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Transcrição e Processamento do RNA – Genética I @bomdialaura Transcrição e Processamento do RNA • Está codificada a informação que especifica cada um dos produtos gênicos que o organismo consegue fazer; • Também contém informação que especifica quando, como e onde grande parte do produto é produzido → informação estática; • Para a informação ser utilizada é necessária a síntese de uma molécula intermediária, que é uma cópia de um gene distinto com o uso da sequência do DNA como via: RNA → transcrição; • O RNA é produzido por meio de um processo que copia a sequência de nucleotídeos do DNA; • A síntese do RNA é denominada transcrição. Diz-se que o DNA é transcrito em RNA, e o RNA é denominado transcrito; • No RNA a pentose é a ribose = açúcar; • No RNA, a uracila substitui a timina → pirimidinas; • O RNA é linear; • A função do DNA e do RNA durante a transcrição tem por base dois princípios: ֍ A complementaridade de bases é responsável pela determinação da sequência do transcrito de RNA na transcrição. Por meio do pareamento das bases complementares, a informação codificada no DNA passa para o RNA, e os complexos proteicos associados aos ncRNA são guiados até regiões específicas no RNA para regular a sua expressão; ֍ Determinadas proteínas reconhecem sequências de bases específicas no DNA e no RNA. Essas proteínas de ligação a ácidos nucleicos se ligam a essas sequências e atuam nelas; • Propriedades do RNA: ֍ Presença do açúcar ribose; ֍ Cadeira unifilamentar de nucleotídeos → mais flexível, forma uma variedade maior de formas moleculares tridimensionais; ֍ Bases adenina, guanina, citosina e uracila; ֍ Pode catalisar reações enzimáticas. A denominação ribozima foi cunhada para as moléculas de RNA que atuam como enzimas proteicas; • Processos de transferência de informação: Expressão gênica em procariotos e eucariotos Transcrição e Processamento do RNA – Genética I @bomdialaura • Nos organismos procariotos, quando o cromossomo é copiado/transcrito, o RNA entra em contato com as máquinas das células que produzem as proteínas → ribossomos; • Nos eucariotos, o processo de replicação e transcrição vai ocorrer dentro do núcleo da célula. Antes de passar a informação do RNA para o citoplasma onde será feita a tradução, haverá um processamento; Classes de RNA • RNAs informacionais: intermediários no processo de decodificar genes em cadeias proteicas; ֍ mRNA: RNA mensageiro → em relação à vasta maioria dos genes, o transcrito de RNA é apenas um intermediário necessário para a síntese de uma proteína, que é o produto funcional final que influencia o fenótipo; • RNAs funcionais: nunca são traduzidos em polipepitídeos → são o produto funcional final; ֍ tRNA: RNA transportador → são responsáveis por transportar o aminoácido correto até o mRNA no processo de tradução; ֍ rRNAs (RNA ribossomal) + diversas proteínas = ribossomos → são os principais componentes dos ribossomos, que são • • • grandes máquinas macromoleculares que guiam a montagem da cadeia de aminoácidos pelos mRNA e tRNA; o “máquinas” de síntese de proteínas; ֍ snRNAs: pequenos RNAs nucleares → são parte de um sistema que processa adicionalmente os transcritos de RNA nas células eucariotas. Alguns snRNA se unem a diversas subunidades proteicas para formar o complexo ribonucleoproteico de processamento (o spliceossomo) que remove os íntrons dos mRNA eucariótico; o recomposição (splicing) de transcritos primários no núcleo; ֍ scRNAs: pequenos RNAs citoplasmáticos; o dirigem o tráfego de proteínas dentro das células; o “endereçamento”; ֍ RNAi: RNA de interferência; Funcionamento do DNA e RNA 1- Bases complementares → pontes de hidrogênio → formam estruturas bifilamentares; 2- Reconhecimento de sequencias de bases uni ou bifilamentares por proteínas especificas de ligação a ácidos nucleicos; Visão geral: o DNA como modelo da transcrição • Depende do pareamento complementar de bases; 1- Os dois filamentos da dupla-hélice de DNA são separados localmente e um dos filamentos separados atua como molde para a síntese de RNA. No cromossomo em geral, ambos os filamentos de DNA são utilizados como moldes, mas, em qualquer gene, apenas um filamento é utilizado e, naquele gene, é sempre o mesmo filamento, com início na extremidade 3′ do gene-molde; 2- Os ribonucleotídios que foram sintetizados quimicamente em outro local na célula formam pares estáveis com suas bases complementares no molde. O ribonucleotídio A pareia com T no DNA, G com C, C com G e U com A. Cada ribonucleotídio é posicionado oposto à sua base complementar pela enzima RNA polimerase → liga ao DNA e se movimenta ao longo dele, ligando os ribonucleotídios alinhados para produzir uma molécula crescente de RNA; • Durante a síntese, o crescimento do RNA é sempre no sentido 5′ para 3′ → o filamento-molde deve estar orientado de 3′ para 5; Transcrição e Processamento do RNA – Genética I @bomdialaura • À medida que a molécula de RNA polimerase se movimenta ao longo do gene, ela desenrola a duplahélice de DNA à sua frente e enrola novamente o DNA que já foi transcrito; • Conforme a molécula de RNA é progressivamente alongada, a extremidade 5′ do RNA é deslocada do molde e a bolha de transcrição se fecha atrás da polimerase; A transcrição é assimétrica • Ocorre em apenas um dos filamentos do DNA; • Não necessariamente o mesmo ao longo de todo o cromossomo; • Filamento molde → forma o transcrito; • O gene 1 é transcrito a partir do filamento inferior. A RNA polimerase migra para a esquerda, lendo o filamento- molde no sentido 3′ para 5′ e sintetizando RNA no sentido 5′ para 3′. O gene 2 é transcrito no sentido oposto, para a direita, tendo em vista que o filamento superior é o molde. Na medida em que a transcrição prossegue, a extremidade 5′ do RNA é deslocada do molde conforme a bolha de transcrição se fecha atrás da polimerase. • Na medida em que o gene 1 é transcrito, o grupo fosfato na extremidade 5′ do ribonucleotídio (U) que entra liga-se à extremidade 3′ da cadeia de RNA em crescimento. S = Açúcar. Síntese dos RNAs • Procariotos (na maioria deles): ֍ RNA Pol: sintetiza todos os tipos de RNAs; • Eucariotos: ֍ RNA Polimerase I: sintetiza rRNAs; ֍ RNA Polimerase II: sintetiza mRNAs; ֍ RNA Polimerase III: sintetiza tRNAs, snRNAs, scRNAs; Atuação da RNA Polimerase • Crescimento do RNA: 5’→3’; ֍ Os nucleotídeos são sempre adicionados na ponta crescente 3’; • Requer molde; ֍ O molde deve estar 3’→5’; • Não requer iniciador; Transcrição e Processamento do RNA – Genética I @bomdialaura ֍ Reconhece uma sequência promotora no início do gene; A maquinaria de transcrição em eucariotos • RNA polimerase II (>10 sub-unidades) + ֍ Fatores de transcrição basais; ֍ Ativadores e inibidores da transcrição; Início da Transcrição • Molécula iniciadora: ATG; • Frequência de bases: • Promotores eucarióticos: ֍ TATA box → é o sítio do primeiro evento na transcrição: a ligação da proteína de ligação a TATA; ֍ GC box; ֍ Elementos regulatórios; ֍ Enhancers; • Cascatas de sinalização e ativação/repressão da transcrição em eucariotos: Transcrição e Processamento do RNA – Genética I @bomdialaura • Iniciação em procariotos: ֍ A RNA polimerase normalmente se liga a uma sequência de DNA específica, denominada promotor, localizada próximo do início da região transcrita; ֍ Tendo em vista que o promotor deve estar próximo da extremidade do gene na qual a transcrição tem início, diz-se que ele está na extremidade 5′ do gene; portanto, a região promotora também é denominada região reguladora 5′ ֍ A primeira base transcrita está sempre na mesma localização, designada sítio de iniciação. É feita referência ao promotor como upstream do sítiode iniciação → sinal positivo; ֍ Sítio downstream estaria localizado posteriormente no sentido da transcrição → sinal negativo; ֍ A RNA polimerase bacteriana que procura no DNA uma sequência promotora é denominada holoenzima RNA polimerase → composto pelas cinco subunidades do cerne da enzima (duas subunidades α, uma β, uma β′ e uma ω), mais uma subunidade denominada fator sigma (σ).; Etapas da transcrição do mRNA • Em procariotos: ֍ Reconhecimento do promotor; ֍ Iniciação; ֍ Elongação; ֍ Terminação; ֍ Nos procariotos o mRNA formado (transcrito primário) é utilizado diretamente no processo de síntese de polipepitídeos; • Em eucariotos: ֍ Reconhecimento do promotor; ֍ Iniciação; ֍ Elongação; ֍ Terminalção; ֍ Processamento do pré-mRNA; • Processamento do mRNA eucariótico: ֍ Adição do CAP no 5’; ֍ Retirada dos introns; ֍ Adição da cauda poli A no 3’; Passos 1- Início; ֍ Complexo promotor fechado; ֍ Complexo promotor aberto; ֍ A RNA polimerase I transcreve os genes de rRNA (excluindo o rRNA 5S); ֍ A RNA polimerase II transcreve todos os genes codificadores de proteínas, em relação aos quais o transcrito final é o mRNA, e transcreve alguns snRNA; ֍ A RNA polimerase III transcreve os pequenos genes de RNA funcional (tais como os genes para tRNA, alguns snRNA e o rRNA 5S); ֍ A transcrição tem início em procariotos quando a subunidade σ da holoenzima RNA polimerase reconhece as regiões —10 e —35 no promotor de um gene; ֍ Os GTF e o cerne da RNA polimerase II constituem o complexo de pré-iniciação (PIC); Transcrição e Processamento do RNA – Genética I @bomdialaura • Fatores de transcrição: ֍ Fatores = TFII (transcription fator for polimerase II); o Posicionam a RNA polimerase corretamente no promotor; o Auxilia a separação das fitas de DNA; o Permitem a liberação da RNA Pol do promotor quando a transcrição inicia; ֍ TFIID: associa ao TATA; ֍ TFIID = TBP (TATA binding protein): quando liga ao DNA provoca distorção que marca a localização de um promotor ativo; ֍ TFIIH: contém DNA helicase e proteína quinase (fosforila a cauda da RNA pol); • A fosforilação da RNA pol II determina mudanças na associação da maqiuinaria de processamento; ֍ O domínio C-terminal (CTD) da RNA pol II: ֍ Essa cauda carboxílica CTD: coordena eventos do processamento do RNA; 2- Alongamento: ֍ Trifosfatos de nucleosídeos (NTPs) na presença de Mg2+ → substrato para a enzima; ֍ Energia: quebra do trifosfato → PPi; 3- Término: Transcrição e Processamento do RNA – Genética I @bomdialaura ֍ Formação da alça em grampo → sinal para a liberação de RNA Pol o Sinal para a liberação de RNA Pol; o Término direto: 40pb → techo rico em CG e fileira de 6 ou mais Adenosinas (As); • Processamento co-transicional do pré-mRNA: • Adição de CAP → por Guaniltransferase: ligação reversa: de 5’ para 5’; ֍ CAP: 7-MetilGuanosina ligada à ponta do transcrito por uma ligação trifosfato; ֍ Funções do CAP: o Reconhecimento do mRNA por proteínas envolvidas na tradução; o Proteção contra degradação por endonucleases; • Retirada dos introns (splicing); ֍ Catalisa as reações de transesterificação; ֍ Spliceossomo – complexo de RNAs associado a proteínas snRNPs: U1, U2, U4, U5, U6; ֍ Ribonucleoproteínas nucleares → reconhecimento de sítios de splicing nas extremidades 5’ e 3’ nos limites exon-intron; • Splicing → complexa maquinaria catalisadora; Transcrição e Processamento do RNA – Genética I @bomdialaura ֍ Duas reações sequenciais de transesterificação (transferência de fosforil); • Participação dos snRNP na reação de splicinng: ֍ Interações de snRNAs com pontos de corte;
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