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Professor Diego Mattos Penedo diego_penedo@hotmail.com Recombinação e mapa genético Genes independentes Cada gameta aparece na proporção de 25% em cada combinação Na 2ª lei de Mendel estudamos a distribuição independente dos alelos de distintos genes. Cada gene apresentava chances iguais de aparecer nos gametas. Genes ligados • Porém, há casos em que os genes não são independentes, estando ligados (linkage). • Para considerarmos que os genes estão ligados, eles precisam estar no mesmo cromossomo (chamamos de sintênicos). Genes ligados Primeiras evidências de genes ligados • Experimento de Bateson e Punnett com ervilhas-de-cheiro (1905). – Analisando coloração das flores (vermelha e branca) e formato do pólen (alongado e arredondado). Genes ligados As frequências observadas desviaram muito das proporções mendelianas esperadas na segunda lei de Mendel (9:3:3:1) 𝜒2𝑡 = 7,8 Não souberam explicar como flor vermelha/pólen longo e fores brancas/pólen arredondado estavam em maior proporção, mas identificaram que os genes estavam associados de alguma forma. Genes ligados O que aconteceu com os alelos no caso das ervilhas-de-cheiro. Configuração Cis Configuração Trans Associação Repulsão Material Didática M.A.M. Soares Genes ligados Configurações – dependendo das posições do alelos: Dominantes e recessivos “ligados” entre si. Dominantes e recessivos não estão “ligados” entre si. Genes ligados Quando trabalhamos com genes ligados a representação dos genótipos é feita como uma fração, colocando no numerador os alelos situados num cromossomo e no denominador os que estão no homólogo. AB/ab Ab/aB Exemplos: Genes ligados Uma vez ligados, os genes tendem a permanecer na mesma configuração durante a meiose, produzindo gametas específicos que alteram as proporções genotípicas e fenotípicas que conhecemos estudando nas leis de Mendel. Mas isso pode ser alterado pelo processo de crossing-over. Genes ligados Crossing-over Processo que gera recombinação do material genético (promovendo variabilidade genética) a partir de trocas de segmentos dos cromossomos. Ocorre entre cromátides não-irmãs (cromátides de cromossomos homólogos) a partir da formação de pontos de quiasmas na sub-fase paquíteno da prófase I. Genes ligados Crossing-over Metade dos gametas formados terá cromossomos recombinantes. Crossing-over raramente ocorre entre loci adjacentes (recombinação rara) Crossing-over quase sempre ocorre entre loci distantes (recombinação frequente). Genes ligados Genes muito próximos entre si = ligação completa, pois raramente são separados por crossing-over. Genes mais distantes = ligação parcial. Quanto maior a distância entre dois genes, maior a probabilidade de separação por crossing-over. Genes ligados • Quando não há permuta apenas são formados gametas parentais; • Quando há permuta formam- se gametas parentais e recombinantes. Formam gametas parentais Formam gametas recombinantes Recombinação para configuração AB/ab (cis) Considerando várias meioses em um indivíduo, nem sempre o crossing- over vai ocorrer no mesmo ponto do par cromossômico São formados mais gametas parentais que recombinantes Configuração VB/vb Considerando genes que estão distantes no par cromossômico, a ocorrência de crossing-over duplo pode não interferir na posição inicial deles. Crossing-over pode ocorrer, mas não ser detectado no fenótipo Frequência de recombinação (FR) A estimativa da frequência de recombinação pode ser obtida a partir da descendência de um cruzamento teste ou da geração F2. 𝑭𝑹 = 𝑛° 𝑑𝑒 𝑟𝑒𝑐𝑜𝑚𝑏𝑖𝑛𝑎𝑛𝑡𝑒𝑠 𝑡𝑜𝑡𝑎𝑙 𝑑𝑒 𝑑𝑒𝑠𝑐𝑒𝑛𝑑𝑒𝑛𝑡𝑒𝑠 𝑑𝑜 𝑐𝑟𝑢𝑧𝑎𝑚𝑒𝑛𝑡𝑜 𝑡𝑒𝑠𝑡𝑒 𝑥100 Snustad & Simmons, 2013 Frequência de recombinação (FR) • Serão considerados em linkage quando a frequência de recombinação (FR) for inferior a 50% • Quando a FR for igual a 50% terão uma proporção de gametas semelhante à genes independentes Frequência de recombinação (FR) Outro exemplo: Um indivíduo homozigoto dominante para dois pares de genes localizados no mesmo cromossomo foi cruzado com duplo recessivo. Desse cruzamento um descendente foi cruzado novamente com duplo recessivo obtendo-se a seguinte descendência; classe AB=762 , classe Ab=81, classe aB=75 e classe ab= 794. P: AABB x aabb F1: AaBb x aabb Frequência de recombinação (FR) Outro exemplo: Um indivíduo homozigoto dominante para dois pares de genes localizados no mesmo cromossomo foi cruzado com duplo recessivo. Desse cruzamento um descendente foi cruzado novamente com duplo recessivo obtendo-se a seguinte descendência: classe AB=762 , classe Ab=81, classe aB=75 e classe ab= 794. Os recombinantes são 81 + 75 = 156. Total de descendentes é 1712. Logo: FR = 156 x 100 = 9,11% 1712 Frequência de recombinação (FR) Outro exemplo: Um indivíduo homozigoto dominante para dois pares de genes localizados no mesmo cromossomo foi cruzado com duplo recessivo. Desse cruzamento um descendente foi cruzado novamente com duplo recessivo obtendo-se a seguinte descendência: classe AB=762 , classe Ab=81, classe aB=75 e classe ab= 794. Assim, a frequência de recombinação corresponde aos gametas recombinantes, sendo 4,555 Ab e 4,555% aB (= 9,11%). Os gametas parentais correspondem aos 90,89% restantes, ou seja, 45,445% AB e 45,445% ab. Frequência de recombinação (FR) A FR é influenciada pela distância entre os genes – correlação positiva entre FR e distância Ou seja, quanto maior a distância entre os genes, maior será a FR entre eles. O centiMorgan (cM) é a unidade que mede a distância entre os genes ligados. 1 cM = 1% (representa a distância linear para a qual 1% de recombinantes é observada). O máximo para os genes serem considerados ligados é 50cM. Frequência de recombinação (FR) No último exemplo, a distância entre os genes era de 9,11cM. Desse modo, a distância entre os genes pode ser estabelecida e construído o mapa genético. Frequência de recombinação (FR) Mapeamento genético Pode-se fazer dois tipos de mapeamento: o genético - obtido pelos cálculos, tendo em vista um cruzamento e sua prole; e o físico - obtido pelo sequenciamento direto do DNA e analisando seus pares de base. Mapeamento genético Para a construção do mapa de dois pontos de base usaremos a informação da frequência de recombinação, sabendo que FR = distância em cM. Exemplo: foram observados 15 recombinantes de um total de 60 indivíduos. Assim, FR= 15/60 x 100, resultando em 25% de frequência de recombinantes. Podemos converter esse número em distância de 25cM e fazer um mapa genético com esses genes. A B 25 cM P: F1: F2 Snustad & Simmons, 2013 Exemplo (cruzamento teste em F1): Mapeamento de recombinação com cruzamento-teste de dois pontos 18cM 18cM 18cM 18cM 18cM 18cM 18cM 18cM Mapeamento genético Mapa de 3 pontos Retomando o exemplo anterior, suponhamos que o gene C está a 3 cM de A, qual das configurações abaixo é a correta? A BC 3 cM 5 cM A BC 3 cM 8 cM Distância entre C e B = 5cM Distância entre C e B = 11cM Somente com essas informações, não é possível definir. Mapeamento genético Mapa de 3 pontos Para analisar 3 genes, teremos que calcular separadamente de dois em dois até criar as distâncias entre todos os três. O genótipo do organismo que vai produzir os descendentes deve ser heterozigoto. Em geral, utiliza-se o cruzamento teste. Mapeamento genético Mapa de 3 pontos Vamos considerar 3 pares de genes A, B e C. No cruzamento teste: ABC/abc x abc/abc. Os descendentes poderão ter a combinação ABC/abc ou abc/abc. Caso ocorra permuta única ou dupla outras combinações poderão existir. Mapeamento genético Mapa de 3 pontos A partir do cruzamento dado, temos o seguinte resultado: Algumas conclusões: - As combinações paternas (ABCe abc) são as mais frequentes; - As menos frequentes correspondem a duplo crossing-over (AbC e aBc); - Analisando estes com duplo crossing- over, podemos identificar que a ordem dos genes é ABC, pois a permuta dupla só ocorreu no gene B, devendo estar situado na posição central. Mapeamento genético Mapa de 3 pontos Identificando que a ordem no exemplo é ABC. O único que muda com um duplo crossing-over é o gene “B” = AbC e aBc Mapeamento genético Mapa de 3 pontos Vamos identificar duas regiões distintas: - Região I: aquela entre os genes A e B. - Região II: aquela entre os genes B e C. Em seguida, verificar os recombinantes provenientes de uma única permuta. - Na região I são: Abc e aBC (comparando com os parentais – ABC e abc -, são os que menos diferem – só muda 1, o “A”) Na região II são: ABc e abC (mesma observação). Mapeamento genético Mapa de 3 pontos Fazemos a estimativa de distância de cada região: Região I - considera-se todos os recombinantes da região I e os duplos recombinantes, logo: 62 + 60 + 7 + 4 = 133 FR = número de recombinantes x 100 = 133 x 100 = 18,3% total de descendentes 726 Ou seja, a FR entre os genes A e B é de 18,3% e a distância entre eles é de 18,3 cM. Mapeamento genético Mapa de 3 pontos Fazemos a estimativa de distância de cada região: Região II - recombinantes da região II e os duplos recombinantes: 40 + 48 + 7 +4 = 99 recombinantes. FR = número de recombinantes x 100 = 99 x 100 = 13,6% total de descendentes 726 Portanto, a distância entre os genes B e C é de 13,6 cM Mapeamento genético Mapa de 3 pontos Assim, podemos esquematizar o mapa genético desse exemplo da seguinte forma: A B C18,3 cM 13,6 cM Interferência Fenômeno pelo qual a ocorrência de permuta em uma região reduz a capacidade de ocorrência de permuta na região adjacente do mesmo cromossomo. Uma vez ocorrido crossing-over em uma região, a probabilidade de outro em uma região adjacente fica prejudicada. Interferência Uma vez calculado o mapa genético observamos que a taxa de crossing-over duplos esperados (obtidos pela FR) é sempre maior do que a que realmente ocorre. Retomando o exemplo, os valores de FR calculados foram 0,183 x 0,136 = 0,025 (ou 2,5%), maiores que os valores observados (na tabela), que eram 7 + 4 = 11 (FR = 1,51%). Isso demonstra a afirmação de que um crossing-over em um cromossomo faz com que outro crossing-over no mesmo cromossomo seja dificultado. Podemos demonstrar isso calculando a Interferência. Interferência O grau de interferência é expresso a partir do coeficiente de coincidência (CC). CC = Frequência real de crossing-over duplo Frequência calculada de crossing-over duplo CC = 1,51 2,5 = 0,6 Interpretando: 60% dos crossing-over esperados ocorreram. Interferência A interferência é o oposto/complemento à coincidência Interferência (I) = 1 – CC Interferência (I) = 1 – 0,6 = 0,4 (ou 40%) Interpretando: 40% dos crossing-over esperados não ocorreram. Esse é o grau de interferência Obs.: a medida que diminui a interferência, a coincidência aumenta. Exercício A partir do cruzamento ABC/abc x abc/abc foi obtido o seguinte resultado: Classes Gametas Nº observado 1 ABC 255 2 abc 280 3 AbC 70 4 aBc 74 5 Abc 50 6 aBC 52 7 ABc 12 8 abC 7 Total 800 a) Construa o mapa genético, dando a ordem dos genes e a distância entre eles. b) Dê o grau de interferência de crossing-over duplo. Slide 1: Recombinação e mapa genético Slide 2 Slide 3: Genes ligados Slide 4: Genes ligados Slide 5: Genes ligados Slide 6: Genes ligados Slide 7: Genes ligados Slide 8: Genes ligados Slide 9: Genes ligados Slide 10: Genes ligados Slide 11: Genes ligados Slide 12: Genes ligados Slide 13: Genes ligados Slide 14 Slide 15 Slide 16 Slide 17 Slide 18 Slide 19 Slide 20 Slide 21 Slide 22 Slide 23 Slide 24 Slide 25 Slide 26 Slide 27: Mapeamento de recombinação com cruzamento-teste de dois pontos Slide 28 Slide 29 Slide 30 Slide 31 Slide 32 Slide 33 Slide 34 Slide 35 Slide 36 Slide 37 Slide 38 Slide 39 Slide 40 Slide 41
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