A característica que diferencia a parede celular das microbactérias para os demais grupos bacterianos é a presença de uma camada lipídica chamada de ácido micólico. Essa camada confere maior resistência e impermeabilidade à parede celular das microbactérias. Quanto ao método de coloração utilizado para esse grupo de bactérias, é comumente utilizado o método de coloração de Ziehl-Neelsen, também conhecido como coloração álcool-ácido resistente. Esse método utiliza corantes especiais, como a fucsina básica, que permitem a visualização das microbactérias, que retêm a corante mesmo após a lavagem com ácido. Essa característica está relacionada à presença do ácido micólico na parede celular das microbactérias.
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