Aplica-se os costumes nos casos de lei em desuso ?

Não necessariamente, pode acontecer de haver adequação social da conduta praticada, o que se difere, a todo genero, dos costumes.

Não, a lei sempre vai prevalecer sobre os costumes, caso o juiz não consiga aplicar uma sanção por causa da lei (basicamente, na sua falta ou inexistência), ele irá olhar a analogia, os "costumes" e depois os princípios gerais de direito.

Os costumes são aplicados em casos de omissão da lei, para que isso não resulte no impedimento da evolução da sociedade e de seus usos e costumes. Porém, os costumes são utilizados também para revogar uma determinada lei, visto que isso se notabiliza pelo fato de que se uma lei não é mais aplicada e começa a utilizar o costume, o que demonstra que não haveria razão da continuação da vigência da lei. Logo, não se faz necessário a utilização de costumes em lei em desuso, visto que pelo fato delas já estarem em desuso, não conseguem mais suprir as demandas sociais.