Técnicas de Bioinformática

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1a
          Questão
	Acerto: 0,0  / 1,0
	
	A bioinformática é uma disciplina interdisciplinar que apresenta diferentes aplicabilidades e tem sido bastante empregada para o desenvolvimento de novas metodologias de análise e garantindo diferentes avanços científicos. Durante o desenvolvimento do seu trabalho de conclusão de curso você estuda todas as possíveis interações entre a proteína S do coronavírus (receptor) e possíveis moléculas (ligantes) que serão empregadas em estudos clínicos para o tratamento da doença em um modelo chave-fechadura. Qual é essa técnica?
		
	
	Alinhamento molecular
	
	Dinâmica molecular
	 
	Ancoramento molecular
	 
	QSAR
	
	Modelagem molecular
	Respondido em 09/05/2023 15:06:35
	
	Explicação:
O ancoramento molecular utiliza o modelo chave-fechadura, pois a variável tempo não é levada em consideração. Durante a análise, é fornecida uma pontuação de um ancoramento que significa que aquele algoritmo encontrou uma interação favorável dentro dos seus parâmetros, não é possível extrapolar que isso signifique uma melhor interação entre ligante e receptor, a pontuação é apenas um indicador. O alinhamento molecular visa identificar genes que compartilham funções ou determinada ancestralidade, podemos também usar o alinhamento para encontrar proteínas moldes, durante a etapa de modelagem molecular. O ancoramento molecular infere a modelagem molecular, para construir um modelo tridimensional e é utilizado para obter uma pose do ligante com o alvo e a dinâmica molecular para analisar como as interações acontecem, mimetizando o organismo. O QSAR é uma técnica estatística de tratamento de dados a partir de descritores, visa buscar uma equação que quando resolvida tenta prever a atividade de uma molécula nova contra determinado receptor.
	
		2a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	(adaptada de IBADE - 2018 - Prefeitura de Presidente Kennedy - ES - Biólogo ) As informações genéticas nos seres vivos são codificadas por bases nitrogenadas que constituem os ácidos nucléicos. Analise as sequências de nucleotídeos a seguir.
Fita 1 - CCCTATACGCTAGCATGACTT
Fita 2 - GGGATATGCGATCGTACTGAA
A seguir são listadas algumas características sobre as fitas de nucleotídeo 1 e 2. Assinale a alternativa correta:
		
	 
	As fitas 1 e 2 são complementares, formando juntas um segmento do DNA.
	
	As fitas analisadas constituem um segmento de uma molécula de RNA.
	
	Se considerarmos a fita 1 como a fila molde, o RNAm formado por esta sequência apresentará as mesmas bases nitrogenadas da fita 2.
	
	Na fita 1 e 2 existem 21 códons e 07 nucleotídeos
	
	Na fita 1 existem 30 códons e 15 nucleotídeos.
	Respondido em 09/05/2023 15:08:01
	
	Explicação:
Tanto a sequência de nucleotídeos 1 e 2 apresentam 21 nucleotídeos e 7 códons (um códon equivale a 3 nucleotídeos). Como ambas as fitas apresentam as bases C, G, A e T elas são representativas do DNA e não do RNA. Para ser uma fita de RNA deveria apresentar as bases C, G, A e U. Além disso, se observarmos as fitas vemos que 1 e 2 são complementares, ou seja, no lugar que temos uma base C na outra fita equivale a G, e no lugar que temos uma base A na outra fita equivale a t e vice-versa, representando as duas fitas de DNA, que são complementares entre si.
	
		3a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	A bioinformática ou biocomputação associa conhecimentos em distintas áreas do conhecimento a fim de decifrar o código genético contido nas biomoléculas pelo estabelecimento de modelos lógico-matemáticos e estatísticos. Tais estratégias têm assegurado a interpretação e elucidação de eventos biológicos gerados a partir do sequenciamento de genes e proteínas. Bancos de dados de informações biológicas cada vez mais crescentes, o desenvolvimento de novas abordagens para análise e apresentação desses dados e a investigação de novas e complexas perguntas são as forças motrizes da bioinformática. A partir do advento dos projetos genomas, biologistas moleculares passam a empregar ferramentas computacionais capazes de analisar grandes quantidades de dados biológicos, a predizer funções dos genes e a demonstrar relações entre genes e proteínas. A internet e sua capacidade de compartilhar dados, além do desenvolvimento de processadores mais rápidos e com maior memória, desempenharam um papel decisivo para a consolidação da bioinformática como potencial campo do conhecimento científico. A partir disso, diferentes técnicas foram criadas permitindo o reconhecimento da genética atual. Sobre as técnicas da bioinformática analise a relação entre as afirmativas a seguir:
I. A modelagem molecular é a técnica capaz de utilizar um modelo de ajuste induzido, a partir de uma simulação molecular.
PORQUE
II. Visa mimetizar um ambiente o mais próximo possível do real e com isso obter diversas informações sobre a interação entre uma proteína e o receptor.
A respeito dessas asserções, assinale a opção correta:
		
	
	As asserções I e II são proposições verdadeiras, mas a II não é uma justificativa da I.
	
	A asserção I é uma proposição falsa e a II é uma proposição verdadeira.
	 
	As asserções I e II são proposições falsas.
	
	As asserções I e II são proposições verdadeiras e a II é uma justificativa da I.
	
	A asserção I é uma proposição verdadeira enquanto a II é falsa.
	Respondido em 09/05/2023 15:08:33
	
	Explicação:
A dinâmica molecular é a técnica capaz de utilizar um modelo de ajusto induzido, a partir de uma simulação molecular, onde um sistema é inserido em uma caixa com água visando mimetizar um ambiente o mais próximo possível do real e com isso obter diversas informações sobre a interação entre um ligante e o receptor. A modelagem molecular visa achar proteínas moldes.
	
		4a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	Aline é biomédica e trabalha em um laboratório para diagnóstico de doenças genéticas. Um dos genes mais pesquisados é o brca1, que quando sofre mutações específicas está associado ao risco aumentado de câncer. Para identificar as mutações, é necessário comparar a sequência obtida do paciente com uma sequência referência não mutada. Qual banco de dados, disponível no NCBI, Aline pode consultar para conseguir uma sequência referência curada para o gene brca1?
		
	
	KEGG.
	
	GenBank.
	
	BLAST.
	
	PubMed.
	 
	RefSeq.
	Respondido em 09/05/2023 15:09:22
	
	Explicação:
O RefSeq é um banco de dados de sequências de nucleotídeos de referência, curado por funcionários do NCBI, que é o banco que a biomédica deveria usar para conseguir comparar a sequência obtida do paciente com uma sequência referência não mutada de forma curada. O GenBank também é um banco de dados de sequências de nucleotídeos, mas ele não é curado. O PubMed é banco de dados de textos biomédicos. O KEGG é um banco de dados de vias metabólicas, principalmente. Já o BLAST não é um banco de dados, e sim uma ferramenta para alinhamento de sequências.
	
		5a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	Considere o alinhamento de uma sequência nucleotídica desconhecida em relação a um banco de dados de genes associados ao desenvolvimento de câncer usando a ferramenta BLAST. A partir dessa situação, são descritas algumas características desse programa. Assinale a alternativa que retrata a utilização correta dessa ferramenta.
		
	
	A variação da ferramenta indicada nesse caso é o BLASTp, que compara sequência de nucleotídeos contra um banco de dados de proteínas.
	
	Se o valor de e-value for igual a 0.0, o alinhamento deve ser desconsiderado, pois ocorreu ao acaso.
	
	A opção de BLASTn deve ser escolhida, uma vez que compara sequência de aminoácidos contra um banco de dados de proteínas.
	 
	Quanto menor o valor de e-value, menor a probabilidade de o alinhamento ter sido obtido ao acaso com uma sequência do banco de dados.
	
	Caso encontre o e-value igual a 100%, a sequência desconhecida será idêntica à sequência no banco de dados.
	Respondido em 09/05/2023 15:10:30
	
	Explicação:
O valor de e-value diz respeito à significânciaestatística do alinhamento realizado com a ferramenta BLAST. Valores iguais ou muito próximos de zero são desejados, pois indicam que a chance daquele alinhamento ter ocorrido ao acaso é muito pequena. A variante BLASTn usa sequências de nucleotídeos para buscar em banco de nucleotídeos, enquanto a variante BLASTp usa sequências de aminoácidos para buscar em bancos de proteínas.
	
		6a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	Em uma análise utilizando a PCR, Lucas encontrou como resultado a amplificação de várias regiões diferentes do DNA das amostras analisadas. O que ele esperava era encontrar apenas uma região amplificada, somente nas amostras positivas. Para solucionar o problema, seu chefe sugeriu, então, que ele desenhasse um novo par de primers e prestasse atenção no comprimento em nucleotídeos, para melhorar a especificidade. Você diria para Lucas desenhar um novo par de primers com um comprimento maior ou menor que o par de primers que ele havia usado primeiro?
		
	 
	Maior, pois assim aumenta a chance dos primers se ligarem somente na região alvo.
	
	Igual, pois o comprimento não interfere na especificidade dos primers.
	
	Menor, pois assim aumenta a chance dos primers se ligarem somente na região alvo.
	
	Maior, dessa forma os primers podem se ligar a diferentes regiões ao longo do genoma.
	
	Menor, dessa forma os primers podem se ligar a diferentes regiões ao longo do genoma.
	Respondido em 09/05/2023 15:13:37
	
	Explicação:
A especificidade de um primer garante que a região copiada seja realmente a que você deseja, e não outra qualquer. No caso exposto, houve amplificação de várias sequências não desejadas e, para melhorar a especificidade, faz-se necessário aumentar o número de nucleotídeos, pois quanto maior o comprimento de um primer, mais específico ele é. Sequências pequenas de primers podem ocorrer aleatoriamente ao longo do DNA, e não somente na região de interesse. Quando você usa mais nucleotídeos, você específica melhor o alvo e permite que ele seja amplificado apenas na região desejada.
	
		7a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	Depois de resultados do sequenciamento genômico, um pesquisador agora deseja analisar a expressão dos genes e comparar o resultado de dois pacientes, um saudável e outro com câncer pulmonar. Para isso ele analisou o conjunto completo de RNAs da biópsia do pulmão dos pacientes. Como é chamada a abordagem ômica utilizada pelo pesquisador na fase atual de sua pesquisa?
		
	
	Proteômica.
	 
	Transcriptômica.
	
	Lipidômica.
	
	Genômica.
	
	Metabolômica.
	Respondido em 09/05/2023 15:14:37
	
	Explicação:
As ciências ômicas estudam todo o conjunto de um determinado tipo de moléculas produzido pelas células. O nome dado à abordagem ômica vai de acordo com o tipo de molécula estudada. Proteômica estuda o conjunto de proteínas; genômica, o DNA; metabolômica, os metabólitos; transcrptômica, os transcritos (RNA); e lipidômica; os lipídeos.
	
		8a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	(Adaptado de VUNESP - 2020 - EBSERH - Farmacêutico) A revolução biotecnológica tem fornecido informações extremamente úteis para a descoberta de fármacos. O sufixo "ômica" indica uma série de novas disciplinas e procedimentos que visam à identificação funcional e/ou estrutural de tecidos, de células, de padrões de expressão gênicos e de características metabólicas (Bhogal & Balls, 2008), dentre elas:
BHOGAL, N.; BALLS, M. Translation of new technologies: from basic research to drug discovery and development. Curr. Drug Discov. Technol., v.5, n.3, p.250-62, 2008.
		
	
	Genômica, transcriptômica e biônica.
	
	Proteômica, lipidômica e dicotômica.
	
	Genômica, lipidômica e biônica.
	
	Genômica, dicotômica e proteômica.
	 
	Genômica, transcriptômica e metabolômica.
	Respondido em 09/05/2023 15:16:36
	
	Explicação:
Genômica, transcriptômica e metabolômica são exemplos de ciências ômicas. Segundo o Dicionário Priberam da Língua Portuguesa, a palavra "dicotômica" significa "que se divide ou subdivide em dois", enquanto "biônica" significa "ciência que tem por fim o estudo de certos processos biológicos com vista a aplicar processos análogos para fins militares, tecnológicos etc." As demais palavras são ciências ômicas (lipidômica).
	
		9a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	Observe o caldograma abaixo:
Imagem: Leandro Pederneiras
A seguir são listadas alguns grupos de espécies. Analise as alternativas que, segundo o cladograma, se refere a um grupo polifilético.
		
	
	O conjunto de espécies N O P
	
	O conjunto de espécies W X Y
	 
	O conjunto de espécies H I
	
	O conjunto de espécies S T
	
	O conjunto de espécies A B C D
	Respondido em 09/05/2023 15:15:38
	
	Explicação:
Gabarito: O conjunto de espécies H I
Justificativa: O grupo polifilético é um conjunto de táxons que não inclui o ancestral comum de todos os seus membros. Ao analisar as alternativas, aquela que representa um grupo prolifilético, é o conjunto de espécies H I porque possuem origem em linhagens amplamente desconexas. Os conjuntos de espécies listados nas outras alternativas (conjunto de espécies N, O, P; conjunto de espécies W X Y; conjunto de espécies A B C D e o conjunto de espécies S T) apresentam um ancestral comum.
	
		10a
          Questão
	Acerto: 0,0  / 1,0
	
	Analise a figura a seguir:
Imagens: Leandro Pederneiras
Analisando as árvores da esquerda e direita é possível afirmar que:
		
	 
	O grupo A B C D E é mais próximo relacionado ao grupo I J K L M na árvore da esquerda do que na da direita.
	
	Possuem topologias idênticas, mas a árvore da direita possui nós mais profundos.
	
	São árvores diferentes porque possuem relações entre grupos diferentes.
	
	Alguns clados foram cortados e colados em diferentes ramos na árvore da direita.
	 
	São perfeitamente similares, apenas a forma de apresentação mudou e alguns ramos giraram em seu próprio eixo.
	Respondido em 09/05/2023 15:15:42
	
	Explicação:
Gabarito: São perfeitamente similares, apenas a forma de apresentação mudou e alguns ramos giraram em seu próprio eixo.
Justificativa: As duas imagens correspondem a um cladograma, nesse tipo de árvore não é possível saber a profundidade exata dos nós porque não possui uma escala de tempo. As duas árvores são idênticas em seus relacionamentos (topologia), apenas com ramos torcidos em seus próprios eixos, pela alteração da forma (retangular e diagonal, respectivamente). Os grupos A B C D E e I J K L M estão na mesma posição nas árvores, apenas com ramos torcidos, sendo assim não mudam a relação de proximidade. Não houve corte nas árvores que justificaria a mudança de topografia entre as árvores.