As bibliotecas de DNA foram uma solução encontrada para tentar descrever ou identificar um gene em meio a dezenas de fragmentos de outros genes. Porém essa técnica foi superada com a descoberta da reação em cadeia da polimerase.
Dentre os fatores que dão grande vantagem a técnica de PCR, podemos citar:
1. Através da técnica de PCR não foi mais preciso uso das bibliotecas de DNA, porém tempo das técnicas são praticamente iguais.
2. A PCR permite clonar uma grande quantidade de qualquer gene a partir de uma amostra pequena de DNA e em um tempo muito menor
3. o uso da PCR permite a clonagem de uma quantidade absurda de sequências de DNA, contanto que se tenha uma biblioteca de DNA.
4. A técnica de PCR é utilizada especificamente para amplificar sequencias de nucleotídeos não tendo aplicação na clonagem de DNA.
5. o método de PCR é muito mais rápido que os anteriores, porém produz um número de cópias equivalentes e é bem mais caro sua utilização.