Para responder a essa questão, precisamos analisar as alternativas em relação ao contexto histórico dos colonos e as dificuldades que enfrentavam para conseguir o registro de batismo. A) "Porque os colonos tendiam à migração interna, sendo difícil conseguir a certidão de nascimento." - Essa opção não aborda diretamente a questão do batismo, mas sim a migração. B) "A maioria dos colonos eram cristãos novos que não haviam se batizado na Igreja católica." - Essa opção sugere que a falta de batismo é a razão, mas não menciona a questão da certidão de nascimento. C) "A maioria dos colonos eram prisioneiros vindos de Portugal que não tinham certidão de nascimento, documento necessário para o batismo." - Essa opção é específica sobre prisioneiros, mas não é a explicação mais comum. D) "A maioria dos colonos eram cristãos novos que não possuíam certidão de nascimento, documento necessário para o batismo." - Esta opção combina a questão da falta de certidão de nascimento com a condição de cristãos novos, o que é relevante. E) "A maioria dos colonos eram prisioneiros vindos da Espanha que não tinham certidão de nascimento, documento necessário para o batismo." - Essa opção menciona prisioneiros, mas a origem (Espanha) não é a mais comum no contexto dos colonos em questão. Analisando as opções, a alternativa que melhor explica a dificuldade em conseguir registro de batismo, considerando a falta de certidão de nascimento e a condição de cristãos novos, é a D) "A maioria dos colonos eram cristãos novos que não possuíam certidão de nascimento, documento necessário para o batismo."