Os metabólitos secundários são compostos produzidos por organismos vivos que não estão diretamente envolvidos no seu metabolismo primário, mas que desempenham funções importantes, como defesa contra predadores e competição por recursos. A rota de síntese desses compostos pode variar de acordo com o organismo produtor e o tipo de metabólito em questão. Em geral, a síntese de metabólitos secundários envolve a ativação de vias metabólicas específicas, que podem ser induzidas por estímulos ambientais, como a presença de predadores ou patógenos. Essas vias metabólicas podem incluir a ativação de enzimas específicas, a regulação da expressão gênica e a produção de precursores metabólicos. Uma vez ativadas as vias metabólicas, ocorre a síntese dos metabólitos secundários propriamente ditos, que podem ser produzidos por meio de reações enzimáticas específicas, como hidroxilação, oxidação, redução e glicosilação. Essas reações podem ocorrer em diferentes compartimentos celulares, como o citosol, o retículo endoplasmático e as mitocôndrias. Após a síntese, os metabólitos secundários podem ser armazenados em vacúolos ou em outras estruturas celulares, como as glândulas secretoras. Eles também podem ser liberados para o ambiente externo, onde desempenham suas funções específicas, como a defesa contra predadores ou a atração de polinizadores. Em resumo, a rota de síntese dos metabólitos secundários envolve a ativação de vias metabólicas específicas, a produção de precursores metabólicos e a síntese propriamente dita dos compostos, que podem ser armazenados ou liberados para o ambiente externo.
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