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1 Genética Médica – L.M Mutações e polimorfismo Eventualmente no processo de replicação do DNA podem ocorrer nesse processo, que constituem fonte de variabilidade VARIABILIDADE GENÉTICA Variabilidade: condição básica para que ocorram processo evolutivos a) Processo que cria variabilidade – mutação b) Ampliação da variabilidade – recombinação genética MUTAÇÃO A informação não é estática → ela sofre alterações, ou mutações, resultantes do próprio processo de replicação ou de alterações químicas que ocorrem nas moléculas de DNA Mutação – alterações hereditárias do material genético; processo que altera a sequência nucleotídica de um gene ou de um conjunto cromossômico, diferindo da sequência nucleotídica do tipo selvagem Tipo selvagem – refere-se a um alelo → genótipo ou fenótipo que é observado na natureza definido como padrão em relação a um determinado organismo ▪ Genótipo: conjunto de alelos de um gene ▪ Fenótipo: característica fornecida pelo genótipo Alelo – uma das diferentes sequências nucleotídicas apresentadas por um gene, que pode estar presente no locus gênico (localização no cromossomo) Nem todas as mutações são detectáveis fenotipicamente, podendo, no entanto, ser verificadas no nível molecular TIPOS DE MUTAÇÕES • Mutações gênicas ou pontuais – alterações no DNA que envolvem a substituição, adição ou deleção de um único nucleotídeo ou de um segmento “pequeno” de DNA (<100Kb) • Mutações cromossômicas – mudam segmentos cromossômicos, alterando o número de cópias (numéricas) de uma determinada região ou alterando o arranjo (estruturais) dessas partes em 2 Genética Médica – L.M um mesmo cromossomo ou em cromossomos diferentes • Mutações genômicas – não alteram a estrutura do DNA e do cromossomo como um todo, mas altera o número de cromossomos presentes no genoma ERROS DE INCORPORAÇÃO DE NUCLEOTÍDEOS: • As enzimas DNA polimerases humanas (PolD e PolE) tem uma taxa de erro de 1 base em 105 a 107 bases inseridas • 1 base errada para cada 1Mb à 10Mb incorporadas • A incorporação incorreta de nucleotídeos durante a replicação do DNA tem como consequência o estabelecimento de mutações na linhagem de uma das células-filhas resultantes daquela divisão celular MUTAÇÕES GÊNICAS As mutações são classificadas em: ▪ Espontâneas – quando ocorrem sem que haja a interferência conhecida de qualquer agente capaz de ▪ Induzidas – quando ocorrem em frequência aumentada pela ação de agentes físicos e/ou químicos conhecidos, denominados agente mutagênicos A frequência de mutações denomina-se taxa de mutação e é expressa pelo número de mutações por lócus, por gameta e por geração Na espécie humana a taxa média de mutações está em torno de 1/100000/lócus/geração As mutações gênicas podem ser de três tipos: 1. Substituição de base 2. Perda ou deleção 3. Adição ou inserção MUTAÇÕES POR SUBSTITUIÇÃO: As mutações por substituição apresentam denominações diferentes, de acordo com o tipo de bases que envolvem ▪ Transição – quando a substituição abrange bases do mesmo tipo. Ex: substituição de uma purina por outra purina ou de uma pirimidina por outra de igual tipo ▪ Transversão – quando a substituição envolve bases de tipos diferentes, isto é, troca de uma purina por uma pirimidina, ou vice-versa ▪ Mutação com sentido trocado ou incorreto (missense) – quando a substituição de base ocasiona a troca de um aminoácido e seu efeito sobre a proteína depende da natureza da substituição do aminoácido ▪ Mutação sem sentido (nonsense) – se a substituição fizer surgir um dos três códons terminais, finalizando prematuramente a síntese proteica Na maioria dos casos, a cadeia polipeptídica é encurtada e provavelmente não conserva sua atividade biológica normal As substituições também se classificam em: ▪ Diretas – substituições de base que resultam na troca do aminoácido original para um novo aminoácido. Ex: UUU → UUA ▪ Reservas – responsáveis pelo processo inverso, quando ocorrem no mesmo ponto. Ex: UUA → UUU ▪ Silenciosas – quando a mudança implica um códon sinônimo, que não altera o aminoácido. Ex: UUU → UUC ▪ Neutras – quando a substituição de base resulta em troca de aminoácido, mas isso não afeta a atividade da proteína 3 Genética Médica – L.M As substituições de base alteram apenas o códon ao qual ela pertence, acarretando somente a alteração de um aminoácido na proteína Deleção ou inserção múltiplos de três bases – quando se trata de deleção ou inserção de três bases, adjacentes, ou de múltiplos de três bases, há perda ou adição de aminoácidos na cadeia polipeptídica, mas a fase de leitura das bases da sequência restante não se altera, embora o polipeptídeo possa não ser funcional Quando essas mutações não envolvem três bases ou múltiplos de três bases, a leitura se altera até o fim da cadeia, e geralmente o polipeptídeo resultante é não funcional Mutações no DNA não codificador: Inócuas fenotipicamente – a menos que ocorram em sequências do DNA relacionadas com regulação dos genes estruturais do DNA relacionadas com regulação dos genes estruturais ou na junção da emenda entre íntrons e éxons As mutações nas sequências reguladoras podem afetar o nível da expressão gênica, enquanto as mutações na junção da emenda podem causar perda de sequências codificadoras (perda de éxons) ou retenção de sequências não traduzidas (manutenção de íntrons) na molécula de RNA mensageiro, ocasionando erro no encadeamento (splicing) ▪ Mutações estáveis ou fixas – quando são transmitidas inalteradas às gerações seguintes; abrangem as substituições, deleções e inserções de bases ▪ Mutações instáveis ou dinâmicas – quando sofrem alterações ao serem transmitidas nas famílias; consistem em sequências de trincas repetidas que ocorrem em número de cópias aumentadas (amplificação ou expansão de trinucleotídeos) Repetições de trincas: • Ainda não é bem conhecido como ocorre a amplificação ou a expansão do número de repetições de trincas • Sabe-se que as repetições de trincas abaixo de um determinado número para cada doença são fielmente transmitidas, na mitose e na meiose; acima de certo número de repetições para cada doença, são instáveis e geralmente serão transmitidas com aumento ou decréscimo no número de trincas repetidas Segundo seus efeitos fenotípicos, as mutações podem ser classificada em dois tipos: 1. Mutações de perda de função – reduzem ou eliminam a função de seu produto gênico, podendo ser dominante ou recessivas 2. Mutações de ganho de função – resultam em um produto gênico com função reforçada ou nova, sendo geralmente dominantes Mutações que resultam na perda absoluta da função são chamadas de mutações nulas O ganho de função pode ser devido a uma mudança na sequência de aminoácidos do polipeptídeo, atribuindo- lhe uma nova atividade ➢ Mutações neutras – os genomas eucarióticos, como o humano, consistem principalmente em regiões não codificadoras, e provavelmente a maioria das mutações ocorre nessas regiões, que não contêm genes ➢ Mutações somáticas – ocorrem nas células somáticas, acarretam maior prejuízo para o indivíduo; 4 Genética Médica – L.M - Nos adultos, se atingirem células em divisão, podem causar tumores e outras lesões degenerativas; - Se atingirem um zigoto, embrião ou feto, essas mutações podem causar mosaicismo, sendo que o grau deste último dependerá do período do desenvolvimento em que as mutações ocorreram ➢ Mutações gaméticas – ocorrem nas células da linhagem germinativa e são transmitidas às futuras gerações; causam prejuízo ao seu portador, mas dependendo do tipo de dano, poderão acarretar redução da fertilidade MUTAÇÕES POR ERROS DE INSERÇÃO/DELEÇÃO (INDEL) DE NUCLEOTÍDEOS: • “escorregamento”da DNA polimerase Durante a replicação do DNA, a DNA polimerase pode se desassociar da fita de DNA que está sendo copiada, retornando logo em seguida Regiões de repetição – em regiões do genoma que possui sequências nucleotídicas repetidas, a enzima pode retornar antes ou depois do ponto que está sendo copiado – slippage ou “escorregamento” – resultando no aumento ou diminuição do número de cópias daquela repetição Regiões de sequências de repetição em tandem: Ex.: geração de variação do número de nucleotídeos em regiões de microssatélites (CA)n MUTAÇÕES CROMOSSÔMICAS ❖ A estabilidade do número e da morfologia dos cromossomos é fundamental para o seu desenvolvimento harmonioso Qualquer mudança em sua estrutura ou número pode alterar a expressão gênica, produzindo um indivíduo fenotipicamente inviável ou anormal As alterações numéricas e estruturais dos cromossomos constituem as mutações cromossômicas que consistem em uma fonte de variação importante para a evolução das espécies 1. ALTERAÇÕES NUMÉRICAS – perda ou acréscimo de um ou mais cromossomos e podem ser de dois tipos: euploidias e aneuploidias Euploidias – alterações que envolvem todo o genoma, originando células cujo número de cromossomos é um múltiplo exato do número haploide característico da espécie • Haploidia (n) – quando os cromossomos apresentam-se em dose simples como nos 5 Genética Médica – L.M gametas; pode ser um estado normal em alguns organismos o É considerado anormal quando ocorre nas células somáticas de organismos diploides, nesses casos, os indivíduos são, excepcionalmente, pequenos e geralmente estéreis • Poliploidia – quando os cariótipos são representados por três (triploidia, 3n), quatro (tetraploidia, 4n) ou mais genomas; o Na espécie humana não se conhecem indivíduos que sejam totalmente poliploides, quase todos os casos de 3n ou 4n são observados em abortos espontâneos o A triploidia pode ser causada por um erro na fase de maturação da ovulogênese ou da espermatogênese, na divisão meiótica, levando à retenção de um corpúsculo polar ou à formação de um espermatozoide diploide o Dispermia: a triploidia pode ser causada também pela fertilização de um óvulo por dois espermatozoides Células poliploides cujo número de cromossomos pode atingir até 16n são geralmente encontradas no fígado e na medula óssea, bem como em células de tumores sólidos e em leucemias Aneuploidias – alterações que envolvem um ou mais cromossomos de cada par, dando origem a múltiplos não exatos do número haploide característico da espécie o Elas decorrem da não disjunção ou não separação de um ou mais cromossomos durante a anáfase I e/ou II da meiose ou na anáfase da mitose do zigoto o A não disjunção poderá resultar na presença de duas ou mais linhagens celulares diferentes no mesmo indivíduo, fenômeno conhecido como mosaicismo As principais aneuploidias são: • Nulissomia – quando há perda dos dois membros de um par cromossômico (2n-2). As nulissomias são, em geral, letais • Monossomia – quando há perda de um dos cromossomos do par, isto é, quando o número de cromossomos da célula for 2n-1 6 Genética Médica – L.M o Com exceção da monossomia do X, os indivíduos com monossomias completas de qualquer autossomo são geralmente inviáveis • Trissomia – quando um mesmo cromossomo apresenta-se repetido três vezes (2n+1), ocorrendo alterações numéricas mais importante sob o ponto de vista clínico, associadas a malformações congênitas múltiplas e deficiência mental (ex: síndrome de Down) • Tetrassomia – um cromossomo está representado quatro vezes (2n+2) • Trissomia dupla – corresponde à trissomia de dois cromossomos pertencentes a pares diferentes (2n+1+1) 2. ALTERAÇÕES ESTRUTURAIS – são mudanças na estrutura dos cromossomos, que resultam de uma ou mais quebras em um ou mais cromossomos, com subsequente reunião em uma configuração diferente, formando rearranjos balanceados ou não Os rearranjos balanceados são praticamente inofensivos Quando um rearranjo cromossômicos é não balanceado, o complemento cromossômico contém uma quantidade incorreta de material cromossômico e os efeitos clínicos são geralmente muitos graves As quebras podem ocorrer espontaneamente ou pela ação de agentes externos, como radiações, drogas, vírus, etc. Cada quebra em um cromossomo ou cromátide produz duas extremidades, as quais podem ser envolvidas em um dos três tipos de eventos seguintes: I. As extremidades rompidas podem se unir novamente, restaurando a estrutura original do cromossomo II. As extremidades rompidas não tornam a ligar- se e o segmento cromossômico acêntrico perde-se em uma divisão celular subsequente, enquanto o outro segmento, com o centrômero, fica deficiente III. Um ou mais segmentos quebrado de um cromossomo podem se unir a outro cromossomo ou a segmentos cromossômicos Alterações na estrutura são classificadas em dois tipos: 1. Alteração no número de genes – deleções, duplicações, cromossomos em anel e isocromossomos 2. Mudanças na localização dos genes – inversões e translocações 1.1. Deleções ou deficiências – são perda de segmentos cromossômicos, as quais podem ocorrer como resultado de uma simples quebra, sem reunião das extremidades quebradas (deleção terminal) ou de uma dupla quebra, com perda de um segmentos interno, seguida da soldadura dos segmentos quebrados (deleção intersticial) o O efeito das deleções depende da quantidade e da qualidade do material genético perdido, mas geralmente as deficiências são danosas e produzem consequências graves 7 Genética Médica – L.M 1.2. Duplicação – repetição de um segmento cromossômico, causando um aumento do número de genes o A maioria das duplicações resulta de um crossing-over desigual entre cromátides homólogas, durante a meiose, produzindo segmentos adjacentes duplicados e/ou deletados o As duplicações são mais comuns e menos prejudiciais do que as deficiências, concluindo-se que o excesso de genes geralmente é menos prejudicial do que a falta deles o As microduplicações em geral não são prejudiciais, mas certas microdeleções têm sido associadas a algumas síndromes 1.3. Cromossomo em anel – alteração que ocorre quando um cromossomo apresenta duas deleções terminais e suas extremidades, agora sem telômeros, tendem a reunir-se, levando à formação de um cromossomo em anel o Esse tipo de alteração estrutural, geralmente apresenta instabilidade durante a divisão celular 1.4. Isocromossomo – forma-se quando a divisão do centrômero, durante a divisão celular, dá-se transversalmente, em vez de longitudinalmente o Como consequência dessa divisão anormal, os dois cromossomos resultantes apresentam-se com braços iguais (metacêntricos), sendo duplicados para um dos braços originais e deficientes para o outro 2.1. Inversão – uma mudança de 180° na direção de um segmento cromossômico; para ocorrer 8 Genética Médica – L.M inversão, é necessária uma quebra em dois sítios diferentes do cromossomo, seguida pela reunião do segmento invertido o A inversão pode ser peicêntrica (quando o centrômero situa-se dentro do segmento invertido) e paracêntrica (quando o centrômero situa-se fora do segmento invertido) o As inversões são rearranjos balanceados e raramente causam problemas nos portadores, a menos que um dos pontos de quebra danifique um gene funcional importante o Certas inversões podem causar significante desequilíbrio cromossômico para a descendência o Um indivíduo portador balanceado de uma inversão pericêntrica pode produzir gametas não balanceados, se ocorrer um crossing-over dentro do segmento invertido durante a meiose I o Resultado será um cromossomo normal,dois cromos. recombinantes complementares, ambos com deleções de alguns segmentos e duplicações de outros, e um cromos somo com a inversão o Se ocorrer um crossing-over no segmento invertido de uma inversão paracêntrica, resultarão: um cromossomo normal, cromossomos recombinantes acêntricos e dicêntricos, com deleções e duplicações de segmentos, além de um cromossomo com a inversão o Os cromossomos dicêntricos são inerentemente instáveis durante a divisão celular, portanto praticamente incompatíveis com a sobrevivência do embrião 2.2. Translocação – há transferência de segmentos de um cromossomo para outro, geralmente não homólogo o Ocorrem quando há quebra em dois cromossomos, seguida de troca dos segmentos quebrados o Podem ser: - Recíprocas – há trocas de segmentos entre os cromossomos que sofreram quebras - Não recíprocas – o segmento de um cromossomo liga-se a outro, mas não há troca entre eles - Translocações robertsonianas ou fusões cêntricas – formam um tipo especial de translocação, em que dois cromossomos acrocêntricos sofrem quebras nas regiões centroméricas, havendo troca de braços cromossômicos inteiros 9 Genética Médica – L.M AGENTES MUTAGÊNICOS Agentes físicos e químicos – podem induzir mutações no DNA → agentes mutagênicos: radiações ionizantes e substâncias químicas 1. AGENTES FÍSICOS – os principais agente mutagênicos físicos são as radiações ionizantes e as radiações ultravioleta 1.1. Radiações ionizantes: São radiações de alta energia e pequeno comprimento de onda, como os raios X, raios gama, raios cósmicos e partículas emitidas por elementos radioativos A passagem dessas radiações pela célula provoca a liberação de elétrons, o que torna as moléculas altamente instáveis e sucessíveis a reações químicas Tais substâncias se combinam com o DNA, causando erros no pareamento das bases durante a duplicação e rompendo as ligações açúcar-fosfato de modo a causar quebras cromossômicas Considera-se que a dose máxima permissível de radiação é um limite de segurança arbitrário, provavelmente muito menor do que aquela que causaria algum efeito significativo na frequência de mutações prejudiciais na população Tem sido recomendado que a exposição ocupacional não exceda 50 mSv em um ano, e a exposição da população em geral seja inferior a 5 mSv no mesmo período 1.2. Radiações ultravioleta: As UV são menos energéticas e têm maior comprimento de onda do que as ionizantes Quando interagem com a maioria das moléculas orgânicas, as ondas do âmbito da luz visível, ou mais longas, são benigmas As ondas de menor comprimento do que o da luz visível, por serem mais energéticas, têm potencial para desorganizar as moléculas orgânicas Exemplos: as purinas e pirimidinas absorvem mais intensamente os raios UV com comprimento de onda com cerca de 260nm Um dos principais efeitos mutagênicos dos raios UV no DNA é a criação de dímeros de pirimidina, que consistem em duas pirimidinas idênticas, impedindo seu pareamento com a adenina Esses dímeros distorcem a conformação do DNA e inibem sua replicação normal Quando a dimerização induzida pelos raios UV é extensa, é responsável (ao menos parcialmente) pelos efeitos mortais da radiação UV sobre as células 10 Genética Médica – L.M Os raios UV causam, portanto, mutações pontuais, mas poucos defeitos estruturais Para as células germinativas não são prejudiciais, já que são absorvidos na epiderme, mas podem induzir mutações somáticas e câncer na pele 1.3. Efeitos biológicos das radiações: Os efeitos biológicos das radiações dependem da localização da fonte (dentro ou fora do organismo), tipo de radiação, de sua energia e das características do material que as absorve (densidade, conteúdo hídrico, etc.) Existe uma proteção natural contra as mutações: a. A redundância do código genético ajuda a realizar essa proteção, não alteram o aminoácido codificado e, por extensão, a proteína resultante b. A posição em que a substituição de aminoácido ocorre na proteína também pode representar um fator protetor contra as mutações c. Uma mutação pode ter efeito condicional, afetando o fenótipo apenas sob determinadas condições Além desses fatores protetores, existem sistemas de reparo que amenizam o efeito dos agentes mutagênicos 2. AGENTES QUÍMICOS – os efeitos das substâncias químicas sobre o material genético são mais variados do que os das radiações Os principais mutagênicos químicos são os: análogos de bases, compostos com ação direta, agente alquilantes e os corantes de acridina A ação dos agentes químicos sobre a molécula de DNA é mais conhecida, podendo causar não disjunção meiótica, quebras cromossômicas e mutações pontuais 2.1. análogos de bases – substâncias cuja estrutura química é tão semelhante à das bases nitrogenadas que podem ser incorporadas ao DNA, substituindo-as durante a replicação deste • Ex: análogo de base 5-bromouracil (5-BU): o Um derivado da uracil que se comporta como análogo da timina o A estrutura da 5-bromouracil (5-BU) é análoga a timina, porém, sua forma enólicapareia com guanina. o Dessa forma, na replicação seguinte, o par A-T muda para G-C o Além de gerar mutações pontuais, aumenta a sensibilidade da molécula à luz UV. o 5-BU é um dos compostos usados em tratamento de neoplasmas 11 Genética Médica – L.M 2.2. Compostos com ação direta – não são incorporados ao DNA, mas modificam diretamente a estrutura das bases Uma dessas substâncias é o ácido nitroso, responsável pela desaminação da adenina e da citosina, fazendo com que a primeira se altere para hipoxantina, que pareia com a citosina e não com a timina, enquanto a citosina se modifica em uracil, que pareia com a adenina e não com a guanina 2.3. Agentes alquilantes – constituem os mais potentes mutagênicos. Eles doam um grupo alquila para os grupos amino ou cetona dos nucleotídeos; usados em quimioterapia (agentes antineoplásicos) Ex: o etilmetanossulfonato age sobre a guanina, enfraquecendo sua ligação com a desoxirribose; a guanina assim é perdida e, em seu lugar, pode entrar qualquer base 2.4. Corantes de acridina – ligam-se ao DNA, inserindo-se entre bases adjacentes; isso ocasiona, durante a replicação do DNA, distorção da hélice de DNA e mudanças na fase de leitura, resultando em adição ou deleção de nucleotídeos Além dessas substâncias, existem outras, como a cafeína, que interferem no sistema de reparo do DNA, inibindo a síntese das purinas e produzindo, consequentemente, quebras e deleções na molécula do DNA Os mutagênicos químicos integram-se ao sistema metabólico do organismo, sendo convertidos em outros compostos que podem perder sua capacidade mutagênica como adquirir mutagenicidade. Ex: ciclofosfamida Embora os mutagênicos químicos atuem de maneira diversificada, há estágios da gametogênese mais sensíveis à maioria deles, sendo particularmente vulneráveis, no homem, as espermátides e os espermatozoides e, na mulher, as oogônias e os oócitos. 12 Genética Médica – L.M MUTAÇÕES PONTUAIS ESPONTÂNEAS Pareamento anômalos – alguns erros gerados na replicação ocorrem devido a mudanças químicas espontâneas no DNA, gerando bases nitrogenadas tautoméricas (isômeros estruturais das bases frequentes no DNA) 13 Genética Médica – L.M Desaminação – perda do grupo químico amino (NH2) devido a um dano oxidativo (por exemplo), ação do peróxido de hidrogênio – H2O2 o Principal fonte de mutagênese espontânea em células humanas Metilação da citosina – inserção de grupo químico CH3 ― Marcação epigenética comum encontrada no genoma realizada por enzimas DNA- metiltransferases ― A desanimação da 5-metilcitosina gera a base nitrogenada timina ― Na próximareplicação do DNA, esta timina pareará coma adenina Análogos de bases nitrogenadas – devido à sua semelhança com determinadas bases nitrogenadas, eles podem ser incorporados ao DNA, substituindo-as: Agentes intercalantes – químicos que possuem afinidade pelo DNA • Usados na pesquisa para detectar e quantificar DNA e no tratamento ao câncer como agente antineoplásico • Posicionam-se entre duas bases vizinhas de uma mesma cadeia da hélice do DNA, aumentando a distância entre elas e distorcendo a hélice • No caso de o agente estar intercalado em uma cadeia molde pode ocorrer, durante a síntese da cadeia complementar, a entrada de um nucleotídeo adicional correspondente ao maior espaço entre as bases, causado pela presença do agente • Assim os agente intercalantes causam mutações do tipo deleção ou inserção de bases SISTEMA DE REPARO Nem todas as mutações que ocorrem no genoma se mantêm após a replicação do DNA ou a transmissão do mesmo pelas linhagens celulares Parte da informação contida no genoma é voltada para a própria manutenção do DNA = Sistemas de reparo de danos ao DNA Podem agir durante a replicação ou em alguns dos pontos de checagem do ciclo celular • Ponto de checagem G1 • Ponto de checagem G2 • Ponto de checagem M A importância do reparo do DNA em eucariotos é comprovada pela identificação de mais de uma centena de genes de reparo no genoma humano 14 Genética Médica – L.M Os sistemas de reparo podem ser classificados em vários tipos: 1. REPARO DIRETO – é raro e envolve a reversão ou simples remoção do dano Ex: reparo por fotorreativação, em que o dano causado pela luz UV é parcialmente revertido se as células lesadas forem expostas à luz azul do espectro visível Esse sistema de reparo é encontrado na natureza, especialmente em plantas, mas não é observado em humanos e outros organismos 2. REPARO POR EXCISÃO – pode ser subdivididos em: 2.1. reparo por excisão de base 2.2. reparo por excisão de nucleotídeo 2.3. reparo de pareamento incorreto Reparos por excisão de base e de nucleotídeos consistem nos seguintes passos: a) O dano presente em uma das fitas de DNA é reconhecido e eliminado enzimaticamente por uma endonuclease b) Uma DNA-polimerase preenche esse espaço com a inserção de nucleotídeos complementares aos da fita intacta usada como molde replicativo c) A DNA-ligase sela o “corte”, fechando o espaço No caso do dano causado pela radiação ultravioleta em humanos, o reparo por excisão de nucleotídeo é mais complexo, envolvendo vários genes e proteínas Há pelo menos sete genes envolvidos no reparo por excisão de nucleotídeo De modo simplificado, esse reparo se inicia pelo desenrolamento das fitas de DNA junto à lesão por um fator de transcrição e produtos de alguns genes XP com atividade de helicases, em seguida, endonucleases codificadas por outros genes XP quebram a sequência de DNA que contém o dímero, enquanto uma exonuclease remove os nucleotídeos alterados Há a reconstrução do trecho removido, com o auxílio de uma DNA-polimerase, e sua união à cadeia nucleotídica, pela ação de uma DNA-ligase • O reparo de pareamento incorreto é realizado pela varredura do DNA em busca de bases que não estão pareadas adequadamente • Nos pareamentos incorretos que surgem durante a replicação, em geral a sequência de fitas recém- sintetizadas (“fitas novas”) é corrigida, mediante reparo por excisão semelhante aos já descritos 3. REPARO POR RECOMBINAÇÃO HOMÓLOGA – lida com quebras da dupla-hélice do DNA em 15 Genética Médica – L.M eucariotos, em consequência de exposição a radiações ionizantes, por exemplos Esses danos podem levar a rearranjos cromossômicos, doenças sindrômicas e morte celular O primeiro passo desse processo envolve uma enzima que reconhece a quebra da fita dupla e digere as extremidades 5´da hélice de DNA rompida, deixando pendentes as extremidades 3´ Uma dessas extremidades procura uma região de complementaridade na cromátide-irmã e, então, invade a região homóloga da cromátide-irmã, alinhando as sequências complementares A síntese de DNA continua a partir da extremidade 3´pendente usando a fita íntegra de DNA como molde A seguir, a molécula heterodúplice é resolvida, e as cromátides-irmãs se separam Esse processo de reparo ocorre geralmente após a replicação do DNA, no fim da fase S ou na fase G2 do ciclo celular 4. REPARO POR JUNÇÃO DE EXTREMIDADES NÃO HOMÓLOGAS Tipo de reparo de quebra da dupla-hélice do DNA, em que o sistema pode unir extremidades de DNA não homólogas Esse sistema é ativado na fase G1 do ciclo celular, portanto antes da replicação do DNA Diz-se que esse sistema de reparo é sujeito a erros 5. REPARO POR SUBUNIDADES CATALÍTICAS DA DNA-POLIMERASE Muitas DNA-polimerases podem ressisntetizar segmentos de DNA, para reposição. Em geral, essas enzimas utilizam-se do mecanismo de revisão para verificar as sequências das fitas e remover erros CONSEQUÊNCIAS DAS MUTAÇÕES Quanto ao tipo de célula em que ocorre: Células somáticas – em geral, tem pouca influência ao indivíduo como um todo. Contudo, o acúmulo de mutações em regiões responsáveis pelo controle do ciclo celular podem levar ao câncer Células embrionárias – altera partes (tecidos e órgãos) do corpo derivados da células que sofre alteração em seu genoma Células germinativas – influencia a próxima geração, ou a sua formação ou o seu desenvolvimento Mesmo com a ação dos mecanismos de reparo, estima- se que uma pessoa “receba” cerca de 75 novas mutações em seu genoma de um dos progenitores Quanto ao fenótipo: Inexistente ou imperceptível – em regiões não codificantes e que também não estão envolvidas em mecanismos de regulação da expressão gênica/em regiões codificantes sem alterar a sequência das proteínas Pouca consequência (com ou sem consequência clínica) – variabilidade anatômica, fisiológica, intolerâncias alimentares, susceptibilidade à infecções, predisposição a tipos de câncer, resposta terapêutica 16 Genética Médica – L.M ou adversa a medicamentos, diferenças de personalidade, aptidão e talento artístico, etc. Grande consequência fenotípica – mutações de grande efeito fenotípico, muitas vezes associadas a condições patológicas Quando ocorre em regiões codificantes de proteínas: Mutações silenciosas – troca de um nucleotídeo em um códon que continua codificando o mesmo aminoácido (degeneração do código genético) → mutações sinônima Mutação conservativa – troca de um nucleotídeo em um códon que leva à troca do aminoácido por outro com propriedades químicas semelhantes → mutação não-sinônima Mutação de troca de sentido – troca de um nucleotídeo em um códon que codifica aminoácido diferentes, com propriedade química diferente → mutação não-sinônima Mutação sem sentido – troca de um nucleotídeo em um códon resultando em um códon de término da tradução (códon de parada) Mutação de matriz de leitura – inserção ou deleção de nucleotídeo (não múltiplos de 3) em uma região codificantes que alteram a sequência de leitura do RNAm na tradução Quanto ao funcionamento dos genes e doenças humanas com base genética: Mutações pontuais pode levar a: • Perda de função (ausência ou redução da atividade original da proteína) ou ganho de função (a proteína modificada tem uma função alterada com relação a original) • Mutações pontuais podem alterar a expressão de um gene se ocorrerem em regiões regulatórias (promotor, acentuadores...), inibindo a sua expressão ou alterando o padrão espaço-temporal em que ele é expresso VARIABILIDADE GENÉTICA HUMANA A variação é a diferença nas sequências de DNA entre os indivíduos de uma população A variabilidade genética humana pode ser gerada por vários mecanismos de mutaçãoDuas pessoas não apresentadas tem cerca de 99,5% - 99,9% similaridade de sequências nucleotídicas em seu genoma nuclear. Variam entre 1-5pb em cada 1000pb de DNA Dessa forma, a variação genética é a regra A ocorrência de múltiplos alelos de um mesmo locus genético, com frequência acima de 1% é chamado de polimorfismo genético POLIMORFISMO GENÉTICO PRINCIPAIS TIPOS DE POLIMORFISMOS: • SNP – polimorfismo de nucleotídeo único • Inserção e deleção (Indels) – poucos pb, SINEs, Alu • Repetição de sequência – polimorfismo de número variável de repetições em tandem ― STR ― VNTR • Variações de número de cópias (CNV) POLIMORFISMO DE TROCA ÚNICA -SNP • Pimorfismo por substituição de um único nucleotídeo • Grande densidade no genoma ― Distribuição não homogênea ― Um SNP a cada par de base • 80 a 90% da variabilidade do DNA • Tipicamente dois alelos 17 Genética Médica – L.M • Estáveis • Excelente marcadores para gerar mapas genéticos densos → potencial determinado gene para doenças complexas • Alta abundância e a facilidade de genotipagem MUTAÇÃO X POLIMORFISMO Polimorfismo genético: em uma população, é a coexistência de dois ou mais alelos em determinado loco cromossômico, onde o mais raro tem uma frequência maior do que 1% IMPORTÂNCIA DO ESTUDO DA VARIABILIDADE GENÉTICA Os padrões de diversidade genética nos informam sobre a história da população Cada grande evento demográfico deixa uma marca na diversidade genômica coletiva de uma população • Redução no tamanho da população – reduz a diversidade genética • Aumento no tamanho da população – eventualmente a diversidade • Troca de migrantes entre populações – maior similaridade genética • Isolamento das populações – preserva a singularidade genética 18 Genética Médica – L.M Essas assinaturas demográficas são passadas de geração em geração, de modo que os genomas dos indivíduos modernos refletem sua história demográfica Variabilidade genética no estudo de doenças complexas PROJETO 1000 GENOMAS: Objetivo – encontrar as variantes genéticas nas populações estudadas Análise do genoma de 2504 indivíduos pertencentes a 26 populações 88 milhões de variantes genéticas: • 84,7 milhoões de SNPs • 3,6 milhões de indels (inserção/deleções) • 60 mil variantes genéticas estruturais GENOMA TÍPICO: 10000 a 12000 loci com variantes que alteram a sequência de peptídeo 149 a 182 loci com variantes sem sentido 459000 a 565000 loci com variantes que se sobrepões a regiões regulatórias conhecidas (regiões não traduzidas (UTRs), promotores, isoladores, potenciadores e sítios de ligação com fator de transcrição 24 a 30 variantes já implicadas em doenças raras Embora as variantes mais comuns sejam compartilhadas em todo o mundo, as variantes mais raras são tipicamente restritas a população estreitamente relacionadas A área de cada gráfico de pizza é proporcional ao número de polimorfismos em uma população. Os gráficos são divididos em quatro fatias, representando variantes privadas para a população (cor mais escura exclusiva), privadas para uma área continental (cor mais clara compartilhada por todo o grupo continental), compartilhadas entre áreas continentais (cinza claro) e compartilhadas entre todos os continentes ( cinza escuro) REPARO DE MUTAÇÕES A taxa final de erros pode ser da ordem de 10-10 ( 1 em 10bilhões) REPARO POR EXCISÃO DE BASES NITROGENADAS → A desaminação de citosina gera uma uracila e resulta na troca de pares GC para AT após o próximo passo de replicação/divisão celular 19 Genética Médica – L.M → Uracilas na molécula do DNA são retiradas pela Uracil-glicosilase (Ung-U), tornando o sítio apurínico (sem base nitrogenada purina) → Enzima APEX (nuclease) cliva a fita de DNA → DNApol + DNA ligase + XRCC (proteína de reparo) repõem o nucleotídeo faltante REPARO POR EXCISÃO DE NUCLEOTÍDEOS ACOPLADO À TRANSCRIÇÃO ❖ O processo de transcrição é interrompido em sítios com mutações → Moléculas de controle do reparo do DNA são acionadas → Uma vez que o dano é reconhecido pelas proteínas CS, um complexo proteico de reparo é montado na região danificada (proteínas XPs de reparo + proteínas RPA de ligação à fita simples de DNA + fator de transcrição TF) → Outras proteínas (XPG e ERCC) clivam o DNA na extremidade 5´e 3´do local danificado → DNA polimerase (+ PCNA) recupera a região retirada, com base na fita íntegra REPARO DE MAL PAREAMENTO ❖ Inserções, deleções e incorporação errada de nucleotídeos no DNA → Complexo Mut (MHA2+MSH6) revisam a fita de DNA em busca de erros de pareamento → O complexo Mut atrai outras proteínas de reparo (MLH+PMS+EXD) que retiram alguns nucleotídeos da região danificada → A DNA polimerase é então acionada, levando à polimerização da nova fita de DNA → DNA polimerases – algumas polimerases humanas possuem atividade exonuclease 3´ → 5´ que remove nucleotídeos mal pareados 20 Genética Médica – L.M REPARO DE QUEBRA DE FITA DUPLA DE DNA 1. Reparo por recombinação homóloga (cromossomo homólogo integro é utilizado como molde para o reparo) 2. Junção de extremidade não-homólogas (ou recomposição da cromátide) Quebra da fita dupla de DNA (dsDNA) aciona uma série de proteínas que se ligam à extremidade da molécula quebrada. Tais proteínas adequam o DNA para se reconectar Um complexo proteico (Artemis+PK) é recrutado mantendo a união das extremidades lesionadas do DNA Nucleotídeos são inseridos pela DNApol até as fitas complementares se reconectarem (pontes de hidrogênio)
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