A frutose-2,6-bifosfato desempenha um papel importante na regulação da glicólise e gliconeogênese, dependendo da disponibilidade de glicose no organismo. Quando a glicose está abundante, a frutose-2,6-bifosfato estimula a glicólise, aumentando a atividade da enzima fosfofrutoquinase-1 (PFK-1) e inibindo a enzima frutose-1,6-bifosfatase (FBPase-1). Isso resulta em maior produção de piruvato e consequente produção de energia. Por outro lado, quando a glicose está escassa, a frutose-2,6-bifosfato inibe a glicólise e estimula a gliconeogênese. Ela inibe a PFK-1 e ativa a FBPase-1, levando à produção de glicose a partir de precursores não glicídicos, como aminoácidos e ácidos graxos. Assim, a frutose-2,6-bifosfato atua como um regulador chave da via glicolítica e gliconeogênese, ajustando a produção de energia e a síntese de glicose de acordo com as necessidades metabólicas do organismo.
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