como posso usar os conhecimentos de engenharia de produção em um almoxarifado de um empresa pequena?

Você pode usar ferramentas de controle de estoque, um bom exemplo disso seria usar o método ABC onde você classifica os ítens por grau de importância (A - mais importante, C- Menos importante) para que tenha um bom controle. Exemplo, os ítens de classe A não podem faltar, por ser de extrema importância para a continuidade do trabalho.

É um case para a gestão de estoque em geral desde de Layout, Curva ABC, controle de estoque, Ergonomia e previsão de compras. Acho que umas coisas mais interessantes seria ter o controle desse estoque em um planilha tendo dados como quantidade, saidas, entradas, horarios e etc. E assim, poder ter uma boa previsão de uso para organizar futuras compras e evitar faltar o estoque.