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Segundo a RDC 48/2013 e à Resolução ANVISA 481/1999, algumas das análises normalmente realizadas são a contagem de bolores e leveduras, contagem de bactérias heterotróficas e pesquisa de patógenos específicos, como staphyloccocus aureus, enterobactérias e pseudômonas aeruginosa. Ainda, em determinados produtos, pode ser realizada a pesquisa de bactérias gram-negativas tolerantes à bile e a pesquisa de cândida.
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