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Data: 26/11/2021 Acadêmico: Naysa Gabrielly Alves de Andrade QUESTÕES – Técnicas de Biologia Molecular QUESTÃO 1 . A ANEMIA FALCIFORME ESTÁ ASSOCIADA A EXISTÊNCIA DE UMA MUTAÇÃO DE PONTO A - T, NO GENE DA Β-GLOBINA QUE OCASIONA, NA PROTEÍNA, A TROCA DO AMINOÁCIDO GLU POR VAL. ESTA MUTAÇÃO ELIMINA UM SÍTIO RECONHECIDO PELA ENZIMA DE RESTRIÇÃO MST II. O DESENHO ABAIXO REPRESENTA UM ESQUEMA DOS GENES SELVAGEM E MUTANTE. O DNA DE UMA PESSOA NORMAL FOI EXTRAÍDO, DIGERIDO COM A ENZIMA MST II, FRACIONADO POR ELETROFORESE E SUBMETIDO A “SOUTHERN BLOT”. A SONDA UTILIZADA NA HIBRIDAÇÃO FOI O SEGMENTO DE 1,3 KB INDICADO NA FIGURA ABAIXO. a) Planeje um teste utilizando a técnica de "Southern blot" para o diagnóstico pré-natal desta doença. Faça o esquema do resultado esperado considerando um feto normal e de um portador da doença cujos pais são heterozigóticos. Feto normal 2 Portador da doença 3 Pais heterozigotos 4 b) Complete na figura o padrão de bandas esperado para o DNA de: b.1) pessoa homozigótica para a mutação de ponto que causa a anemia falciforme. 3 b.2) Pessoa heterozigótica para a mutação 4 AA Highlight Highlight Highlight Highlight Mutante Normais 2 --> normal 3 --> afetado 4 --> pais QUESTÕES 2 : 2.1. EXPLIQUE O PROCESSO DE AMPLIFICAÇÃO DE DNA PELA REAÇÃO DE POLIMERIZAÇÃO EM CADEIA (PCR). A PCR é uma técnica da biologia molecular para amplificar uma única ou poucas cópias de um pedaço de DNA e baseia-se no processe de replicação do DNA que ocorre in vivo Durante o PCR elevadas temperaturas separam as moléculas de DNA em 2 cadeias simples, permitindo então a ligação de oligonucleotídios iniciadores (primers), também em cadeia simples e geralmente constituídos por 15-30 nucleotideos, obtidos por síntese química Os 2 pares de primers são acrescentados na reação Se a determinada sequência estiver presente na amostra, ela será multiplicada milhares de vezes, podendo configurar uma reação positiva Os principais ingredientes de uma reação PCR são a Taq polimerase, primers, DNA molde e nucleotídeos Os ingregientes são reunidos em um tubo, juntamente com cofatores de que a enzima precisa, e passam por repetidos ciclos de aquecimento e resfriamento que permitem que o DNA seja sintetizado As etapas básicas são: Desnaturação aquece fortemente a reação para separar ou desnaturar as fitas de DNA, isso proporciona um molde de fita simples para a próxima etapa Anelamento resfria a reação para que os primers possam se ligar às suas sequências complementares no DNA molde de fita simples Extensão eleva a temperatura da reação para que a Taq polimerase estenda os primers, sintetizando novas fitas de DNA Este ciclo se repete 25- 35x em uma reação típica de PCR, que geralmente ocorre em 2 - 4h, dependendo do comprimento da região de DNA a ser copiada. Se a reação for eficiente (funcionar bem), a região de interesse pode gerar de uma ou poucas cópias até bilhões 2.2. QUAL A FUNÇÃO DOS PRIMERS NA TÉCNICA DA PCR? Como outras DNA polimerases, a Taq polimerase consegue fabricar DNA somente quando lhe é dado um primer, uma sequência curta de nucleotídeos que fornece um ponto de partida para a síntese de DNA Em uma reação de PCR, o pesquisador determina a região do DNA que será copiada, ou amplificada, pelos primers que ele escolher Os primers são pedaços curtos de DNA de fita simples, geralmente por volta de 20 nucleotídeos de complimento 2 primers são usados para cada reação de PCR, e eles são projetados de modo que englobem a região de interesse (região que deve ser copiada). Isto é, são dadas sequências que os farão se ligar a fitas opostas do DNA molde, bem nas extremidades da região a ser copiada Os primers se ligam ao molde por pareamento de bases complementares Quando os primers são ligados ao molde, eles podem ser estendidos pela polimerase, e a região que está entre eles será copiada 2.3. CITE PELO MENOS TRÊS APLICAÇÕES DA TÉCNICA DA PCR A PCR encontra sua principal aplicação em situações onde a quantidade de DNA disponível é pequena Uma das principais aplicações da PCR é na medicina forense, em que pequenas amostras de DNA retiradas da cena de um crime são aplificadas para serem analisadas A PCR também é utilizada para a detecção de microrganismos infecciosos, testes de paternidade ou qualquer outro procedimento em que se estude um fragmento genético QUESTÕES 3 : O que são enzimas de restrição? Existem 4 tipos de enzimas de restrição, classificadas de acordo com o número de subunidades, tipo de clivagem, grau de especificidade e requerimento de cofatores As enzimas tipo II clivam a dupla hélice de DNA em sítios específicos e reconhecem sequências particulares de DNA, geralmente de 4, 5 ou 6 pares de bases de comprimento, chamados de sítio de reconhecimento A clivagem ocorre em uma posição definida dentro dessa sequência Algumas enzimas deixam extremidades cegas, outras deixam extremidades coesivas Extremidades cegas duplas fitas de ácidos nucleicos sem nucleotídeos não pareados nas extremidades Extremidades coesivas duplas fitas de ácidos nucleicos com nucleotídeos não pareados na extremidade de uma das fitas Palíndromos sequências que são iguais nas duas fitas quando são lidas na mesma direção A formação de extremidades coesivas é de grande importância para a ligação de sequências específicas de DNA por complementaridade Os sítios de reconhecimento geralmente formam palíndromos As enzimas de restrição foram incialmente isoladas de bactérias, que utilizam essas enzimas como um meio de proteção para DNA invasor, atualmente muitas enzimas de restrição são sintetizadas em laboratório por técnica de engenharia genética Algumas enzimas apresentam atividade fora de seu sítio de reconhecimento, conhecida como star activity, por isso foram desenvolvidas enzimas de alta fidelidade em laboratório. Além disso, também foram desenvolvidas enzimas com novos sítios de clivagem e que clivam apenas uma das fitas de DNA Uma enzima de restrição muito conhecida é a EcoRI, isolada da bactéria Escherichia coli, essa enzima reconhece o sítio 5'-GAATTC-3' e corta o DNA formando extremidades coesivas QUESTÕES 4 : O CROMATOGRAMA DA FIGURA 1 FOI OBTIDO A PARTIR DA ANÁLISE DOS FRAGMENTOS DE DNA AO LADO, QUANDO ESTES PASSARAM POR UM SENSOR CAPAZ DE DETECTAR CORES DIFERENTES. EM QUE ORDEM VOCÊ ESPERA QUE ELES TENHAM PASSADO PARA PRODUZIR TAL RESULTADO? NNN748210126111593 Azul claro iniciador de sequenciamento Fazer o sequenciamento por cor e a maior base vem primeiro (fazer de traz para frente) QUESTÕES 5: CONCEITUE TERAPIA GÊNICA, RELACIONANDO VANTAGENS E DESVANTAGENS. A terapia gênica está baseada no conceito de que uma doença genética pode ser corrigida pela substituição ou adição do gene defeituoso O termo terapia gênica pode ser definido como a transferência de material genético para dentro das células de um indivíduo com o objetivo de conferir um benefício terapêutico QUESTÕES 6: A PEDIDO DE UM LABORATÓRIO DE ANÁLISES CLÍNICAS VOCÊ DESENVOLVEU UM PCR PARA IDENTIFICAR SE UM INDIVÍDUO É PORTADOR SÃO DE UMA DOENÇA GENÉTICA. PARA TAL VOCÊ AMPLIFICA UMA REGIÃO DO GENE DE INTERESSE E EM SEGUIDA CORTA O PRODUTO DO PCR COM 2 ENZIMAS DE RESTRIÇÃO DIFERENTES. CADA UMA RECONHECE UM SÍTIO QUE SÓ EXISTE NOS ALELOS MUTANTES. UMA ÚNICA MUTAÇÃO É SUFICIENTE PARA ELIMINAR A FUNÇÃO DO PRODUTO GÊNICO. O ESQUEMA ABAIXO MOSTRA AS VÁRIAS POSSIBILIADADES DOS RESULTADOS. EXPLIQUE-O DETALHADAMENTE. Portador são = heterozigoto Homozigoto normal tem o fragmento mais pesado AA Portador são 1 AB Portador são 2 AC Afetado 1 BC Afetado 2 CC Afetado 3 BB Grupo A frag. Único Grupo B tem o mesmo comprimento, mas com sítio de restrição Grupo C mesmo tamanho, mas comsítio de restrição no meio
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