Na farmácia hospitalar, são desenvolvidas diversas funções, que podem ser divididas em três áreas principais: assistencial, técnico-científica e administrativa. Na área assistencial, a farmácia hospitalar é responsável pela dispensação de medicamentos e materiais médico-hospitalares às unidades hospitalares, garantindo o fornecimento adequado e seguro desses produtos aos pacientes. Além disso, também pode realizar atividades como a preparação de medicamentos manipulados e a orientação aos profissionais de saúde sobre o uso correto dos medicamentos. Na área técnico-científica, a farmácia hospitalar realiza atividades relacionadas ao controle de qualidade dos medicamentos e materiais utilizados no hospital, garantindo que estejam dentro dos padrões estabelecidos. Também pode realizar pesquisas e estudos científicos na área farmacêutica, contribuindo para o avanço do conhecimento nesse campo. Na área administrativa, a farmácia hospitalar é responsável pela gestão dos estoques de medicamentos e materiais, realizando o controle de entrada e saída desses produtos, bem como a organização e armazenamento adequado. Também pode participar de processos de compras e negociação com fornecedores, visando garantir a disponibilidade dos produtos necessários ao funcionamento do hospital. Essas são algumas das principais funções desenvolvidas na farmácia hospitalar, mas é importante ressaltar que podem variar de acordo com o tamanho e a estrutura do hospital.
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