A principal diferença entre o projeto conceitual e o projeto lógico de um banco de dados é que o projeto conceitual é de alto nível, enquanto o projeto lógico se concentra em detalhes. O projeto conceitual é a primeira fase do processo de projeto de banco de dados, onde é criado um modelo de dados abstrato e independente de qualquer SGBD específico. Já o projeto lógico é a segunda fase, onde o modelo de dados é refinado e adaptado para um SGBD específico, levando em consideração detalhes como tipos de dados, índices, chaves primárias e estrangeiras, entre outros.
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