Baixe o app para aproveitar ainda mais
Prévia do material em texto
Biotecnologia Microbiana 2 Boletim de Biotecnologia Extremófilos: microrganismos à prova de agressões ambientais extremas Sumário Microrganismos existem capazes de proliferar numa variedade de ambientes caracterizados por extremos de temperatura, salinidade ou valores de pH, que, à primeira vista, inviabilizariam qualquer forma de vida. Esta ideia tradicional de vida deve-se talvez a preconceitos e a limitações impostas pela nossa própria filogenia. De facto, estamos adaptados a um ambiente ameno, tal como a maioria dos seres que conosco co-habita este planeta. Por isso, é surpreendente encontrar vida a temperaturas próximas do ponto de ebulição da água (à pressão normal) ou mesmo a temperaturas superiores a 100ºC, sob pressões mais elevadas. É também admirável que possa existir vida a pH 0 (equivalente a uma solução 0,5 M em ácido sulfúrico), ou a pH 11, ou em soluções saturadas de NaCl, ou que haja organismos que toleram níveis de radiação gama dezenas de milhares de vezes superiores aos que são letais para a maioria dos seres que conhecemos. Estas propriedades notáveis vieram modificar drasticamente o conceito tradicional de ambiente habitável: embora seja impensável encontrar vida numa rocha fundente ou organismos capazes de crescer na ausência total de água, começa a ser razoável supor que haverá microrganismos capazes de habitar certos nichos em outros planetas, tais como Marte ou Europa, até há pouco considerados inóspitos. Este artigo de revisão pretende dar uma visão sumária da diversidade, fisiologia e potencial biotecnológico deste grupo fascinante de organismos, os extremófilos. Introdução A capacidade de adaptação a alterações ambientais é uma das características mais impressionantes da Vida na Terra. A diversidade de ambientes colonizados e a multiplicidade de soluções adaptativas encontrada desafiam a mais fértil imaginação. Habitats terrestres, aparentemente inóspitos, são de facto populados por microrganismos que parecem optimamente adaptados à agrestidade desses ambientes. Desde a aridez e salinidade extremas dos desertos salinos da Etiópia, às frígidas calotes polares da Antártida, aos infernos sulfurosos do sul de Itália, às emanações de lama negra super- aquecida das fossas abissais do Pacífico, ou aos campos fortemente radioactivos de Chernobyl, a Vida subsiste e propaga-se admiravelmente. O termo “extremófilo” foi usado pela primeira vez por MacElroy em 1974, para designar organismos que proliferam em ambientes extremos. A necessidade de definição transfere-se assim para “ambiente extremo”. Os taxonomistas definem ambientes extremos como aqueles Fumarola (Fossa no Oceano Pacífico) Furnas (Açores) Salinas (Califórnia, E.U.A.) Deserto (China) Figura 1. Ambientes extremos. Helena Santos1, Pedro Lamosa1, Milton S. da Costa2 1 Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Universidade Nova de Lisboa, Rua da Quinta Grande, 6, Apt. 127, 2780 Oeiras, Portugal. 2 Departamento de Bioquímica, Universidade de Coimbra, 3000 Coimbra, Portugal. Biotecnologia Microbiana Boletim de Biotecnologia 3 que apresentam diversidade biológica restrita visto que a maioria dos organismos é excluída. Nós preferimos a definição antropocêntrica que considera ambientes “amenos” aqueles que têm temperaturas próximas da ambiente e até 40ºC, valores de pH próximos da neutralidade, conteúdo em sais da ordem do dos oceanos, pressão atmosférica e níveis de radiação semelhantes aos que atingem naturalmente a superfície terrestre. Portanto, zonas geotérmicas ou regiões polares, nascentes ácidas ou alcalinas, lagos com níveis de salinidade próximos da saturação, regiões abissais frias ou zonas bombardeadas artificialmente com níveis elevados de radiação, são ambientes terrestres imediatamente reconhecidos como “extremos” à luz desta definição (Fig. 1). O estudo dos microrganismos provenientes destes ambientes extremos, pode fornecer informação valiosa acerca da origem da Vida na Terra e das suas estratégias adaptativas aos ambientes onde esta prosperou. Alguns extremófilos, especialmente os que proliferam em zonas hipersalinas (halófilos), são conhecidos há mais de seis décadas. No entanto, as descobertas na década de 70 do terceiro ramo da árvore da vida os Archaea , e na década de 80 de organismos hipertermófilos que apresentam temperaturas óptimas de crescimento próximas ou acima do ponto de ebulição da água, veio injectar um novo fõlego nas discussões sobre a origem da vida e a sua existência noutros planetas (Woese et al., 1990;1998). A extremofilia não constitui uma característica filogenética. Embora exemplos de extremofilia ocorram frequentemente em ambos os domínios procariotas (Bacteria e Archaea), os dados disponíveis permitem concluir que os organismos resistentes a extremos de agressão das condições ambientais tendem a pertencer ao Domínio Archaea. Por exemplo, todos os hipertermófilos com temperatura óptima de crescimento superior a 100ºC são arqueões, bem como os outros “recordistas” de extremofilia (os mais halófilos ou os mais acidófilos) que parecem situar-se preferencialmente entre os organismos do domínio Archaea (Fig. 2). Exemplos notáveis são arqueões do género Halobacterium, que se desenvolvem em ambientes salinos saturados (5,2 M NaCl); o arqueão Pyrolobus fumarii apresenta uma temperatura óptima de crescimento de 106oC, continuando a proliferar até ao limite de aproximadamente 115o C, enquanto que os arqueões do género Picrophilus se desenvolvem a pH 0 (Blöchl et al., 1997; Schleper et al., 1995). No entanto, vale a pena salientar que as microalgas do género Dunaliella são praticamente tão halófilas como os arqueões da família Halobacteriaceae e que os organismos conhecidos com maior resistência a radiações, ou melhor adaptados a ambientes alcalinos, pertencem ao domínio Bacteria. Muitas vezes se tem associado a grande resiliência dos arqueões à particularidade filogenética de possuírem lípidos membranares com isoprenóides ligados a glicerol por ligações éter. No entanto, esta conclusão não está suficientemente documentada e não parece plausível. A adaptação de organismos a condições ambientais extremas obrigou-os a desenvolver componentes celulares e estratégias bioquímicas para o efeito. Devido às características “excêntricas” destes microrganismos, os componentes moleculares deles retirados possuem muitas vezes propriedades que os tornam especialmente adequados para utilização em processos industriais. Neste contexto, é hoje geralmente aceite que estes microrganismos constituem um precioso repositório de moléculas de interesse industrial e um excelente recurso para o desenvolvimento de novas aplicações biotecnológicas CYANOBACTERIA Synechococcus PROTEOBACTERIA Hydrogenophilus Halomonas Thiobacillus Polaromonas GRAM-POSITIVAS Alicyclobacillus Bacillus Clostridium Thermus Deinococcus Thermotoga Aquifex SulfolobusDesulfurococcus Aeropyrum Hyperthermus Pyrobaculum Pyrodictium Pyrococcus Methanopyrus Methanothermus HalococcusThermoplasma Algas (Dunaliella) Fungos (Debaryomyces) Animais Dictyoglomus Archaeoglobus Metallosphaera CYTOPHAGALES Rhodothermus Polaribacter Picrophilus Natronococcus BACTERIA EUKARYA ARCHAEA Hipertermófilos Termófilos Halófilos Extremos de pH Psicrófilos Resistentes a radiação Figura 2. Árvore filogenética segundo Woese et al., 1990, com localização de extremófilos. O tipo de extremofilia está identificado com o código de cores indicado. Biotecnologia Microbiana 4 Boletim de Biotecnologia que se espera possam revolucionar o nosso quotidiano e o avanço do conhecimento. De facto, sinais dessa revolução já são patentes; basta notar as consequências da introdução das polimerases de DNA termoestáveis no desenvolvimento e automatização da reacção em cadeia da polimerase (PCR) com tão notável impacto no desenvolvimentos das ferramentas genéticas e no avanço do nosso conhecimento dos fenómenos biológicos. Assim, não são de estranhar as expectativas da comunidade científica e da indústria em relaçãoà investigação de extremófilos e dos produtos deles derivados. Adaptação a ambientes salinos: halófilos Halófilos extremos (arqueões da família Halobacteriaceae ou bactérias da família Haloanaerobiales) acumulam, em geral, iões inorgânicos (K + , Na + , Cl - ) em concentrações elevadas para contrabalançarem a pressão osmótica externa e manterem a integridade celular. Esta forma de osmoadaptação evoluiu concomi- tantemente com modificações estruturais num grande número de componentes celulares. As proteínas destes organismos contêm um excesso considerável de resíduos com carga eléctrica negativa e a actividade catalítica das enzimas depende da presença de sais, características moleculares de adaptação a ambientes com salinidade extrema. A composição de aminoácidos das proteínas é talvez o efeito mais óbvio e notável da elevada concentração salina no citoplasma, mas outros componentes celulares, como os ribossomas, também apresentam modificações. Além disso, a parede celular dos arqueões do género Halobacterium contém glicoproteínas com elevado número de aminoácidos carregados negativamente e que são estabilizadas por interacção com iões sódio do meio exterior. Também as espécies do género Halococcus têm uma parede espessa constituída por um heteropolissacárido sulfurado que é estabilizado por concentrações elevadas de sódio. Estas características das paredes celulares de arqueões extremamente halófilos parecem constituir o único exemplo claro de adaptação da parede celular de arqueões a condições ambientais extremas. Se esta estratégia de acumulação de elevados níveis de sais inorgânicos permite aos halófilos extremos ocupar um nicho ambiental praticamente inacessível aos demais microrganismos, também é um facto que os restringe a esse mesmo nicho, impossibilitando-os de colonizar outras zonas de salinidade mais moderada ou sujeita a grandes alterações. Em contraste, os halófilos moderados utilizam, em geral, estratégias de osmoadaptação mais flexíveis que lhes permitem responder rapidamente a flutuações de salinidade do meio exterior. Neste caso, as estratégias de adaptação passam pela acumulação de solutos compatíveis, compostos orgânicos de baixa massa molecular, quer importados do meio quer sintetizados de novo , e que, mesmo em concentrações elevadas, são inofensivos para a funcionalidade das proteínas e de outros componentes celulares (Fig. 3). Trealose, betaínas, ectoínas, e glicerol são alguns dos solutos compatíveis mais frequentemente associados a estratégias de osmoadaptação em halófilos que proliferam em ambientes com valores moderados de salinidade. No entanto, as microalgas do género Dunaliella usam solutos compatíveis (glicerol) para contrabalançar a pressão osmótica em ambientes extremamente salinos. Esta estratégia não implica a modificação dos componentes celulares como um todo e permite responder com versatilidade a flutuações rápidas da salinidade do meio. A acumulação de solutos, além de conferir uma larga adaptabilidade, apresenta ainda a vantagem de proteger a célula contra agressões moderadas de temperatura. Talvez seja por este conjunto de factores que a acumulação de solutos orgânicos constitui a solução encontrada na grande maioria dos microrganismos conhecidos. Adaptação a temperatura elevada: termófilos e hipertermófilos No contexto de extremofilia, a descoberta contemporânea mais surpreendente foi sem dúvida a dos organismos hipertermófilos por Karl O. Stetter, que obrigou à extensão para cerca de 115ºC do limite superior da gama de temperatura em que células vivas proliferam eficientemente (Blöchl et al., 1997) (Fig. 4). Esta característica notável implica estabilização de todos os HH22OO HH22OO HH22OO A B C Figura 3. Diversas estratégias usadas por microrganismos em resposta a um aumento da salinidade do meio de modo a manter o balanço osmótico. A- Importação de sais inorgânicos para o citoplasma. B- Importação de solutos compatíveis presentes no meio. C- Síntese de novo de solutos compatíveis. Biotecnologia Microbiana Boletim de Biotecnologia 5 componentes celulares de modo a que a sua funcionalidade seja mantida em condições de temperatura que seriam danosas para a maioria das biomoléculas dos organismos mesófilos (Fig. 5). A elucidação das estratégias usadas na estabilização de componentes celulares, e em especial de proteínas, representa um desafio fascinante para a Biofísica actual. Apesar da intensa actividade de investigação desenvolvida nesta área, a questão da estabilização de biomoléculas a temperaturas tão elevadas permanece enigmática. Surpreendentemente, as proteínas de hipertermófilos são constituídas pelos mesmos 20 aminoácidos presentes em todas as outras; estudos comparativos de estruturas primárias de proteínas homólogas isoladas de organismos mesófilos e também de psicrófilos, não revelaram diferenças consistentemente correlacionáveis com diversos graus de termoestabilidade. A dificuldade inerente à resolução desta questão deriva do facto de a energia livre de estabilização correspondente a uma proteína termoestável proveniente de um hipertermófilo diferir muito pouco da de uma proteína homóloga mas proveniente de um mesófilo. De facto, a energia livre de estabilização de uma proteína globular varia entre 5 e 15 kcal mol-1 independentemente dos requisitos em relação à temperatura para crescimento do organismo de que provém (Vieille & Zeikus, 1996). Este valor equivale à formação de um pequeno número de ligações por ponte de hidrogénio, interacções iónicas ou hidrófobas; assim, a solução do problema tem um grau de indeterminação extremamente elevado uma vez que as variações estruturais susceptíveis de produzir esta pequena estabilização adicional poderão ser múltiplas e subtis. O conhecimento actual, baseado em comparações de proteínas com diferentes graus de estabilidade térmica, sugere que a estabilização envolve vários níveis na hierarquia da estrutura de proteínas, nomeadamente secundária, supersecundária, terciária e quaternária (Jaenicke & Böhm, 1998). Apesar desta expectativa pouco animadora e de muitos exemplos em que argumentos de senso comum conduziram a resultados frustrantes, há algumas tentativas com sucesso em que a substituição pontual de resíduos em enzimas conduziu a incrementos notáveis na estabilidade térmica e também na actividade catalítica (Arnold et al., 1999; Giordano et al., 1999). Uma das particularidades interessantes que estes estudos comparativos revelaram foi o desempenho pouco eficiente das enzimas de hipertermófilos quando comparadas com as análogas provenientes de mesófilos ou psicrófilos. Em geral, as actividades catalíticas específicas das enzimas altamente termo-estáveis são inferiores, ou quando muito semelhantes, às das enzimas de mesófilos ou psicrófilos quando determinadas aos valores respectivos de temperatura óptima de funcionamento. A explicação mais frequentemente encontrada é a de que a estrutura de enzimas de hipertermófilos é mais rígida. Do compromisso entre rigidez necessária para estabilidade térmica e flexibilidade requerida para actividade catalítica, resultaria um estado funcional optimizado semelhante ao do das enzimas dos mesófilos à temperatura ambiente (Danson et al., 1996; Gerday et al., 2000; Ladenstein & Antranikian, 1998). Apesar do interesse fundamental e também aplicado deste tópico, os dados disponíveis são ainda escassos e, muito recentemente, resultados de medidas de velocidade de permuta protão/deutério na rubredoxina do hipertermófilo Pyrococcus furiosus parecem questionar a validade da hipótese da maior rigidez das proteínas extremamente termo- estáveis (Hernandez et al., 2000; Jaenicke, 2000). Embora a maioria das proteínas isoladas de hipertermófilos tenha uma estabilidade térmica elevada, há vários exemplos de enzimas intracelulares que in vitro apresentam uma baixa estabilidade à temperatura óptima de crescimento do organismo. Esta observação sugere a presença de factores extrínsecos que contribuam para a estabilização de biomoléculas a T ax ade c re sc im en to ( h- 1 ) Temperatura (oC) 0 0,2 0,4 0,6 0,8 1,0 1,2 95 100 105 110 115 Figura 4. Perfil de crescimento do hipertermófilo Pyrolobus fumarii em função da temperatura. É de notar que o organismo não cresce abaixo de 95 ºC (Blöchl et al., 1997). 40 50 60 70 80 90 100 110 Temperatura (ºC) 0 20 40 60 80 100 A ct iv id ad e (% ) Figura 5. Perfil de actividade de uma enzima intracelular de Pyrococcus horikoshii (sintetase do manosilfosfoglicerato) em função da temperatura. A enzima apresenta actividade máxima entre 90 oC e 100oC (Empadinhas et al., 2001). Biotecnologia Microbiana 6 Boletim de Biotecnologia temperaturas elevadas. Em anos recentes foram isolados e caracterizados vários compostos orgânicos de baixa massa molecular, que se acumulam intracelularmente em resposta a uma elevação da salinidade e/ou da temperatura do meio de cultura em hipertermófilos halófilos ou halotolerantes. Alguns destes compostos (manosilglicerato, fosfato de di-mio-inositol, fosfato de diglicerol) foram detectados apenas em microrganismos termófilos ou hipertermófilos (Fig. 6). Além disso, testes in vitro demonstraram a sua capacidade termoestabilizadora sobre uma variedade de proteínas (Lamosa et al., 2000; Ramos et al., 1997) (Fig. 7). Portanto, é possível que estes compostos participem nas múltiplas estratégias usadas pelos organismos hipertermófilos para contrariar os efeitos adversos da temperatura elevada sobre a integridade das estruturas celulares (Santos & da Costa, 2001). Contrariando as expectativas iniciais, a procura de marcadores de hipertermofilia não tem tido grande sucesso; as características ou componentes apontados a certo tempo como marcadores foram sendo sucessivamente desmentidos, à medida que o volume de dados crescia e se constatava que as características eleitas estavam afinal mais relacionadas com filogenia do que com hipertermofilia ou mesmo extremofilia. O único marcador enzimático que até agora resistiu ao acumular de dados é a girase reversa, encontrada apenas em organismos hipertermófilos e que parece ter uma função importante em conferir estabilidade térmica adicional à dupla hélice do DNA (Bouthier de la Tour et al., 1990). A nível de características metabólicas também não se encontrou correlação credível. Os primeiros hipertermófilos extremos isolados eram estritamente anaeróbios e esta observação conduziu à hipótese de que um metabolismo aeróbio seria incompatível com hipertermofilia extrema devido à baixa solubilidade do oxigénio a 100ºC. No entanto, no início da década de 90 a comunidade científica foi surpreendida pela descoberta de hipertermófilos aeróbios com temperatura óptima de crescimento de 100ºC (Sako et al., 1996). De facto, a solubilidade do oxigénio em água diminui com a elevação da temperatura, mas é necessário ter em conta também o aumento do coeficiente de difusão com a temperatura. Em relação ao metabolismo de açúcares em hipertermófilos os resultados ficaram aquém das expectativas quanto a grandes inovações em vias metabólicas e enzimas. O sistema de transporte para a maltose em Thermococcus litoralis é relativamente semelhante ao de Escherichia coli. No entanto, a afinidade para o substrato é notável: três ordens de grandeza Fosfato de diglicerol OH OHO OH HO O P OHO Fosfato de di-myo-inositol OO P OHO HO OH OH OH HO OH OH OH OH OH Fosfato de di-manosil-di-myo-inositol OH HO OH OH HO O HO OH CH2OH HO O OO P OHO HO OH OH OH O OH CH2OH HO O Manosilglicerato O HO OH CH2OH HO O CH2OH COOH O HO OH CH2OH HO O CH2OH C O NH2 Manosilgliceramida O OO O O OO PP OOC 2,3-Bisfosfoglicerato cíclico Figura 6. Solutos compatíveis essencialmente restritos a arqueões ou bactérias termófilas ou hipertermófilas. Biotecnologia Microbiana Boletim de Biotecnologia 7 superior no organismo hipertermófilo, sendo este o sistema de transporte conhecido com afinidade mais elevada (Horlacher et al., 1998; Xavier et al., 1996). A proposta inicial de Michael Adams sobre a ocorrência em Pyrococcus furiosus de uma via Entner-Doudoroff não fosforilativa (piroglicólise), associada a hipertermofilia, mostrou-se incorrecta (Kengen et al., 1994); este organismo utiliza uma via Embden- Meyerhof em que inesperadamente tanto a hexocinase como a fosfofructocinase usam ADP como doador do grupo fosforilo (Fig. 8). Esta particularidade metabólica só foi até agora encontrada em espécies da ordem Thermococcales, mas as vias glicolíticas de hipertermófilos extremos, nomeadamente pertencentes aos géneros Pyrolobus, Pyrobaculum e Pyrodictium, ainda não foram estudadas (Selig et al., 1997). É provável, no entanto, que a utilização de ADP, em vez de ATP ou de pirofosfato, não esteja relacionada com hipertermofilia. Uma questão talvez tão importante como a das estratégias de estabilização de proteínas e de outras macromoléculas é a da estabilização de coenzimas, nomeadamente de NAD+ que é muito instável a temperaturas próximas de 100ºC. Aliás, a instabilidade térmica de algumas biomoléculas essenciais serve de base a um dos argumentos usados pelos opositores à teoria que defende que a Vida teve origem a temperaturas elevadas (Forterre & Philippe, 1999). Nas espécies examinadas da ordem Thermococcales, gliceraldeído-3-fosfato é convertido num único passo em 3-fosfo- glicerato, sendo uma ferredoxina (e não NAD+) o aceitador de electrões. Poderia pensar-se que esta é uma estratégia para evitar a utilização de uma coenzima instável em hipertermófilos. No entanto, em Thermoproteus tenax (temperatura óptima 90ºC), NAD+ é usado como coenzima nesta mesma reacção, e Pyrobaculum aerophilum (temperatura óptima 100ºC) contém quantidades elevadas de desidrogenase de glutamato dependente de NAD+. Provavelmente existem estratégias específicas para estabilizar esta e outras coenzimas. Opções concebíveis são: reciclagem rápida das coenzimas, direccionamento metabólico, factores estabilizadores extrínsecos, ou elevada eficiência catalítica das enzimas relevantes. O avanço no conhecimento AMP ADP AMP ADP Gliceraldeído-3-P: ferredoxina oxidorredutase Ferredoxinaox Ferredoxinared Gliceraldeído-3-P 3-P-Glicerato Fosfofrutocinase DHA-P Glucose Piruvato Gliceraldeído -3-P NADH + H+ Pi + NAD+ 3-P-Glicerato 1,3-bP-Glicerato ATP ADP Frutose-1,6-bP Frutose-6-P Glucose-6-P ADP ATP ADP ATP Hexocinase Gliceraldeído-3-P desidrogenase Fosfoglicerato cinase Via Embden-Meyerhof convencional Via Embden-Meyerhof modificada Glucose Glucose-6-P Frutose-6-P DHA-P Frutose-1,6-bP Piruvato Figura 8. Vias metabólicas para a glicólise. A via Embden-Meyerhof modificada foi encontrada em arqueões hipertermófilos pertencentes à ordem Thermococcales (géneros Thermococcus e Pyrococcus). As reacções diferentes estão indicadas a vermelho. Sem adições K-Mannosilglicerato (500 mM) 6240 50 55 0 20 40 60 80 100 120 45 Temperatura (°C) % d e a ct iv id ad e r es id ua l O HO OH CH 2 OH HO O CH2OH COOH A Sem adições Fosfato de diglicerol (100 mM) 0 100 200 300 400 RdDd rRdCp rRdDg t 1 /2 (m in ) OH OHO OH HO O P OHO B Figura 7. Efeito estabilizador de hipersolutos em proteínas. A- As barras representam os valores de actividade residual determinados numa solução de desidrogenase do lactato de coelho após tratamento durante 10 minutos às temperaturas indicadas, na ausência ou presença de manosilglicerato (Ramos et al., 1997). B- As barras indicam os tempos de meia-vida para a desnaturação térmica a 90oC, na presença ou ausência de fosfato de diglicerol, de três rubredoxinas: RdDd- extraída de Desulfovibrio desulfuricans, rRdCp- rubredoxina recombinante de Clostridium pasteurianum , rRdDg- rubredoxina recombinante de Desulfovibrio gigas (Lamosa et al., 2001). Biotecnologia Microbiana 8 Boletim de Biotecnologia relativamente a este tópico requer a disponibilidade de um maior número de dados experimentais. A acessibilidade cada vez maior a sequências completasde genomas de hipertermófilos faz prever um progresso considerável no conhecimento da fisiologia destes organismos nos próximos dez anos. A importância e o interesse desta área de investigação denota-se, por exemplo, no detalhe de todos os arqueões com sequenciação do genoma finalizada ou em curso serem termófilos ou hipertermófilos: Methanococcus jannaschii, Metha- nobacterium thermoautotrophicum, Archaeoglobus fulgidus, Pyrococcus horikoshii, Pyrococcus abyssi, Pyrococcus furiosus, Aeropyrum pernix, Pyrobaculum aerophilum e Sulfolobus solfataricus. As questões levantadas pela ocorrência de organismos extremófilos, que não hipertermófilos não são menos interessantes; no entanto o nível de conhecimento é, em geral, mais limitado. Adaptação a extremos de pH: acidófilos e alcalófilos Os organismos acidófilos e os alcalófilos preferem ambientes com valores de pH extremos, até cerca de 0 e 11,5, respectivamente, e são incapazes de proliferar em meios com valores de pH próximos da neutralidade. Estes organismos suscitam questões interessantes, especialmente no que respeita à bioenergética e aos mecanismos que lhes permitem manter tão elevados gradientes protónicos transmembranares. De facto, mostrou-se que o pH intracelular dos acidófilos varia entre aproximadamente 5 e 7 e o dos alcalófilos entre 7 e 9. Portanto, os componentes intracelulares, tais como proteínas, não necessitam de estratégias específicas de adaptação pois encontram-se num ambiente que, em relação a pH, não difere substancialmente do do citoplasma dos neutrófilos. Mas uma questão que surge imediatamente é a seguinte: como é conseguida a homeostase de pH nestes organismos? Nos alcalófilos respiratórios, existe ainda o enigma fundamental da síntese de ATP numa situação em que existe um elevado gradiente transmembranar de protões com uma orientação inversa da que é quimiosmoticamente produtiva. Estudos sobre a bioenergética de alcalófilos foram feitos de modo sistemático em espécies de Bacillus firmus. A ATP sintase dos organismos alcalófilos examinados utiliza um gradiente de protões e não de sódio, como foi inicialmente sugerido. No entanto, a homeostase de pH depende da presença de ião sódio, através de antiportes electrogénicos Na+/H+ em que protões são importados para o interior da célula em troca de iões sódio exportados para o meio. O sódio reentra na célula por acção de sistemas de simporte Na+/solutos. Este ciclo do sódio tem sido proposto como estratégia para manter a homeostase de pH em vários alcalófilos (Matin, 1999; Skulachev, 1999). Existem, no entanto, muitas questões em aberto nomeadamente no que respeita aos mecanismos de oxidação fosforilativa a partir de valores tão baixos determinados para ∆p. Neste contexto, uma das hipóteses avançadas sem demonstração, propõe que os protões poderiam ser direccionados desde os complexos respiratórios até à ATP sintase, por movimento rápido ao longo da superfície de proteínas e lípidos membranares, sem oportunidade de estabelecimento de equilíbrio com o meio circundante. Além disso, tem sido sugerido que o pH local junto à superfície externa da membrana plasmática poderia ser inferior ao do meio devido à presença de uma matriz de componentes acídicos. Nos acidófilos, a questão vital é a da manutenção do pH intracelular em valores próximos da neutralidade quando a diferença entre o pH exterior e o interior pode atingir 4-5 unidades de pH. Estes organismos têm a capacidade de exportar protões contra uma barreira termodinâmica extremamente desfavorável, para além de necessitarem de sistemas transportadores capazes de resistir a condições fortemente acídicas. Microrganismos radiorresistentes Os microrganismos resistentes a radiações, principalmente as bactérias dos géneros Deinococcus e Rubrobacter, têm uma capacidade notável de adaptação a ambientes com doses elevadas de radiações gama ou ultravioleta (Ferreira et al., 1999). O desenvolvimento desta capacidade que lhes permite sobreviver, sem perda de viabilidade, a doses elevadas de radiação gama (até 5 a 8 kGy) é verdadeiramente intrigante já que não existem ambientes naturais à superfície da Terra com níveis de radiação ionizante superiores a 200 mGy/ano. A sequenciação do genoma de D. radiodurans veio reforçar resultados anteriores que apontavam para a existência de extensiva duplicação de informação genética entre os dois cromossomas e o megaplasmídeo constituintes do genoma, podendo esta ser uma característica de adaptação às agressões causadas por radiações (Battista et al., 1999). Além disso, estes organismos apresentam mecanismos reparadores de DNA extremamente eficientes. Curiosamente, esta mesma característica permite-lhes sobreviver em condições de secura extrema ou agressão oxidativa, que induzem fragmentação de DNA, letal para a maioria dos microrganismos. Interessante também foi a descoberta recente de que arqueões hipertermófilos têm uma capacidade invulgar para reparar danos causados no DNA por radiações ionizantes. Portanto, é possível que o desenvolvimento de mecanismos de reparação de DNA eficientes constitua uma Biotecnologia Microbiana Boletim de Biotecnologia 9 característica de adaptação comum a diversos tipos de agressão ambiental. Aplicações biotecnológicas As condições extremamentes agrestes que caracterizam os ambientes donde são isolados os extremófilos desencadearam uma curiosidade enorme da parte da comunidade científica no conhecimento da fisiologia destes organismos. No entanto, a grande força impulsionadora destes estudos foi o potencial biotecnológico de produtos provenientes destes organismos, principalmente enzimas (Soberon, 1999). Uma vez que muitos processos industriais decorrem a temperatura elevada, existe desde há muito uma pressão comercial para o desenvolvimento de biocatalizadores termoestáveis. A título de exemplo, podemos referir os casos de amilases e pululanases de hipertermófilos que são utilizadas na produção de xaropes a partir de amido, ou de xilanases termoestáveis usadas na indústria de pasta de papel. No entanto, a lista de enzimas de origem hipertermófila utilizada em processos industriais já se tornou tão extensa que a sua descrição exaustiva se tornaria fastidiosa (Hough & Danson, 1999; Niehaus et al., 1999). As vantagens de utilizar enzimas ou células hipertermófilas em processos a alta temperatura podem compreender vários factores como a esterilização dos reactores, o aumento da solubilidade de reagentes e produtos, ou a diminuição da viscosidade do meio, acelerando a difusão das espécies dissolvidas e por isso acelerando as reacções. Outras vantagens podem advir do próprio processo de produção ou extracção do produto. É este o caso de um processo recentemente descrito de produção de etanol a 75o C a partir de resíduos de hemicelulose provenientes de material de baixo custo. A elevada eficiência deste processo é devida ao facto de que à temperatura em que a fermentação é conduzida, o etanol poder ser continuamente removido por uma corrente de vapor do meio de cultura, evitando assim o envenenamento das células antes de concluída a reacção. Este tipo de estratégia fermentativa presta-se ainda ao desenvolvimento de processos contínuos mais competitivos. Os organismos que proliferam em lagos fortemente alcalinos têm actualmente um fortíssimo impacto na indústria dos detergentes (Horikoshi, 1999). As enzimas utilizadas como aditivos a detergentes constituem hoje cerca de 25% do mercado enzimático. As enzimas mais utilizadas são proteases, celulases e lipases provenientes de alcalófilos representando um valor que ascende a mais de 40 milhões de contos por ano. Outras áreas de aplicação são a bioremediação de solos, o tratamento de efluentes, a desulfurização de pneus ou a extracção de metais. Actualmente, 10% do cobre extraído em todo o mundo é feito a partir de minério de pirite (com níveis elevados de FeS2) utilizando o acidófilo Thiobacillus ferroxidans. Mas, sem dúvida, a descoberta com maior impacto científico foi a das polimerases de DNA termoestáveis(isoladas de Thermus aquaticus, Pyrococcus furiosus, Thermococcus litoralis) que foram essenciais para o desenvolvimento e automatização de reacções em cadeia catalisadas por polimerases, ferramenta essencial ao avanço da engenharia genética e do conhecimento da fisiologia celular. Considerações finais A contribuição prática mais significativa dos extremófilos para a biotecnologia é sem dúvida a vasta colecção de “extremozimas” actualmente disponíveis no mercado. Estas enzimas provam cada vez mais a sua capacidade para alargar o espectro de condições em que é possível a utilização de biocatalizadores em processos industriais. À medida que vamos compreendendo melhor a fisiologia, enzimologia e bioquímica destes organismos e avançando no conhecimento dos mecanismos utilizados para proteger as suas estruturas celulares, é de prever que se desenvolvam protocolos para produzir “extremo-moléculas” ou adaptar as existentes às nossas exigências específicas, tornando os processos biotecnológicos mais rentáveis. A sua aplicação nas indústrias farmacêutica, alimentar, têxtil, de detergentes, de petróleo e mineira é hoje uma realidade que nos permite imaginar a miríade de aplicações ainda por explorar. Referências Bibliográficas Arnold F. H., Giver L., Gershenson A., Zhao H., Miyazaki K. 1999. Directed evolution of mesophilic enzymes into their thermophilic counterparts. Ann N Y Acad Sci 870:400-3. Battista J. R., Earl A. M., Park, M. J. 1999. Why is Deinococcus radiodurans so resistant to ionizing radiation? Trends Microbiol 7:362-365.. Blöchl E., Rachel R., Burggraf S., Hafenbradl D., Jannasch H. W., Stetter K. O. 1997. Pyrolobus fumarii , gen. and sp. nov., represents a novel group of archaea, extending the upper temperature limit for life to 113ºC. Extremophiles 1:14-21. Bouthier de la Tour C., Portemer C., Nadal M., Stetter K. O., Forterre P., Duguet M. 1990. Reverse gyrase, a hallmark of the hyperthermophilic archaebacteria. J Bacteriol 172:6803-8. Danson M. J., Hough D. W., Russell R. J., Taylor G. L., Pearl L. 1996. Enzyme thermostability and thermoactivity. Protein Eng 9:629-30. Empadinhas N., Marugg J., da Costa M. S., Santos, H. 2001. Pathway for the synthesis of mannosylglycerate in Pyrococcus horikoshii: characterization of the recombinant key-enzymes. Submetido. Ferreira A. C., Nobre M. F., Moore E., Rainey F. A., Battista J. R., da Costa M. S. 1999. Characterization and radiation resistance of new isolates of Rubrobacter radiotolerans and Rubrobacter xylanophilus. Extremophiles 3:235-238. Biotecnologia Microbiana 10 Boletim de Biotecnologia Forterre P., Philippe H. 1999. Where is the root of the universal tree of life? Bioessays 21:871-9. Gerday C., Aittaleb M., Bentahir M., Chessa J. P., Claverie P., Collins T., D'Amico S., Dumont J., Garsoux G., Georlette D., Hoyoux A., Lonhienne T., Meuwis M. A., Feller G. 2000. Cold- adapted enzymes: from fundamentals to biotechnology. Trends Biotechnol 18:103-7. Giordano A., Cannio R., La Cara F., Bartolucci S., Rossi M., Raia C.A. 1999. Asn249Tyr substitution at the coenzyme binding domain activates Sulfolobus solfataricus alcohol dehydrogenase and increases its thermal stability. Biochemistry 38:3043-54. Hernandez G., Jenney F. E. Jr., Adams M. W., LeMaster D. M. 2000. Millisecond time scale conformational flexibility in a hyperthermophile protein at ambient temperature. Proc Natl Acad Sci USA 97:3166-70. Horikoshi K. 1999. Alkaliphiles: some applications of their products for biotechnology. Microbiol Mol Biol Rev 63:735-50. Horlacher R., Xavier K. B., Santos H., DiRuggiero J., Kossmann M., Boos W. 1998. Archaeal binding protein- dependent ABC transporter: molecular and biochemical analysis of the trehalose/maltose transport system of the hyperthermophilic archaeon Thermococcus litoralis. J Bacteriol 180:680-9. Hough D. W., Danson M. J. 1999. Extremozymes. Curr Opin Chem Biol 3:39-46. Jaenicke R. 2000. Do ultrastable proteins from hyperthermophiles have high or low conformational rigidity? Proc Natl Acad Sci U S A . 97:2962-4. Jaenicke R., Böhm G. 1998. The stability of proteins in extreme environments. Curr Opin Struc Biol 8:738-48. Kengen S. W., de Bok F. A., van Loo N. D., Dijkema C., Stams A. J., de Vos W. M. 1994. Evidence for the operation of a novel Embden-Meyerhof pathway that involves ADP-dependent kinases during sugar fermentation by Pyrococcus furiosus. J Biol Chem 269:17537-41. Ladenstein R., Antranikian G. 1998. Proteins from hyperthermophiles: stability and enzymatic catalysis close to the boiling point of water. Adv Biochem Eng Biotechnol 61:37-85. Lamosa P., Burke A., Peist R., Huber R., Liu M.Y., Silva G., Rodrigues-Pousada C., LeGall J., Maycock C., Santos H. 2000. Thermostabilization of proteins by diglycerol phosphate, a new compatible solute from the hyperthermophile Archaeoglobus fulgidus. Appl Environ Microbiol 66:1974-9. Matin A. 1999. pH homeostasis in acidophiles. Novartis Found Symp 221:152-63. Niehaus F., Bertoldo C., Kahler M., Antranikian G. 1999. Extremophiles as a source of novel enzymes for industrial application. Appl Microbiol Biotechnol 51:711-29. Ramos A., Raven N. D. H., Sharp R. J., Bartolucci S., Rossi M., Cannio R., Lebbink J., van der Oost J., de Vos W. M., Santos H. 1997. Stabilization of enzymes against thermal stress and freeze-drying by mannosylglycerate. Appl Environ Microbiol 63:4020-4025. Sako Y., Nomura N., Uchida A., Ishida Y., Morii H., Koga Y., Hoaki T., Maruyama T. 1996. Aeropyrum pernix gen. nov., sp. nov., a novel aerobic hyperthermophilic archaeon growing at temperatures up to 100ºC. Int J Syst Bacteriol 46:1070-7. Santos H., da Costa M. S. 2001. Unusual solutes from thermophiles and hyperthermophiles. Meth Enzymol 334: Part C, 302-315. Schleper C., Puehler G., Holz I., Gambacorta A., Janekovic D., Santarius U., Klenk P., Zillig W. 1995. Picrophilus gen. nov., fam. nov.: a novel aerobic, heterotrophic, thermoacidophilic genus and family comprising archaea capable of growth around pH 0. J Bacteriol 177:7050-9. Selig M., Xavier K. B., Santos H., Schönheit P. 1997. Comparative analysis of Embden-Meyerhof and Entner- Doudoroff glycolytic pathways in hyperthermophilic archaea and the bacterium Thermotoga. Arch Microbiol 167:217-32. Skulachev V. P. 1999. Bacterial energetics at high pH: what happens to the H+ cycle when the extracellular H+ concentration decreases? Novartis Found Symp 221:200- 13. Soberon X. 1999. Enzymes directly evolving toward commercial applications. Nat Biotechnol 17:539-40. Vieille C., Zeikus J. G. 1996. Thermozymes: identifying molecular determinants of protein structure and functional stability. Tibtech 14:183-9. Woese C. R. 1998. The universal ancestor. Proc Natl Acad Sci USA 95:6854-9. Woese C. R., Kandler O., Wheelis M. L. 1990. Towards a natural system of organisms. Proposal for the domains Archaea , Bacteria, and Eucarya . Proc Natl Acad Sci USA 87:4576-4579. Xavier K. B., Martins L. O., Peist R., Kossmann M., Boos W., Santos H. 1996. High-affinity maltose/trehalose transport system in the hyperthermophilic archaeon Thermococcus litoralis. J Bacteriol 178:4773-7.
Compartilhar