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Replicação do DNA Introdução • Em uma única molécula de DNA, estimula-se que ocorrem cerca de 3 erros a cada replicação; • Como o DNA é composto por íntrons e éxons, é pouco provável que a mutação atinja um gene importante, assim, as mutações são acumuladas ao longo da vida, como ocorre com o câncer, uma doença considerada típica do envelhecimento; Ex: um fibroblasto humano realiza cerca de 50 ciclos de mitoses, depois disso, a célula envelhece, os telômeros desaparecem e não ocorre mais a replicação; • O DNA é duplicado de modo semiconservativo, ou seja, cada uma das duas fitas originais atua como um molde para a formação de uma fita nova; • Com este processo, a fita original pode ser mantida intacta e se fazer presente em várias gerações; • A intérfase é o período compreendido entre as divisões celulares e ela é dividida em 3 fases: - Período G1: síntese de RNA e proteínas; - Período S: duplicação do DNA e síntese de histonas; - Período G2: preparativos moleculares para a divisão celular; • A replicação do DNA ocorre na fase do ciclo de divisão celular chamada de fase S, ou também chamada de fase síntese de DNA; • Em uma célula humana típica humana, o ciclo celular tem duração de cerca de 24h, de forma que, a interfase tem duração de 23h, enquanto a divisão propriamente dita (mitose) dura por volta de 1h. Portanto, a interfase ocupa maior parte do ciclo celular e, a fase mais longa compreendida no período de interfase é a fase S, com duração de 8 horas; • O ciclo celular é controlado pelas ciclinas, que são proteínas especiais que são mediadoras na mudança de fases do ciclo celular. Em caso de mutações nos genes dessas proteínas, o ciclo celular é totalmente desregulado e podem ocorrer divisões celulares em momentos não programados e de forma exagerada, dando início, assim, aos cânceres; • As ciclinas são ligadas as enzimas quinases, conhecidas como quinases dependentes de ciclinas; • Durante a interfase, a célula transcreve ativamente seus genes. Na fase S, o DNA é replicado e, assim, os cromossomos são duplicados, produzindo dois pares de cromossomos filhos. Origens da replicação • Para que a replicação do DNA tenha início, são abertas na molécula de DNA as chamadas forquilhas de replicação, para que o DNA possa ser replicado; • Essas forquilhas de replicação são formadas pela criação de uma “bolha de replicação”, sendo que, cada “bolha” Marianne Barone (15A) Disciplina – Prof. Marianne Barone (15A) Biologia Molecular – Prof. Jerusa Arantes resulta em duas forquilhas de replicação, uma para cada lado; • Nas células eucarióticas existem várias origens de replicação, enquanto nos procariontes, ocorre apenas uma; • Cada cromossomo eucariótico possui uma dupla fita de DNA linear e, pela taxa de replicação, estima-se que este processo levaria cerca de 34 dias para ocorrer, então, várias origens de replicação resultam em uma replicação mais rápida, já que ocorre em diferentes sítios simultaneamente, em um processo chamado de replicação assincrônica; • Nos locais de origem de replicação, são encontradas muitas bases de adenina e timina, pelo fato de serem mais facilmente separáveis por possuírem uma ligação dupla de hidrogênio, e não ligação tripla, como ocorre entre a guanina e a citosina; • Para que as proteínas iniciadoras se liguem nas regiões de início de replicação, elas devem ser ligadas nas regiões de eucromatina, pois, nesses segmentos, a cromatina está mais descondensada que as regiões ricas de heterocromatina; • Eventualmente, durante o processo, as diversas forquilhas de bolhas são unidas, de forma que, os segmentos de DNA são fundidos e produzem duas moléculas de DNA lineares idênticas, resultando em duas moléculas de DNA linear; • Os eucariotos possuem várias origens de replicação, assim, para isso, existe um controle da iniciação, dividindo-se as origens em diferentes fases do ciclo celular, de forma que: - Algumas proteínas podem se ligar na origem apenas na fase G1, quando a taxa de ciclina-quinase ainda é baixa; - A formação de proteínas adicionais, para a formação de forquilhas de replicação, ocorre somente na fase S, processo associado a fosforilação por parte de ciclinas-quinases da fase S; • Assim, regiões diferentes de um cromossomo são replicadas em diferentes momentos da fase S do ciclo de divisão celular; • A eucromatina, geralmente, é a primeira parte do cromossomo a ser replicada, visto que, por estar menos condensada torna mais fácil o acesso da molécula de DNA para o início do processo. A heterocromatina (mais condensada) é replicada no final da fase S; • Fatores que facilitam a replicação: regiões ricas em adenina e timina e regiões de eucromatina; • A ligação das proteínas iniciadoras, chamadas de complexo de reconhecimento de origem (OCR) e da enzima helicase, que é atraída para a forquilha de replicação e permanece inativa por proteínas inibidoras, ocorre durante a fase G1 da interfase, formando o denominado complexo replicativo; • Na fase S, as proteínas inibidoras de helicase deixam a origem de replicação, permitindo que a enzima helicase desenrole a dupla fita de DNA, dando início a replicação. Assim, as enzimas quinase realizem a fosfolização das proteínas iniciadoras e proteínas inibidoras, permitindo que a helicase desenrole a fita de DNA e rompa as ligações de hidrogênio entre as bases nitrogenadas, com o gasto de ATP; • As enzimas quinases dependem da sua ligação com outras proteínas específicas de cada fase para serem ativadas, que passam a fosforilar ou desfosforilar as proteínas ligadas a molécula de DNA ao formar o complexo ciclina-quinase. Replicação → Componentes necessários: • Molde de DNA: template; • dNTPS: desoxirribonucleotídeos trifosfatados (aATP, dTTP, dCTP e dGTP), que estão livres no nucleoplasma; • Enzima DNA polimerase: utiliza os dNTPs como substrato para a síntese de DNA, utilizando uma outra fita como molde; • Iniciador (primer): pequena sequência de RNA produzida pela enzima primase. → Forquilha de replicação: • Uma nova fita, tanto de RNA quanto de DNA, só pode ser polimerizada no sentido 5’ à 3’; • Na fita molde de DNA 3’à 5’, após a adição do primer, a polimerização é contínua, já que, como a fita é 3’ à 5’, a fita nova que está sendo sintetizada será no sentido 5’à 3’; • Na fita molde de DNA 5’à 3’, a síntese ocorre de forma fragmentada. Após a inserção do primer pela RNA polimerase, o fragmento de Okasari é sintetizado pela DNA polimerase; • A DNA polimerase realiza a síntese das duas fitas concomitantemente; • O dNTP é incorporado na hidroxila do carbono 3’ da pentose. Quando ele é incorporado à nova fita de DNA, ele se desprende de 2 fosfatos (= pirofosfato), que libera a energia necessária para haver a incorporação do nucleotídeo à nova fita. → DNA polimerase: • Sua estrutura tridimensional é semelhante a uma mão direita, na qual a palma, os dedos e o polegar seguram o DNA formando o sítio ativo da enzima; • O posicionamento correto do dNTP (= pareamento) provoca um “aperto dos dedos” da enzima; • A liberação do pirofosfato provoca a “liberação dos dedos”, de modo que a molécula de DNA pode se translocar em um nucleotídeo; • Ela possui duas funções: - Endonuclease 5’ – 3’: ela adiciona nucleotídeos à nova fita; - Exonuclease 3’ – 5’: ela remove nucleotídeos com pareamento inadequado (corretora); • Quando um nucleotídeo é pareado erroneamente, as ligações de hidrogênio entre as bases são fracas, de forma que, não ocorrerá o “fechamento dos dedos” da DNA polimerase, ou seja, a enzima não sofrerá uma mudança conformacional. Então, vai ser acionada a atividade de exonuclease da enzima, de forma que, ela remove o nucleotídeo que estava inserido de forma errônea e, com isso, retoma o processo de síntesepela ação de endonuclease. → Primer: • A DNA polimerase só realiza a síntese na presença de um iniciador, ou seja, uma sequência de nucleotídeos com hidroxila livre que permite a ligação de novas bases nitrogenadas pela ligação fosfodiéster; • Assim, ao romper a dupla hélice, nenhuma das duas fitas possui um iniciador, sendo necessária sua síntese para que a molécula de DNA polimerase possa dar início ao processo; • Para isso, a enzima primase adiciona nucleotídeos tanto na fita que terá sua síntese contínua quanto na fita que terá sua síntese feita de forma descontínua na forquilha de replicação, e estes nucleotídeos servirão como marcadores para que a DNA polimerase dê continuidade na polimerização de uma nova fita a partir deles; - A enzima primase atua uma única vez na fita contínua; - Já na fita descontínua, a enzima primase atua em cada fragmento de Okasaki, adicionando, a cada vez, os nucleotídeos iniciadores. → RNAse e DNA ligase: • Após a polimerização das duas fitas da forquilha de replicação, a enzima RNAse H remove os primers; • Nesses espaços que estavam anteriormente os primers, a DNA polimerase adiciona os dNTPs; • A enzima DNA ligase atua na fita descontínua unindo os fragmentos de Okasaki. → Outras proteínas que auxiliam na replicação do DNA: • SSB (single strand DNA-binding): são proteínas que se ligam às fitas simples do DNA, fazendo com que elas permaneçam abertas; • Topoisomerase: reduz o stress contorcional da dupla fita na extremidade da forquilha de replicação. Resumo • Na fase G1 do ciclo celular, proteínas iniciadoras, enzima helicase e inibidores de helicase se ligam às origens de replicação, formando o complexo pré- replicativo; • Na fase S do ciclo celular, os inibidores de helicase saem das origens de replicação e a enzima helicase rompe as ligações de hidrogênio entre as bases, abrindo a forquilha de replicação; • As proteínas SSP se ligam às fitas simples de DNA e a enzima topoisomerase se liga a extremidade contorcida da dupla fita; • A enzima primase adiciona os primers na fita contínua e descontínua da forquilha de replicação; • A enzima DNA polimerase adiciona dNTPs (atividade de endonuclease 5’- 3’) ao mesmo tempo que exerce sua atividade de exonuclease 3’- 5’, cada vez que um nucleotídeo errado é incorporado à nova fita; • A enzima RNAse H remove os primers de RNA, a DNA polimerase adiciona novos dNTPs e a enzima DNA ligase une os fragmentos de Okasaki, para que se tornem uma fita contínua.
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