Se a gliconeogênese é um processo desvantajoso em relação a queima e produção de ATP, pq ele é tão importante?

Quando a glicemia começa a baixar após o período absortivo, a glicogenólise e a gliconeogênese podem contribuir com uma percentagem semelhante (cerca de 50% cada) para a produção hepática de glicose, mas, à medida que o tempo de jejum aumenta, a gliconeogênese vai sendo cada vez mais importante. Após um ou dois dias de jejum, o glicogénio hepático praticamente esgota-se e a produção endógena de glicose passa a depender exclusivamente da gliconeogênese

Gliconeogênese é a formação de glicose a partir de substâncias que não são carboidratos, como lactato, glicerol, oxaloacetato, aminoácidos; e a partir de alguns carboidratos. Este conjunto de reações ocorre no citoplasma e utiliza muitas enzimas da via glicolíca. A gliconeogênese consome 6 ATPs.

Observe que será gerado uma molecula de glicose a mesma entrara no ciclo da respiração celular passando pela glicolise, ciclo de krebs, e cadeia transportadora de que no final vai forma 30 ATP's ou seja esse processo terá guanho liquido de 24 ATP's.

Tenha em mente, esse processo e muito importante pois vai acontecer principalmente, quando a falta de glicogenio, quando o individuo esta passando por um momento de alimentação pouca ou com intesa atividade celular. Esse processo vai usar  essas substancias antes descritas para formar glicose, que mesmo tendo um gasto inicial no final ainda terá ganho liquido de 24 ATP's, para ser gasto no metabolismo celular.

Daniel, bom dia. 

Respondendo sua pergunta e resumindo o discurso dos colegas, a reação bioquímica de Gliconeogênese é importante, pois geralmente esta Via Metabólica é iniciada após longas horas em jejum ( após aproximadamente 6 horas de jejum ). E como o corpo está defasado de macronutrientes para geração de energia, seu corpo precisa de energia para manter as funções vitais do corpo funcionando. Por essa razão, ocorre a proteólise, onde há degradação de proteinas do tecido muscular, de forma que os aminoácidos são transportados ao tecido hepático para que haja sintese de glicose, á fim de gerar energia. A "grosso" modo seria isso.