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Fundador e Presidente do Conselho de Administração: Janguê Diniz Diretor-Presidente: Jânyo Diniz Diretor de Inovação e Serviços: Joaldo Diniz Diretoria Executiva de Ensino: Adriano Azevedo Diretoria de Ensino a Distância: Enzo Moreira Créditos Institucionais Todos os direitos reservados 2020 by Telesapiens Genética Humana A AUTORA DÉBORA MARTINS PAIXÃO Olá. Meu nome é Débora Martins Paixão. Sou Doutora em Zootecnia, com uma experiência técnico-profissional na área de Educação a distância de mais de 3 anos. Passei por empresas com o Instituto de Pesquisas e Educação Continuada Economia e Gestão de Empresas-PECEGE; Briwet Consulteria; @ agronomiaconcursos; e Aprova Concurso. Sou apaixonada pelo que faço e adoro transmitir minha experiência de vida àqueles que estão iniciando em suas profissões. Por isso fui convidada pela Editora Telesapiens a integrar seu elenco de autores independentes. Estou muito feliz em poder ajudar você nesta fase de muito estudo e trabalho. Conte comigo! ICONOGRÁFICOS Esses ícones que irão aparecer em sua trilha de aprendizagem significam: OBJETIVO Breve descrição do objetivo de aprendizagem; + OBSERVAÇÃO Uma nota explicativa sobre o que acaba de ser dito; CITAÇÃO Parte retirada de um texto; RESUMINDO Uma síntese das últimas abordagens; TESTANDO Sugestão de práticas ou exercícios para fixação do conteúdo; DEFINIÇÃO Definição de um conceito; IMPORTANTE O conteúdo em destaque precisa ser priorizado; ACESSE Links úteis para fixação do conteúdo; DICA Um atalho para resolver algo que foi introduzido no conteúdo; SAIBA MAIS Informações adicionais sobre o conteúdo e temas afins; +++ EXPLICANDO DIFERENTE Um jeito diferente e mais simples de explicar o que acaba de ser explicado; SOLUÇÃO Resolução passo a passo de um problema ou exercício; EXEMPLO Explicação do conteúdo ou conceito partindo de um caso prático; CURIOSIDADE Indicação de curiosidades e fatos para reflexão sobre o tema em estudo; PALAVRA DO AUTOR Uma opinião pessoal e particular do autor da obra; REFLITA O texto destacado deve ser alvo de reflexão. SUMÁRIO Transcrição e processamento de RNA ...............................12 Tipos de RNA ................................................................... 12 Transcrição e Processamento do RNA ............................... 15 Transcrito Primário ........................................................... 18 Processamento de RNA ..................................................... 20 Splicing do RNA ................................................... 21 Caps de 7-metilguanosina ...................................... 25 Poliadenilação 3’ .................................................... 25 Tradução e Código Genético ..............................................27 Introdução: Proteínas ........................................................ 27 Padrões Estruturais fundamentais ...................................... 29 Organização Estrutural das Proteínas ................................ 30 Código genético ............................................................... 32 RNA transportador ............................................................ 33 RNA Ribossomal .............................................................. 34 Síntese de Proteína ............................................................ 35 Processamento pós-traducional ......................................... 37 Regulação da expressão gênica em eucariotos ..................41 Conceitos gerais ................................................................ 41 Regulação da Expressão Gênica em Eucariotos................. 42 Regulação do remodelamento da cromatina ............ 43 Regulação da transcrição ........................................ 44 Promotores ................................................... 45 Fatores de Transcrição ................................. 45 Regulação pós-transcricional da expressão gênica .......................................................... 48 Regulação da tradução ...................................................... 52 Erros Inatos do Metabolismo .............................................55 Conceitos gerais ................................................................ 55 Classificação ..................................................................... 57 Manifestações clínicas e tratamento .................................. 58 Mutações ........................................................................... 60 Base molecular das mutações ............................................ 65 Mutações espontâneas ............................................ 65 Mutações induzidas ................................................ 67 Substâncias químicas ................................... 67 Agentes mutagênicos físicos ........................ 68 Reparo do DNA ................................................................ 68 9 UNIDADE 03 Genética Humana LIVRO DIDÁTICO DIGITAL Genética Humana10 Você sabia que as formas e os comportamentos característicos de diferentes tipos celulares resultam de diferentes padrões de expressão do mesmo genoma? A síntese de RNA é dividida em três estágios: iniciação, alongamento e término. Transcrição é a síntese de um transcrito de RNA complementar a um filamento de DNA de um gene. A iniciação da transcrição por RNA polimerase II requer a assistência de vários fatores de transcrição basais. Aliado a esses fatores de transcrição existem sequências reguladoras denominadas acentuadores e silenciadores que modulam a eficiência da iniciação. A expressão gênica é regulada tanto em nível transcricional como em nível traducional. A maioria dos genes eucarióticos é segmentada em sequências codificadoras (éxons), e sequências não codificadoras (íntrons). A maioria dos genes codificadores de polipeptídios usando splicing alternativo podem gerar múltiplos polipeptídios. Tradução é a conversão das informações armazenadas na sequência de nucleotídeos do transcrito para sequência de aminoácidos da proteína. O processo de tradução é dividido em iniciação, alongamento e término das cadeias polipeptídicas e é controlado pelas especificações do código genético. Os Erros Inatos do Metabolismo são clássicos distúrbios genéticos, tornando-se importante conhecê-los para um bom aconselhamento familiar que inclua, principalmente, o prognóstico do paciente e o risco de recorrência da doença. Entendeu? Ao longo desta unidade letiva você vai mergulhar neste universo! INTRODUÇÃO Genética Humana 11 Olá. Seja muito bem-vindo à Unidade 3. Nosso objetivo é auxiliar você no desenvolvimento das seguintes competências profissionais até o término desta etapa de estudos: OBJETIVOS Explicar o processo transcrição e processamento de RNA. Identificar o processo de tradução e o Código Genético. Identificar os princípios da regulação da expressão gênica em eucariotos. Identificar os Erros Inato do Metabolismo. Então? Preparado para uma viagem sem volta rumo ao conhecimento? Ao trabalho! 1 2 3 4 Genética Humana12 Transcrição e processamento de RNA OBJETIVO Ao término deste capítulo você será capaz de entender as diferentes fases dos processos de transcrição, processamento do RNA e tradução celular. Além disso, aprenderemos sobre os princípios da regulação gênica e erros inatos do metabolismo. Estudos fundamentais da disciplina Genética Humana. Aqui, os alunos poderão ter uma visão dos processos essenciais para sobrevivência dos organismos. E então? Motivado para desenvolver este desafio? Então vamos lá. Avante. Tipos de RNA As formas e os comportamentos característicos de diferentes tipos celulares resultam de diferentes padrões de expressão do mesmo conjunto de genes. A expressão é regulada tanto em nível transcricional como em nível traducional. Estudos em larga escala de transcritos humanos têm demonstrado um reflexo direto da expressão gênica. O dogma central da biologia tinha o princípiode que as informações contidas no DNA seriam transcritas em moléculas de mRNA (RNA mensagem) e traduzidas em proteína. Porém mais recentemente, sabemos que além das classes moléculas de rRNA (RNA ribossômico) e tRNA (RNA transportador), também temos vários outros RNA não codificantes (nRNA). Os RNA transportadores (tRNA) identificam o aminoácido (códons no mRNA) e os transportam até o maquinário de tradução. Os RNA ribossômicos (rRNA) formam o maquinário da tradução, responsáveis pela síntese protéica. Os snRNA (RNA nucleares Genética Humana 13 pequenos) estão envolvidos no processamento dos pré-mRNA fazendo partes dos spliceossomos, responsáveis pela retirada íntrons dos pré-mRNA no núcleo. Um grupo de nRNA agem na regulação da expressão genética, tais como o miRNA (micro RNA), siRNA (RNA de interferência pequeno) e o aRNA (RNA antisentido). Os micro-RNA (miRNA) maduro possui comprimento de 20 a 22 nucleotídeos (ação da enzima DICER), que se liga ao mRNA alvo, impedindo a tradução, degradação do mRNA alvo. O silenciamento por siRNA (RNA de interferência) acontece pela ligação dos pequenos RNAs de fita dupla (dsRNAs) a sequência de mRNA-alvo, levando a clivagem ou repressão traducional. O sistema CRISPR é formado por pequenos fragmentos de RNA, capazes de reconhecer a molécula de DNA e realizar modificações genéticas precisas e específicas nas cadeias de DNA ou gerar rearranjos genômicos. CRISPR RNAs são encontrados nos procariotos, onde atuam na defesa contra DNA estranho e vêm sendo estudado no campo da medicina. SAIBA MAIS Os cinco tipos de RNA: tRNA, rRNA, snRNA siRNA e miRNA, ao contrário dos mRNA, não geram polipeptídios (não são traduzidas). Genética Humana14 Figura 1: RNA Fonte: @pixabay. EXPLICANDO DIFERENTE+++ Dicer é uma enzima nuclease que cliva moléculas de RNA dupla fita (dsRNA) formando precursores como os miRNAs e de siRNAs, dois tipos de pequenas moléculas de RNA envolvidas em mecanismos de RNA de interferência (RNAi). Quando o pareamento entre a fita guia e o mRNA envolve diversas bases, o mRNA será degradado pela ação catalítica de uma das subunidades de RISC: a enzima Argonauta. A enzima Dicer corta RNA de dupla fita, de modo a formar siRNA ou miRNA. Estes RNAs processados são incorporados no complexo RISC, o qual tem como alvo moléculas de RNA mensageiro, onde atuam impedindo o processo de tradução. https://pixabay.com/pt/illustrations/dna-biologia-ci%C3%AAncia-dna-h%C3%A9lice-163710/ https://pt.wikipedia.org/wiki/Enzima https://pt.wikipedia.org/wiki/Nuclease https://pt.wikipedia.org/wiki/Mol%C3%A9cula https://pt.wikipedia.org/wiki/RNA https://pt.wikipedia.org/wiki/MiRNA https://pt.wikipedia.org/wiki/SiRNA https://pt.wikipedia.org/wiki/Rna_de_interfer%C3%AAncia https://pt.wikipedia.org/wiki/Cat%C3%A1lise_enzim%C3%A1tica https://pt.wikipedia.org/w/index.php?title=Argonauta_(Biologia)&action=edit&redlink=1 Genética Humana 15 SAIBA MAIS Para saber mais acesse o artigo Interferência por RNA: uma nova alternativa para terapia nas doenças reumáticas, disponível em: https://bit.ly/2sBLir9. Transcrição e Processamento do RNA A síntese de RNA ocorre por um mecanismo semelhante ao da síntese de DNA. As RNA polimerases ligam-se a sequências nucleotídicas específicas, regiões promotoras. E, com a ajuda de proteínas denominadas fatores de transcrição, iniciam a síntese de moléculas de RNA nos sítios de início da transcrição perto dos promotores. Os humanos possuem três RNA-polimerases nucleares e uma quarta, usada nas mitocôndrias. As RNA-polimerases nucleares têm funções distintas e usam diferentes tipos de promotores: a polimerase I (pol I) transcreve especificamente os genes de RNA ribossomal, exceto rRNA 5S; a polimerase II (pol II) transcreve todos os genes codificadores de proteínas e muito dos genes que codificam RNAs funcionais, incluindo o snoRNAs (pequeno RNA nucleolar), que modificam o RNA ribossômico e os microRNAs que regulam a tradução; e a polimerase III (pol III) é utilizada para transcrever os genes do tRNA e o RNA ribossomal 5S, junto com alguns outros pequenos RNAs. https://bit.ly/2sBLir9 Genética Humana16 Figura 2: RNA ribossômicos e fatores de transcrição Fonte: @pixabay. PASSO A PASSO A síntese de RNA ocorre em uma região específica, reconhecida por fatores de transcrição. Ao contrário das DNA- polimerases, as RNA-polimerases não necessitam de um primer (molde) para começar a polimerização. Nesta localização os filamentos da dupla hélice se separam, e apenas um filamento serve de molde para a síntese do RNA. A sequência nucleotídica da molécula de RNA é complementar à do filamento-molde de DNA, mas a uracila substitui a timina. A região promotora possui uma sequência de DNA característica para que a RNA- polimerase II reconheça e se ligue e para o início da transcrição. À medida que a enzima se move ao longo do DNA, alonga-se a fita de RNA, desenrolando a dupla-hélice de DNA, expondo um novo segmento da fita-molde, com o qual pareiam os nucleotídeos da fita de RNA em crescimento. A finalização consiste no reconhecimento do sítio (sequência de nucleotídeo característico), a partir do qual, nenhuma base mais é adicionada à fita de RNA. Após a última base ser adicionada, tanto a RNA- polimerase II quanto a fita de RNA são liberadas, formando o RNA heterogêneo nuclear (hnRNA) ou pré-mRNA no núcleo. https://pixabay.com/pt/illustrations/dna-string-biologia-3d-1811955/ Genética Humana 17 O pré-mRNA para sair do núcleo sofre processamento pós- transcricional. A iniciação da transcrição por RNA polimerase II requer a assistência de vários fatores de transcrição basais, que necessitam interagir com promotores na sequência correta para iniciar a transcrição eficaz. Cada fator de transcrição basal é designado TFllX (do inglês, Transcription Factor X for RNA polymerase II/fator de transcrição X para RNA polimerase II), em que X é uma letra que identifica o fator individual. TFIID é o primeiro fator de transcrição basal a interagir com o promotor contém uma proteína de ligação a uma região sequência específica no promotor chamada a TATA (TBP). SAIBA MAIS Existem sequências importantes na região promotora, para o reconhecimento do complexo proteico dar início a transcrição. No início da região promotora (posição +1) localiza-se a região mais próximo do sítio de início da transcrição, a sequência consenso TATAAAA (leitura na direção 5’ 3’ no filamento não molde), na posição -30. A sequência CAAT se encontra na posição -80, sequência de consenso GGCCAATCT. Dois outros elementos conservados são: sequência GC (consenso GGGCGG) e a sequência de octâmeros (consenso ATTTGCAT), envolvidos na eficiência de um promotor na iniciação da transcrição. Acentuador (enhancer) é um conjunto de elementos curtos, ativos em cis, que podem aumentar a atividade transcricional de um gene eucariótico específico. Um silenciador apresenta propriedades similares ao acentuador, mas em vez de aumentar, inibe a atividade transcricional de um gene específico. Genética Humana18 DICA Os pares de bases que precedem o sítio de iniciação recebem prefixos negativos (-), aqueles que sucedem o sítio de iniciação (em relação à direção de transcrição) recebem prefixos positivos (+). As sequências nucleotídicas que antecedem o sítio de iniciação são denominadas sequências da região 5’; as que se encontram após o sítio de iniciação são sequências da região 3’. Os promotores reconhecidos pela RNA polimerase II são constituídos de elementos conservados curtos na região 5’ em relação ao ponto de partida da transcrição Como já comentamos, o papel dos diferentes miRNAs está associada na regulação da expressão de muitos genes. Além disso, para poucas dúzias de genes humanos, a regulação expressão depende da origem parental devido ao imprinting genômico. DICA O imprinting genômico é um processo epigenético por meio do qual alelos em um loco carregam uma impressãoda sua origem parental que governa o processo de expressão. Transcrito Primário O RNA heterogêneo nuclear (hnRNA) é formado por regiões codificadoras que são transcritas e traduzidas (éxons) e Genética Humana 19 regiões não codificadoras que são transcritas, mas que não são traduzidas (íntrons), por isso ele é muito mais longo do que a informação que codifica. Os íntrons são segmentos de hnRNA eliminados ainda no núcleo, como parte do processamento do RNA mensageiro. SAIBA MAIS A maioria dos genes que codificam proteínas provavelmente surgiu como sequências interrompidas e, certamente, a organização de éxons e íntrons foi importante nos primórdios evolutivos dos genes, supondo-se que as sequências de íntrons tenham propiciado o surgimento de novas e úteis proteínas. O número de íntrons é altamente variável, mas nem todos os genes os possuem, como, por exemplo, os genes que codificam as histonas. Os íntrons podem ser classificados em diversos grupos, de acordo com os mecanismos de encadeamento (excisão/clivagem dos íntrons e rearranjo dos íntrons): do grupo I (auto excisão - transcrito primário dos RNAs ribossômicos); grupo II (auto excisão - transcritos primários dos mRNA e tRNA produzidos nas mitocôndrias); grupo III (transcrito primário do mRNA proveniente do núcleo). Os mRNA (grupo III) são maiores do que os RNAs dos outros grupos, mais abundantes, e sua remoção necessita de um mecanismo muito mais complexo para remoção dos íntrons e reorganização dos éxons. Em células humanas um conjunto de aproximadamente 250 genes sintetizam rRNA 5S utilizando a RNA-polimerase III, a qual também transcreve algumas outras espécies de pequenos RNAs. Os rRNAs 28S, 18S e 5,8S são codificados por genes Genética Humana20 consecutivos em uma unidade transcricional única de 13 kb que é transcrita pela RNA-polimerase I. Os transcritos de RNA são recobertos por proteínas de ligação ao RNA durante ou imediatamente após a síntese. Essas proteínas protegem os transcritos gênicos contra a degradação por ribonucleases, enzimas que degradam moléculas de RNA, durante o processamento e o transporte até o citoplasma. A meia-vida média de um transcrito gênico em eucariotos é de aproximadamente cinco horas. Processamento de RNA Os transcritos de RNA da maioria dos genes eucarióticos são submetidos a uma série de reações de processamento para produzir um mRNA maduro ou um RNA não codificante, antes de serem transportados até o citoplasma. A transcrição de um gene produz inicialmente um transcrito primário de RNA que é complementar ao comprimento total do gene, incluindo tanto íntrons como éxons. Por exemplo, o gene do colágeno tem 37.000 pares de nucleotídeos, mas dá origem a uma molécula de mRNA com apenas 4.600 nucleotídeos. A distrofia muscular de Duchenne (DMD) possui herança recessiva ligada ao cromossoma X, acomete meninos e afeta os músculos estriados e o miocárdio. O gene distrofina é o maior gene humano identificado, contendo 79 éxons, pelo menos sete promotores diferentes tecidos específicos e dois locais de poliadenilação. Ainda o RNA da distrofina é diferencialmente processado, produzindo múltiplos transcritos que codificam um conjunto de isoformas da proteína. A maioria das mutações identificadas são deleções em aproximadamente 60-65% dos casos de DMD, duplicações têm sido observadas em 5%-15% e os casos remanescentes podem ser causados por pequenas mutações tais como microdeleções, microinserções, mutação de ponto, ou mutações de splicing. Genética Humana 21 SAIBA MAIS Para saber mais sobre o assunto leia o artigo Estudo Clínico e Molecular na Distrofia Muscular de Duchenne. Fonte: Disponível em: https://bit.ly/2PAI3JB. Acesso em: 22 out.2020. No caso do rRNA, além da sequência de reações de clivagem, o transcrito primário também sofre uma variedade de modificações bases-específicas. Este extenso processamento de RNA é conduzido por vários pequenos RNAs nucleolares distintos, os quais são codificados por cerca de 200 genes diferentes no genoma humano. As moléculas maduras de tRNA também sofrem extensas modificações nas bases, e cerca de 10% das bases de qualquer tRNA são versões modificadas de A, C, G ou U. Splicing do RNA O comprimento dos íntrons varia muito, cerca de 50 a milhares de pares de nucleotídeos de comprimento que são excisadas (clivados) durante o processamento do RNA, na fase pós-trasncricional no núcleo. Essa excisação é realizada pelo processo denominado, splicing. O splicing se caracteriza por uma série de reações, por meio das quais os segmentos intrônicos são removidos e descartados, enquanto os segmentos de éxons remanescentes são encadeados (unidos) em uma única sequência de RNA. https://bit.ly/2PAI3JB Genética Humana22 IMPORTANTE A possibilidade de recomposição alternativa do transcrito levou à sugestão de que os íntrons podem participar da regulação da expressão gênica. DICA O splicing ocorre dentro de uma grande estrutura chamada de spliceossomo, uma das maiores e mais complexa entre as estruturas moleculares. O spliceossomo é composto por cinco moléculas de RNA e quase 300 proteínas. Os componentes do RNA são pequenos RNA nucleares, variando de 107 a 210 nucleotídeos de comprimento; esses snRNAs se associam a proteínas para formar pequenas partículas de ribonucleoproteínas nucleares (snRNPs). Cada snRNP contém uma única molécula de snRNA e múltiplas proteínas. O spliceossomo é composto por cinco snRNPs (U1, U2, U4, U5 e U6) e algumas proteínas não associadas a um snRNA. Genética Humana 23 Figura 3: Esquema do processo de splicing Fonte: @commons. PASSO A PASSO O processo de splicing do RNA consiste em uma série de reações, por meio das quais os segmentos intrônicos são excisados, enquanto os segmentos de éxons remanescentes são unidos em uma única sequência de RNA. Para realização dos splicing, nos eucariotos superiores, os íntrons apresentam pequenas sequências de nucleotídeos iguais ou muito semelhantes, situadas nas suas extremidades ou próximas a eles, conhecidas como pequenas sequências de consenso, que atuam como sinal para a sua remoção. As extremidades dos íntrons consistem em um sítio de splicing 5’ (sequência doadora), formado pelo dinucleotídeo GU (também representado por GT, no DNA) e um sítio de splicing 3’ (ou sequência aceptora), formado pelo dinucleotídeo AG. A presença constante desses nucleotídeos nas duas primeiras posições (GU no RNA, GT no DNA) e nas duas últimas (AG em ambos) dos íntrons dos genes nucleares é denominada regra GU- AG (regra GT-AG). Portanto, essas sequências de consenso dos https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Splicesome.pdf?uselang=pt-br Genética Humana24 íntrons são reconhecidas por proteínas especificas que formam um complexo molecular, denominado spliciossomo. Uma vez que o spliceossomo reconhece um sítio doador, ele percorre a sequência de RNA até encontrar o próximo sítio aceptor de splicing. Levando à clivagem e à liberação de um RNA intrônico em forma de laço. Um tipo de processamento que leva a diferentes produtos gênicos é o splicing alternativa, no qual o mesmo pré-mRNA pode ser unido em mais de uma maneira para gerar múltiplos mRNAs. Neste caso é preciso o uso de sítios de clivagem 3′ múltiplos, no qual dois ou mais sítios potenciais para clivagem e poliadenilação são encontrados no pré-mRNA. O uso de um sítio de clivagem alternativo pode ou não produzir proteína diferente, isso vai depender se a posição desse sítio estiver antes ou após o códon de término. SAIBA MAIS Mutações em sítios de splincing podem causar fenótipos mutantes, responsáveis por doenças hereditárias em seres humanos, como hemoglobinopatias. Cada gene estrutural da globina humana possui três éxons (sequências que codificam a globina) e duas sequências não codificadoras denominadas íntrons, que são transcritos nas células eritroides. Mutações nas regiões de “splicing” e em outras regiões nãotraduzidas acarretam fenótipos talassêmicos por ação de novos sítios com diminuição ou adição de segmentos extras, além de provocar a instabilidade do mRNA processado. Genética Humana 25 Caps de 7-metilguanosina Em eucariotos, a população de transcritos primários em um núcleo é denominada RNA nuclear heterogêneo (hnRNA), devido a, grande variação nos tamanhos das moléculas de RNA presentes. As principais partes desses hnRNA são sequências de íntrons não codificadores, que são excisadas dos transcritos primários e degradadas no núcleo; constituindo, as moléculas de pré-mRNA, submetidas a várias etapas de processamento antes de sair do núcleo. Os transcritos também são recobertos por proteínas de ligação ao RNA durante ou imediatamente após a síntese. Essas proteínas os protegem contra a degradação por ribonucleases, enzimas que degradam moléculas de RNA, durante o processamento e o transporte até o citoplasma. A meia- vida média de um transcrito gênico em eucariotos é de aproximadamente cinco horas. O Caps de 7-metilguanosina são acrescentados às extremidades 5’ dos transcritos primários. O cap 5’ apresenta as funções de proteger o transcrito do ataque de exonucleases 5’ → 3’ (evitando a degradação das moléculas de); facilitar o transporte dos mRNAs do núcleo para o citoplasma; facilitar o encadeamento (união) do RNA; facilitar a ligação da subunidade 40S dos ribossomos citoplasmáticos ao mRNA durante a tradução. Poliadenilação 3’ Caudas poli(A) são acrescentadas às extremidades 3’ dos transcritos, gerados por clivagem e não por término da extensão da cadeia. A cauda poli(A) 3’ é uma extensão de poliadenosina com 20 a 200 nucleotídeos de comprimento; este processo é denominado poliadenilação. A sequência AAUAAA (às vezes AUUAAA) sinaliza a clivagem 3’ para a maioria dos transcritos da polimerase II. As caudas poli (A) do pré-RNA eucarióticos promovem estabilidade e têm papel importante em seu transporte do núcleo para o citoplasma, estabilização de pelo menos algumas Genética Humana26 moléculas de mRNA no citoplasma e aumento do reconhecimento do mRNA pela maquinaria ribossômica. E então? Gostou do que lhe mostramos? Aprendeu mesmo tudinho? Agora, só para termos certeza de que você realmente entendeu o tema de estudo deste capítulo, vamos resumir tudo o que vimos. Você deve ter compreendido que a síntese de RNA é catalisada pela enzima RNA polimerases, que o processo é semelhante à síntese de DNA em muitos aspectos. A maioria dos genes eucarióticos é segmentada em sequências codificadoras, chamadas éxons, e sequências não codificadoras, chamadas íntrons. O significado biológico dos íntrons ainda está em discussão. Os transcritos de RNA dos genes eucarióticos são submetidos a uma série de reações de processamento para produzir um mRNA maduro, antes de serem transportados até o citoplasma. Parte dos transcritos são traduzidos em proteína ou produzem RNA não codificante. Genética Humana 27 Tradução e Código Genético OBJETIVO Ao término deste capítulo você será capaz de entender o processo pelo qual as informações genéticas armazenadas nas sequências do mRNA resultam em sequências de aminoácidos formando os polipeptídicos. O código genético é constituído de trinucleotídeos. Aprenderá que as moléculas de RNA transportador atuam como adaptadores, mediando a interação entre aminoácidos e os trinucleotídeos (códons) no mRNA no processo de tradução. Este processo é dividido em iniciação, alogamento e término das cadeias polipeptídicas. A enorme diversidade funcional das proteínas é resultado, em parte, de suas estruturas tridimensionais complexas e dos processamentos pós-traducional. E então? Motivado para desenvolver esta competência? Então vamos lá. Avante! Introdução: Proteínas Tradução é o processo pelo qual, as informações genéticas armazenadas em “trincas” de nucleotídeos no mRNA, são usadas para codificar as sequências de aminoácidos que irão formar as proteínas essenciais para nossa sobrevivência. As proteínas possuem múltiplas funções no organismo humano, entre elas: estruturais (paredes celulares, membranas nucleares, conteúdo citoplasmático e organelas); enzimas (catálise de reações biológicas, com extraordinária especificidade); atividades metabólicas celulares (controlando toda a fisiologia do organismo), anticorpos (papel importante nas infecções e nos transplantes) e hormônios (proteínas formadas em órgãos Genética Humana28 específicos e transportadas pelo sangue para outras regiões do organismo, com a finalidade de regular o seu funcionamento normal). Uma célula pode traduzir grandes quantidades de uma determinada proteína, apenas com uma ou mais cópias de um gene. Uma célula do sistema imunológico humano, por exemplo, pode produzir duas mil moléculas de anticorpo idênticas por segundo. Além disso, um mRNA pode ser traduzido por vários ribossomos simultaneamente, cada um em um ponto diferente ao longo da mensagem, resultando em polipeptídios de diferentes comprimentos. DICA Cada polipeptídio possui uma longa sequência de aminoácidos unidos por ligações covalentes. Os aminoácidos diferem entre si pelos grupos laterais (designados R, de Radical). A grande variação de grupos laterais garante a diversidade estrutural das proteínas. Os aminoácidos possuem a composição química básica, em que –COOH é um grupo ácido carboxílico e –NH2 é o grupo amino, básico. A diferença entre um aminoácido e outro está no radical (R) que se liga a esses grupos. Dois aminoácidos se unem por meio de ligações peptídicas, formadas pela reação de um grupo amino de um aminoácido, com o grupo carboxila do aminoácido seguinte. Essas cadeias laterais são de quatro tipos: grupos hidrofóbicos ou apolares; grupos hidrofílicos ou polares; grupos ácidos ou de carga elétrica negativa; e grupos básicos ou de carga elétrica positiva. A diversidade química dos grupos laterais dos Genética Humana 29 aminoácidos é responsável pela enorme versatilidade estrutural e funcional das proteínas. DICA Todos os aminoácidos, exceto a prolina, contêm um grupo amino livre e um grupo carboxila livre. As proteínas podem ser compostas por um ou mais polipeptídios, cada um dos quais pode ser submetido a modificações pós-traducionais. Interações entre a proteína e diferentes fatores podem alterar substancialmente a conformação da proteína: um cofator, como um cátion bivalente (Ca2+, Fe2+, Cu2+ ou Zn2+) ou uma pequena molécula que é requerida para uma atividade enzimática funcional (como NAD+); ou um ligante (molécula que a proteína ligue especificamente). Padrões Estruturais fundamentais Os fatores de transcrição são proteínas que contém pelo menos dois domínios funcionais: um de ligação com o DNA e outro de ligação com a RNA polimerase. Essas proteínas controlam, quando, onde e como os genes serão transcritos, sendo a base para o controle da expressão gênica. Domínios de proteínas são unidades estruturais, funcionais, evolutivas e estão envolvidos em interações proteína-proteína. Formam estruturas autônomas separadas do restante da proteína e capazes de interagir especificamente com o DNA-alvo. Relativamente pequenos (60-90 resíduos), projetam-se na superfície das proteínas, conectadas ao restante da proteína por regiões flexíveis. Genética Humana30 O Domínio Hélice-volta-hélice está presente em muitas proteínas ligadores de DNA. Apresentam-se como “dímeros” de forma a reconhecer a sequência palindrômica no DNA e forma um eixo de simetria com DNA. As super-hélices ocorrem em muitas proteínas fibrosas, como o colágeno da matriz extracelular, a proteína muscular tropomiosina, a α-queratina no cabelo e o fibrinogênio nos coágulos sanguíneos. As folhas β-pregueadas ocorrem geralmente, em conjunto com α-hélices, no centro da maioria das proteínas globulares. O dedo de Zinco possui homeodomínios. IMPORTANTE Outra estrutura importante de uma proteína é a ponte dissulfeto. Elas podem se formarentre os átomos de enxofre de um grupo sulfidrila (-SH) em dois aminoácidos que podem residir em uma mesma cadeia polipeptídica ou em cadeias polipeptídicas distintas. Organização Estrutural das Proteínas A estrutura primária de um polipeptídio é sua sequência de aminoácidos, especificada pela sequência nucleotídica de um gene. Em alguns casos, os produtos primários da tradução contêm sequências curtas de aminoácidos, chamadas inteínas, que se auto excisam dos polipeptídios nascentes. A estrutura secundária é produzida por dobramentos da sequência primária, devido a ligações químicas entre aminoácidos muito próximos entre si, criando sítios ativos ou aspecto estrutural. Essa estrutura confere organização espacial ao esqueleto polipeptídico, dando funcionalidade à molécula. Genética Humana 31 A estrutura terciária de um polipeptídio é seu dobramento global no espaço tridimensional. A estrutura terciária de uma proteína é mantida principalmente por muitas ligações não covalentes relativamente fracas. É a organização completa em três dimensões de todos os átomos na cadeia polipeptídica, em decorrência da interação entre os aminoácidos e água circulante, incluindo os grupos laterais, bem como o esqueleto polipeptídico. E a estrutura quaternária diz respeito à associação de dois ou mais polipeptídios em uma proteína multimérica. Essa estrutura só existe em proteínas com mais de um polipeptídio. É a união de várias estruturas terciárias que assumem formas espaciais bem definidas. Existem quatro tipos diferentes de interações não covalentes: (1) ligações iônicas, (2) ligações de hidrogênio, (3) interações hidrofóbicas e (4) interações de van der Waals. As ligações iônicas são forças intensas em algumas condições, mas são interações relativamente fracas no interior aquoso de células vivas porque as moléculas polares de água neutralizam parcialmente ou protegem os grupos eletricamente carregados. As ligações de hidrogênio são interações fracas entre átomos eletronegativos (que têm carga negativa parcial) e átomos de hidrogênio (eletropositivos) que estão ligados a outros átomos eletronegativos. As interações hidrofóbicas são associações de grupos apolares entre si quando presentes em soluções aquosas em razão da sua insolubilidade em água. As interações de van der Waals são atrações fracas entre átomos muito próximos. Todas as informações necessárias para determinação do formato de uma proteína, geralmente, estão na estrutura primária da proteína. Em alguns casos, o dobramento da proteína envolve interações com proteínas denominadas, chaperonas. As chaperonas que ajudam os polipeptídios nascentes a formar a estrutura tridimensional apropriada. Genética Humana32 Código genético O código genético descreve a relação entre a sequência de bases nitrogenadas do mRNA e a sequência de aminoácidos na cadeia polipeptídica correspondente. O código genético é uma “trinca de nucleotídeos”, sabemos que há quatro bases possíveis para ocupar cada uma das três posições em um códon. Portanto, 43=64 códons possíveis, o que permite a formação de 20 aminoácidos comumente encontrados nos polipeptídios. Assim, o número possível de diferentes polipeptídios é grande, uma vez que, o número de diferentes sequências de aminoácidos possíveis em um polipeptídio que contém 100 aminoácidos é de 20100. Em meados da década de 1960, o código genético foi desvendado em sua maior parte e apresenta as seguintes características: 1. O código genético é constituído de trinucleotídeos. Três nucleotídeos no mRNA especificam um aminoácido no produto polipeptídico; 2. O código genético é degenerado porque, em média, cada aminoácido é especificado por cerca de três códons diferentes. Alguns aminoácidos (como leucina, serina e arginina) chegam a ser especificados por até seis códons, enquanto outros são menos representados. A degeneração do código genético geralmente envolve a terceira base do códon (base wobble); 3. É considerado não ambíguo, isto é, uma trinca só́ pode codificar um aminoácido. Por exemplo, o aminoácido fenilalanina pode ser codificado por dois códons diferentes: UUU e UUC; 4. É um código sem superposição, ou seja, uma dada base pertence a uma só́ trinca ou códon; 5. É, também, contínuo não existindo espaçamento entre os códons; Genética Humana 33 6. O código genético é quase universal. Com poucas exceções, os códons têm o mesmo significado em todos os organismos vivos, desde vírus até os seres humanos; 7. Existem códons de iniciação e de finalização ou terminação. Tanto em procariotos quanto em eucariotos, o códon AUG é usado para iniciar cadeias polipeptídicas, correspondendo ao aminoácido metionina. Três códons, UAG, UAA e UGA, especificam o término da cadeia polipeptídica. Os eucariotos têm um fator de liberação único que reconhece os três códons de término. Nas mitocôndrias de mamíferos existem quatro possibilidades (UAA, UAG, AGA e AGG). RNA transportador A tradução da mensagem codificada por um mRNA na sequência de aminoácidos de um polipeptídio requer outro tipo de moléculas de RNA, o RNA transportador (tRNA). O RNA transportador (tRNA), contêm uma sequência de trinucleotídeos, o anticódon, que é complementar à sequência do códon no mRNA e emparelha suas bases com a sequência de códon durante a tradução. Há de um a quatro tRNA, para cada um dos 20 aminoácidos. Os aminoácidos unem-se aos tRNA por ligações de alta energia (muito reativas) (simbolizadas por ~) entre os grupos carboxila dos aminoácidos e as terminações 3’-hidroxila dos tRNA. Há pelo menos uma aminoacil-tRNA sintetase para cada um dos 20 aminoácidos. Os tRNA são transcritos na forma de moléculas precursoras maiores que passam por processamento pós-transcrição. As moléculas de tRNA maduras contêm vários nucleosídios que não estão presentes nos transcritos primários dos genes de tRNA. Esses nucleosídios incomuns, como inosina, pseudouridina, di- hidrouridina, 1-metilguanosina e vários outros, são produzidos por modificações, catalisadas por enzima, dos quatro nucleosídios incorporados ao RNA durante a transcrição. Genética Humana34 Figura 4: Configuração em folha de trevo do tRNA destaque códon e anticódon Fonte: @commons. O número de vezes que qualquer mRNA pode ser traduzido é uma função da afinidade de seu sítio de iniciação pelos ribossomos e de sua estabilidade (o mRNA de bactérias tem meia-vida de alguns minutos, o mRNA de eucariotos geralmente é estável por várias horas e até́ dias). RNA Ribossomal Um ribossomo funcional apresenta duas subunidades, uma subunidade ribossômica maior e uma subunidade ribossômica menor. A subunidade 60S contém três tipos de moléculas de rRNA: rRNA 28S, rRNA 5,8 e rRNA 5S, bem como cerca de 50 proteínas ribossomais. A subunidade 40S contém o rRNA 18S e mais de 30 proteínas ribossomais. Os ribossomos fornecem a maquinaria necessária para a síntese polipeptídica. Os RNAs que compõem esse complexo são predominantemente responsáveis pela função catalítica dos ribossomos. A subunidade menor do ribossomo liga-se ao mRNA, enquanto a subunidade maior https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Codon-Anticodon_pairing.svg?uselang=pt-br Genética Humana 35 apresenta dois sítios para a ligação de aminoacil-tRNAs, referidos como sítio P (peptidil) e sítio A (aminoacil). DICA Os genes de rRNA 5, rRNA 8S, rRNA 18S, rRNA 28S de eucariotos estão presentes em arranjos consecutivos nas regiões organizadoras nucleolares dos cromossomos. Os seres humanos têm cinco pares de organizadores nucleolares nos braços curtos dos cromossomos 13, 14, 15, 21 e 22. Os genes de rRNA 5S em eucariotos não estão localizados nas regiões organizadoras nucleolares, mas distribuídos em vários cromossomos. O processamento de rRNA e a montagem do ribossomo nos eucariotos ocorrem no nucléolo. Após a iniciação da tradução de um mRNA por um ribossomo, e sua movimentação ao longo do mRNA, outros ribossomos podem se ligarao mesmo mRNA. Assim, as estruturas polirribossômicas (polissomos) resultantes, representam múltiplas cópias de um polipeptídio a partir da mesma molécula de mRNA. Síntese de Proteína A síntese proteica se dá́ em duas fases: transcrição e tradução. O mRNA produzido pelos genes no núcleo após processado é transferido para o citoplasma, onde se liga aos ribossomos e a outros componentes para iniciar a tradução e a síntese polipeptídica. O RNA mensageiro transcrito a partir de genes das mitocôndrias e cloroplastos é traduzido em ribossomos específicos dentro dessas organelas. Genética Humana36 Os ribossomos são grandes complexos RNA-proteína, compostos por duas subunidades. Nos eucariotos, ribossomos citoplasmáticos têm uma grande subunidade 60S e uma menor subunidade 40S. O processo de tradução, do qual participam muitos componentes celulares: mRNA, tRNA, ribossomos (rRNA + proteínas), aminoácidos, moléculas de armazenamento de energia (ATP) e vários fatores proteicos. PASSO A PASSO Na iniciação da tradução o cap 5’ do mRNA é reconhecido por certas proteínas-chave que se ligam à subunidade menor do ribossomo, que percorre a extremidade 5’ UTR do mRNA na direção 5 → 3’a fim de encontrar um códon de iniciação compatível (AUG-metionina). Cada códon especifica um aminoácido, e o processo de decodificação utiliza diferentes moléculas de tRNA contendo o anticódon. Os tRNAs transportam os aminoácidos ativados até́ o complexo de iniciação (ao qual se liga a grande subunidade do ribossomo). O tRNA que transporta o segundo aminoácido forma pontes de hidrogênio entre seu anticódon e o segundo códon do mRNA. A seguir, os dois primeiros aminoácidos estabelecem ligações peptídicas entre eles, com o auxílio de uma ribozima. A parte do ribossomo que mantém juntos o mRNA e o tRNA tem dois sítios: o sítio P (de peptidil) mantém a cadeia polipeptídica crescente e o sítio A (de aminoacil) mantém o próximo aminoácido a ser adicionado à cadeia. A tradução continua até́ que a mensagem seja lida por inteiro, e o término da síntese se dá́ quando é encontrado um dos códons finalizadores (UAG, UAA ou UGA) no mRNA. O polipeptídio completo irá então sofrer um processamento que pode incluir clivagem e modificação das cadeias laterais. Genética Humana 37 IMPORTANTE A cadeia polipeptídica possui variadas funções. Se um códon de finalização surgir no meio de uma molécula de mRNA em virtude de uma mutação, a cadeia polipeptídica será́ terminada prematuramente. DICA Em eucariotos, a sequência 5’ACCAUGG3’ (sequência de Kozak), se encontrada em volta do códon de início transcrição AUG no mRNA; servindo de sinalizador para os tRNA na transcrição. Processamento pós-traducional Os produtos primários da tradução podem sofrer uma variedade de modificações durante ou após a tradução. Grupos químicos simples ou complexos são frequentemente adicionados por ligação covalente às cadeias laterais de certos aminoácidos. Além disso, polipeptídios podem ser clivados para gerar um ou mais produtos polipeptídicos. Genética Humana38 Tabela 1: Principais tipos de modificações dos polipeptídios Tipo de modificação (grupo adicionado) Aminoácido (s) alvo Notas Fosforilação (PO4-) Tyr, Ser, Thr Realizada por cinases específicas; pode ser revertida por fosfatases Metilação (CH3) Lys Realizada por metilases; revertida por demetilases Hidroxilação (OH) Pro, Lys, Asp Hidroxiprolina (Hyp) e hidroxilisina (Hyl) são particularmente comuns no colágeno Acetilação (CH3) Lys Realizada por uma acetilase; revertida por uma desacetilase Carboxilação (COOH) Glu Realizada por uma γ-carboxilase N-glicosilação (carboidratos complexos) Asna Ocorre inicialmente no retículo endoplasmático, com modificações posteriores sendo realizadas no Complexo de Golgi O-glicosilação (carboidratos complexos) Ser, Thr, Hylb Ocorre no Complexo de Golgi; menos comum que a N-glicosilação Glicosilfosfatidilinositol (glicolipídeo) Asp c Serve para ancorar proteínas à camada externa da membrana plasmática Miristoilação (ácido graxo C14) Ser, Thr, Hyl b Serve como âncora à membrana Genética Humana 39 Palmitoilação (ácido graxo C16) Gly d Serve como âncora à membrana Farnesilação (grupo prenil C15) Cys e Serve como âncora à membrana Geranilgeranilação (grupo prenil C20) Cys c Serve como âncora à membrana aIsso é especialmente comum quando asparagina (Asn) está presente na sequência Asn-X-(Ser/Thr), em que X é um aminoácido diferente de Pro. bHidroxilisina. cNa extremidade C-terminal do polipeptídeo. dNa extremidade N-terminal do polipeptídeo. euma ligação S-palmitoil. Fonte: Strachan, T. (2013). Algumas proteínas, sobretudo aquelas de membrana, são modificadas pela adição de grupos lipídicos acil ou prenil. Estes grupos adicionados servem como âncoras de membrana, sequências hidrofóbicas de aminoácidos que mantêm a proteína recém-sintetizada embebida na membrana plasmática ou na membrana do retículo endoplasmático. Clivagens maiores são observadas na maturação do mRNA de proteínas plasmáticas, hormônios polipeptídicos, neuropeptídeos e fatores de crescimento. Sequências sinalizadoras de clivagem são frequentemente utilizadas para marcar proteínas tanto para a exportação como para o transporte para uma localização intracelular específica. Genética Humana40 Uma molécula de mRNA pode às vezes especificar mais de um polipeptídeo funcional, como resultado de clivagens pós- traducionais de um precursor polipeptídico grande. RESUMINDO E então? Gostou do que lhe mostramos? Aprendeu mesmo tudinho? Agora, só para termos certeza de que você realmente entendeu o tema de estudo deste capítulo, vamos resumir tudo o que vimos. Você deve ter aprendido que após uma série de etapas de maturação, o mRNA migra para o citoplasma, onde é traduzido. Diferentemente do DNA, as moléculas de RNA são normalmente fitas simples. A síntese de polipeptídios ocorre nos ribossomos, tanto no citoplasma como no interior de mitocôndrias. A informação sequencial codificada no RNA é decodificada nos ribossomos por meio de um código genético em trincas, determinando a estrutura básica do polipeptídio. Os produtos primários da tradução podem sofrer uma variedade de modificações durante ou após a tradução; resultando em proteínas com ampla diversidade estrutural e funcional. Genética Humana 41 Regulação da expressão gênica em eucariotos OBJETIVO Ao término deste capítulo você será capaz de entender que a regulação da expressão gênica eucariótica pode ocorrer na transcrição, no processamento ou na tradução. Durante a ativação da transcrição, a cromatina é remodelada por complexos multiproteicos. Os genes eucarióticos têm diversos tipos de sequências reguladoras, como os promotores, silenciadores e reforçadores, que consistem em sítios de ligação para proteínas conhecidas como fatores de transcrição, que se ligam ao DNA e podem ter efeitos variados sobre a transcrição, aumentando, diminuindo ou modulando o seu nível. A regulação pós- traducional também pode interferir na expressão gênica. Então vamos lá. Avante! Conceitos gerais Entre os eucariotos, organismos multicelulares, as células com o mesmo genoma se expressam de formas diferentes conforme o tipo celular, momento de desenvolvimento, ambiente; tornando ainda mais complexa a regulação gênica. Dependendo da situação, o mesmo gene poderia ter perfil de expressão exatamente oposto. Ou seja, a regulação gênica vem como um dos principais fatores responsáveis pela complexidade fisiológica dos indivíduos. A separação espacial dos processos da expressão gênica torna possível a regulação em diferentes locais. A regulação pode ocorrer no núcleo, em nível de DNA ou RNA, ou no citoplasma, Genética Humana42 em nível de RNA ou polipeptídio. No início do desenvolvimento embrionário, a diferenciação está controlada por fatores de origem materna, onde os próprios genes do embriãocomeçam a se tornar ativos no estágio de quatro células, embora os embriões continuem a usar o mRNA de origem materna por bom período de tempo. DICA Os genes estão acuradamente regulados para se tornarem ativos no momento específico em que um dado produto gênico é necessário. As necessidades regulatórias dos organismos superiores podem ser divididas em dois tipos: (a) regulação com efeitos de longo prazo, que envolve a diferenciação morfológica e funcional permanente; (b) regulação com efeitos de curto prazo, que resulta em respostas imediatas, porém transitórias, a um dado estímulo. Regulação da Expressão Gênica em Eucariotos As células eucarióticas pode ser regulada de diferentes modos: (1) o alto conteúdo de DNA associado com as histonas e outras proteínas, formando estruturas compactas de cromatina (modificadas durante a expressão gênica, no interior do núcleo); (2) antes de serem transportados para o citoplasma, os mRNAs são processados (cada um desses processos pode ser regulado de modo a influir na quantidade e nos tipos de mRNAs disponíveis para a tradução); (3) depois da transcrição, o transporte dos mRNAs para o citoplasma também pode ser regulado para Genética Humana 43 modular a disponibilidade desses RNAs à tradução; (4) os mRNAs têm meias-vidas variáveis; (5) as taxas de tradução podem ser moduladas, bem como o processamento, as modificações e a degradação das proteínas. Regulação do remodelamento da cromatina Como já vimos em unidades posteriores, o DNA eucariótico, combina-se com histonas e outras proteínas, formando a cromatina, que constitui os cromossomos. O maior grau de compactação da cromatina pode inibir o reparo, a replicação e a transcrição do DNA. A conformação da cromatina controla a expressão gênica, tanto em curto prazo, de modo que as células respondam a condições metabólicas e ambientais flutuantes, como em longo prazo, como programas de desenvolvimento estendidos. A remodelagem da cromatina pode ocorrer de diferentes maneiras, por meio de: �Alteração da composição ou do posicionamento dos nucleossomos, facilitando a transcrição gênica; �Modificações das histonas, relaxando sua associação com o DNA; �Metilação do DNA, isto é, adição de grupamentos metila às suas bases (com mais frequência à citosina), reprimindo a transcrição mediante inibição da ligação dos fatores de transcrição ao DNA. Existe uma relação inversa entre o grau de metilação e o grau de expressão gênica, ou seja, os genes que são transcritos ativamente estão desmetilados ou com baixo nível de metilação. Mudanças duradouras na conformação são a base dos efeitos epigenéticos, ou seja, mudanças na expressão gênica que não dependem de mudanças na sequência de DNA. Para alguns genes, efeitos epigenéticos dependem da origem parental, Genética Humana44 processo chamado de imprinting genético. A transcrição necessita uma conformação da cromatina aberta, enquanto a heterocromatina possui uma conformação fechada e altamente empacotada e reprime a expressão gênica. Pequenas moléculas não codificantes de RNA estão envolvidas no estabelecimento da heterocromatina estável. SAIBA MAIS Histonas em nucleossomos estão sujeitas a muitas modificações diferentes que afetam resíduos de aminoácidos específicos nas caudas. Modificações comuns incluem a acetilação e mono- metilação, dimetilação ou trimetilação de lisinas e fosforilação de serinas. As diversas proteínas não histônicas na cromatina incluem enzimas que adicionam ou removem grupos modificados para ou a partir de histonas de DNA. Eles são, portanto, ligados diferencialmente a cromatina, dependendo de sua conformação e estado de modificação. Regulação da transcrição Os genes eucarióticos têm diversos tipos de sequências reguladoras, como os promotores, silenciadores e reforçadores (enhancers). A atividade de transcrição também pode ser regulada por fatores de transcrição especiais, os fatores de transcrição basais e a RNA polimerase. Genética Humana 45 Promotores Os promotores são sequências de DNA que funcionam como sítios de reconhecimento para a maquinaria da transcrição, com localização adjacente aos genes por eles regulados. As sequências reguladoras localizadas no promotor são consideradas de atuação cis, quando afetam apenas a expressão do gene adjacente, e de atuação trans, quando atuam sobre genes distantes, geralmente sobre ambas as cópias de um gene em cada cromossomo. Os reforçadores (também chamados acentuadores ou enhancers) são sequências de DNA situadas a uma distância variável dos genes estruturais, que aumentam o nível da transcrição de genes que lhes estão próximos ou distantes, e interagem com os promotores. Uma vez que os reforçadores se situam a distâncias dos promotores, existe um mecanismo de dobramento ou inversão do DNA, que permite a interação simultânea de vários elementos reguladores, pela formação de uma ou mais alças ou laços complexos do DNA. A maioria dos acentuadores é específica para o tecido. Os silenciadores são sequências curtas de DNA, também de atuação cis, que reprimem o nível da transcrição. Frequentemente agem de modo tecido-específico ou cromossomo-específico para controlar a expressão gênica. Um repressor pode se ligar a sítios próximos de um sítio ativador e evitar que o ativador entre em contato com o aparato basal de transcrição. Um terceiro mecanismo possível de ação do repressor é a interferência direta com a montagem do aparato basal de transcrição, bloqueando o início da transcrição. Fatores de Transcrição A transcrição dos genes é um processo altamente regulado, permitindo que o organismo faça a regulação dos efeitos de longo ou curto prazo. A transcrição é um nível importante de controle nas células eucarióticas, e esse controle demanda alguns Genética Humana46 tipos diferentes de proteínas e elementos regulatórios. E muitas dessas proteínas parecem ter no mínimo dois domínios químicos importantes: um domínio de ligação ao DNA e um domínio de ativação da transcrição. Os fatores de transcrição são proteínas que se ligam ao DNA e facilitam ou reprimem a síntese de RNA, a primeira etapa no processo de transferência de informação do genótipo para o fenótipo. Cada fator de transcrição pode afetar a expressão de múltiplos genes, então uma pequena mudança genética que afete a expressão de um único fator de transcrição pode influenciar muitos genes adicionais, tornando tanto mais difícil ou mais fácil a união da RNA polimerase ao promotor do gene. A ativação da transcrição parece implicar interações físicas entre as proteínas. Muitos fatores de transcrição eucarióticos têm motivos estruturais característicos que resultam de associações entre aminoácidos dentro de suas cadeias polipeptídicas (dedo de zinco, hélice-volta-hélice, zíper de leucina e hélice-alça-hélice). Os fatores de transcrição com motivos de dimerização como o zíper de leucina ou a hélice-alça-hélice poderiam, em princípio, combinar-se a polipeptídios semelhantes a eles mesmos para formar homodímeros ou a polipeptídios diferentes para formar heterodímeros. Essa segunda possibilidade sugere um modo de alcançar padrões complexos de expressão gênica. Portanto, seria possível obter modulações sutis da expressão gênica por variação em relação aos motivos. A liberação da RNA-polimerase pode ocorrer de diferentes formas. Em alguns casos, o ativador traz consigo um complexo de remodelagem da cromatina que remove um bloqueio nucleossômico à RNA-polimerase em processo de alongamento da transcrição. Em outros casos, o ativador se comunica com a RNA-polimerase (através de um coativador). Por fim, a RNA- polimerase requer fatores de alongamento para efetivamente transcrever através da cromatina. Genética Humana 47 O controle da transcrição nos eucariotos no seu início é regulado por fatores que afetam mudanças na estrutura da cromatina, fatores de transcrição e proteínas regulatórias de transcrição.E ainda pesquisas indicam que a transcrição também pode ser controlada por fatores que afetam a parada e o alongamento da RNA polimerase após o início da transcrição. O aparato basal de transcrição composto por RNA polimerase, fatores de transcrição e outras proteínas se monta no promotor central. Quando ocorre o início da transcrição, a RNA polimerase se move downstream, transcrevendo o gene estrutural e produzindo um RNA. Genes expressos de forma coordenada nas células eucarióticas são capazes de responder ao mesmo estímulo porque têm sequências regulatórias pequenas em comum com seus promotores ou acentuadores. Por exemplo, diferentes genes eucarióticos para choque término apresentam um elemento regulatório comum upstream dos seus sítios de início. Essas sequências regulatórias de DNA são chamadas de elementos de resposta, ou seja, sítios de ligação para os ativadores da transcrição. A transcrição dos genes hsp70 em resposta ao aumento da temperatura é mediada por um fator de transcrição do choque térmico. A transcrição de genes eucarióticos também é controlada por diversos fatores de transcrição especiais, como os que participam da regulação dos genes induzíveis por calor e hormônios. Esses fatores ligam-se a elementos de resposta ou, de modo mais geral, as sequências denominadas acentuadores adjacentes a um gene. Hormônios esteroides e suas proteínas receptoras formam complexos que atuam como fatores de transcrição para regular a expressão de genes específicos. Hormônios peptídicos interagem com proteínas receptoras ligadas à membrana e ativam um sistema sinalizador que regula a expressão de genes específicos. Exemplos: insulina regula os níveis sanguíneos de glicose; somatotropina é um hormônio do crescimento; e prolactina atua no tecido mamário das fêmeas. Genética Humana48 Nos hormônios esteroides como o estrogênio, o complexo hormônio/receptor liga-se aos elementos de resposta hormonal (HRE) e, então, estimula a transcrição. Regulação pós-transcricional da expressão gênica Nos eucariotos, a transcrição acontece no núcleo e os pré-mRNAs são processados antes de se deslocarem para o citoplasma para tradução, criando oportunidades para controle gênico após a transcrição. Portanto, apesar da maior parte da regulação de genes eucarióticos ocorrer na transcrição, pesquisas recentes mostram que os mecanismos pós-transcricionais também têm papéis importantes na regulação da expressão de genes eucarióticos. Transcritos primários são muitas vezes sujeitos a splicing alternativo. O splicing alternativo possibilita que um pré-mRNA possa se organizar de diferentes maneiras, gerando diferentes proteínas em diferentes tecidos ou em distintos períodos do desenvolvimento. Os éxons podem ser saltados ou incluídos, ou sítios doadores e receptores variáveis podem ser utilizados. Muitos genes eucarióticos sofrem a recomposição alternativa, e a regulação da recomposição é um meio importante do controle da expressão gênica nas células eucarióticas. O splicing é controlado por reforçadores e supressores que ligam proteínas como as SR (proteína reguladora de splicing) e hnRNP. O splicing alternativo é geralmente tecido específico. Genética Humana 49 SAIBA MAIS A quantidade de mRNA disponível depende tanto da taxa de síntese de mRNA, quanto da taxa de degradação do mRNA. O RNA celular é degradado por ribonucleases, enzimas que degradam especificamente o RNA. A maioria das células eucarióticas tem 10 ou mais tipos de ribonucleases, e existem diferentes vias de degradação do mRNA. Para proteger essas molecular, proteínas ligadoras poli(A) se ligam normalmente à cauda poli(A) e contribuem para seu efeito acentuador da estabilidade mRNA. A existência dessas proteínas na extremidade 3′ do mRNA protege o cap 5′. Quando a cauda poli(A) é encurtada abaixo de um limite crítico, o cap 5′ é removido, e as nucleases degradam o mRNA ao remover os nucleotídeos a partir da extremidade 5′. Essas observações sugerem que o cap 5′ e a cauda poli(A) do mRNA eucariótico interajam fisicamente um com outro, o mais provável é que a cauda poli(A) se dobre sobre si mesma de forma que os PABPs (regulate mRNA fate by controlling stability) entrem em contato com o cap 5′. Parte da degradação do RNA ocorre em complexos especializados chamados corpúsculos P. Genética Humana50 Figura 5: Vários DNAs Fonte: Disponível em: @freepik. Outras partes do mRNA eucariótico, incluindo as sequências na região 5′ não traduzida (5′ UTR), a região codificadora e a 3′ UTR, também afetam a estabilidade do mRNA. Os mRNAs eucarióticos de vida curta têm uma ou mais cópias de uma sequência consenso composta por 5′-AUUUAUAA-3′, chamada de elemento rico em AU, na 3′ UTR. Os mRNAs contendo os elementos ricos em AU são degradados por um mecanismo no qual os microRNAs participam. Ainda existe o controle por meio de RNA não codificantes. O fenômeno da interferência por RNA, conta com a participação de pequenas moléculas de RNA conhecidas como RNA de interferência curtos (siRNA) ou microRNA (miRNA). Essas moléculas, com 21 a 28 pares de bases, são produzidas a partir de moléculas maiores de RNA bifilamentar, pela ação enzimática Genética Humana 51 de proteínas (endonucleases específicas para RNA bifilamentar). Essas endonucleases “dividem” um grande RNA em pedaços pequenos e são denominadas enzimas DICER. PASSO A PASSO Os miRNAs regulam os genes que inibem a tradução dos seus mRNAs complementares. No citoplasma, siRNA (RNA de interferência curto) e miRNA (Micro RNA) são incorporados a partículas de ribonucleoproteínas. O siRNA ou miRNA bifilamentar nessas partículas são desenrolados, e um de seus filamentos é eliminado. Então, o filamento simples de RNA remanescente é capaz de interagir com moléculas específicas de mRNA. Essa interação é mediada por pareamento de bases entre o filamento simples de RNA no complexo RNA-proteína e uma sequência complementar na molécula de mRNA alvo. Os RNA associados a RISC que ocasionam a clivagem do mRNA alvo são denominados siRNA. Quando o pareamento do RNA no RISC com sua sequência-alvo é imperfeito, o mRNA não é clivado e a tradução do mRNA é inibida; esse efeito são devido a asssociação microRNA. Esses complexos rompem o RNA, inibem a tradução, afetam a degradação do RNA e silenciam a transcrição. Em outras situações outros siRNAs silenciam a transcrição ao alterar a estrutura da cromatina. Esses siRNAs se combinam com proteínas para formar um complexo chamado RITS (silenciamento transcricional do RNA) que é análogo ao RISC. O componente siRNA do RITS se liga a essa sequência complementar no DNA ou uma molécula de RNA no processo de ser transcrito e reprime a transcrição ao atrair enzimas que metilam as caudas das proteínas histona. A adição dos grupos metila às histonas faz com que elas se liguem ao DNA mais firmemente, restringindo o acesso das proteínas e enzimas necessárias para fazer a transcrição. Alguns miRNAs, também se ligam a sequências complementares no DNA e atraem enzimas que metilam o DNA, o que leva à supressão da transcrição. Genética Humana52 Alguns dos RNA que induzem RNA de interferência são derivados da transcrição de outros elementos no genoma, como transpósons e transgenes, e são derivados de vírus de RNA. IMPORTANTE Os RISC de diferentes organismos têm tamanhos e composições diferentes. Todos, porém, contêm pelo menos uma molécula da família de proteínas, denominada de Argonauta. A função dessas proteínas não é totalmente compreendida. Os mecanismos de RNA de interferência se conservaram em todos os eucariotos, inclusive os humanos, nos quais constituem um mecanismo de defesa natural contra infecções virais, podendo vir a contribuir para a terapia gênica no futuro. Regulação da tradução O ponto final da expressão gênica é a presença ou a atividade do produto proteico do gene. Em alguns casos, a tradução de um mRNA pode ser regulada pelo grau de demandada proteína pela célula. A tradução pode ser regulada por intermédio dos níveis intracelulares de proteínas, o que é conhecido como autorregulação (regulação autógena). Um de seus exemplos mais conhecidos é o das tubulinas α e β, componentes das subunidades dos microtúbulos em eucariotos, que inibem a tradução do mRNA da tubulina. A síntese das tubulinas é estimulada nas baixas concentrações de subunidades livres e inibida nas altas concentrações. Outro exemplo desse tipo de regulação pós- traducional é o controle da tradução do mRNA dos receptores de ferritina e de transferrina. Para o funcionamento de muitas Genética Humana 53 enzimas celulares são necessários átomos de ferro solúvel, mas o excesso de ferro é tóxico para as células. No interior da célula, o ferro está ligado a uma proteína chamada transferrina. Outros casos de regulação da tradução podem envolver modificações posteriores nas proteínas, incluindo clivagem e ligação covalente a carboidratos e lipídeos, que são importantes para a função e a localização correta das proteínas no interior da célula. Além disso, a regulação da função proteica, como a da atividade enzimática, exerce um papel essencial no controle do comportamento celular. Em geral, o nível das proteínas reguladoras pode ser modificado por diferentes fatores: (a) velocidade da transcrição do gene em RNA; (b) processamento do RNA; (c) transporte do mRNA do núcleo para o citoplasma; (d) velocidade da tradução do mRNA em cadeia polipeptídica; (e) velocidade de degradação do mRNA; (f) processamento pós-traducional do polipeptídio; e (g) velocidade de degradação da proteína. Os ribossomos, aminoacil tRNAs, fatores de iniciação e fatores de alongamento são necessários para a tradução das moléculas de mRNA. A disponibilidade desses componentes afeta a taxa de tradução e, portanto, influencia a expressão gênica. Por exemplo, a ativação dos linfócitos T (células T) é decisiva para o desenvolvimento das respostas imunológicas a vírus. Os linfócitos T estão normalmente no estágio G0 do ciclo celular e não estão se dividindo ativamente. Ao serem expostos a antígenos virais, então, os linfócitos T específicos são ativados e sofrem rápida proliferação. Também existem mecanismos para a regulação da tradução de mRNAs específicos. O início da tradução em alguns mRNAs é regulado por proteínas que se ligam à 5′ UTR dos mRNAs e inibem a ligação dos ribossomos, semelhante à maneira na qual as proteínas repressoras se ligam aos operadores e impedem a transcrição dos genes estruturais. A tradução de alguns mRNAs é afetada pela ligação de proteínas a sequências na 3′ UTR. Genética Humana54 Todos esses mecanismos de controle correspondem a situações especificas. Entretanto, talvez o método de controle mais econômico e mais difundido nos eucariotos, seja o de controlar a produção da proteína no nível da transcrição do gene. RESUMINDO E então? Gostou do que lhe mostramos? Aprendeu mesmo tudinho? Agora, só para termos certeza de que você realmente entendeu o tema de estudo deste capítulo, vamos resumir tudo o que vimos. Você deve ter aprendido que a síntese proteica ocorre em duas fases: transcrição e tradução. A tradução consiste na transmissão da informação genética do mRNA para polipeptídio, sendo mais complexa nos eucariotos. A regulação da expressão gênica nos eucariotos pode ocorrer em diferentes etapas: da cromatina (interferência na estabilidade das histonas) aos produtos proteicos (regulação autógena entre outros). Os genes eucarióticos têm diversos tipos de sequências reguladoras, como os promotores, silenciadores e reforçadores, que interagem nos sítios de ligação para o complexo de ligação dos fatores de transcrição. Estes se ligam ao DNA e junto com a RNA polimerase, podem ter efeitos variados sobre a transcrição, aumentando, diminuindo ou modulando o nível da expressão gênica. O início da tradução é afetado pelas proteínas que se ligam a sequências específicas na extremidade 5′ do mRNA. A disponibilidade de ribossomos, tRNAs, fatores de iniciação e de alongamento e de outros componentes do aparato de tradução, influencia a taxa de tradução. Genética Humana 55 Erros Inatos do Metabolismo OBJETIVO Ao término deste capítulo você será capaz de entender que os erros inatos do metabolismo são distúrbios de natureza genética que geralmente correspondem a um defeito enzimático capaz de acarretar a interrupção de uma via metabólica. Que as mutações na sequência dos nucleotídeos do material genético de um organismo e podem levar a rotas metabólicas alteradas. Múltiplos sistemas de reparo do DNA desenvolveram-se para preservar a integridade das informações genéticas nos seres vivos. E os distúrbios humanos hereditários causados por defeitos na via de reparo do DNA são relatados, mostrando a importância desse processo para saúde humana. Então vamos lá. Avante! Conceitos gerais A partir de 1900, quando as leis de Mendel foram redescobertas, diversas características com herança mendeliana foram identificadas em diversos organismos. Em 1909, o médico e bioquímico britânico, Archibald Garrod publicou um livro intitulado “In born Errors of Metabolism” (Erros Inatos do Metabolismo), no qual descrevia além da alcaptonúria, outras doenças metabólicas como o albinismo, porfiria e pentosúria. Genética Humana56 EXPLICANDO DIFERENTE+++ Os aspectos genéticos da doença alcaptonuria que foi uma das primeiras alterações para a qual a herança mendeliana recessiva foi proposta, os sintomas mais visíveis era a cor da urina, que se tornava escura quando exposta ao ar. Foi sugerido se tratar de um erro no metabolismo, pela disfunção de uma via bioquímica. Promovendo, alguma falha de síntese, degradação, armazenamento ou transporte de moléculas no organismo. Embora essa condição fosse rara na população, era frequente entre filhos de pais consanguíneos, sendo assim explicada pelas leis de Mendel. Essa foi a primeira conexão entre genes e seu efeito fisiológico. SAIBA MAIS Para saber mais sobre este assunto acessa a Base de dados OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man). Fonte: Disponível em: https://bit.ly/2sJR3TK. Acesso em: 22 out.2020. Esses erros do metabolismo são considerados a causa das Doenças Metabólicas Hereditárias (DMH). Na maior parte das vezes, essas condições são decorrentes de mutações herdadas, que segregam na família por gerações. Eventualmente podem ocorrer novas mutações em células germinativas. Um exemplo, em recém-nascidos, é a incidência de fenilcetonúria, um distúrbio do metabolismo dos aminoácidos, é de apenas 1 em 10.000. No entanto, os genes mutantes em células somáticas https://bit.ly/2sJR3TK Genética Humana 57 contribuem para enfermidades humanas mais prevalentes, como cardiopatia e câncer. Esse grupo de doenças representa cerca de 10% de todas as doenças genéticas. E ainda hoje, são tidos por muitos profissionais como casos extremamente raros de se deparar durante a prática clínica sendo, muitas vezes, a última hipótese diagnóstica. Contudo atualmente, os hospitais possuem profissionais conhecidos como conselheiros genéticos, especializados em orientar as pessoas, acerca dos riscos de herdar ou transmitir doenças genéticas. A incidência isolada de cada uma das doenças metabólicas é pequena, até porque trata-se de doenças que, em geral, têm herança autossômica recessiva. No Brasil, estima-se a prevalência isolada de algumas doenças, como da Doença da Urina de Xarope de Bordo com prevalência de 1:43000 e da Deficiência de Biotinidase com 1:125000 recém nascidos vivos. A situação sobre o conhecimento DMH transformou-se a partir das últimas décadas com o desenvolvimento de novas técnicas laboratoriais, como a cromatografia e eletroforese de proteínas. Além disso, a tecnologia do DNA possibilitou a detecção das causas moleculares dos erros inatos. Classificação Tratando-se de alterações metabólicas bastante distintas, os Erros Inatosdo Metabolismo (EIM) possuem diversas classificações. Entre elas: Categoria 1 que, engloba as alterações que afetam um único sistema orgânico ou apenas um órgão, como o sistema imunológico e os fatores de coagulação ou túbulos renais e eritrócitos; e a Categoria 2, que abrange um grupo de doenças cujo defeito bioquímico compromete uma via metabólica comum a diversos órgãos, como as doenças lisossomais, ou restrito a um órgão apenas, porém com manifestações humorais e sistêmicas, como a hiperamonemia nos defeitos do ciclo da ureia. Devido a grande variabilidade de alterações da Categoria 2, as doenças metabólicas hereditárias que a compõem são divididas em três Genética Humana58 diferentes grupos conforme suas características fisiopatológicas e fenótipo clínico: �Grupo I: Distúrbios de síntese ou catabolismo de moléculas complexas. Os distúrbios do grupo I apresentam sintomas permanentes que tendem a acentuar com o passar do tempo, como facies grosseira, dismorfias, visceromegalias, neurodegeneração, entre outros, respeitando a localização do acúmulo; �Grupo II: Erros inatos do metabolismo intermediário que culminam em intoxicação aguda ou crônica. As manifestações levam, de maneira geral, à intoxicação aguda e recorrente ou crônica e progressiva; �Grupo III: Deficiência na produção ou utilização de energia. Manifestam-se, comumente, através de hipoglicemia, hipotonia generalizada, miopatia, insuficiência cardíaca, retardo de crescimento e até morte súbita, entre outros sintomas. Exemplos desse grupo são as glicogenoses, hiperlacticemias congênitas, doenças mitocondriais da cadeia respiratória e defeitos na oxidação de ácidos graxos. Entre os distúrbios de síntese ou catabolismo de moléculas complexas estão as doenças lisossomiais, que são as mucopolissacaridoses e as esfingolipidoses, assim como as doenças peroxissomiais. Manifestações clínicas e tratamento O diagnóstico clínico correto das DMH é dificultado pelo enorme número de doenças de grande complexidade, pela variedade de sintomas clínicos, além de serem consideradas, extremamente, raras pela maioria dos profissionais e avaliam a história da doença e um bom exame físico contribui, imensamente, para um diagnóstico preciso através da identificação de sinais característicos de cada grupo de erros inatos do metabolismo. Portanto, pode-se conduzir de forma mais precisa a realização Genética Humana 59 de exames laboratoriais confirmatórios; tratamento precoce, a fase de desenvolvimento; e aconselhamento genético. Existem alguns critérios e sinais que podem ajudar a diagnosticar Doença Metabólica Hereditária: �Hipotonia, hipoglicemia, irritabilidade, acidose, distúrbio hidroeletrolítico, entre outros; �Crianças que, em associação aos citados acima, apresentem odores peculiares ou dismorfias; � Perda de habilidades adquiridas anteriormente; �História de recorrência familiar ou consanguinidade entre os pais. A fenilcetonúria, por exemplo, tratada com dieta pobre em fenilalanina é importante mesmo na vida adulta no que se refere aos benefícios sobre as funções neuropsicológicas do paciente e, também, à saúde fetal durante a gravidez de mulheres com hiperfenilalaninemia. A manutenção da dieta pela mãe diminui a incidência no feto de retardo mental, microcefalia, defeitos congênitos do coração e retardo de crescimento intrauterino. O diagnóstico rápido é essencial para impedir o agravamento e a irreversibilidade dos sintomas, podendo até salvar a vida do paciente em alguns casos. Poder juntar dados clínicos com o resultado de testes indiretos (como a dosagem sanguínea de substância acumulada, identificação de metabólitos na urina e visualização de estruturas anormais em materiais de biópsia) é uma saída para o início de um tratamento eficaz. Os procedimentos de análise incluem a coleta de material para análise laboratorial; o tratamento do desequilíbrio metabólico a exemplo da desidratação, acidose, hipoglicemia e distúrbio eletrolítico; a remoção de metabólitos tóxicos seja por transfusão sanguínea ou estimulando a excreção; a suspensão da ingesta de proteínas e carboidratos por cerca de 24 horas, mantendo nutrição parenteral, e, quando possível, a Genética Humana60 suplementação com cofatores que podem aumentar a atividade da enzima residual. Com a manifestação aguda controlada, segue-se para o controle permanente. Este pode relacionar-se diretamente com a dieta. O tratamento através da dieta, comumente, está direcionado para a redução de substrato acumulado, para a suplementação de um produto, para a estimulação do bloqueio metabólico com cofatores ou precursores enzimáticos, ou ainda para a desintoxicação por metabólitos. Outros procedimentos são utilizados em doenças específicas com relativo sucesso, como o transplante de medula óssea para alguns tipos de mucopolissacaridoses, atenuando os sintomas de forma significativa. A terapia de reposição enzimática já vem se tornando realidade eficaz para algumas doenças de depósito lisossômico, como a doença de Gaucher, a doença de Fabry e a mucopolissacaridose I, e, somada à terapia gênica, representa grande esperança para que se altere, radicalmente, o prognóstico de muitos pacientes portadores de Doenças Metabólicas Hereditárias. Mutações Durante o ciclo celular, a diversidade genética é gerada por dois mecanismos: a recombinação gênica e a mutação. A recombinação é um processo que ocorre durante a formação dos gametas (Meiose) e tem o papel de “rearranjar” o conjunto gênico de um organismo, gerando novas combinações a partir de um material pré-existente, fornecido pelos conjuntos gênicos dos genitores. Com a mutação, novos sequências nucleotídeos de alelo podem ser gerado e com isso novas versões do material genético pré-existente. Do ponto de vista evolutivo, novas versões alélicas geram novos fenótipos, e, com isso, um novo número de respostas que um organismo possa dar a diferentes estímulos. Por isso as mutações são o motor da evolução. Genética Humana 61 Mutações podem ser causadas por erros de cópia do material durante a divisão celular, por exposição à radiação ultravioleta ou ionizante, mutagênicos químicos, ou vírus. SAIBA MAIS As alterações em nucleotídeos individuais são classificadas em transições, quando envolvem a substituição de uma purina por outra purina, e de uma pirimidina por outra pirimidina. Ou de transversões, quando a troca é de uma purina por uma pirimidina, ou vice-versa. Também podem ocorrer alterações como deleções e adições de nucleotídeos. Purinas (adenina e guanina) e Pirimidinas (timina e citosina). O impacto dessas alterações é variável e classificado de acordo com o efeito na informação para produção da proteína. �As mutações silenciosas consistem em trocas de nucleotídeo, que resultam num códon sinônimo, a proteína resultante possui a mesma sequência de aminoácidos codificados pela sequência original; �Nas mutações sinônimas ou neutras ocorre a substituição por aminoácidos funcionalmente similares, as propriedades da proteína são preservadas; �Na mutação de sentido alterado, o aminoácido é substituído por outro funcionalmente diferente, alterando as propriedades e a funcionalidade da proteína; � A mutação sem sentido resulta na substituição de um códon codificante por um códon de terminação, acarretando o término prematuro da tradução, e a síntese de uma proteína truncada. Genética Humana62 As inserções e as deleções têm um impacto mais amplo; quando o número de nucleotídeos não é múltiplo de três, ocorre a alteração em todos os nucleotídeos subsequentes, deslocando a janela de leitura na transcrição ou/e refletindo na tradução, a partir do ponto em que ocorreu a deleção ou a inserção. Os processos que acarretam as mutações também podem produzir reversão das mutações, restabelecendo assim a sequência original. DICA Mutação regressiva é quando um par de nucleotídeos numa sequência de DNA consertaa sequência original, restaurando o fenótipo original. Outro tipo de alteração consiste na expansão de sequência de nucleotídeos que pode expandir seu número de cópias. A expansão de sequência de trinucleotídeos está associada a algumas doenças hereditárias humanas. Conhece-se hoje mais de uma dezena de doenças neurodegenerativas resultantes da expansão de repetições de CAG sendo as mais comuns: a doença de Huntington (HD); ataxia espinocerebelar do tipo 1, 2, 6, 7 e 12 (SCA1, SCA2, SCA6, SCA7 e SCA12, respectivamente); ataxia espinocerebelar do tipo 3 (SCA3), também conhecida como doença de Machado-Joseph (DMJ); atrofia dentato-rubro- palido-luisiana (DRPLA) e atrofia muscular espino-bulbar (SBMA). Nestas doenças, os indivíduos afetados carregam trechos de CAG anormalmente expandidos e instáveis em regiões exônicas, que codificam trechos expandidos, em geral maiores que 40 poliglutaminas (poliGln) nas proteínas correspondentes. Todas essas doenças seguem uma herança autossômica dominante, exceto SBMA que é ligada ao cromossomo X. Têm várias características em comum, a principal delas é que https://www.infoescola.com/genetica/fenotipo/ Genética Humana 63 todas são degenerativas, nas quais a morte neuronal ocorre progressivamente em diferentes regiões do sistema nervoso central. O impacto das alterações ainda depende da região do DNA que foi modificada, a mutação nas sequencias codificantes tem um impacto diferenciado das mutações que ocorrem em íntrons. Mutações nas regiões promotoras ou próxima a elas exercem influência no controle da expressão gênica. Quando a frequência populacional de uma mutação é muito elevada (≥ 0,01) recebe a classificação de polimorfismo. Em seres humanos, o tipo mais comum de mutação pontual é de C para T. Ou seja, SNP, polimorfismo de nucleotídeo único. DICA A anemia falciforme é causada por uma mutação que causa a substituição do ácido glutâmico pelo ácido valina, provocando uma alteração na forma da proteína. As alterações no formato dos glóbulos vermelhos do sangue os tornam incapazes de transportar oxigênio. As regiões não codificantes apresentam maior variabilidade que as regiões codificantes. Entre as regiões não codificantes destaca-se o DNA de sequencias repetitivas, estas estão dispersas no genoma, como as sequencias denominadas LINES e SINES, e as sequencias com repetições em tandem (VNTR). O DNA satélite compreende sequencias longas de DNA altamente repetitivas (>104 cópias), de 100 a 2.000 pares de bases, que constituem uma fração importante do genoma dos eucariontes superiores, variando de 25% em algumas espécies até 50% em outras. Os minissatélites são representados por sequência de DNA moderadamente repetitiva de 10 a 100 pares de bases. Os https://www.infoescola.com/doencas/anemia-falciforme/ https://www.infoescola.com/bioquimica/acido-glutamico/ https://www.infoescola.com/sangue/hemacias/ Genética Humana64 microssatélites (STR ou short tandem repeats) compreendem sequencias de DNA moderadamente repetitivas de 2 a 9 pb, altamente polimórficas. A Tabela 2 apresenta a forma como as mutações devem ser descritas cientificamente. Tabela 2: Nomenclatura para descrição das mutações Substituição de aminoácidos Código de uma letra: A=alanina; C=cisteina; D=ácido aspártico; E=ácido glutâmico; F=fenilalanina; G=glicina; H=histidina; I=isoleucina; K=lisina; M=metionina; N=asparagina; P=prolina; Q=glutamina; R=arginina; S=serina; T=treonina; V=valina; W=triptofano; Y=tirosina; X=fim. O código de três letras também é aceito. -R117H ou Arg117His=substitui arginina 117 pela histidina (o códon iniciador metionina é o códon 1). -G542X ou Gly542Stop=glicina 542 substituída pelo códon de terminação. Substituição de nucleotídeo O A do códon de iniciação ATG é +1; a base imediatamente precedente é -1. Não há zero. Número do nucleotídeo seguido pela alteração. Se necessário, usar g ou c para designar sequencias genômicas e de cDNA. Para sequências intrônicas, quando apenas a sequência de cDNA é conhecida, especificar o número do íntron com IVS (do inglês intervening sequence) ou pelo número da posição no éxon mais próxima. - 1162G>A - substitui guanina na posição 1162 pela adenina. - 621+1G>T ou IVS4+1G>T - substitui G por T na primeira base do íntron 4; éxon 4 termina no nt 621 Genética Humana 65 Deleções e inserções Use del para deleções e ins para inserções. Como nos itens anteriores, nas mudanças no DNA, primeiro vem a posição do nucleotídeo ou do intervalo, e nas mudanças em aminoácidos, o símbolo do aminoácido vêm primeiro. -F508del - deleção fenilalanina 508. -6232-6236del ou 6232-6236delATAAG - deleção 5 nucleotídeos (os quais podem ser especificados) começando com nt 6232. -409-410insC - inserção C entre nt 409 e 410 Fonte: (Antonarakis et al., 1998). Base molecular das mutações A acurácia da maquinaria de replicação do DNA e a eficiência do sistema de reparo contribuem decisivamente para evitar doenças genéticas, assim, como a não exposição a agentes mutagênicos. A frequência de mutações está associada ao seu tamanho. E a frequência de mutação é influenciada por diversos fatores em humanos é de 1 mutação/109 nucleotídeos (nt). Mutações espontâneas As alterações químicas que os nucleotídeos sofrem, muitas vezes espontaneamente, são de três formas principais: desaminação de bases, perda de bases e formação de dímeros de pirimidina. 1. A tautomerização é um processo espontâneo e na maioria das vezes reversível, onde os átomos de hidrogênio se movem de sua posição nas bases, gerando pareamentos incorretos; Genética Humana66 IMPORTANTE O efeito da incorporação de bases tautoméricas se reflete na replicação do DNA; uma vez que, as bases purinas e pirimidinas no DNA e RNA podem existir sob formas tautômeros. Essas modificações estão associadas ao envelhecimento e ao câncer. 2. Desaminação hidrolítica é a perda de um grupo amino (-NH2) que certas bases podem sofrer como resultado de reações de hidrólise. As bases que sofrem desaminação são: Guanina, Citosina e Adenina, mas a reação mais comum acorre em Citosinas que resultam em uma Uracila. Essa alteração influencia na ligação complementar entre as bases nitrogenadas.; 3. Depurinação: erro na replicação do DNA formando sítios sem a presença purinas. A perda de uma adenina, por exemplo, faz com que a molécula de DNA fique com uma base timina em uma das cadeias e com ausência da base complementar na outra cadeia (chance de alteração do par de bases). Essas lesões são resultantes de radiação ionizante, radicais livres ou ação de agentes alquilantes que desestabilizam a ligação N-glycosidica, causando mutagênese e carcinogênese; 4. A influência da luz ultravioleta no DNA, provoca fotodimerização, (C-C, C-T ou T-T). O dímero de timina (T-T) é o que se forma com maior frequência. Estes dímeros impedem a ação das polimerases do DNA, impedindo a replicação. Genética Humana 67 IMPORTANTE O tipo mais comum é a perda de bases púricas (taxa de 5 mil perdas por célula/por dia). A perda de uma base púrica (A ou G) é denominada despurinação, enquanto a de uma base pirimídica (C ou T) é denominada despirimidinação. Mutações induzidas Agentes mutagênicos podem ser substâncias químicas (Bases análogos, Alquilantes, intercalantes) ou agente física (radiação, radiação ionizante: raio X, gama). Substâncias químicas 1. Bases análogas que podem substituir purinas e piridiminas na síntese do DNA; tais a 5-bromouracila (5-BrU) (análogo da timina); 2-aminopurina (2-AP) (análogo de purina de guanina e adenina); 2. O ácido nitroso (HNO2) reage com as bases e as transforma. Adenina em hipoxantina (provoca a substituição de um par A-T por um par G-C); guanina em xantina. E citosina em uracila (provocando a substituição de um par G-C por um par A-T); 3. Substâncias intercalantes do DNA, como proflavina, acridinas e brometo de etídeo, causam mutações do tipo deleção ouinserção de bases. Se o agente se intercala-se no lugar da base; quando o DNA duplica o agente é perdido, resultando em uma supressão. 4. Agentes alquilantes, há transferência de grupos metil e etil para os sítios reativos das bases e dos fosfatos (nitrosaminas, Genética Humana68 metil-nitrosoguanidina). A guanina tem maior prevalência (GCAT). Agentes mutagênicos físicos Os agentes mutagênicos de natureza físicas principais são os raios ultravioletas (luz UV) e as radiações ionizantes (dos tipos alfa, beta, gama, raios X, raios cósmicos e feixes de nêutrons). Os agentes ionizantes causam mutações pontuais ou quebras nas ligações fosfodiéster da cadeia do DNA 1. A radiação UV induz a dimerização de bases pirimídicas afetando as camadas de células superficiais, podem ser classificadas como agudas (imediatas) ou crônicas (a longo prazo). Lesão típicas no DNA são dímeros de Ciclobutil. 2. As radiações ionizantes (raios X, raio gamas e raios cósmicos), ao atravessarem os tecidos vivos geram partículas carregadas que se origina de sua interação com a matéria. O tipo de radiação e sua intensidade podem provocar inserções ou deleções pontuais, ou ainda danos mais graves ao DNA. As células em divisão são mais sensíveisà terapêutica de raio X; 3. O calor estimula a quebra das ligações N-glicosídicas; ligação que unem a base ao açúcar aos nucleotídeos, levando a um sítio AP (apúrico ou apirimídico). Reparo do DNA Durante a síntese de DNA, as DNA polimerases confere, consertando a maioria de bases não pareadas (revisão). Os sistemas de reparo costumam ser de alta precisão e classificados em diversos tipos gerais, tais como reparo por excisão de base, reparo de malpareamento e reparo por excisão de nucleotídeo entre outros. Mutações em genes envolvidos no reparo do DNA podem trazer consequências graves para a integridade física molecular Genética Humana 69 do indivíduo. As lesões não reparadas no DNA levam a mutações, bloqueio do aparato de replicação e transcrição, ativação de mecanismo de checagem do ciclo celular e morte da célula. Para o reparo do genoma, todas as alterações na molécula do DNA precisam ser detectadas e reparadas. A própria natureza da molécula de DNA permite que um erro (gap) na sequência seja reparado; usando como molde a fita complementar por meio da DNA polimerose I. Outra enzima importante no processo é a DNA ligase que liga os nucleotídeos após a correção feita pela DNA polimerase I. O DNA quando danificado, pode ser reparado por vários mecanismos, incluindo química reversa, reparo de excisão, e reparo de quebras de fita dupla. Figura 6: Reparos do DNA Fonte: @freepik. As células podem retirar a base alterada usando a enzima glicosilase, que detecta uma base alterada e a remove do DNA, Genética Humana70 formando o sítio AP (sítio APURINICO, quando faltam as bases A ou G), ou sítio APIRIMIDICO (quando faltam as bases C ou T). Os sítios são reconhecidos por endonuclease AP que age sobre a ligação fosfodiester deixando um primer final, para a DNA polimerase inicia a síntese para substituir o nucleotídeo errado. A resposta ao dano de DNA (DDR, em inglês DNA damage response) é mediada por alterações na atividade proteica através de modificações pós-traducionais (fosforilação, ubiquitinação, sumoilação, poli-ADP-ribosilação, acetilação e metilação). Existem diferentes glicosilases que removem lesões específicas, como bases metiladas. a uracila-DNA glicosilase corrige um problema causado pela instabilidade natural da citosina. A deaminação da citosina ocorre espontaneamente em uma baixa taxa, produzindo uracila. A revisão dos erros pode tem um limite de eficiência. Enzimas de reparo podem ser induzidas pelos danos provocados no DNA. As metiltransferases são induzidas pelo DNA alquilado durante a resposta adaptativa. Quando a forquilha de replicação se depara com um dímero na sequência, ela para e reinicia a síntese em um ponto distante do dímero, produzindo um gap no DNA sera reconhecido por enzima de recombinação- recA, que se ligará nessa região. A proteína RecA promove tanto o reparo por recombinação, como é mediadora da indução (genes SOS). As vias de reparo de DNA são procedimentos usados para preservar a informação genética das células, erros podem levar a vias de morte celular programada (apoptose). A doença conhecida como xeroderma pigmentoso (XP) (lesões graves na pele, inclusive câncer de pele) é resultado de deficiências no sistema de reparo de DNA; devido a formação de dímeros de pirimidinas após exposição às radiações ultravioletas presentes na luz solar. A síndrome de Cockayne e tricotiodistrofia Genética Humana 71 são causados por defeitos de reparo por excisão de nucleotídeo; afetando à transcrição. O câncer colorretal hereditário sem polipose (também conhecido como síndrome de Lynch) é causado por defeitos hereditários na via de reparo no pareamento do DNA. A sequenciamento do genoma Humano vem mostrando que SNP (troca de um único nucleotídes em um segmento do DNA analisado- Polimorfismo de Nucleotídeo Único)) ou o conjunto deles (haplótipos) estão associados com muitas síndromes e tipos de câncer. Discutiremos sobre as tecnologias emergentes da terapia gênica humana na próxima unidade. RESUMINDO E então? Gostou do que lhe mostramos? Aprendeu mesmo tudinho? Agora, só para termos certeza de que você realmente entendeu o tema de estudo deste capítulo, vamos resumir tudo o que vimos. O DNA é a molécula da vida possui nosso código genético com todas as instruções que permitem às células realizar suas funções e se reproduzir, perpetuando, dessa forma, os sistemas biológicos. A replicação é um processo extremamente eficiente. Somente 1 a cada 109 a 1010 nucleotídeos incorporados pela polimerase do DNA ocorre de maneira incorreta e não obedece a princípios da dupla-hélice (atividade revisora). Os erros inatos do metabolismo são distúrbios de natureza genética que geralmente correspondem a um defeito enzimático capaz de acarretar a interrupção de uma via metabólica. Mutações em genes envolvidos no reparo do DNA podem trazer consequências graves para a integridade física molecular do indivíduo. Alguns tipos de câncer também estão associados a defeitos nas vias de reparo do DNA. Genética Humana72 REFERÊNCIAS ALBERTS B, JOHNSON A, LEWIS J, RAFF M, ROBERTS K, WALTER P. Molecular Biology of the Cell. 4th edition, New York: Garland Science, 2002. BEIGUELMAN, Bernardo. Genética de Populações Humanas. Ribeirão Preto: SBG, 2008. 235p. Disponível em: https://bit. ly/363YROv. Acesso em: 20 out. 2020. ELHUSNY, A. S; FERNANDES-CALDATO, M. C. Erros Inatos do Metabolismo: Revisão de literatura. 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