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Durante uma análise cadeia Markoviana Monte Carlo (MCMC), o que determina quando uma cadeia se move da árvore atual para uma nova árvore?
O que determina quando uma cadeia se move da árvore atual para uma nova árvore?
A cadeia sempre aceitará uma proposta que produza uma probabilidade posterior maior do que o estado atual.
A cadeia Markoviana sempre aceitará uma proposta que seja consistente com a anterior.
A cadeia Markoviana aceitará uma proposta com uma probabilidade que é fixada no início da pesquisa.
A cadeia rejeitará uma proposta que produza uma probabilidade de log maior do que o estado atual.
A probabilidade de aceitar uma proposta depende da razão entre as probabilidades posteriores entre o estado atual e proposto.
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SIMULADO1 SDE4449 BIOINFORMÁTICA
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Durante uma análise de Cadeia de Markov Monte Carlo (MCMC), a decisão de mover-se da árvore atual para uma nova árvore é baseada na razão entre as probabilidades posteriores do estado atual e do estado proposto. A cadeia aceitará uma proposta com uma probabilidade que depende dessa razão, permitindo que propostas com uma probabilidade posterior maior sejam aceitas, mas também permitindo a aceitação de propostas com menor probabilidade em algumas situações, para garantir a exploração do espaço de estados. Portanto, a resposta correta é: A probabilidade de aceitar uma proposta depende da razão entre as probabilidades posteriores entre o estado atual e proposto.

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As proteínas são biomoléculas construídas a partir de ligações peptídicas formadas no ribossomo, com a sua sequência dada pela ordem dos códons de RNAm, que foram transcritos do DNA. A forma que as proteínas se consolidam depende dos resíduos de aminoácidos que as compõem. Dentre os aminoácidos existem quatro classes: com carga (positivo ou negativo), polares (sem carga), apolares e os casos especiais (que se comportam de forma única). Sobre esse assunto analise as afirmativas a seguir:
É correto o que se afirma em:
I. Os aminoácidos são classificados em dois grandes grupos, são eles polares ou apolares.
II. O conjunto total das interações entre os resíduos forma a conformação final da proteína (basicamente a forma tridimensional que ela assume) e esta é fundamental para sua função.
III. A interação entre os aminoácidos ligações de hidrogênio formando α-hélices ou dobrando sua estrutura.
II, apenas.
I, apenas.
II e III, apenas.
I e III, apenas.
I e II, apenas.

Desde a descoberta da estrutura do DNA e do desenvolvimento da biologia molecular, o homem vem buscando novas alternativas que o auxiliem na busca por maior fluidez nos trabalhos de pesquisa, acelerando a geração de processos e produtos. A bioinformática tem contribuído para avanços na pesquisa básica, mas também na ciência aplicada (....).
Sobre a bioinformática, analise as afirmativas a seguir:
I. O projeto Genoma Humano tinha como objetivo a detecção dos genes que compõem o DNA humano. Concluído em 1990, esse projeto contou com o apoio decisivo da bioinformática.
II. A biologia computacional é um campo de pesquisa diferente ao da bioinformática.
III. Uma das aplicações da bioinformática é o alinhamento de sequências que tem como objetivo principal da comparação de sequências biológicas é encontrar o(s) alinhamento(s) de maior escore de similaridade.
I e II.
I e III.
I.
II.
III.

A informação da sequência completa de aminoácidos de uma proteína purificada de um organismo eucarioto seria suficiente para se deduzir a sequência exata de bases dos códons presentes RNAm que foi traduzido durante a síntese dessa proteína?
Não, pois o código genético é degenerado.
Sim, pois o código genético além de universal e pode sofrer oscilações.
Sim, pois o RNA traduzido já havia passado pelo processo de splicing e estava maduro quando foi traduzido.
Não, pois o mRNA dos organismos eucariotos passa por modificações pós transcricionais com a retirada dos éxons.
Sim, já que o código genético é universal e os códons já foram todos decifrados.

Muitos programas de computador já foram e vêm sendo desenvolvidos para auxiliar no desenho de primers usados na PCR (Reação em Cadeia de Polimerase). Dentre eles, podemos citar o Primer3, que pode ser usado de forma on-line por qualquer pessoa.
Qual das opções abaixo contém uma informação essencial que o usuário precisa fornecer obrigatoriamente, para que um programa consiga desenhar primers?
Temperatura de melting.
Conteúdo GC.
Tamanho do produto amplificado.
Temperatura de anelamento.
Sequência de nucleotídeos do alvo no DNA.

Aline é biomédica e trabalha em um laboratório para diagnóstico de doenças genéticas. Um dos genes mais pesquisados é o brca1, que quando sofre mutações específicas está associado ao risco aumentado de câncer. Para identificar as mutações, é necessário comparar a sequência obtida do paciente com uma sequência referência não mutada.
Qual banco de dados, disponível no NCBI, Aline pode consultar para conseguir uma sequência referência curada para o gene brca1?
GenBank.
KEGG.
PubMed.
BLAST.
RefSeq.

Em uma análise utilizando a PCR, Lucas encontrou como resultado a amplificação de várias regiões diferentes do DNA das amostras analisadas. O que ele esperava era encontrar apenas uma região amplificada, somente nas amostras positivas. Para solucionar o problema, seu chefe sugeriu, então, que ele desenhasse um novo par de primers e prestasse atenção no comprimento em nucleotídeos, para melhorar a especificidade.
Você diria para Lucas desenhar um novo par de primers com um comprimento maior ou menor que o par de primers que ele havia usado primeiro?
Menor, pois assim aumenta a chance dos primers se ligarem somente na região alvo.
Maior, pois assim aumenta a chance dos primers se ligarem somente na região alvo.
Menor, dessa forma os primers podem se ligar a diferentes regiões ao longo do genoma.
Maior, dessa forma os primers podem se ligar a diferentes regiões ao longo do genoma.
Igual, pois o comprimento não interfere na especificidade dos primers.

A sequência de Shine-Delgarno e as sequências das 'pontas' dos íntrons são exemplos de sinais na sequência de DNA. Esses sinais são sequências características conservadas, que marcam as regiões necessárias para que a transcrição e tradução ocorram.
Qual processo de bioinformática inclui a identificação desses sinais?
Montagem do genoma.
Extração do DNA.
Construção de árvore filogenética.
Sequenciamento do genoma.
Predição gênica.

Depois de resultados do sequenciamento genômico, um pesquisador agora deseja analisar a expressão dos genes e comparar o resultado de dois pacientes, um saudável e outro com câncer pulmonar. Para isso ele analisou o conjunto completo de RNAs da biópsia do pulmão dos pacientes.
Como é chamada a abordagem ômica utilizada pelo pesquisador na fase atual de sua pesquisa?
Lipidômica.
Transcriptômica.
Metabolômica.
Genômica.
Proteômica.

Existem diversas formas de buscarmos a melhor hipótese filogenética com uma matriz de táxons × caractere. Dentre as possibilidades temos a máxima verossimilhança.
Qual das alternativas a seguir define melhor este conceito?
A proporção das probabilidades de duas hipóteses alternativas.
A probabilidade de que um evento ocorra.
A melhor árvore calculada a partir da quantidade de passos, ou mudanças, nos ramos.
A probabilidade de que uma hipótese seja falsa através do método dos mínimos quadrados.
A probabilidade de observar um conjunto de dados fornecido uma hipótese.

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