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Laboratório Integrado II Trabalho Prático Nº 4 Determinação das constantes cinéticas da enzima invertase Trabalho realizado por: Turma P1 Grupo 2 Catarina Oliveira Raquel Queirós Susana Domingues Sumário Pretende-se, com esta atividade experimental, analisar a cinética enzimática da invertase da levedura Saccharomyces cerevisiae, proveniente de uma amostra comercial de fermento de padeiro. (1) Antes de iniciar com o protocolo, a docente preparou o extrato enzimático através de um fermento de padeiro onde contém a enzima a ser estudada, a invertase. Na primeira parte, procedeu-se à preparação de 25 mL de uma solução equimolar (mesmo nº de moles) de glucose e frutose 2,5 mmol.dm-3, 25 mL de uma solução de sacarose 0,25 mol.dm-3 e 50 mL de uma solução tampão acetato 50 mmol. dm-3 a pH 4,5. Preparadas as soluções, foram usados 5 tubos de ensaio onde se colocou solução de glucose e frutose com a solução tampão acetato e uma solução DNS e foi medida a absorvância de cada tubo, com o objetivo de realizar uma curva de calibração. Seguiu-se para a preparação das soluções dos tubos 6 ao 12 e, após essa preparação, obteve-se a absorvância para cada tubo, o que permitiu calcular a quantidade de produto formado (µmol glucose + frutose), a velocidade inicial da reação (v0) e ainda a atividade especifica da enzima (µmol glucose e frutose/min/mg proteína) em cada tubo. Através da variação da atividade enzimática com a concentração de substrato apresentados nos gráficos baseados nas teorias Michaelis–Menten e Lineweaver e Burk foi possível a determinação dos valores de KM e Vmáx, sendo 21,19 mmol.dm-3 e 0,8545 mg/min, respetivamente. i Índice 1. Observações e resultados experimentais ........................................................................................ 1 2. Tratamento de resultados e Discussão............................................................................................ 3 3. Conclusões ..................................................................................................................................... 6 4. Nomenclatura ................................................................................................................................. 7 5. Bibliografia .................................................................................................................................... 8 Anexos……………………………………………………………………………...…..................9 ii 1. Observações e Resultados Experimentais ➢ Parte B – Preparação de soluções De acordo com o protocolo, prepararam-se as soluções mencionadas. Primeiramente uma solução de 25 mL de solução equimolar de glucose e frutose 2,5 mmol/L. Posteriormente, uma solução de 25 mL de solução de sacarose 50 mmol/L, e, por último, uma solução-tampão acetato de 50 mmol/L a um pH=4,5. Para estas soluções mediu-se 0,00563 gramas de glucose, 0,000563 gramas de frutose, 2,1394 gramas de sacarose e 0,1495 gramas de acetado de sódio tri-hidratado. Os cálculos realizados para obter as massas necessárias a pesar, encontram-se em anexo. ➢ Parte C – Determinação do “açúcar invertido” Nesta parte, preparou-se 5 tubos em duplicado com as soluções padrões apresentadas na tabela 1. O tubo de ensaio nº1 equivale ao ensaio em branco. Após os tubos terem sido aquecidos num banho de água a ferver durante 5 minutos e seguidamente arrefecidos, foram registados os valores de absorvência que se encontram apresentados na tabela 2. Tabela 1- Composição das soluções padrão (1) ii .. Tabela 2- Absorvância média em cada tubo a 540nm 1 ➢ Parte D - Estudo da atividade da enzima em função da concentração de substrato Nesta fase, foram necessarios 6 tubos de ensaio para preparar as soluçoes apresentadas na tabela 3 no qual se adicionou em cada um uma solução de enzima de modo a estudar a atividade enzimática da invertase. Seguidamente, adicionou- se DNS (ácido 3 5-dinitrosalicílico) para parar a reação que durou 7 minutos. Depois de arrefecidos, juntou-se 5 mL de água destilada e registou-se os valores de absorvância a um comprimento de onda de 540 nm em cada tubo. Na seguinte tabela estão apresentados os valores registados, tendo sido o tubo 6 usado como ensaio em branco. Tabela 3- Composição das soluções para o estudo da atividade enzimática. (1) Tabela 4- Absorvência média em cada tubo a 540nm 2 2. Tratamento de Resultados e Discussão As enzimas são proteínas especializadas na catalise de reações biológicas. A sua atuação permite a diminuição da energia de ativação de uma reação espontânea, fazendo com que um maior número de reagentes possua a energia necessária para serem convertidos, aumentando assim a velocidade da reação A enzima em estudo neste trabalho (invertase ou 3-frutofuranosidase) localiza-se na parede celular de sacaromyces ceravisae e é uma hidrólase, pois catalisa a hidrolise da sacarose, quebrando a ligação glicosídica entre a glicose e a frutose. (2) ➢ Parte C Foram usados 5 tubos de ensaio onde se colocou solução de glucose e frutose com a solução tampão acetato e uma solução de DNS (3-amino-5-nitrosalicílico) com o objetivo de realizar uma curva de calibração (absorvância versus moles de frutose/glucose). Através da tabela 2 obtida, foi retirado o valor da absorvância do tubo de ensaio branco a cada das restantes soluções. Registando os valores obtidos e calculando o número de moles das soluções (cálculos em anexo), realizou-se o seguinte gráfico: y = 0,1667x + 0,0453 R² = 0,9998 0 0,05 0,1 0,15 0,2 0,25 0,3 0,35 0,4 0,45 0,5 0,00 0,50 1,00 1,50 2,00 2,50 3,00 A b so rv â n c ia ( 5 4 0 n m ) nº moles Glucose/Frutose (µmol) Figura 2- Curva de calibração 3 Figura 1- Hidrolise da sacarose, com a obtencao dos monossacarideos glucose e frutose ➢ Parte D A partir da curva da calibração apresentada anteriormente foi possível obter a reta do tipo, 𝑦 = 𝑚𝑥 + 𝑏 no qual y apresenta a absorvância registada na tabela 4, deste modo, substituindo pra cada tubo as respetivas absorvâncias, obtém-se a quantidade molar da substância frutose/glucose em cada tubo. Seguidamente, determinou-se a concentração de sacarose presente em cada tubo, no qual se verifica que aumenta com o aumento da quantidade molar (cálculos em anexo). Através das moles e o tempo em que ocorreu a reação entre a sacarose e a enzima obteve-se a velocidade inicial das reações. A figura 3 mostra a variação da concentração da sacarose quando a invertase é constante. Como se pode observar, para concentrações relativamente baixas de sacarose, a velocidade inicial aumenta quase linearmente com o aumento da concentração de Sacarose, devido à grande quantidade de enzima livre que se pode ligar ao substrato. Para concentrações elevadas deste mesmo substrato, a velocidade inicial aumenta cada vez menos em resposta ao aumento da concentração de sacarose, atingindo um patamar que representa o valor da velocidade máxima. Esta tendência para o infinito representa o momento em que os centros ativos da invertase se encontram todos ligados à sacarose (saturação da enzima). Posteriormente, a equação de Michaelis-Menten, 𝑣0 = 𝑉𝑚á𝑥 ×[𝑆] 𝐾𝑚+[𝑆] , apresenta os dois parâmetros cinéticos importantes, Km e Vmáx. O valor de KM corresponde à concentração de substrato em que a velocidade inicial da reação é metadeda velocidade máxima e indica a estabilidade do complexo enzima- substrato. O valor de Vmax é diretamente proporcional à concentração de enzima e representa a velocidade de conversão do complexo em enzima-produtos. No entanto, torna-se difícil determiná-los diretamente. Existem vários outros métodos que torneiam este problema. Um dos métodos mais utilizados é o de Lineweaver-Burk (também designado por método dos duplos inversos), que consiste na inversão da equação de Michaelis-Menten, 1 𝑣0 = 𝐾𝑚 𝑉𝑚á𝑥 × 1 [𝑆] + 1 𝑉𝑚á𝑥 . (1) Foi representado o gráfico de Lineweaver-Burk com a velocidade e concentração invertida de modo a obter a reta do tipo 𝑦 = 𝑚𝑥 + 𝑏. Com a equação obtida determinou-se facilmente Km e Vmáx calculados em anexo. 0 0,1 0,2 0,3 0,4 0,5 0,6 0,7 0,8 0 20 40 60 80 100 120 V e lo c id a d e i n ic ia l concentração de sacarose (mmol.dm^-3) Figura 3 - gráfico de Michaelis-Menten 4 A dedução da equação de Lineweaver-Burk a partir da equação de Michaelis-Menten é dada por: Y = m x + b Assim, esta é a equação de uma recta onde 1/v representa a ordenada, 1/[S] a abcissa, o declive é dado por KM/vmax e a ordenada na origem 1/ vmax. A atividade enzimática é definida pelo consumo de uma certa quantidade de substrato, ou a produção de uma certa quantidade de produto, por unidade de tempo. Ao dividir o valor da atividade enzimática encontrada na solução pelo número de miligramas de proteína nela existente, define-se um novo conceito: a atividade específica. A medida da atividade específica é máxima quando a enzima se encontra pura. Após feitos os cálculos apresentados em anexo obtivemos os valores presentes na tabela 5. (3) Tubos Atividade específica (µmol Glucose-Frutose/min/mg proteína) 6 0 7 1,66 8 2,97 9 4,26 10 6,99 11 9,86 12 11,4 y = 24,801x + 1,1703 R² = 0,9959 0,0000 1,0000 2,0000 3,0000 4,0000 5,0000 6,0000 7,0000 8,0000 9,0000 10,0000 0 0,05 0,1 0,15 0,2 0,25 0,3 0,35 1 /V 0 1/[S] Figura 4- gráfico de Lineweaver-Burk Tabela 5 – Atividade específica em cada tubo 5 3. Conclusões Em suma, a propósito deste estudo à cerca da cinética enzimática da interfase de levedura Saccharomyces cerevisiae, presente numa amostra de fermento de padeiro, determinou-se os valores de KM e Vmax, de acordo com o ambiente proporcionado. Podemos então afirmar que os parâmetros cinéticos podem ser calculados tanto pela curva de Michaelis- Menten como pela reta de Lineweaver-Burk. No entanto, pela curva de Michaelis-Menten o cálculo de Km não é rigoroso e exige um número elevado de determinações. Contudo, o segundo método é mais expedito, rigoroso e rápido e são necessárias menos leituras experimentais, pois o traçado da reta exige um menor número de pontos da curva. Para além disto, a reta de Lineweaver-Burk não implica aproximações, mas sim cálculos matemáticos. Deste modo, os resultados obtidos para KM e Vmáx foram 21,19 mmol.dm-3 e 0,8545 mg/min, respetivamente. 6 4. Nomenclatura • m – Massa (g); • C – Concentração (mol/dm3) • MM - Massa Molar (g/mol); • n – Número de moles (mol); • • V0 – velocidade inicial (µmol Glucose - Frutose/min); • KM – constante de Michaellis; • Vmáx – velocidade máxima (µmol Glucose - Frutose/min). 7 7 5. Bibliografia (1) Determinação das constantes cinéticas da enzima invertase, Protocolos de Laboratório Integrado II, Licenciatura em Bioengenharia, 2019/2020; (2) Diapositivos: Lab. integrado II_T4_2020_1 (3) https://repositorio-aberto.up.pt/bitstream/10216/102530/2/179641.pdf 8 https://repositorio-aberto.up.pt/bitstream/10216/102530/2/179641.pdf ANEXOS ➢ Parte B > Cálculo para a preparação das soluções: • Preparar 25 mL de solução equimolar de glucose e frutose 2,5 mmol.dm-3: Sabendo que uma solução equimolar consiste numa solução que tem a mesma quantidade de moles dos seus compostos, para preparar 25 mL de uma solução equimolar de glucose e frutose 2,5 mmol.dm-3, sabemos que a concentração de glucose e frutose irá ser 1,25 mmol.dm-3 cada uma. Assim vem, 𝑐 = 𝑛 𝑣 ⇔ 1,25 = 𝑛 0,025 ⇔ n = 0,03125 mmol = 0,00003125 𝑚𝑜𝑙 Tendo a massa molar da glucose (180,156 g/mol) e da frutose (180,16 g/mol) conseguimos calcular a massa a pesar de cada uma através da seguinte equação: 𝑛 = 𝑚 𝑀𝑀 Assim, é necessário pesar 0,00563g de glucose e também 0,00563g de frutose. • Preparar 25 mL de solução de sacarose 0,25 mol.dm-3: 𝑐 = 𝑛 𝑣 ⇔ 0,25 = 𝑛 0,025 ⇔ n = 0,00625 mol Com o número de moles calculado e sabendo que a massa molar da sacarose é de 342,3 g/mol, é possível calcular a massa a pesar. 𝑛 = 𝑚 𝑀𝑀 ⇔ m = 0,00625 × 342,3 ⇔ m = 2,1394 g • Preparar 50 mL de tampão acetato 50 mmol.dm-3 pH 4,5: Sabendo que para preparar 1 litro da solução é necessário transferir 2,99g de acetato de sódio tri- hidratado e 1,66 mL de ácido acético glacial para um balão volumétrico, através de uma regra de três simples conseguimos calcular os valores necessários para a preparação de 50 mL. Assim, é necessário transferir 0,1495g de acetato de sódio tri-hidratado e 0,083 mL de ácido acético glacial para um balão e perfazer com água até aos 50 mL. 1 L 2,99 g 1 L 1,66 mL 0,05 L x 0,05 L x x = 0,1495 g x = 0,083 mL 9 https://pt.wiktionary.org/w/index.php?title=%E2%87%94&action=edit&redlink=1 https://pt.wiktionary.org/w/index.php?title=%E2%87%94&action=edit&redlink=1 https://pt.wiktionary.org/w/index.php?title=%E2%87%94&action=edit&redlink=1 https://pt.wiktionary.org/w/index.php?title=%E2%87%94&action=edit&redlink=1 https://pt.wiktionary.org/w/index.php?title=%E2%87%94&action=edit&redlink=1 https://pt.wiktionary.org/w/index.php?title=%E2%87%94&action=edit&redlink=1 ➢ Parte D Após a preparação das soluções dos tubos 6 ao 12 e medida a sua absorvância como podemos observar na tabela 5, foi possível calcular a quantidade de produto formado (µmol glucose e frutose), a velocidade inicial da reação (V0) e ainda a atividade especifica da enzima (µmol glucose e frutose/min/mg proteína). Estes resultados estão apresentados na tabela seguinte. Para o cálculo da quantidade de glucose e frutose (µmol) presente em cada tudo recorremos à equação y = 0,1667x + 0,0453 obtida através da curva de calibração para os açucares invertidos (figura 1). O y vai ser substituído pela absorvância obtida em cada tudo, e dai tira-se o x que corresponde à quantidade de glucose e frutose desse mesmo tubo. Para a sacarose, sabendo que a sua concentração inicial é de 0,25 mol/L, que o volume final da solução presente em cada tubo é 4 mL (sacarose + solução tampão + enzima) e sabendo ainda o volume de sacarose utilizado nestes, através da equação Ci × Vi= Cf × Vf é possível calcular a concentração de sacarose presente em cada tudo. Substituindo os valores na equação, obtemos Cf. No fim, para obter o resultado em mmol/L basta multiplicar Cf por 1000. Na determinação da velocidade inicial da reação (V0) foi necessário saber a quantidade de produto formado em cada tubo e dividi-la pelo tempo de reação, 7 minutos, ou seja, 𝑉0 = 𝑄𝑢𝑎𝑛𝑡𝑖𝑑𝑎𝑑𝑒 𝑑𝑒 𝑝𝑟𝑜𝑑𝑢𝑡𝑜 𝑓𝑜𝑟𝑚𝑎𝑑𝑜7 Por fim, sabendo que a concentração de proteína no extrato inicial é 6,655 mg/mL, ou seja, após a diluição 1:100 é de 0,06655 mg/mL e tendo a velocidade inicial da reação já calculada, consegue-se calcular a atividade especifica da enzima para cada tudo. Para isso é apenas necessário dividir a V0 (de cada tudo) pela concentração da proteína (0,06655 mg/mL). Tubos Sacarose (mL) Solução tampão (mL) Enzima (mL) DNS(mL) Absorvância (540 nm) 6 0 3 1 2 0 7 0,05 2,95 1 2 0,174 8 0,1 2,9 1 2 0,276 9 0,2 2,8 1 2 0,376 10 0,4 2,6 1 2 0,588 11 0,8 2,2 1 2 0,811 12 1,6 1,4 1 2 0,93 Tabela 6 – Composição das soluções para o estudo da atividade enzimática e respetivas absorvâncias Tubo Glucose/Frutose (µmol) Sacarose (mmol/L) V0 (µmol Glucose-Frutose/min) 1/[S] 1/V0 Atividade específica (µmol Glucose-Frutose/min/mg proteína) 6 0 0 0 0 0 0 7 0,772 3,13 0,11 0,32 9,067 1,657 8 1,384 6,25 0,198 0,16 5,058 2,971 9 1,984 12,50 0,283 0,08 3,529 4,258 10 3,256 25,00 0,465 0,04 2,15 6,988 11 4,593 50 0,656 0,02 1,524 9,86 12 5,307 100 0,758 0,01 1,319 11,392 Tabela 7 – quantidade de produto formado, velocidade inicial da reação e atividade especifica da enzima 10 > Cálculo da Vmáx da KM : Para o calculo da velocidade máxima da reação e da constante de Michaelis recorreu-se à seguinte equação: Em que o valor de KM corresponde à concentração de substrato em que a velocidade inicial da reação é metade da máxima. Para conseguir calcular os dois parâmetros cinéticos (KM e Vmáx) recorreu-se ao método dos duplos inversos (figura 3) obtendo-se a reta de equação y = 24,801x + 1,1703. Assim, 𝑏 = 1 𝑉𝑚á𝑥 ⇔ 𝑉𝑚á𝑥 = 1 1,1703 ⇔ 𝑉𝑚á𝑥 = 0,8545 𝑚 = 𝐾𝑀 𝑉𝑚á𝑥 ⇔ 𝐾𝑀 = 24,801 × 0,8545 ⇔ 𝐾𝑀 = 21,19 y = m × x + b 10 11 https://pt.wiktionary.org/w/index.php?title=%E2%87%94&action=edit&redlink=1 https://pt.wiktionary.org/w/index.php?title=%E2%87%94&action=edit&redlink=1 https://pt.wiktionary.org/w/index.php?title=%E2%87%94&action=edit&redlink=1 https://pt.wiktionary.org/w/index.php?title=%E2%87%94&action=edit&redlink=1
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