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O metabolismo secundário especial é um conjunto de reações químicas que ocorrem em plantas e outros organismos, que produzem compostos orgânicos que não são essenciais para o crescimento e desenvolvimento do organismo, mas que desempenham funções importantes na defesa contra predadores, atração de polinizadores, entre outras. Esses compostos são produzidos a partir de vias metabólicas diferentes das utilizadas para a produção de compostos essenciais, como aminoácidos e carboidratos.
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