A diferença entre o alongamento da cadeia de RNA em procariotos e eucariotos é que em eucariotos a estrutura da cromatina impõe restrições espaciais à acessibilidade das sequências regulatórias e os nucleossomos impõem uma barreira ao alongamento da transcrição, enquanto em procariotos a transcrição ocorre em um contexto estrutural mais simples. Além disso, em eucariotos, a velocidade de transcrição é alterada dependendo da sequência de nucleotídeos da região do DNA que está sendo transcrita, enquanto em procariotos a velocidade de transcrição é constante ao longo de toda a fase de alongamento. Em procariotos, a RNAP nunca se liga diretamente ao promotor ou na ausência de outros TFs, enquanto em eucariotos a RNAPII se liga diretamente ao promotor e é capaz de iniciar a transcrição sem a presença de outros fatores. Por fim, em procariotos, a fosforilação da cauda CTD da subunidade maior da RNAP é fundamental para a liberação do promotor e a passagem para a etapa de alongamento, enquanto em eucariotos a fosforilação de CTD promove o desligamento de TFs e do mediador do complexo de iniciação.
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