A fragmentação científica está diretamente ligada a mecanismos de dominação e alienação social. Através da fragmentação, o conhecimento científico é dividido em áreas específicas, o que pode levar a uma falta de integração e compreensão global dos fenômenos. Além disso, essa fragmentação pode ser utilizada como uma forma de controle e dominação, onde determinados grupos detêm o conhecimento e o utilizam para exercer poder sobre outros. A alienação social também pode ocorrer, uma vez que a fragmentação pode dificultar a compreensão dos impactos sociais e éticos da ciência, afastando as pessoas do debate e da participação ativa na construção do conhecimento científico.
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