Em seguida, uma proteína transportadora, chamada translocasa, localizada na membrana mitocondrial interna, transfere a acilcarnitina para a matriz mitoncondrial e, paralelamente, a carnitina palmitoiltransferase II (CPTII) liga uma molécula de CoA da matriz ao ácido graxo, regenerando assim a acil-CoA. A carnitina é devolvida ao espaço intermembranar pela proteína transportadora e reage com outro acil-CoA, repetindo o ciclo. Carnitina, também reconhecida como a vitamina B11, é um derivado de aminoácido que participa no circuito vascular redução dos níveis de triglicéridos e colesterol no sangue. É produzido naturalmente no fígado a partir dos aminoácidos L- metionina e L- lisina.
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