BIOLOGIA MOLECULAR 2 TRABALHO

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1.Denomina-se de transcrição o processo no qual uma molécula de RNA é formada utilizando-se como base....?
Uma fita de uma molécula de DNA, chamada também de fita molde.
2.Sabe-se que o emparelhamento dos ribonucleotídeos obedece a algumas regras e que as bases nitrogenadas de uma molécula de RNA obedecem à sequência determinada pelo DNA. Baseando-se nisso, indique a sequência de bases de um RNA formado a partir do seguinte molde de DNA: TCGTA.
AGCAU
3.O DNA diferencia-se do RNA pelo seu açúcar e por suas bases nitrogenadas. Em que se encontra uma base nitrogenada que não está presente em uma molécula de RNA?
A base nitrogenada Timina
4.Os avanços nas tecnologias de DNA vêm causando um grande impacto no campo da ciência forense. A análise de DNA tem sido uma poderosa ferramenta para a identificação humana e para as investigações criminais, muito em função do desenvolvimento de testes com uma boa sensibilidade e um alto poder de discriminação. Entre eles, inclui-se a técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR) capaz de realizar a detecção rápida de marcadores moleculares. Explique as 3 etapas desta técnica.
Desnaturação: Nesta primeira fase da PCR ,já com o DNA genômico e a sequência que será amplificada, o manipulador deve pôr a mistura em um aparelho chamado termociclador. Esse aparelho vai promover variações de temperatura específicas na solução tampão em que se encontra o DNA e a mistura. Essa instabilidade na temperatura ajuda a transformar as fitas de DNA em uma única estrutura, em caráter desnaturado. O aquecimento vem primeiro, a elevação da temperatura entre 94º e 96º , onde evidencia a quebra das pontes de hidrogênio, sendo assim, a dupla fita do DNA genômico é aberta , tornando-se uma fita única.Depois vem o resfriamento, com o termociclador apresentando uma temperatura de 50°. E aí entra a fase de anelamento.
Anelamento: Após a separação das fitas por desnaturação, na etapa anterior, um par de primes complementa uma fita oposta da sequência de DNA a ser amplificada. Das etapas da PCR, o anelamento é a que vai ocorrer a união das fitas de DNA (primers) em cada lado complementar.  A partir daí, o trabalho de amplificação começa, uma vez que o molde da nova molécula cresce por conta da combinação dessas complementações. O anelamento ocorre durante o resfriamento no termociclador e, após esse período, o aparelho volta a se aquecer para que a polimerase atue na composição. O primer se liga em uma melhor temperatura sendo o ideal a 55° até 68°.
Extensão: Já com um molde, a enzima DNA-polimerase termoestável (Taq), sempre no sentido 5’ para 3’, adiciona bases complementares formando uma nova fita e então tem-se novamente a duplicação da fita de DNA. Para a polimerase conseguir adicionar nucleotídeos necessita está a uma temperatura de 72°.
Para se chegar a uma amplificação com nível considerável, são necessárias várias repetições desse processo, com até 30 ciclos refeitos para que a nova molécula se estruture corretamente.
Como cada etapa da reação ocorre em uma temperatura específica, a reação pode ser controlada. É utilizado um termociclador para determinar a temperatura e o tempo de cada etapa, bem como o número de ciclos de replicação.
A detecção do produto de amplificação normalmente é feita em eletroforese em gel de agarose, que é corado com brometo de etídio, permitindo a visualização direta do DNA pesquisado. Hoje, existem termocicladores que, além de amplificar o DNA, permitem a sua detecção – chamada PCR em tempo real (qPCR).
Amostra 1 a gente chama de peso molecular, é como se fosse um controle de DNA. Sendo assim, as amostra 2, 3 e 6 possuem o material genético (DNA), pois eh possível perceber que foi corrido no gel. Amostras 4, 5 e 7 são amostras negativas, não possuem nenhum peso de DNA. Quanto mais acima as amostras positivas apresentam florescência, significa que há uma grande quantidade de DNA e ele vai se espalhando para a menor quantidade. Por isso o peso molecular serve de modelo para sugerir a quantidade de DNA a ser corrido no gel
Identificamos que na amostra de numero 1 há um peso molecular e é por ele que há o fluxo migratório, na qual moléculas de menor peso migram mais rápido que as de maior peso, formando as bandas características que serão visualizadas posteriormente no exame.Uma corrente elétrica é aplicada através do gel.Em seguida identificamos as amostras 2,3 e 6 que possuem material genético (DNA), pois o gel de agarose reagiu identificando positivo .Já nas amostras 4,5 e 7 são amostras negativas , não reagiram e nem possuem nenhum peso de DNA. Sendo assim, concluímos que quanto mais acima as amostras positivas apresentam florescência, significa que há uma grande quantidade de DNA e ele vai se espalhando para a menor quantidade. Por isso o peso molecular serve de modelo para sugerir a quantidade de DNA a ser corrido no gel.
GENE : ABL 1 TIROSINA PROTEÍNA QUINASE
PATOLOGIA: Mutações no gene ABL1 estão associadas à leucemia mielóide crônica (LMC). Na CML, o gene é ativado sendo translocado dentro do gene BCR (breakpoint cluster region) no cromossomo 22. Este novo gene de fusão, BCR-ABL, codifica uma tirosina quinase não regulada, direcionada ao citoplasma, que permite às células proliferarem sem serem reguladas por citocinas. Isso, por sua vez, permite que a célula se torne cancerosa.
Este gene é um parceiro em um gene de fusão com o gene BCR no cromossomo Filadélfia, uma anormalidade característica na leucemia mielóide crônica (LMC) e raramente em algumas outras formas de leucemia. O transcrito BCR-ABL codifica uma tirosina quinase, que ativa mediadores do sistema de regulação do ciclo celular, levando a um distúrbio mieloproliferativo clonal. A proteína BCR-ABL pode ser inibida por várias moléculas pequenas. Um desses inibidores é o mesilato de imatinibe, que ocupa o domínio da tirosina quinase e inibe a influência do BCR-ABL no ciclo celular. Os inibidores de tirosina-quinase BCR-ABL de segunda geração também estão em desenvolvimento para inibir mutantes BCR-ABL resistentes ao imatinibe.
5.Explique a cinética da PCR.
Fase inicial: Os primes buscam o molde de DNA com as sequencias que lhe pertencem em relação complementar.
Fase Intermediária ou Exponencial : Ocorre o processo de amplificação e levando ao acúmulo exponencial do fragmento de DNA / dos produtos de PCR.
Fase Tardia ou Fase de Platô :
Saturação do sistema de amplificação. O acumulo dos produtos de PCR causa diminuição na eficiência da ampliação.
6.O que são primers e para que serve?
É uma sequencia curta de nucleotídeos e serve para chamar a Taq polimerase (informando exatamente onde ela começa ) e também serve para delimitar o fragmento que será amplificado. 
Qual nome do equipamento que realiza a PCR?
Termociclador 
Qual o objetivo da PCR?
Amplificar várias vezes o fragmento genômico.
O QUE SIGINIFICA PCR
REAÇÃO EM CADEIA DA POLIMERASE 
Qual nome da DNA polimerase utilizada na PCR?
TAQ POLIMERASE
a) Qual nome do gene esta seqüência pertence?
 
 ALD ( adrenoleucodistrofia )
b) De que organismo foi isolada?
Homo sapiens 
c) Este gene é responsável por alguma doença conhecida? Qual?
A doença é adrenoleucodistrofia, também conhecida pelo acrônimo ALD, é uma doença genética rara, incluída no grupo das leucodistrofias, e que tem duas formas, sendo a mais comum a forma ligada ao cromossomo X.
Faça um par de primer de acordo com a sequencia acima e descreve as características dos mesmos.
LEFT PRIMER 2240 20 59.07 55.00 4.00 1.00 GTTCTACCACAGGCCCAAGT
RIGHT PRIMER 2441 20 59.02 55.00 5.00 3.00 
GTCCAGCTTCTCGAACTTCC
SEQUENCE SIZE: 2750
INCLUDED REGION SIZE: 2750
PRODUCT SIZE: 202, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
DOGMA DA GENETICA
O dogma central da biologia molecular consiste nos processos de replicação e transcrição do ácido desoxirribonucleico (DNA) e tradução do ácido ribonucleico (RNA), ou seja , como ocorre o fluxo do código genético.
DNA- RNA- PROTEINA