No caso dos eucariotos, o processo é realizado no núcleo e é semelhante ao dos procariontes, mas de maior complexidade. Diferentes siRNAs transcrevem diferentes tipos de genes. O RNApII transcreve os pré-mRNAs, enquanto o siRNA e o RNApIII transcrevem o RNA-ribossômico e o tRNA, respectivamente. Os RNAs transcritos são subsequentemente modificados. O pré-mRNA, por exemplo, passa por um processo de maturação que, após sucessivas emendas, elimina certos segmentos do RNA chamados íntronspara produzir o mRNA final. Durante esse processo de maturação, diferentes moléculas de RNA podem ser produzidas, dependendo de vários reguladores. Assim, o mesmo gene ou sequência de DNA pode dar origem a diferentes moléculas de mRNA e, portanto, produzir proteínas diferentes.
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