O controle de qualidade das matérias-primas e produtos acabados em farmácias de manipulação é realizado por meio de análises físico-químicas e microbiológicas. As matérias-primas são avaliadas antes de serem utilizadas na produção, verificando-se sua identidade, pureza, teor e outras características relevantes. Já os produtos acabados são avaliados após a produção, verificando-se sua conformidade com as especificações estabelecidas, como identidade, pureza, teor, uniformidade de dose, entre outras. Além disso, é importante que a farmácia de manipulação siga as Boas Práticas de Manipulação e as normas regulatórias estabelecidas pela Anvisa para garantir a qualidade e segurança dos produtos manipulados.
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