Microbiologia - VIROLOGIA

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VIROLOGIA
 MICROBIOLOGIA
1. Principais características dos vírus 2. Morfologia viral 3. Etapas da replicação dos vírus 4. Um caso especial: o retrovírus 5. Patogênese da infecção viral 6. Principais métodos diagnósticos
1. PRINCIPAIS CARACTERÍSTICAS DOS VÍRUS
Vírus - seu pequeno tamanho permite-lhes passar através de filtros projetados para reter bactérias. Os vírus não tem a capacidade de gerar energia (ou substratos) e de fazer suas próprias proteínas, nem de replicar seu genoma independentemente da célula do hospedeiro - Dessa forma, não há metabolismo ativo fora da célula hospedeira. 
Diferentemente da maioria das bactérias, dos fungos e dos parasitas, os vírus são agentes infecciosos conhecidos como parasitas intracelulares obrigatórios. 
Os vírus mais simples consistem em um: genoma de ácido desoxirribonucleico (DNA) ou ácido ribonucleico (RNA) empacotado em um envoltório protetor de proteína e, em alguns vírus, em uma membrana. 
A função básica do vírion (partícula do vírus) é carrear o genoma viral para dentro da célula, a fim de ser replicado e amplificado microrganismos. 
O vírus é um arranjo molecular, constituído por proteínas, ácido nucleico e, eventualmente, um envelope lipídico e sua função é levar a informação genética para a próxima célula a ser infectada
Os vírus são seres vivos?
É uma resposta polêmica e já perdura há décadas - A vida pode ser definida como um conjunto complexo de processos resultantes da ação de proteínas codificadas por ácidos nucleicos. Os ácidos nucleicos das células vivas estão em atividade o tempo todo. Sob o aspecto de que são inertes fora das células vivas de seu hospedeiro, os vírus podem não ser considerados organismos vivos. No entanto, descobertas mais recentes mostraram que diversos vírus, como os poxvírus (cujo exemplo principal é o vírus da varíola) e os herpesvírus (grupo que inclui os vírus causadores do herpes labial e genital), são capazes de transcrever seus genomas gerando RNAs mensageiros, antes de entrar em uma célula hospedeira. Além disso, quando os vírus penetram uma célula hospedeira, o ácido nucleico viral torna-se ativo e ocorre a multiplicação viral - Sob esse prisma, os vírus estão “vivos” quando se multiplicam dentro da célula hospedeira. Do ponto de vista clínico, os vírus podem ser considerados vivos por serem capazes de causar infecção e doença, assim como bactérias, fungos e protozoários patogênicos. Dependendo do ponto de vista, um vírus pode ser considerado um agregado excepcionalmente complexo de elementos químicos ou um microrganismo vivo extraordinariamente simples. Então afinal, é um ser vivo ou não? Enquanto a ciência avança e desenvolve estudos mais próximos da resposta, concluímos que os vírus são apenas parasitas intracelulares obrigatórios
2. MORFOLOGIA VIRAL
Os vírus clinicamente importantes variam de 18 a 300nm. - Estes últimos são quase visíveis em microscópio óptico e têm aproximadamente 1/4 do tamanho das bactérias estafilocócicas. 
Os vírions maiores podem abrigar um genoma maior, capaz de codificar mais proteínas, sendo eles geralmente mais complexos. 
A arquitetura dos vírus ou sua simetria é definida pela forma e pela composição das subunidades proteicas que compõem o capsídeo - assim como as interações dessas proteínas com o ácido nucleico viral. Ao contrário das células procarióticas e eucarióticas nas quais o DNA é sempre o material genético principal (o RNA tem um papel auxiliar), os vírus podem possuir tanto 
DNA como RNA, mas nunca ambos. O ácido nucleico dos vírus pode ser de fita simples ou dupla. Existem vírus que apresentam o familiar DNA de dupla-fita, DNA de fita simples, RNA de dupla-fita e RNA de fita simples. Dependendo do vírus, o ácido nucleico pode ser linear ou circular, e há alguns em que ele é segmentado. 
A porcentagem de ácido nucleico viral em relação à porcentagem de proteína é de cerca de 1% no caso do vírus influenza e de cerca de 50% para certos bacteriófagos.
Capsídeo e/ou Envelope = É a camada externa do vírion.. Essas estruturas são o pacote, a proteção e o veículo de liberação durante a transmissão do vírus de um hospedeiro para outro e para a dispersão para a célula-alvo dentro do hospedeiro. As estruturas da superfície do capsídeo e do envelope que medeiam a interação do vírus com a célula alvo por meio de uma proteína de fixação viral (VAP). 
A remoção ou rompimento da parte externa deste pacote inativa o vírus. Desse modo, os anticorpos gerados contra os componentes dessas estruturas impendem a infecção viral. 
Capsídeo - é uma estrutura rígida capaz de resistir a severas condições ambientais. Os vírus com capsídeos sem cobertura são geralmente resistentes ao ressecamento, ao ácido e a detergentes, incluindo o ácido e a bile do trato gastrointestinal. Muitos desses vírus são transmitidos pela rota fecal-oral e podem preservar a capacidade de transmissão mesmo no esgoto. Vírus não envelopados “nus” ou “descobertos” = Vírus cujos capsídeos não são envoltos por um envelope - Nesse caso, o capsídeo protege o ácido nucleico viral do ataque das nucleases presentes nos fluidos biológico e promove a ligação da partícula às células suscetíveis. Cada capsídeo é composto de subunidades proteicas, denominadas capsômeros. Em alguns vírus, as proteínas que compõem os capsômeros são de um único tipo; em outros de vários tipos. 
Os capsômeros são visíveis nas micrografias eletrônicas e sua organização é característica para cada tipo de vírus. 
Envelope = é uma membrana composta de lipídios, proteínas e glicoproteínas, que pode ser mantida apenas em soluções aquosas. É prontamente rompida por ressecamento, condições ácidas, detergentes e solventes (como éter), o que resulta na inativação do vírus. Como consequência, vírus envelopados devem permanecer úmidos e são geralmente transmitidos em fluidos, sangue e tecidos. A maioria não sobrevive às condições severas do trato gastrointestinal.
Espículas (no envelope) = Dependendo do vírus, os envelopes podem apresentar espículas = proteína que se projetam da superfície do envelope. Alguns vírus se ligam à superfície da célula hospedeira através das espículas, que são características tão marcantes de alguns vírus que podem ser utilizadas para a sua identificação. 
A capacidade de determinados vírus, como o influenza, de agregar hemácias está associada à presença das espículas. Esses vírus se ligam às hemácias, formando pontes entre elas. A agregação resultante, chamada de hemaglutinação, é a base de diversos testes laboratoriais úteis.
Brotamento = Processo de aquisição do envelope. Requer primeiramente o direcionamento das espículas para uma membrana celular (local de brotamento) e, posteriormente, ocorre a interação entre proteínas virais intracitoplasmáticas com essas proteínas virais inseridas na membrana celular.
As proteínas do capsídeo ou as proteínas de ligação do ácido nucleico podem associar-se com o genoma para formar um nucleocapsídeo, que pode ser o mesmo do vírion ou envolto por um envelope
3. ETAPAS DA REPLICAÇÃO DOS VÍRUS
As principais etapas de replicação viral são as mesmas para todos os vírus. A célula age como uma fábrica, fornecendo os substratos, a energia e o maquinárionecessários para a síntese de proteínas virais e para replicação do genoma. 
Os processos não providos pelas células devem ser codificados no genoma do vírus. A maneira pela qual cada vírus cumpre essas etapas e supera as limitações bioquímicas da célula é distinta para diferentes estruturas do genoma e do vírion (seja ele envelopado ou tenha ele o capsídeo descoberto). 
Para que um vírus se multiplique, ele precisa invadir a célula hospedeira e assumir o comando da sua maquinaria metabólica. Um único vírion pode dar origem (em uma única célula hospedeira) a milhares de partículas virais iguais; contudo somente 1 a 10% dessas partículas podem ser infecciosas. 
As partículas não infecciosas (partículas defeituosas) resultam de mutações e erros na fabricação e montagem do vírion. Esse processo pode alterar drasticamente a célula hospedeira, podendo causar sua morte. Em algumas infecções virais, a célula sobrevive e continua a produzir vírus indefinidamente. 
ETAPAS DA REPLICAÇÃO VIRAL
1. Adsorção
A replicação dos vírus se inicia com a adsorção - etapa em que haverá reconhecimento e fixação à célula-alvo. A ligação das VAPs ou estruturas na superfície do capsídeo do vírion ao receptores na célula inicialmente determina quais células podem ser infectadas por um vírus. Os receptores para o vírus na célula podem ser proteínas, carboidratos, glicoproteínas ou glicolipídeos. Os vírus que se ligam aos receptores expressos em tipos específicos de célula podem ser restritos a certas espécies (espectro de hospedeiros, p. ex., humanos, camundongos) ou tipos específicos de células. 
A suscetibilidade da célula-alvo define o tropismo tecidual (p. ex. neurotrópico, linfotrópico).]
A estrutura de fixação viral num capsídeo do vírus pode ser parte do capsídeo ou uma proteína que se estende a partir desse capsídeo. Os sítios de ligação dos vírus estão distribuídos ao longo de toda a superfície da partícula viral, e os sítios em si variam de um grupo de vírus para outro. Na maioria dos vírus envelopados, como o vírus influenza, os sítios de adesão são espículas localizadas na superfície do envelope - Logo que uma espícula se liga ao receptor da célula hospedeira, sítios receptores adicionais da mesma célula migram em direção ao vírus. A ligação de muitos sítios completa o processo de adsorção.
2. Penetração
Interações entre múltiplas VAPs e os receptores celulares iniciam a internalização do vírus para dentro da célula. Muitos vírus penetram nas células eucarióticas por endocitose mediada por receptor. A membrana plasmática está constantemente sofrendo invaginações para formar vesículas que contêm elementos originados do exterior da célula e que são levados para o seu interior para serem digeridos - Se um vírion se liga à membrana plasmática de uma potencial célula hospedeira, a célula envolverá o vírion e formará uma vesícula. Os vírus envelopados podem penetrar por um processo alternativo, chamado de fusão, no qual o envelope viral se funde à membrana plasmática e libera o capsídeo no citoplasma da célula. O pH ideal para a fusão determina se a penetração ocorre na superfície celular em pH neutro ou se o vírus deve ser internalizado por endocitose e a fusão ocorrer em um endossomo em pH ácido. A atividade de fusão pode ser provida pela VAP ou por outra proteína.
3. Descapsidação
Uma vez internalizado, o nucleocapsídeo deve ser transferido para o sítio de replicação dentro da célula e o capsídeo ou o envelope, é removido. O genoma dos vírus DNA, exceto os do tipo poxvírus, deve ser transferido para o núcleo, enquanto a maioria dos vírus RNA permanece no citoplasma. O processo de descapsidação pode ser iniciado por uma fixação ao receptor ou promovido por ambiente ácido ou por proteases encontradas em um endossomo ou lisossomo. 
4. Transcrição, tradução e replicação
Uma vez dentro da célula, o genoma deve dirigir a síntese de RNAm viral e de proteínas e gerar cópias idênticas de si próprio. O genoma é inutilizado a menos que possa ser transcrito em RNAm funcionais capazes de se ligar aos ribossomos e serem traduzidos em proteínas. O modo pelo qual cada vírus cumpre essas etapas depende da estrutura do genoma. Vírus de DNA = em geral, os replicam seu genoma no núcleo da célula hospedeira, usando enzimas virais, e sintetizam as proteínas do capsídeo e outras proteínas no citoplasma, usando enzimas do hospedeiro. Vírus de RNA = multiplicam-se essencialmente da mesma forma que os vírus de DNA, com exceção de que os vírus de RNA se multiplicam no citoplasma da célula hospedeira. Diversos mecanismos distintos de produção de RNAm são observados entre os diferentes grupos de vírus de RNA. As principais diferenças entre os processos de multiplicação residem na forma como o RNAm e o RNA viral são produzidos. Estes vírus têm uma RNA-polimerase dependente de RNA. - genes virais induzem a produção dessa enzima pela célula hospedeira e ela catalisa a síntese de outra fita de RNA, complementar à sequência de bases da fita infecciosa original. Para a síntese de proteína viral, todos os vírus dependem dos ribossomos da célula do hospedeiro, do RNAt e dos mecanismos para a modificação pós-traducionais. A ligação do RNAm ao ribossomo é mediada por uma estrutura de guanosina metilada ou uma estrutura especial em alça de RNA, que se liga internamente junto com o ribossomo para iniciar a síntese de proteína. Algumas proteínas virais requerem modificações pós-traducionais, tais como fosforilação, glicosilação, acilação ou sulfatação. A fosforilação da proteína é realizada por proteínas quinases celulares ou virais e é um modo de modular, ativar ou inativar proteínas
O ribossomo eucariótico se liga ao RNAm e pode produzir apenas uma proteína contínua, e então ele se desprende do RNAm. Cada vírus lida com essa limitação de maneira diferente, dependendo da estrutura do genoma. Por exemplo, o genoma inteiro de um vírus RNA de fita positiva é lido pelo ribossomo e traduzido em uma poliproteína gigante que é subsequentemente clivada por proteases celulares e virais em proteínas funcionais. Os vírus de DNA, os retrovírus e a maioria dos vírus de RNA de fita negativa transcrevem RNAm separado para poliproteínas menores ou proteínas individuais
5. Maturação
A montagem do capsídeo proteico constitui o primeiro passo no processo de maturação viral – é, em geral, um processo espontâneo análogo a um quebra-cabeça tridimensional entrelaçado que se coloca junto como uma caixa. O vírion é construído a partir de partes pequenas e facilmente fabricadas - que incluem o genoma. Cada parte do vírion possui estruturas de reconhecimento que permitem ao vírus formar as interações apropriadas proteína-proteína, proteína-ácido nucleico e (nos vírus envelopados) proteína-membrana, necessárias para a montagem na estrutura final. O processo demontagem começa quando as peças necessárias são sintetizadas e a concentração de proteínas estruturais na célula é suficiente para dirigir o processo termodinamicamente, muito parecido com a reação de cristalização. A montagem pode ser facilitada por proteínas de armação ou outras proteínas, algumas são ativadas ou liberam energia na proteólise. O sítio e o mecanismo de montagem do vírion na célula dependem de onde ocorre a replicação do genoma, e se a estrutura final é um capsídeo descoberto ou um vírus envelopado.A montagem dos vírus de DNA (exceto os poxvírus) acontece no núcleo e requer transporte das proteínas do vírion para dentro do núcleo. 
A montagem dos vírus de RNA e dos poxvírus ocorre no citoplasma. Os capsídeos dos vírus podem ser montados como estruturas vazias (procapsídeos) para serem preenchidos com o genoma ou podem ser montados em volta do genoma. 
Nos vírus envelopados, as glicoproteínas virais recém-sintetizadas e processadas são transferidas para membrana celular pelo transporte vesicular - A aquisição de um envelope ocorre após a associação do nucleocapsídeo com regiões contendo glicoproteínas virais das membranas celulares do hospedeiro, em um processo chamado brotamento.
6. Liberação
Os vírus podem ser liberados das células após a lise celular, por exocitose ou pelo brotamento da membrana plasmática. 
Os vírus de capsídeo descoberto são geralmente liberados depois da lise celular. A liberação de muitos vírus envelopados acontece após o brotamento da membrana plasmática, sem matar a célula. A sobrevivência da célula permite a liberação contínua de vírus a partir dessa fábrica. A lise e o brotamento da membrana plasmática são meios eficientes de liberação..
A disseminação da infecção ocorre quando o vírus é liberado para o meio extracelular, mas alternativamente, o vírus, o nucleocapsídeo ou o genoma pode ser transmitido através das pontes célula-célula, em fusão célula-célula ou verticalmente para as células-filhas. Essas rotas alternativas permitem que o vírus escape da detecção do anticorpo.
4. UM CASO ESPECIAL: O RETROVÍRUS 
Os retrovírus constituem uma categoria de vírus envelopados, de ácido ribonucleico (RNA), com morfologia e meios de replicação únicos. Eles carreiam uma transcriptase reversa, que utiliza o RNA viral como molde para a síntese de um DNA de dupla-fita complementar - Essa enzima também degrada o RNA viral original. O DNA viral integra-se ao cromossomo da célula hospedeira na forma de um provírus - o qual nunca é removido do cromossomo. Na forma de provírus - o HIV (por exemplo) é protegido do sistema imune do hospedeiro e dos fármacos antivirais.
O nome retrovírus deriva das letras iniciais da transcriptase reversa (reverse transcriptase)
Em alguns casos, o provírus permanece em estado latente e se replica somente quando o DNA da célula hospedeira é replicado. Em outros o provírus é expresso e produz novos vírus, que podem infectar células vizinhas. Agentes mutagênicos (como radiação gama) - podem induzir a expressão de um provírus. 
Retrovírus oncogênicos - o provírus pode converter a célula hospedeira em uma célula tumoral
 Estrutura dos Retrovírus Os retrovírus apresentam formato esférico, com diâmetro de 80 a 12nm, e são envelopados. O envelope contém glicoproteínas virais e é adquirido pelo brotamento a partir da membrana plasmática. O envelope reveste o capsídeo que contém, no seu interior, duas cópias idênticas do genoma de RNA fita simples dentro de um núcleo eletrodenso. O vírion contém entre 10 e 50 cópias das enzimas transcriptase reversa e integrase e dois RNAs de transferência celular (RNAt) - Esses RNAt estão associados com cada cópia do genoma e podem ser utilizados como iniciadores (primers) para a transcriptase reversa. A morfologia do nucleocapsídeo difere entre os vírus e pode ser utilizada como forma de classificação dos retrovírus. Ex. o núcleo do vírion do HIV se assemelha a um cone seccionado
5. PATOGÊNESE DA INFECÇÃO VIRAL
Visão Geral
Os vírus causam doenças quando atravessam as barreiras de proteção natural do corpo, escapam do controle imune e matam as células de um tecido importante (p.ex., o cérebro) ou então desencadeiam resposta imune e inflamatória destrutiva. As consequências de uma infecção viral são determinadas pela natureza da interação vírus-hospedeiro e pela resposta do hospedeiro à infecção. O melhor tratamento é a resposta imune, 
mas, com frequência, ela contribui para a patogênese da infecção viral. 
Muitos vírus codificam atividades (fatores de virulência) que promovem maior eficiência da replicação viral, transmissão, acesso e ligação do vírus ao tecido-alvo ou escape das defesas do hospedeiro e da resolução pelo sistema imune. Essas atividades podem não ser essenciais para o crescimento viral em cultura de células, mas são necessárias à patogenicidade ou à sobrevivência do vírus no hospedeiro. A perda desses fatores de virulência resulta na atenção do vírus. Muitas vacinas constituídas por vírus vivos são, na verdade, constituídas por variantes atenuadas desses vírus
A patogênese da infecção viral progride por meio de etapas:
1. Contágio
2. Penetração
3. Disseminação
4. Manifestações do vírus 
(sintomática ou assintomática)
1. Contágio
Os vírus somente são mantidos na natureza se puderem ser transmitidos de um hospedeiro para outro, da mesma espécie ou não. A transmissão do vírus na natureza pode ocorrer de duas formas:
Transmissão vertical (da mãe para o feto - esse processo pode ocorrer durante a gestação ou durante o nascimento). Transmissão horizontal (de um indivíduo para outro da mesma espécie ou não); A transmissão horizontal pode ocorrer por meio de: • Contato: diretamente de um indivíduo infectado para um hospedeiro susceptível a partir de contato sexual, saliva, contato direto com pele infectada, ou indiretamente por objetos ou perdigotos (aerossóis, secreções respiratórias ou saliva). • Veículo: água ou alimentos contaminados. • Vetores: animais vertebrados ou invertebrados, sendo possível classificar os últimos em vetores biológicos (o vírus é replicado no vetor) ou mecânicos (o vetor apenas carreia o vírus). 
Além desses existem também as transmissões por transfusão de sangue e por transplantes.
2. Penetração
O vírus tem acesso ao corpo por meio de lesões na pele (cortes, mordidas, injeções) ou através das membranas mucoepiteliais que revestem os orifícios do corpo (olhos, trato respiratório, boca, genitália e trato gastrointestinal). A pele íntegra é uma barreira excelente com a infecção. Lágrimas, muco, epitélio ciliado, ácido estomacal, bile e imunoglobulina A (IgA) protegem esses orifícios
A inalação é provavelmente a rota mais comum de entrada das partículas virais.
3. Disseminação
Ao penetrar no corpo, o vírus se replica em células que expressam receptores virais e possuem o maquinário biossintético apropriado. Os vírus podem se replicar e permanecer no sítio primário de penetração ou então se disseminar para outros tecidos via corrente sanguínea, via sistema mononuclear fagocitário e o linfático, ou ainda via neurônios. 
A corrente sanguínea e o sistema linfático são as principais vias de disseminação dos vírus no corpo. O vírus obtém acesso a esses meios após dano ao tecido, mediante absorção por macrófagos ou no transporte através das células mucoepiteliais da orofaringe, do trato gastrointestinal, da vagina ou do ânus. 
Para garantir que a infecção seja bem-sucedida é necessário que o inócuo viral (concentração de partículas) seja suficiente para iniciar a infecção; as células no sítio inicial da infecção devem ser acessíveis, suscetíveis e permissivas ao vírus; e os mecanismos de defesa local do hospedeiro devem estar ausentes ou ineficientes.
Os vírus podem ter acessoao sistema nervoso central ou ao cérebro: (1) pela corrente sanguínea; (2) pelas meninges ou líquido cefalorraquidiano infectados; (3) pela migração de macrófagos infectados; (4) pela infecção de neurônios periféricos e sensoriais (olfatórios).
VIREMIA - É o transporte do vírus na corrente sanguínea. O vírus pode estar livre no plasma ou associado com linfócitos ou macrófagos. Os vírus fagocitados por macrófagos podem estar inativados, podem se replicar ou podem ser carreados para outros tecidos. A replicação de um vírus em macrófagos, no revestimento endotelial de vasos sanguíneos ou no fígado pode causar a amplificação da infecção e iniciar o desenvolvimento de viremia secundária. Em muitos casos, essa viremia secundária antecede o envio dos vírus ao tecido-alvo (p. ex., fígado, cérebro, pele) e a manifestação dos sintomas específicos.
4. Manifestações do vírus
(sintomática ou assintomática)
Após a contaminação do hospedeiro sua competência e estado imunológico são os principais fatores que determinam se uma infecção viral provocará uma doença potencialmente fatal, uma lesão benigna ou ausência total de sintomas. Período de Incubação: durante o período de incubação, o vírus está se replicando, mas ainda não atingiu o tecido-alvo, nem induziu dando suficiente para causar a doença. É um período relativamente curto se o sítio primário de infecção é o tecido-alvo e produz os sintomas característicos da doença. Períodos de incubação mais longos ocorrem quando o vírus precisa se disseminar para outros sítios e ser amplificado antes de atingir o tecido-alvo, ou quando os sintomas são causados por respostas imunopatológicas. Durante o pródromo: Sintomas não específicos ou semelhantes aos da gripe podem preceder os sintomas característicos. A natureza e a gravidade dos sintomas de uma doença viral estão relacionadas com a função do tecido-alvo infectado e extensão das respostas imunopatológicas desencadeadas. 
As infecções assintomáticas (ou inaparentes) constituem as principais fontes de contágio e ocorrem quando (1) o tecido infectado não é lesado; (2) a infecção é controlada antes de o vírus atingir o tecido-alvo; (3) se o tecido-alvo é composto por células de rápido ciclo celular; (4) se o tecido-alvo é reparado rapidamente; (5) se a extensão do dano é inferior ao limiar funcional para aquele tecido em particular.
Apesar da ausência de sintomas, os anticorpos específicos contra o vírus serão produzidos.
Classificação modal das infecções virais
As infecções virais podem causar doença aguda, crônica, persistente ou latente. A habilidade e a rapidez do sistema imune de uma pessoa em controlar e resolver uma infecção viral normalmente determinam se ocorre doença aguda ou crônica, assim como a intensidade dos sintomas. 
• Infecção aguda – Caracteriza-se pela curta duração e rápida erradicação do agente pela resposta imunológica do hospedeiro. Devido à rapidez da replicação, a quantidade de vírus no organismo aumenta rapidamente após a infecção, atinge um pico após alguns dias e decresce também com rapidez. Essa redução coincide com o desenvolvimento de resposta imune específica celular (linfócitos T citotóxicos) e humoral (anticorpos), que consegue erradicar o agente dos tecidos após alguns dias. Ex. gripe. 
• Infecção crônica – Se caracterizam pela persistência do vírus ou do genoma viral no hospedeiro por longos períodos. A maioria dessas infecções se inicia como uma infecção aguda (caracterizada por uma rápida replicação viral, acompanhada ou não de sinais clínicos) - No entanto (ao contrário das infecções agudas) a resposta imunológica montada pelo hospedeiro não é capaz de erradicar o agente, resultando na sua permanência nos tecidos por períodos variáveis. Dois tipos de infecções crônicas são reconhecidos de acordo com a ocorrência ou não de replicação viral durante o período: 
1. Infecções (crônicas) latentes: São caracterizadas pela permanência do genoma 
viral nas células do hospedeiro, na maior parte do tempo sem replicação e produção do vírus. A replicação e produção de progênie viral somente ocorrem em situações esporádicas e duram horas ou poucos dias. Ex.: Herpes genital; herpes labial 
 2. Infecções (crônicas) persistentes: Se caracterizam pela contínua replicação e produção de partículas víricas nos tecidos do hospedeiro por tempo ilimitado. Em geral são infecções fatais. Um exemplo é o vírus do sarampo, responsável por uma forma rara de encefalite - denominada panencefalite esclerosante subaguda, vários anos após causar o sarampo. Uma infecção viral persistente é aparentemente distinta de uma infecção viral latente, porque, na maior parte dos casos, os vírus infecciosos são detectados de modo gradual durante um longo período, em vez de aparecerem de repente.
6. PRINCIPAIS MÉTODOS DIAGNÓSTICOS 
Os principais métodos diagnósticos são o PCR e a sorologia.
PCR (polymerase chain reaction) reação em cadeia da polimerase - Amplifica poucas cópias de DNA viral milhões de vezes e é uma das técnicas mais recentes de análise genética. Nessa técnica uma amostra é incubada com um par de pequenos oligômeros de DNA (PRIMERS) que são complementares às extremidades de uma sequência genética conhecida presente no DNA total. Os oligômeros hibridizam com a sequência de DNA molde apropriada e atuam como primers para a polimerase - que irá copiar esse segmento específico do DNA. A amostra é aquecida para desnaturar o DNA (separando as fitas da dupla-hélice) e resfriada para permitir a hibridização dos primers na nova molécula de DNA (recém-sintetizada). Cada cópia de DNA se torna um novo molde. O processo é repetido muitas vezes (20 a 40) para amplificar a sequência de DNA original de forma exponencial. Uma sequência-alvo de DNA pode ser amplificada um milhão de vezes, em poucas horas, utilizando-se esse método. Essa técnica é especialmente útil para detectar sequências latentes e integradas de vírus, como retrovírus, herpes-vírus, papilomavírus e outros papovavírus, bem como a detecção de vírus presente em baixas concentrações e de vírus cujo isolamento seja muito difícil ou perigoso em culturas celulares. A técnica de RT-PCR (reação em cadeia da polimerase com transcrição reversa) é uma variação PCR, que usa a transcriptase reversa retroviral para converter RNA viral ou RNA mensageiro em DNA e permitir a amplificação por PCR das sequências de ácido nucleico viral - A quantificação do número de cópias de genoma em um paciente (carga viral) pode ser determinada por PCR em tempo real. Por exemplo, a concentração de genoma viral (genomas de RNA são convertidos para DNA) é proporcional à taxa inicial de amplificação por PCR do DNA genômico. Esse teste diagnóstico é importante para o acompanhamento do curso da infecção por HIV.
Sorologia
Estudos sorológicos são usados para a identificação de vírus difíceis de seremisolados e cultivados em cultura celular, bem como de vírus que causam doenças de longa duração. A sorologia pode ser usada para identificar o vírus, para diferenciar doença aguda de crônica e ainda para determinar se a infecção é primária ou trata-se de uma reinfecção. Na sorologia, são utilizados métodos para detecção de antígenos virais e/ou anticorpos específicos, produzidos pelo hospedeiro em resposta à infecção viral. Por meio da demonstração da presença de anticorpos ou alterações nos níveis destes, é 
possível obter informações valiosas quanto à condição imunológica do indivíduo. 
A detecção de anticorpos imunoglobulina M (IgM) específicos para um vírus - que estão presentes durante as 2 ou 3 primeiras semanas de uma infecção primária - geralmente indica infecção primária recente. 
Os testes sorológicos também detectam as imunoglobulinas da classe G (IgG) - A IgG é o anticorpo de memória produzido em grandes quantidades durante a infecção e que persiste por longos períodos ou mesmo toda a vida, após a maioria das infecções virais. Além disso, a IgG é a imunoglobulina predominante no soro, representando 76% do total.