É possivel extinguir o processo sem merito no julgamento do agravo de instrumento?

Não. O agravo de instrumento é um recurso aplicável em situações de declaraçoes do juiz no curso do processo sendo conhecido como decisões interlocutórias.

O agravo de instrumento é o recurso cabível, em primeiro grau de jurisdição, contra específicas decisões interlocutórias previstas em lei.

Sim. Quando a decisão concluir pela ocorrência de uma das hipóteses do art. 485, do CPC.

Exemplificando, cabe agravo de instrumento em face da decisão que rejeita alegação de convenção de arbitragem (art. 1.015, III, do CPC).

Reconhecida a alegação, o processo será extinto sem resolução do mérito, nos termos do art. 485, VII, do CPC:

"Art. 485. O juiz não resolverá o mérito quando:

[...]

VII - acolher a alegação de existência de convenção de arbitragem ou quando o juízo arbitral reconhecer sua competência;"