Mecanismo alostérico de uma proteína

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Artigo 5
Figuras 6 e 7
● Cristalografia e Cryo-EM → definir a “coreografia molecular” que 
ocorre quando: 
 NanR se liga ao DNA → reprime expressão
 NanR se liga a Neu5Ac → induz expressão 
Mecanismo alostérico de NanR
1. O domínio N-terminal se mostra bastante flexível, o que é 
evidenciado pelas poucas conexões entre ele e a parte 
C-terminal.
2. Reorganização do domínio N-terminal induzida pela ligação 
ao DNA.
Sobreposição entre:
NanR Neu5Ac-free 
(ciano)
NanR Neu5Ac-bound 
(bege)
NanR DNA-bound 
(verde)
Para poder visualizar 
as maiores 
diferenças 
conformacionais 
entre elas.
● Pela sobreposição visualizada no 
slide anterior, foi possível ver que 
maior mudança induzida pela 
ligação ao DNA é uma enorme 
reorganização dos domínios 
N-terminais.
● A mudança é facilitada pelas hélices 
ⲁ4.
Os domínios N-terminais se descruzam
Supplementary Movie 3
● O domínio N-terminal de um monômero 
se move mais perto do domínio 
C-terminal do outro monômero
Cryo-EM: 
● Estudo 2D: duas populações
→ 1: Com 3 dímeros NanR ligados 
ao DNA
→ 2: Com uma mistura de 1 ou 2 
dímeros ligados ao DNA
● Estudo 3D só foi possível com a 
população 1
Como NanR envolve o (GGTATA 3 - operador de repetição)?
densidade suficiente → confirma os experimentos 
de estequiometria da ultracentrifugação analítica
https://docs.google.com/file/d/1OFYhcOwdMbznOXX9Y0sz73bov8sH6cp1/preview
Como NanR envolve o (GGTATA 3 - operador de repetição)?
● Dois dímeros NanR em cada 
extremidade do DNA (em cinza)
● O dímero do meio é mais dificil 
se der visualizado por causa da 
orientação
→ Flanqueado pelas alfa hélices
● Cada dímero NanR fica em uma 
posição assimétrica em relação ao 
DNA, aproximadamente meia volta 
um do outro → se alinha com a 
localização de cada repetição 
GGTATA dentro da sequência de 
operadores (7d)
● Cada repetição GGTATA do 
operador de DNA (em vermelho) é 
separada por menos de meia volta 
da hélice de DNA. (7e)
● Hélice α3 fez contato primário com o sulco maior, enquanto o “wing motif” interage com o sulco menor 
de DNA em todos os três dímeros NanR.
● Os domínios N-terminais são hipotetizados para interagir uns com os outros, dada a sua proximidade, 
por meio de interações proteína-proteína, estabilizado o complexo.