As enzimas são, geralmente, designadas de acordo com os seus substratos. Por exemplo, uma enzima que adiciona oxigénio é designada oxidase, uma enzima que remove fosfato designa-se fosfatase e uma enzima que digere lípidos denomina-se lípase. A terminação -ase está, portanto, relacionada com o nome da molécula sobre a qual a enzima atua.
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