relatorio 2 Alinhamento de sequencia

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Universidade Federal de Goiás 
Instituto de Ciências Biológicas 
Curso de Biomedicina 
 
 
 
 
 
 
 
 
Alinhamento de Sequências 
 
 
 
 
 
Discente: 
Renata Marques De Souza 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Goiânia 
2019 
Introdução 
O alinhamento de sequências consiste no processo de comparar duas sequências 
(de nucleotídeos ou proteínas) de forma a se observar seu nível de identidade. Essa técnica 
de comparação de sequências é implementada segundo um conceito de desenvolvimento 
de programas conhecido como um algoritmo guloso e é um dos pilares de toda a 
bioinformática. Existem centenas de aplicações do alinhamento de sequências, tanto na 
identificação de genes e proteínas desconhecidas, quanto na comparação da ordem de 
genes em genomas de organismos proximamente relacionados (sintenia), no mapeamento 
de sequências expressas dentro de um genoma para identificação de genes, na montagem 
de genomas e em diversas outras aplicações. 
Por exemplo, podemos alinhar duas sequências para descobrirmos o grau de 
similaridade entre as sequências de forma que possamos inferir (ou não) a uma delas, 
alguma propriedade já conhecida da outra (Prosdocimi et al., 2003). O alinhamento entre 
duas sequências pode ser feito de forma global ou local. 
O alinhamento global é feito quando comparamos uma sequência de aminoácidos 
ou nucleotídeos com outra, ao longo de toda sua extensão. O algoritmo Needleman-
Wunsch é o mais conhecido para realizar esse tipo de alinhamento. Nesse caso são dados 
valores em uma matriz de comparação para as similaridades (matches), diferenças 
(mismatches) e falhas (gaps) encontrados durante o alinhamento das sequências. 
O alinhamento local acontece quando a comparação entre duas sequências não é 
feita ao longo de toda sua extensão, mas sim através de pequenas regiões destas 
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/BLASTinfo/glossary2.html). O principal programa 
utilizado para o alinhamento local de sequências é o BLAST (Basic Local Alignment Search 
Tool ou Ferramenta Básica de Procura por Alinhamento Local), encontrado em 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/. Esse software compreende um conjunto de algoritmos 
de comparação de sequências montado de forma a explorar toda a informação contida em 
bases de dados de DNA e proteínas. 
Metodologia 
Forma realizados a pesquisa da sequência genômica (DNA) e a sequência traduzida 
(proteína) do gene da alpha tubulin 2 de Plasmodium falciparum 3D7. 
 
Alpha Tubulin 2 plasmodium falciparum 3D7 
 
 
Figura 1: pesquisa da sequência de DNA para o homologo do gene em humanos (Homo sapiens 
(taxid:9606). 
 
 
 Figura 2: usando o blast realizamos pesquisa de sequência de DNA. 
 
Sequência genômica (DNA) e a sequência traduzida (proteína) do gene da alpha tubulin 
2 de Plasmodium falciparum 3D7. Usando a plataforma NCBI. 
 
Alpha Tubulin 2 [Plasmodium falciparum 3D7] 
>XP_001351526.1 alpha tubulin 2 [Plasmodium falciparum 3D7] 
MREVISIHVGQAGIQIGNACWELFCLEHGIQPDGQMPSDQVVAGGDDAFNTFFSETGAGKHVPRCVFVDL 
EPTVVDEVRTGTYRQLFHPEQLISGKEDAANNFARGHYTIGKEIVDVCLDRVRKLADNCTGLQGFLMFNA 
VGGGTGSGLGCLLLERLAIDYGKKSKLNFCSWPSPQVSTAVVEPYNSVLSTHSLLEHTDVAIMLDNEAIY 
DICKKNLDIERPTYTNLNRLIAQVISSLTASLRFDGALNVDVTEFQTNLVPYPRIHFMLSSYAPIISAEK 
AYHEQLSVSEITNSAFEPASMMAKCDPRHGKYMACCLMYRGDVVPKDVNAAVATIKTKRSIQFVDWCPTG 
FKCGINYQPPTVVPGGDLAKVMRAVCMISNSTAIAEVFSRMDQKFDLMYAKRAFVHWYVGEGMEEGEFSE 
AREDLAALEKDYEEVGIESNDGEGEDEGYE 
 
 
>XM_001351490.1 Plasmodium falciparum 3D7 alpha tubulin 2 (PF3D7_0422300), partial mRNA 
ATGAGAGAAGTCATTAGTATTCATGTTGGACAGGCTGGTATTCAAATAGGAAATGCTTGCTGGGAATTGT 
TTTGCCTTGAACATGGAATTCAACCGGATGGGCAGATGCCAAGTGACCAAGTCGTTGCTGGTGGTGATGA 
TGCCTTTAATACATTTTTCTCAGAAACGGGAGCTGGAAAACATGTACCACGTTGTGTGTTCGTTGATTTA 
GAACCCACCGTCGTTGACGAAGTTCGAACAGGAACGTATCGTCAGCTGTTTCACCCTGAACAACTAATAT 
CTGGAAAAGAGGATGCAGCAAATAATTTCGCAAGGGGACATTATACCATAGGAAAAGAAATTGTTGATGT 
ATGTTTGGATAGGGTTCGAAAGTTGGCTGATAATTGCACTGGATTACAAGGATTTTTGATGTTTAATGCA 
GTAGGTGGAGGTACAGGTAGTGGTCTTGGTTGTTTATTATTAGAAAGGTTGGCAATAGATTATGGAAAGA 
AATCAAAATTAAATTTTTGTTCGTGGCCATCTCCTCAAGTATCGACAGCTGTTGTAGAGCCTTATAATTC 
TGTATTATCAACACATTCATTGTTAGAACATACAGATGTGGCAATTATGCTCGATAACGAAGCAATATAT 
GATATATGTAAGAAAAATTTAGATATAGAAAGGCCAACCTATACTAACTTGAATAGATTGATTGCTCAAG 
TTATCTCTTCATTAACAGCATCTTTAAGATTTGATGGTGCTTTGAATGTTGATGTAACAGAATTTCAGAC 
TAATTTAGTACCATATCCTAGAATTCACTTTATGTTATCATCATATGCTCCAATCATAAGTGCTGAGAAG 
GCATATCACGAGCAATTGTCGGTTTCTGAAATAACGAATTCTGCCTTTGAGCCTGCATCTATGATGGCAA 
AGTGTGATCCCAGACATGGAAAATATATGGCTTGTTGTTTAATGTATAGAGGAGATGTAGTACCAAAGGA 
TGTTAATGCTGCCGTCGCAACTATTAAGACTAAGAGATCTATACAATTCGTTGATTGGTGTCCTACGGGA 
TTTAAATGTGGAATCAATTATCAGCCCCCTACCGTGGTTCCAGGAGGAGATTTAGCAAAAGTTATGAGAG 
CTGTTTGCATGATCAGCAACTCAACAGCAATTGCCGAAGTATTCTCACGAATGGACCAAAAATTTGATTT 
GATGTATGCGAAAAGGGCTTTCGTTCATTGGTATGTAGGTGAAGGTATGGAAGAAGGAGAATTTAGTGAA 
GCTAGAGAGGATTTGGCTGCCTTGGAAAAGGATTATGAAGAGGTAGGAATAGAATCGAATGATGGAGAGG 
GAGAAGATGAGGGATATGAATGA 
 
apical membrane antigen 1 [Plasmodium falciparum 3D7] 
NCBI Reference Sequence: XP_001348015.1 
GenPept Identical Proteins Graphics 
>XP_001348015.1 apical membrane antigen 1 [Plasmodium falciparum 3D7] 
MRKLYCVLLLSAFEFTYMINFGRGQNYWEHPYQNSDVYRPINEHREHPKEYEYPLHQEHTYQQEDSGEDE 
NTLQHAYPIDHEGAEPAPQEQNLFSSIEIVERSNYMGNPWTEYMAKYDIEEVHGSGIRVDLGEDAEVAGT 
QYRLPSGKCPVFGKGIIIENSNTTFLTPVATGNQYLKDGGFAFPPTEPLMSPMTLDEMRHFYKDNKYVKN 
LDELTLCSRHAGNMIPDNDKNSNYKYPAVYDDKDKKCHILYIAAQENNGPRYCNKDESKRNSMFCFRPAK 
DISFQNYTYLSKNVVDNWEKVCPRKNLQNAKFGLWVDGNCEDIPHVNEFPAIDLFECNKLVFELSASDQP 
KQYEQHLTDYEKIKEGFKNKNASMIKSAFLPTGAFKADRYKSHGKGYNWGNYNTETQKCEIFNVKPTCLI 
NNSSYIATTALSHPIEVENNFPCSLYKDEIMKEIERESKRIKLNDNDDEGNKKIIAPRIFISDDKDSLKC 
PCDPEMVSNSTCRFFVCKCVERRAEVTSNNEVVVKEEYKDEYADIPEHKPTYDKMKIIIASSAAVAVLAT 
ILMVYLYKRKGNAEKYDKMDEPQDYGKSNSRNDEMLDPEASFWGEEKRASHTTPVLMEKPYY 
 
 
 
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/XP_001348015.1?report=genpept
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ipg/XP_001348015.1
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/XP_001348015.1?report=graph
 
Figura 3: não encontrado pesquisa por DNA. 
 
Figura 4: gráfico no blast 
 
Figura 4: Procura homólogos do gene em humanos (Homo sapiens (taxid:9606) usando BLASTn 
(Nucleotide collection nr/nt).
 
 
5. Encontrou diferenças nos resultados entre os dois métodos? Porquê? 
Sim, na pesquisa através de DNA não é encontrado apenas por RNA mensageiro. Porque 
a natureza das proteínas é diferente antígenos, proteína de virulência especifica do 
patógeno, não tem em humanos. 
6. A proteína de Plasmodium é muito ou pouco similar à de humanos? Procure achar uma 
explicação para a sua resposta. 
A proteína de Plasmodium é pouco similar á humanos, porque existem aminoácidos que 
são codificados por dois ou mais códons, situação que denominamos código genético 
degenerado. Essa expressão “código genético degenerado” significa que um mesmo 
aminoácido pode ser codificado por mais de um códon, mas o contrário não ocorre. 
7.Encontrou homólogos em humano? Porquê? 
Não, porque espécie Plasmodium, é que essa sequência de nucleotídeos parece ser 
extremamente infreqüente, não tendo sido observada nenhuma homologia com outros 
peptídeos já catalogados em humanos.