O motivo da fragmentação do DNA no projeto genoma é a limitação da técnica existente na época, que permitia sequenciar apenas fragmentos menores. Dessa forma, os cientistas fragmentavam o DNA em pedaços menores para que pudessem ser sequenciados e posteriormente remontados. Os sequenciadores da época também não conseguiam diferenciar nucleotídeos seguidos, o que dificultava ainda mais o sequenciamento completo do genoma.
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