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São aqueles que não possuem a capacidade de doar ou receber prótons, não participam de ligações iônicas e não formam ligações de hidrogênio. Por serem hidrofóbicos, em solução aquosa as cadeias laterais se agrupam no interior da proteína. Já no interior de uma membrana plasmática, permanecem na superfície da membrana, interagindo com o meio lipídico. Dentre os aminoácidos apolares e alifáticos há um em especial, a prolina. Com uma cadeia lateral cíclica, este aminoácido forma um tipo de anel no qual a extremidade da cadeia se une ao início da estrutura, formando um grupo imino ao invés de amina. Esta conformação o torna rígido, reduzindo a flexibilidade de proteínas que contêm esta molécula aminoácidos apolaresaminoácidos apolares e alifáticose alifáticos farmablogueira
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