Necessários para a Tradução: Os Aminoácidos: Devem estar presentes todos os 20 aminoácidos no momento da síntese, inclusive os essenciais; O RNA de Transferência: São as moléculas "bilíngues" do processo, e estão ligadas de forma específica aos aminoácidos nas suas extremidades 3’. Possuem o "ANTICÓDON", ou a sequência bases complementar e antiparalela ao códon do RNAm. Cada aminoácido pode ser transportado por mais de uma molécula de RNAt. São em número de cerca de 50 RNAt no ser humano, para 61 códons diferentes; A hipótese "wobble", ou de oscilação, tenta explicar como um RNAt pode reconhecer mais de um códon; nesta hipótese, o pareamento da primeira base do anticódon (5’) não é necessariamente feita do modo tradicional. Assim, nesta posição, G pode parear com C ou U, e U com A ou G, por exemplo; O RNA Mensageiro: Produzido a partir de um molde de DNA no núcleo da célula, vai ao citosol para ser traduzido em uma sequência polipeptídica; Ribossomos: São organelas formadas por uma complexa associação entre proteínas e RNA ribossômico, localizadas no citosol na forma livre ou associadas ao retículo endoplasmático, quando sintetizam proteínas que serão "exportadas" da célula. São formados por duas subunidades, uma maior e outra menor, cujas características são expressas em termos de coeficientes de sedimentação, ou "S" (de Svedberg). O ribossomo eucariótico é formado por uma subunidade 60S e outra 40S; o procariótico, por uma subunidade 50S e outra 30S. Compõem um ribossomo: RNAr 3 moléculas no procariótico, 4 moléculas no eucariótico Proteínas ribossômicas Desempenham várias funções na tradução Sítios "A" e "P" São sítios de ligação para as moléculas de RNAt, e estendem-se por ambas as subunidades: Os sítios "A" e "P" cobrem juntos dois códons vizinhos Na tradução, o sítio "A" - de aminoacil - é ocupado pelo aminoacil-RNAt correspondente ao códon posicionado, e especifica o próximo aminoácido a ser adicionado à cadeia peptídica em formação. O sítio "P" - de peptidil - é ocupado pelo peptidil-RNAt, ligado à cadeia peptídica que está sendo sintetizada. Fatores Protéicos: São fatores de iniciação, elongamento e liberação da cadeiapolipeptídica que está sendo sintetizada. Fontes de Energia : A adição de cada aminoácido à cadeia polipeptídica que está sendo sintetizada utiliza 2 moléculas de ATP e 2 de GTP como fonte de energia. Outras moléculas de ATP e GTP são necessárias nos processos de iniciação e liberação da cadeia sintetizada Etapas da Biossíntese Protéica: Ativação dos Aminoácidos: Refere-se à ligação dos aminoácidos ao(s) seu(s) RNAt específico(s). Esta ligação é catalisada pelas AMINOACIL-RNAt- SINTETASES, enzimas que reconhecem os aminoácidos e seus RNAt específicos com grande especificidade. A reação ocorre em 2 etapas, e é dependente de energia. Na primeira etapa, o aminoácido liga-se ao AMP, obtido a partir da hidrólise do ATP e com liberação de Ppi. Na segunda etapa, o AMINOÁCIDO-AMP liga-se à extremidade 3’ do RNAt, liberando o AMP e energia. Iniciação da Cadeia: Depende da presença da subunidade ribossomal 40S, do RNAm, do RNAt com o anticódon de iniciação AUG (metionina), e de uma série de proteínas denominadas "fatores de iniciação", ou eIF, em número de nove, no mínimo, nos eucariontes. Em etapas: O eIF-2 liga-se especificamente com uma molécula de GTP e com o Met-tRNAi A subunidade ribossomal 40S liga-se ao eIF-3, que a separa e a mantém separada da subunidade 60S, que por sua vez se liga ao eIF-6, com o mesmo propósito O complexo formado em (a) liga-se ao complexo 40S formado em (b), com a ajuda de vários outros fatores de iniciação, e este novo complexo associa- se ao RNAm (complexo de pré-iniciação). A associação do complexo de pré-iniciação com o fator de iniciação eIF-5 e com a subunidade 60S do ribossomo dá origem ao complexo de iniciação propriamente dito. O GTP é hidrolisado e os outros fatores de iniciação são liberados. O complexo de iniciação é, portanto, formado por um ribossomo 80S associado aos eIF-5 e eIF4, ao RNAm corretamente posicionado, e ao RNAt de iniciação também posicionado no sítio "P", com o sítio "A" vazio. Elongamento da Cadeia: Depende dos "fatores de elongamento" e do complexo de iniciação. Em etapas: O Fator de Elongamento eEF-1 dirige a seleção do RNAt correto para o posicionamento no sítio "A" do complexo de iniciação. Este posicionamento depende ainda da hidrólise de um GTP e ocorre com posterior liberação do eEF1. Há a formação da ligação peptídica entre os dois aminoácidos adjacentes. A enzima peptidiltransferase, componente da subunidade ribossômica 60S, faz a transferência da metionina inicial do sítio "P" para o aminoácido do sítio "A", formando um dipeptidil-RNAt. O ribossomo movese - às custas do GTP - na direção 5’-3’ em uma distância de 3 nucleotídeos, com a ajuda do eEF-2, ou "translocase", posicionando o peptídeo no sítio "P" e liberando o sítio "A" para o posicionamento de um novo aminoácido. O RNAt livre é liberado, e o processo se repete até a tradução completa do RNAt. Liberação da Cadeia Polipeptídica: O surgimento de um códon de término - UAG, UGA ou UAMINOÁCIDO - determina a ligação de um "Fator de Liberação", ou eRF, associado ao GTP. Este fator de liberação determina o rompimento da ligação entre o último aminoácido e seu RNAt. A dissociação do eRF do ribossomo depende da hidrólise do GTP. Modificações Pós-Traducionais Várias modificações podem ser impostas à cadeia polipeptídica após a sua biossíntese. As principais modificações são: Redução do Tamanho = Conversão de proteínas inativas e zimogênios nas suas formas ativas, por remoção de seqüências de aminoácidos catalisadas por endoproteases específicas. Alterações Covalentes = Fosforilação, glicosilação, hidroxilação, etc. Algumas proteínas são ainda endereçadas a organelas específicas da célula ou mesmo ao meio extracelular.