Através da apresentação do antígeno e reconhecimento. As células humanas expressam HLA tipo 1 (self) enquanto as células apresentadoras de antígeno expressam no HLA tipo 2 um fragmento do microorganismo fagocitado ou fragmentos virais caso seja uma célula infectada.
O sistema de imunidade inata é aquele que a pessoa já possui desde o momento em que nasce. Esse é a primeira etapa de defesa de nosso sistema imunitário e possui diversas formas de atacar o corpo, célula, molécula intrusa, identificando-a e a destruindo. Possui barreiras fisiológicas (como elevar a temperatura ou suco gástricos), barreiras físicas (como membranas), barreira inflamatória e barreiras celulares. É essencial para o sistema imunológico discriminar o próprio do não próprio. Nosso sistema imunológico inato apenas é capaz de reconhecer produtos de microrganismos, reconhecendo essas estruturas que são, geralmente, únicas de patógenos microbianos e não costuma ser encontradas em células de mamíferos. Assim sendo, o sistema inato tem capacidade de identificar as estruturas e reconhecer padrões desses patógenos, o classificando assim como um sistema capaz de diferenciar o próprio do não próprio.