O empregado em condições de se locomover com veículo próprio de ida e volta ao trabalho, que não queira vale transporte, não deve assinar documento...

Isso mesmo! O empregado que não deseja utilizar o vale-transporte não precisa assinar nenhum documento renunciando ao benefício. A empresa deve apenas se certificar de que o empregado não precisa do vale-transporte e, assim, não descontar o valor do benefício em seu salário.