A esterilização de meios de cultura é fundamental dentro de todo o processo. O principal objetivo é remover totalmente a capacidade reprodutiva de todos microrganismos indesejáveis para uma determinada análise, deixando o meio de cultura propício somente para o objeto de estudo.
A esterilização de um meio de cultura pode ser realizada aplicando-se calor úmido ou calor seco, irradiação a partir de raios gama ou raios-X, ou utilizando-se de determinados compostos químicos em conjunto com soluções vaporizadas ou por filtração. No caso de esterilização por calor úmido, o processo envolve a desnaturação e coagulação de proteínas e enzimas, assim como a fusão lipídica da membrana celular. Por calor seco, a esterilização ocorre por oxidação quando o meio de cultura é exposto a altas temperaturas.
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