O mecanismo de ação das enzimas também pode ser chamado de modelo "chave-fechadura" uma vez que o substrato se une a enzima por meio de ligações de hidrogênio em um local específico chamado "sítio ativo". Segundo esse mecanismo as estruturas do sítio ativo e do substrato são exatamente complementares.
As enzimas tem alta especificidade e, portanto, a reação ocorre por meio da formação de um agregado com o substrato pela hipótese da chave-fechadura. Nesse sentido, ela se complementa com um único substrato e participa de uma reação em que não é consumida, haja vista que é um catalisador (e estes não são consumidos durante uma reação química).
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