O diagnóstico parasitológico pode ser confirmado pela presença de trofozoítos ou cistos nas fezes. Como as concentrações podem ser baixas, muitas vezes se faz necessário mais de uma amostra.
Embora usado mais frequentemente no diagnóstico de amebíase extra-intestinal, as técnicas imunológicas também podem ser utilizadas, como por exemplo: ELISA, Imunofluorescência indireta, hemaglutinação indireta e contra-imunoeletroforese. Estas técnicas se baseiam na presença de antígenos dos parasitas nas fezes.
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