A eletroforese separa ácidos nucleicos (DNA e RNA) com base no tamanho e na carga das moléculas. Como os ácidos nucleicos possuem carga negativa devido aos grupos fosfato, eles migram em direção ao polo positivo quando submetidos a um campo elétrico. Moléculas menores se movem mais rapidamente através do gel, permitindo a separação por tamanho. Portanto, a técnica depende da carga negativa constante dos ácidos nucleicos e da diferença no tamanho para a separação eficaz.