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Mutação, Polimorfismo e Reparo do DNA O genoma humano é composto por 3 bilhões de nucleotídeos com, mais ou menos, 0,5% de diferença entre indivíduos não aparentados. Essa pequena diferença genômica têm pouco ou nenhum efeito na aparência externa ou também pode ser responsável por causar doenças; essas diferenças são causadas por mutações no genoma e levam à: variabilidade na anatomia, na fisiologia, nas intolerâncias alimentares, na suscetibilidade à infecção, na predisposição ao câncer e etc. Assim, a mutação é a matéria-prima da evolução, a qual é a principal fonte de variação herdável sobre a qual age a seleção natural. DNA - Genes DNA apresenta 3 bilhões de pares de base, com 20-25 mil genes (codificam proteínas) e até 50 mil genes (RNA funcional). Os locais específicos dos genes nos cromossomos são chamados de Locus (ou loci, plural). Os alelos são versões alternativas da sequência de DNA no locus; esses alelos podem conter um ou vários genes, que podem variar: ● Alelos selvagens ou comum: maioria dos genes é o alelo dominante ● Alelos variantes ou mutantes: presença de mutação Mutação É qualquer mudança na sequência de nucleotídeos ou arranjo do DNA nuclear ou mitocondrial originando alterações quali ou quantitativas no genoma; podem ser divididas e dois tipos quanto à célula que ocorre a mutação: ● Mutação somática: ocorre nas células somáticas; a prole não recebe tal mutação; ex: câncer. ● Células germinativas: ocorre nas células germinativas, que passa mutação para prole; ex: doenças genéticas. Para reconhecer uma mutação, é necessário ter um DNA “sem mutação” para servir de comparação com o DNA analisado; para isso, foi criado a Sequência de Referência, pelo Consórcio de Referência do Genoma, o qual foi utilizado um grande número de populações e viu qual era a “comum” na sociedade. Essa sequência é haplóide, composta e não corresponde a nenhum indivíduo real, é periodicamente atualizado para corrigir erros e ambiguidades, não representa um indivíduo “ideal”, apenas representa um modelo padronizado que é usado para fins comparativos. As causas da mutação podem ser por: ● Erros na replicação ● Agentes mutagênicos ● Erros no reparo do DNA ● Segregação cromossômica Esses erros causam modificações na estrutura do DNA, que o organismo tentar arrumar; todavia, esses erros persistem e causam as mutações. Vale frisar que o ambiente celular apresenta várias substâncias capazes de interagir com o DNA e modificar a estrutura da dupla hélice (lesões de DNA), podendo ser de dois tipos: ● Intrínsecos: subprodutos do metabolismo celular (EROs) ● Extrínsecos: dieta alimentar, micro poluentes orgânicos, agentes biológicos, exposição aos raios solares e às radiações ionizantes As mutações podem ser classificadas quanto à sua causa: ● Mutações espontâneas: sem causa conhecida (ocorre ao acaso - naturais); são os erros durante a replicação ou causada por agentes do ambiente; trata-se a fonte de variação genética; as possíveis ocorrências nas pb são tautomerismo (pareamento errado), depurinação (perda de purina e pareamento errado), desaminação (perda de um grupo amino) e elementos transponíveis. ● Mutações induzidas: resultam da exposição de agentes físicos e químicos que alteram o DNA; é causada por mutágenos (agentes mutagênicos), como irradiação ionizante, luz UV, substâncias químicas, vírus e etc. Taxa de mutação É a frequência de mutação expressa pelo nº de mutações por divisão celular, por gameta ou por ciclo de replicação. Essa taxa depende do: ● tamanho do gene (quanto ↑ o gene ↑ taxa de mutação) ● susceptibilidade de mutações (hot spot) - pontos quentes de mutação; ex: ilhas CPG (sequências de CG, que têm mais chances de serem metiladas). ● idade materna e paterna; por exemplo: quanto mais velho o pai, mais divisões as células tronco dos espermatozóides se dividiram ao longo da vida (acúmulo progressivo de erros no DNA) Origens e tipos de mutações ● Mutação gênica: alterações de substituição, deleção ou inserção, de base única ou até 100 kb ● Mutações regionais ou sub cromossômica: alteram partes dos cromossomos, cópias de um segmento ou um rearranjo estrutural ● Mutações cromossômicas: cromossomos intactos, mas alteram o nº de cromossomos Mutações gênicas Erros induzidos durante a replicação do DNA; é esperado um erro a cada 10 milhões de pb, mas há enzimas de reparo (revisão do DNA - Sistema de Reparo), que corrige 99,9% dos erros (as falhas que surgem durante esse reparo geram as mutações). Além disso, + 100 genes são envolvidos no reparo e estima-se que 10000 - 1 milhão de pb por célula/dia sejam danificados por: ● Processos químicos espontâneos ● Mutagênicos químicos no ambiente ● Exposição à radiação ● Agentes virais ● Elementos de transposição Mecanismos de Reparo do DNA ● Reparos de excisão da base (REB): retirada de um pareamento errado de um nucleotídeo ○ Etapa 1: corte do DNA (endonuclease) e retirada do nucleotídeo (exonuclease) ○ Etapa 2: ressíntese do DNA (DNA polimerase) ○ Etapa 3: ligação das extremidades (DNA ligases) ● Reparo por excisão de nucleotídeo (REN): remoção de adutos no DNA (distorções da dupla hélice), que são ocasionados por alterações químicas nas bases (raios UV); o seu reparo é do mesmo modo da REB; existem um conjunto de genes que reconhecem esse aduto de DNA (alterações nesses genes causam doenças) OBS! Xeroderma pigmentosa: condição a qual as pessoa não podem tomar sol, pois não há defeito nos genes que têm mecanismo de reparo para remover os adutos de pirimidina ● Reparo de pareamento errôneo (mismatch repair - MMR): ocorre um pareamento errado entre os nucleotídeos, existem várias enzimas que reconhecem e reparam esses erros (erros nessas proteínas causam doenças), como: ○ DNA pol (exonuclease 3’ - 5’): corrige 99,9% do erros, quando não for suficiente utiliza as outras enzimas ○ MSH2 e MSH6 (reconhecem o erro de emparelhamento) ○ MLH1 e PMS2 (liga aos sítios errados e recruta outras proteínas) ○ MSH3 e MSH2 (reconhece estruturas em forma de alças resultantes de indel mais extensa) ○ EXO1 (exonuclease 1) e DNA pol - incisão e remoção ○ DNA ligase Tipos de Mutações e suas consequências As mutações podem ser por mudanças na sequência de DNA, feitas por: ● Substituições de base (mutação pontual) - podem ser de dois tipos ○ Transição: troca de purina por purina ou pirimidina p/ pirimidina ○ Transversão: troca de purina por pirimidina ou vice-versa ● Inserções: inserção de 1 ou mais pb; podem ser feitas inserções de repetições expandidas (CAG várias vezes repetido por ex.) ● Deleções: remoção de 1 ou + pb, podem ser grande ou pequenas. Classificação de acordo com o que ocorre na tradução para essa mutação são: ● Mutações silenciosas (mutação sinônima): substituição de um nucleotídeo que não altera a sequência de aa. ● Mutações de sentido trocado (missense): substituição de um nucleotídeo que altera a sequência de aa. ● Mutações sem sentido (nonsense): substituição de um nucleotídeo, criando um códon de stop, interrompendo o processode tradução. ● Mutações que alteram o processamento do mRNA ● Mudanças na fase de leitura: mutações que alteram o códon de parada E os efeitos na função podem ser ganho ou perda de função. Polimorfismos Se uma mutação que afeta um alelo estiver presente em pelo menos 1% da população, essa variação é considerado um polimorfismo genético; na genética humana, algumas doenças que são causadas por essa alterações (mesmo que tenham frequência na população < que 1%) também são considerados polimorfismos genéticos. Sendo assim, esses polimorfismos são bem mais frequentes que as mutações e eles são usados como marcadores para o diagnóstico pré-natal, alelos deletério, compatibilidade de tecidos, medicina forense, farmacogenética e estudos de predisposição de doenças. Os polimorfismos podem ocorrer da mesma maneira que as mutações (inserção, deleção troca de bases, pareamento errado e etc). Os SNPs (single nucleotide polymorphisms) são polimorfismos a qual ocorre somente a alteração em um nucleotídeo; correspondem de 80 a 90% de variação do DNA, há 15 milhões de lugares no genoma humano onde os SNPs podem ocorrer.
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