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BIOINFORMTICA AULA 1 1. Qual dos cientistas a seguir teve grande contribuição para o avanço da bioinformática como área da ciência? Marie Curie, pela sua pesquisa sobre dois novos elementos químicos: o rádio e polônio. Alexander Fleming, com a descoberta da penicilina. Charles Darwin, com a publicação do livro ¿A origem das espécies¿. Werner Karl Heisenberg, pela criação da mecânica quântica. Magaret Dayhoff, que usou computadores para o estudo de proteínas, criando o primeiro ¿Atlas de Proteínas¿. 2. Por que o "Projeto Genoma Humano" tem uma grande relação com a história da bioinformática? Foi durante esse projeto que se descobriu do que é feita e como se organiza a molécula de DNA. Porque foi a primeira vez que uma ferramenta computacional foi aplicada para analisar dados biológicos. Durante o período de execução desse projeto, a bioinformática ficou estagnada, e poucos avanços ocorram nessa área. Pois ficou provado que as ferramentas computacionais não eram essenciais para determinar e interpretar o genoma humano. Pois muitas ferramentas computacionais precisaram ser desenvolvidas e aprimoradas para determinar todo o genoma humano e interpretar essas informações. 3. Sobre a bioinformática, qual das afirmativas abaixo está incorreta? A bioinformática é considerada uma área interdisciplinar, que envolve profissionais de diferentes graduações. A bioinformática usa ferramentas computacionais para estudar informações biológicas. O desenvolvimento de tecnologias para sequenciar o DNA foi um dos principais pilares para o surgimento da bioinformática. Um bioinformata atua interpretando dados biológicos e desenvolvendo/aprimorando algoritmos computacionais. Um bioinformata não é capaz de desenvolver ferramentas computacionais que ajudam na interpretação de dados obtidos de experimentos na bancada, ele só utiliza essas ferramentas. 4. http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185317223&aula=1&f_cod_aula=1 http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185317223&aula=1&f_cod_aula=1 http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185317223&aula=1&f_cod_aula=1 http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185317223&aula=1&f_cod_aula=1 A seguir temos três afirmativas sobre as potencialidades da bioinformática. Julgue-as como verdadeiras ou falsas. I) A análise de sequências possibilita comparar várias sequências de genes e determinar a relação evolutiva entra elas. II) A análise de sequências permite encontrar genes em meio a longas sequências de DNA. III) Com apenas a sequência do gene não é possível determinar sua através de métodos de bioinformática. As afirmativas I e II estão corretas. Apenas a afirmativa II está correta. Apenas a afirmativa III está correta. Todas as afirmativas estão corretas. Apenas a afirmativa I está correta. 5. Um profissional em bioinformática precisa ter conhecimento em qual das seguintes áreas abaixo? Matemática. Computação. Biologia molecular. Estatística. Todas as alternativas anteriores. AULA 2 1. A respeito dos computadores, marque a(S) alternativa(S) INCORRETA(S). Os supercomputadores são aqueles que apresentam uma velocidade maior no processamento de dados, sendo ideal para serem utilizados em estudos de bioinformática. Software é composto por programas como o Windows, pelo HD e memória enquanto o hardware é composto por placa mãe e memória secundária Todo computador é divido em dois sistemas eletrônicos: software e hardware O software dos computadores nada é do que o sistema e o programa que executam os comandos do usuário. Os computadores podem ser classificados quanto a sua utilização em: pessoais, científico e comercias. 2. Quais são os principais eventos genéticos responsáveis pela variação gênica dos organismos ? http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185317223&aula=1&f_cod_aula=1 http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185317890&aula=2&f_cod_aula=2 http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185317890&aula=2&f_cod_aula=2 Inserção e translocação genica Mutação e duplicação cromossômica Inversão e duplicação gênica Mutação e duplicação gênica Translocação cromossômica e mutação 3. Sobre os processos evolutivos de analogia e homologia, marque a opção correta. Tanto a homologia quanto a analogia relaciona, ancestralidade comum e as divergências funcionais A homologia é um processo evolutivo que relaciona semelhança anatômica e semelhança funcional. Tanto a homologia quanto a analogia relacionam ancestralidade comum, semelhança anatômicas e divergência funcional. A analogia é um processo evolutivo que associa indivíduos não relacionados à semelhanças anatômicas e funcional. A analogia é um processo evolutivo que associa indivíduos relacionados à semelhanças anatômicas e funcional. 4. A evolução por homologia associa a similaridade morfológica de algumas estruturas corporais com a presença de um ancestral comum entre as espécies. As evidências evolutivas de que as espécies evoluíram por homologia é a presença de genes homólogos, ou seja, genes que apresentem com sequências nucleotídicas iguais ou altamente semelhantes que podem codificar para estruturas com a mesma função ou não. A respeito dos genes homólogos marque a alternativa correta. Os genes ortólogos são genes homólogos que divergiram após o processo de especiação, onde cada espécie descendente apresenta uma cópia do genee. Os genes ortólogos são provenientes dum ancestral comum e apresentam funções muito diferentes. Os genes parálogos são aqueles que divergiram após o processo de inversão dentro do genoma de uma mesma espécie. Os genes homólogos encontrado no indivíduo são herdados apenas da mãe ou do pai. http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185317890&aula=2&f_cod_aula=2 http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185317890&aula=2&f_cod_aula=2 Os genes paralogos são genes ortólogos que divergiram após o processo de duplicação dentro do genoma de uma mesma espécie. AULA 3 1. O que o dogma central da Biologia Molecular descreve? A sequência completa de DNA de um organismo. O mecanismo de processamento do RNA, a partir do DNA. O fluxo de informações do código genético. O processo de controle da expressão gênica. Os processos envolvidos na diferenciação celular. AULA 4 1. O processo de extração tem como objetivo isolar o ácidos nucleico dos demais componentes celulares. Baseado neste processo marque a alternativa incorreta O fenol clorofórmio é um insumo muito utilizado para promover a precipitação de proteínas. Substâncias com ação de detergentes podem ser utilizadas para remoção dos lipídios da amostra A remoção do RNA é uma etapa exclusiva da extração de DNA A primeira etapa da extração é a lise de membranas onde são utilizados substância com ação de solvente A precipitação do ácido nucleico pode se realizada com etanol ou álcool isopropílico. 2. Sobre odesenho experimental, ma rque a alternativa correta. Uma pesquisa científica pode ser desenvolvida sem o estabelecimento de uma hipótese. Grupos controle, variáveis dependentes e independentes não são fatores importantes para pesquisa cientifica experimental, apenas para pesquisa científica não experimental. A pesquisa científica experimental não busca ajudar um pesquisador a determinar o efeito causal entre dois fatores. A hipótese nula de uma pesquisa confirma a relação de causa-efeito. A pesquisa experimental tem como finalidade testar hipóteses que dizem respeito à convicção do pesquisador, envolvendo grupos de controle, seleção aleatória e manipulação de variáveis. 3. Gabriela irá realizar a técnica de eletroforese para avaliar qualitativamente e quantitativa o RNA extraído de células bucais que será utilizado no seu projeto de mestrado. Porém, Gabriela tem duvidas quanto ao príncipio e aplicação da técnicas. Marque a alternativa da melhor explicação que você daria a Gabriela. http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185318055&aula=3&f_cod_aula=3 http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185318212&aula=4&f_cod_aula=4 http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185318212&aula=4&f_cod_aula=4 http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185318212&aula=4&f_cod_aula=4 A eletroforese é uma técnica ótica que associa a quantidade de luz absorvida com a quantidade da substância na amostra. A eletroforese é uma técnica que utiliza corantes fluorescente como iodina para detectar e quantificar substâncias. A eletroforese é uma técnica ótica que associa a quantidade de luz transmitida com a quantidade da substância na amostra. A eletroforese é técnica que utiliza campo elétrico para separar moléculas de acordo com carga e peso molecular A eletroforese é técnica que utiliza campo elétrico para separar moléculas de acordo com o peso molecular e afinidade. 4. A coleta e o armazenamento de amostras destinadas as técnicas de biologia molecular devem ser realizadas com muito cuidado devido ao alto risco de degradação das moléculas de ácidos nucleicos. A respeito destes processos marque a alternativa CORRETA. As amostras de tecido destinadas a extração do DNA devem obrigatoriamente ser armazenadas em nitrogênio líquido. Para amostras de sangue e de medula as amostras destinadas a extração do RNA devem ser armazenadas em freezer -70ºC A coleta de tecido proveniente de biópsia pode ser armazenado e transporta resfriado a temperatura de 2º a 8ºC Independente do tipo de amostra, a coleta de espécimes clínicos destinados a extração de DNA e RNA devem ser realizadas com estabilizadores Não há necessidade de transportar as amostras coletadas em caixas isotérmicas com gelo seco. 5. A variabilidade genética é gerada por eventos espontâneos que contribuem para o processo evolutivo como a mutação. A respeito da mutação marque a alternativa INCORRETA A substituição de nucleotídeos que gera um códon de parada é chamanda de mutação sem sentido (nonsense mutation). As mutações conhecidas como mutação de fase de leitura (frameshift mutations) alteram a fase de leitura de todas as trincas de pares de bases no gene depois do sítio mutado. http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185318212&aula=4&f_cod_aula=4 http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185318212&aula=4&f_cod_aula=4 A inserção e a deleção um ou alguns nucleotídeos geralmente levam a alterações mais drásticas nos códons e como consequência na proteína resultante. A substituição corresponde a troca de nucleotídeos incorporados na sequência do DNA. A substituição de nucleotídeos que gerar um novo códon sem alterar o aminoácido é chamada de mutação e de sentido trocado (missense mutation). 6. Eduardo está desenvolvendo uma pesquisa para investigar a associado de mutações em células da mucosa da laringe com o desenvolvimento de câncer. Assim, ele recrutou pacientes saudáveis e com câncer de laringe para fazer a coleta do material. Após a biopsia Eduardo não sabia como armazenar este espécime clinico e de uma forma precisa e correta sua amiga Luana o orientou a: Manter o tecido no freezer (-70ºC) para posterior extração do DNA das células do tecido da laringe Manter o tecido no freezer (2º a 8ºC) para posterior extração do DNA das células do tecido da laringe Manter o tecido em geladeira (2º a 8ºC) para posterior extração do DNA das células do tecido da laringe Armazenar o tecido no freezer (-10ºC ) para posterior extração do DNA das células do tecido da laringe Armazenar o tecido em nitrogênio líquido (-196ºC) para posterior extração do DNA das células do tecido da laringe 7. Sobre as etapas da extração do DNA marque a alternativa correta. A terceira etapa consiste na remoção do RNA A primeira etapa da extração tem por objetivo inativar nucleases e retirar outras proteínas contaminantes. A segunda etapa do processo é a lise das membranas lipídicas. A primeira etapa da extração tem por objetivo fazer a lise das membranas celulares utilizando fenol-cloroformio. A segunda etapa é a precipitação do DNA após lavagens sequenciais com soluções alcoólicas e centrifugação AULA 5 http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185318212&aula=4&f_cod_aula=4 http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185318212&aula=4&f_cod_aula=4 1. Uma fita de DNA apresenta a seguinte sequência: TCAAGT Marque a alternativa que indica corretamente a sequência encontrada na fita complementar: AGUUCA AGTTCA ATAAUA UCTTGU AGUUGA 2. Marque a alternativa que melhor define um gene. O gene é uma porção da molécula de RNA que determina uma característica. O gene é uma porção da célula. Trecho do RNA que contém sequências de nucleotídeos que são usados para a síntese de proteínas. O gene é uma região do DNA que é responsável pela síntese de carboidratos, determinando nossas características. O gene é uma sequência de nucleotídeos em que está contida a informação que será usada para a síntese de proteínas. 3. (PUC-SP) [¿] De outro lado, o galardão de química ficou com os inventores de ferramentas para estudar proteínas, os verdadeiros atores do drama molecular da vida. É verdade que a Fundação Nobel ainda fala no DNA como o diretor da cena a comandar a ação das proteínas, mas talvez não seja pretensioso supor que foi um lapso, e que o sinal emitido por essas premiações aponta o verdadeiro futuro das pesquisas biológicas e médicas muito além do genoma e de seu sequenciamento (uma simples soletração). (¿) * LEITE, Marcelo. De volta ao sequenciamento. Folha de S. Paulo- 20 out. 2002. O autor refere-se às proteínas como ¿atores do drama molecular¿ e ao DNA como ¿diretor de cena¿. Essa referência deve-se ao fato de: o DNA controlar a produção de proteínas e também atuar como catalisador de reações químicas celulares. as proteínas não terem controle sobre o metabolismo celular. o DNA controlar a produção de proteínas e estas controlarem a atividade celular. o material genético ser constituído por proteínas. http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185318544&aula=5&f_cod_aula=5http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185318544&aula=5&f_cod_aula=5 http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185318544&aula=5&f_cod_aula=5 não ocorrer uma correlação funcional entre DNA e proteínas no meio celular. 4. (UFMG) Se o total de bases nitrogenadas de uma sequência de DNA de fita dupla é igual a 240, e nela existirem 30% de adenina, o número de moléculas de guanina será: 72 168 144 120 48. 5. Em relação às macromoléculas que constituem a maioria dos seres vivos, é correto afirmar que os lipídeos e os peptideoglicanos compõem a membrana plasmática de todos os eucariotos. os ácidos nucleicos, DNA e RNA, são formados por várias unidades chamadas de nucleotídeos. as enzimas e os esteroides são proteínas. os triglicerídeos e polissacarídeos são carboidratos o glicogênio e o amido são polissacarídeos produzidos pelas células vegetais 6. Sobre a estrutura do DNA, marque a alternativa incorreta: Os nucleotídeos que formam o DNA diferenciam-se do RNA por apresentarem uma ribose e a base timina. Os cromossomos são formados principalmente por RNA. O DNA, assim como o RNA, é formado por nucleotídeos, que são constituídos por um fosfato, um açúcar e uma base nitrogenada. Os cromossomos são formados principalmente por DNA. O DNA carrega as informações genéticas do indivíduo. 7. A respeito dos sequenciadores, marque a alternativa INCORRETA. No SoLiD, a reação de sequenciamento é catalisada por uma DNA ligase e não pela DNA polimerase O Ion Torrent que é um equipamento entre 2º e 3º geração utiliza a variação do pH como mecanismo de detecção. http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185318544&aula=5&f_cod_aula=5 http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185318544&aula=5&f_cod_aula=5 http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185318544&aula=5&f_cod_aula=5 http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185318544&aula=5&f_cod_aula=5 O Ilumina assim como o método de Sanger realiza síntese usando DNA polimerase e dideoxinucleotídeos marcados e não constrói biblioteca. Os sequenciadores de 1º geração produzem fragmentos sequenciados maiores, porém os de 2º geração são muito mais rápidos. O pirossequenciador mede a liberação do pirofosfato por quimioluminescência AULA 6 1. Dentre as vertentes das ômicas, marque a alternativa CORRETA. Técnicas muito comuns usadas na metabolômica são a ressonância nuclear e as cromatografias. A metabolômica avalia apenas metabólitos de origem proteica e lipídica. A genômica estrutural é sinônimo transcriptômica, já que as duas avaliam a expressão gênica A proteômica estuda a estrutura das proteínas e uma das técnicas utilizadas nesta ciência é o sequenciador automático. A transcriptômica tem como objetivo avaliar os genes transcritos em determinado organismo sobre determinada condição. Para isto a transcriptômica utiliza técnicas como a Eletroforese. AULA 7 1. A respeito da confecção dos primers, marque a resposta correta. O primer deve ter um conteúdo de GC de cerca de 75%. Primers são iniciados específicos confeccionados com tamanho variando de 50 a 100 pares de bases Primers devem apresentar hompolinucleotídeos na sua sequência. O primer deve apresentar temperatura de melt inferior a 50ºC. O programa PRIMER 3 é utilizado de forma customizada para a confecção de primers para uma sequência dada. 2. O blast é um software de alinhamento local básico gerenciado pelo NCBI e muito utilizado nos estudos em bioinformática. A respeito desta ferramenta, marque a alternativa correta. É um algoritmo capaz de realizar buscas baseadas em alinhamento que, apesar de não serem exatas, são confiáveis e muito rápidas. O blastp usa uma sequência de nucleotídeo de entrada e da como resultado uma sequência de proteína É um algoritmo capaz de realizar buscas baseadas em alinhamento que, apesar serem exatas apresentam um tempo de processamento alto. O blastn usa uma sequência de nucleotídeo de entrada e da como resultado uma sequência de proteína É uma ferramenta que compara uma sequência desconhecida com aquelas depositadas no computador do usuário. 3. A respeito dos alinhamentos genômicos, marque a alternativa correta. O alinhamento local é aquele que levam em consideração toda a extensão das sequências. http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185318777&aula=6&f_cod_aula=6 http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185319233&aula=7&f_cod_aula=7 http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185319233&aula=7&f_cod_aula=7 http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185319233&aula=7&f_cod_aula=7 Nos alinhamentos busca-se a menor quantidade de similaridade O ClustalW é programas de alinhamento local do genoma. O alinhamento global busca o maior número de matches do início ao final das sequências O alinhamento global buscam pequenas regiões de similaridade. 1. A respeito dos alinhamentos genômicos, marque a alternativa correta. Nos alinhamentos busca-se a menor quantidade de similaridade O alinhamento local é aquele que levam em consideração toda a extensão das sequências. O alinhamento global buscam pequenas regiões de similaridade. O alinhamento global busca o maior número de matches do início ao final das sequências O ClustalW é programas de alinhamento local do genoma. 2. O blast é um software de alinhamento local básico gerenciado pelo NCBI e muito utilizado nos estudos em bioinformática. A respeito desta ferramenta, marque a alternativa correta. O blastn usa uma sequência de nucleotídeo de entrada e da como resultado uma sequência de proteína O blastp usa uma sequência de nucleotídeo de entrada e da como resultado uma sequência de proteína É uma ferramenta que compara uma sequência desconhecida com aquelas depositadas no computador do usuário. É um algoritmo capaz de realizar buscas baseadas em alinhamento que, apesar de não serem exatas, são confiáveis e muito rápidas. É um algoritmo capaz de realizar buscas baseadas em alinhamento que, apesar serem exatas apresentam um tempo de processamento alto. 3. A respeito da confecção dos primers, marque a resposta correta. O primer deve ter um conteúdo de GC de cerca de 75%. Primers devem apresentar hompolinucleotídeos na sua sequência. Primers são iniciados específicos confeccionados com tamanho variando de 50 a 100 pares de bases O primer deve apresentar temperatura de melt inferior a 50ºC. O programa PRIMER 3 é utilizado de forma customizada para a confecção de primers para uma sequência dada. AULA 9 1. A identificação de regiões funcionais ou de relevância biológica no DNA é conhecida como: http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185319710&aula=7&f_cod_aula=7 http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185319710&aula=7&f_cod_aula=7 http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185319710&aula=7&f_cod_aula=7http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185320623&aula=9&f_cod_aula=9 amplificação do genoma. anotação do genoma. sequenciamento do genoma. banco de dados. montagem do genoma. 2. Escolha a sequência correta de etapas envolvidas no processo de interpretação do genoma de um organismo: predição gênica -> extração do DNA -> anotação funcional -> sequenciamento. sequenciamento -> predição gênica -> anotação funcional -> extração do DNA. extração do DNA -> sequenciamento -> predição gênica -> anotação funcional. extração do DNA -> sequenciamento -> anotação funcional -> predição gênica. extração do DNA -> predição gênica -> sequenciamento -> anotação funcional. 3. "Um programa usado para anotação gênica de procariotos normalmente pode ser utilizado para anotação gênica de eucariotos". Julgue a afirmativa anterior. Verdadeira, devido a característica universal do código genético. Falsa, devido à complexidade da estrutura gênica em eucariotos, que possuem íntrons interrompendo as regiões codificantes, por exemplo. Falsa, porque existem poucas espécies de bactérias e milhares de espécies de organismos eucariotos. Verdadeira, pois os dois grupos de organismos possuem DNA como material genético. Falsa, devido à ausência de membrana nuclear nos procariotos e a dispersão do DNA pela célula. 4. A sequência de Shine-Delgarno e as sequências das "pontas" dos íntrons são exemplos de sinais. Esses sinais são sequências características conservadas, que marcam as regiões necessárias para que a transcrição e tradução ocorram. Qual processo de bioinformática inclui a identificação desses sinais? Construção de árvore filogenética. Extração do DNA. Sequenciamento do genoma. http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185320623&aula=9&f_cod_aula=9 http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185320623&aula=9&f_cod_aula=9 http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185320623&aula=9&f_cod_aula=9 Predição gênica. Montagem do genoma. 5. A anotação funcional de um gene inclui saber a função da proteína codificada pelo gene e também identificar a qual processo biológico aquela proteína faz parte. Dentre os processos que ocorrem em uma célula podemos incluir as reações metabólicas e o processamento da informação genética. Qual dos bancos de dados abaixo auxilia na busca por informações sobre processos biológicos? KEGG. SWISS-Prot. PDB. Nenhuma das opções anteriores. GenBank. 6. Através de estudos usando a bioinformática, um pesquisador identificou que um gene chamado p53 estava modificado em pacientes com câncer de pulmão agressivo em relação a outros pacientes que vêm tendo uma evolução mais lenta e favorável da doença. Caso esse pesquisador queira descobrir a FUNÇÃO desse gene usando a bioinformática, o que você recomendaria a ele? Identificar o códon de iniciação e o códon de parada do gene p53. Não é possível determinar a função de um gene usando apenas métodos de bioinformática. Silenciar esse gene no genoma de células em laboratório, e após isso observar as consequências. Comparar a sequência de nucleotídeos do gene p53 com outras sequências de genes com funções conhecidas, usando para isso bancos de dados biológicos. Produzir um embrião com ausência desse gene, e acompanhar o desenvolvimento desse indivíduo geneticamente modificado ao longo da vida. 1. A identificação de regiões funcionais ou de relevância biológica no DNA é conhecida como: sequenciamento do genoma. amplificação do genoma. banco de dados. montagem do genoma. anotação do genoma. http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185320623&aula=9&f_cod_aula=9 http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185320623&aula=9&f_cod_aula=9 http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185320745&aula=9&f_cod_aula=9 2. Escolha a sequência correta de etapas envolvidas no processo de interpretação do genoma de um organismo: extração do DNA -> sequenciamento -> anotação funcional -> predição gênica. extração do DNA -> sequenciamento -> predição gênica -> anotação funcional. predição gênica -> extração do DNA -> anotação funcional -> sequenciamento. extração do DNA -> predição gênica -> sequenciamento -> anotação funcional. sequenciamento -> predição gênica -> anotação funcional -> extração do DNA. 3. "Um programa usado para anotação gênica de procariotos normalmente pode ser utilizado para anotação gênica de eucariotos". Julgue a afirmativa anterior. Falsa, devido à ausência de membrana nuclear nos procariotos e a dispersão do DNA pela célula. Verdadeira, devido a característica universal do código genético. Falsa, porque existem poucas espécies de bactérias e milhares de espécies de organismos eucariotos. Verdadeira, pois os dois grupos de organismos possuem DNA como material genético. Falsa, devido à complexidade da estrutura gênica em eucariotos, que possuem íntrons interrompendo as regiões codificantes, por exemplo. 4. A sequência de Shine-Delgarno e as sequências das "pontas" dos íntrons são exemplos de sinais. Esses sinais são sequências características conservadas, que marcam as regiões necessárias para que a transcrição e tradução ocorram. Qual processo de bioinformática inclui a identificação desses sinais? Extração do DNA. Predição gênica. Montagem do genoma. Sequenciamento do genoma. Construção de árvore filogenética. 5. A anotação funcional de um gene inclui saber a função da proteína codificada pelo gene e também identificar a qual processo biológico aquela proteína faz parte. Dentre os processos que ocorrem em uma célula podemos incluir as reações metabólicas e o processamento da informação genética. Qual dos bancos de dados abaixo auxilia na busca por informações sobre processos biológicos? PDB. KEGG. SWISS-Prot. http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185320745&aula=9&f_cod_aula=9 http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185320745&aula=9&f_cod_aula=9 http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185320745&aula=9&f_cod_aula=9 http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185320745&aula=9&f_cod_aula=9 Nenhuma das opções anteriores. GenBank. 6. Através de estudos usando a bioinformática, um pesquisador identificou que um gene chamado p53 estava modificado em pacientes com câncer de pulmão agressivo em relação a outros pacientes que vêm tendo uma evolução mais lenta e favorável da doença. Caso esse pesquisador queira descobrir a FUNÇÃO desse gene usando a bioinformática, o que você recomendaria a ele? Não é possível determinar a função de um gene usando apenas métodos de bioinformática. Identificar o códon de iniciação e o códon de parada do gene p53. Produzir um embrião com ausência desse gene, e acompanhar o desenvolvimento desse indivíduo geneticamente modificado ao longo da vida. Comparar a sequência de nucleotídeos do gene p53 com outras sequências degenes com funções conhecidas, usando para isso bancos de dados biológicos. Silenciar esse gene no genoma de células em laboratório, e após isso observar as consequências. AULA 10 1. Julgue as afirmativas abaixo usando seus conhecimentos sobre bancos de dados biológicos utilizados para anotação gênica. I- Diversos bancos de dados podem ser utilizados para anotação de um gene, cada um deles focando em um conjunto de informações, como sequência, estrutura e vias metabólicas. II- Os bancos de dados biológicos usados para anotação gênica só podem ser acessados mediante o pagamento de uma mensalidade pelo usuário. Nenhuma das afirmativas anteriores. A afirmativa I é uma proposição falsa, e a II é uma proposição verdadeira. A afirmativa I é uma proposição verdadeira, e a II é uma proposição falsa. As afirmativas I e II são proposições verdadeiras. As afirmativas I e II são proposições falsas. 2. Qual dos bancos de dados biológicos abaixo é o principal reservatório de informações sobre sequências de proteínas, cujo os dados são validados por especialistas (curado)? GenBank. http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185320745&aula=9&f_cod_aula=9 http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185320270&aula=10&f_cod_aula=10 http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185320270&aula=10&f_cod_aula=10 KEGG. PDB. SWISS-Prot. Gene Ontology (GO). 3. Qual das alternativas abaixo NÃO é um banco de dados biológico? SWISS-Prot. PDB. GenBank. KEGG. BLAST. 4. O aluno Rafael está começando agora uma nova iniciação científica. Sua orientadora lhe disse que ele irá trabalhar com a proteína OprD, mas ele ainda não compreende a importância do seu projeto. Ele precisa acessar um banco de dados biológico que reúna uma grande variedade de informações sobre essa proteína, como vias metabólicas e variações dessa proteína entre diferentes organismos. Qual banco de dados você recomendaria a ele? PDB. Gene Ontology (GO). KEGG. GenBank. SWISS-Prot. 5. "O ____________ busca usar um número limitado de palavras para descrever três conjuntos de informações sobre uma proteína. O conjunto "biological process" (processo biológico) representa objetivos específicos que o organismo é geneticamente programado para atingir, como por exemplo o processo biológico da divisão celular resulta na criação de duas células filhas a partir de uma única célula-mãe. Qual opção completa corretamente a lacuna? GenBank. KEGG. PDB. Gene Ontology (GO). http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185320270&aula=10&f_cod_aula=10 http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185320270&aula=10&f_cod_aula=10 http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185320270&aula=10&f_cod_aula=10 CARD. 6. O repositório mundial de estruturas 3D de grandes moléculas biológicas, incluindo proteínas e ácidos nucleicos é o: Gene Ontology (GO). PDB. SWISS-Prot. GenBank. KEGG. http://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio.asp?num_seq_aluno_turma=123389342&cod_hist_prova=185320270&aula=10&f_cod_aula=10
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