Quando um aminoácido é desaminado, a NH4+ é utilizada na biossíntese de aminoácidos, nucleotídeos e aminas biológicas. Em excesso, a NH4+ é convertida em ureia. Já o α-cetoácido (esqueleto de carbono sem o grupo amino) é utilizado como intermediário do ciclo do ácido cítrico. Ele pode ser oxidado para obter energia ou convertido em oxaloacetato para produção de glicose (gliconeogênese). Em caso de excesso na dieta, o α-cetoácido pode ser convertido em gordura para armazenamento. As desaminases são as enzimas responsáveis pela desaminação, sendo a glutamato desidrogenase e a glutaminase as principais. Os aminoácidos são convertidos em glutamato (transaminação) para que ele seja desaminado, pois a enzima que faz a desaminação é a glutamato desidrogenase, e somente o glutamato e a glutamina (glutamato + amino) são desaminados, os outros não.
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