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Genética Médica Laura Freitas Introdução ao genoma humano Genoma: É a sequência de toda a informação genética contida no DNA de um gameta, um indivíduo, uma população ou uma espécie Gene: É a unidade hereditária fundamental, uma sequência do DNA cromossômico necessária para produzir um produto funcional Unidade física Partícula de herança (hereditariedade) Unidade básica de informação (função) Unidade básica de mudança (mutação) ‘Unidade física e funcional fundamental da hereditariedade, que carreia a informação de uma geração até a próxima; um segmento de DNA composto por uma região transcrita e uma sequência reguladora que torna a transcrição possível’ Grande parte do genoma está dentro do núcleo – genoma nuclear Também está na mitocôndria – genoma mitocondrial O genoma é a sequência de toda a informação genética contida no DNA O gene é uma sequência do DNA cromossômico necessária para produzir um produto funcional Estrutura bioquímica polimérica (macromolécula), cujas unidades são compostas de: Molécula de açúcar com cinco carbonos – desoxirribose Grupamento fosfato Base nitrogenada (quatro tipos possíveis) A unidade composta por essas moléculas é chamada de nucleotídeo Laura Freitas Bases nitrogenadas: Purinas: Adenina e Guanina Pirimidinas: Citosina e Timina O ácido desoxirribonucleico: Cada nucleotídeo se liga a outro pelas moléculas de fosfato (5’) e açúcar (3’), através de ligações fosfodiéster, formando uma cadeia polimérica; Duas cadeias se unem por interações entre as bases nitrogenadas, que fazem pontes de hidrogênio. Essas interações são específicas, sendo A-T (duas pontes de hidrogênio) e C-G (3 pontes de hidrogênio) A forma mais estável do DNA dentro das células é uma molécula de dupla-fita em espiral A dupla fita de DNA não se encontra isolada dentro da célula A estrutura composta de DNA + proteínas (octâmeros de histonas) recebe o nome de cromatina (cromossomo) O conjunto de DNA + histonas é chamado de nucleossomo Cada nucleossomo compreende cerca de 200 pares de base (pb) – 146 + 60 Isso é responsável pela aparência de “colar de contas” Os nucleossomos se organizam em estruturas chamadas solenoides Os solenoides se prendem em alças em um conjunto de proteínas de arcabouço, formando o cromossomo O DNA se organiza no cromossomo através de diferentes níveis hierárquicos de compactação A forma dos cromossomos (grau de compactação) é dinâmica, variando ao longo do ciclo celular Quando a célula não está se dividindo, a cromatina encontra-se descondensada e há transcrição (expressão) ativa dos genes Quando o DNA do cromossomo está em um estado menos condensado, é chamado de eucromatina; no estado mais condensado, heterocromatina A (%) = T (%) G (%) = C (%) A+G (%) = T=C (%) Laura Freitas O genoma nuclear haploide humano apresenta-se como 23 moléculas de DNA que se associam com proteínas, formando os cromossomos O conjunto haploide do genoma contém o conjunto básico de genes encontrados na espécie Cariótipo: É o conjunto de cromossomos, cujo número e morfologia são característicos de uma espécie ou de seus gametas Todos os indivíduos de uma espécie, com exceção de portadores de algumas condições patológicas, apresentam o mesmo cariótipo O estudo do cariótipo apresenta valor diagnóstico e também para a identificação de genes específicos relacionados à uma determinada patologia de origem genética Molécula de DNA circular, presente em várias cópias por mitocôndria Contém 13 genes relacionados ao metabolismo oxidativo + 24 genes codificadores de RNA Mutações relacionadas à algumas doenças degenerativas musculares e neuropatias O genoma compreende toda a informação necessária para codificar as características físicas, fisiológicas e comportamentais de indivíduos da espécie Essa informação está contida na sequência específica de bases (nucleotídeos) presente na molécula de DNA em cada um de seus loci (local do genoma onde se localiza um gene) Essa informação precisa ser levada para fora do núcleo e traduzida em moléculas efetoras para atuar na determinação do fenótipo (transcrição e expressão gênica) Sequenciamento do genoma humano: Projeto desenvolvido por diversos laboratórios ao redor do mundo Finalizado em 2004 22 cromossomos autossomos + cromossomos sexuais (X e Y) 3,2 bilhões de bases nucleotídicas (genoma haploide) e 26-32k genes identificados Regiões repetitivas: Elementos de transposição (LINEs, SINEs, retrotransposons e transposons de DNA) Laura Freitas Elementos que são capazes de se mover no genoma Podem ser autônomos (capazes de efetuar a própria movimentação) e não autônomos (dependem de outros elementos para a movimentação) Podem se mover no genoma de modo conservativo (“recorta e cola”) ou replicativo (“copia e cola”) Como o novo ponto de inserção é aleatório (podendo, inclusive, interromper sequências de genes), esses elementos em geral encontram-se espaçados pelo genoma Repetições de sequências simples (SSRs): Motivos de sequências de tamanhos variados que se repetem de modo consecutivo (in tandem): 1. Microssatélites: 1-15 nucleotídeos 2. Minissatélites: 15-100 nucleotídeos 3. Satélites: +100 nucleotídeos Ex.: alfa-satélite – conjunto de repetições de uma unidade de 171 pb encontrada no centrômero dos cromossomos que serve como ponto de reconhecimento de proteínas para a ancoragem das fibras do fuso (cinetócoro) Telômero: Repetições de 6 nucleotídeos (800-2000 repetições de TTAGGG) que se localizam nas extremidades de cada cromossomo e tem papel fundamental na replicação do DNA e manutenção da integridade do cromossomo Unidades gênicas: Elementos reguladores podem estar localizados distantes dos genes cuja expressão é regulada por eles Tamanho médio dos genes (éxons): ~1350 nucleotídeos (450 aminoácidos na proteína correspondente) 1. Histona H1A (cromossomo 6): 1 éxon, 781 bases 2. DMS (cromossomo X): 79 éxons, 2,2 Mb (10,5 Kb de éxons) 3. Titin (cromossomo 2): 364 éxons, 281 Kb (104,3 Kb éxons) Genes codificadores de RNAs funcionais Laura Freitas 1. RNAs ribossomais e RNAs transportadores (ambos atuam no processo de tradução – síntese de proteínas) 2. Pequenos RNAs nucleares (snRNAs) e nucleolares (snoRNAs): atuam no processamento de RNAs transcritos 3. Outros RNAs, como microRNAs e grandes RNAs não codificadores (1ncRNAs), a maioria com função regulatória na expressão gênica Atualmente, acredita-se que o número de genes que codificam RNAs funcionais seja similar ao número de genes que codificam proteínas Genes codificadores de proteínas não se distribuem uniformemente no genoma Conceitos Básicos de Genética Gene: Unidade física e funcional fundamental da hereditariedade, que carreia a informação de uma geração até a próxima; um segmento de DNA composto por uma região transcrita e uma sequência reguladora que torna a transcrição possível; Genoma: Complemento inteiro do material genético em um conjunto cromossômico; Cromossomo: Estrutura composta de DNA e proteínas, que apresenta um arranjo linear, de uma extremidade à outra, de genes e outros tipos de DNA; Locus gênico: Local específico em um cromossomo no qual um gene está localizado (plural loci); Diplóide (2n): Célula que apresenta dois conjuntos cromossômicos ou organismo que apresenta dois conjuntos cromossômicos em cada uma de suas células. Na espécie humana, um conjunto cromossômico é composto de 22 cromossomos autossômicos + 1 cromossomo sexual, logo o número de cromossomos nas células diplóides (todas as células somáticas) é 2n = 46; Haplóide (n): Célula que apresenta apenas um conjunto cromossômico ou organismo que apresenta apenas um conjuntocromossômico em cada uma de suas células. Na espécie humana, um conjunto cromossômico é composto de 22 cromossomos autossômicos + 1 cromossomo sexual, logo o número de cromossomos nas células haplóides (gametas) é n = 23; Alelo: Uma das diferentes formas de um gene que pode existir em um único locus; Mutação: Processo que produz um gene ou um conjunto cromossômico que difere daquele do tipo selvagem; Tipo selvagem (normalmente referindo-se a um alelo): Genótipo ou fenótipo que é observado na natureza, tido (ou definido) como padrão em relação a um determinado organismo; Genótipo: Composição alélica de um indivíduo ou de uma célula; seja do genoma inteiro ou, mais comumente, de um determinado gene ou conjunto de genes; Fenótipo: (1) Forma assumida por uma característica (ou um grupo de características) em um indivíduo; (2) Manifestações externas detectáveis de um genótipo específico; Característica (aqui tratado como sinônimo de traço): mais ou menos o mesmo que fenótipo, normalmente referindo-se à uma de suas unidades (partes); Alelo dominante: Alelo que expressa seu efeito fenotípico até mesmo quando heterozigoto com um alelo recessivo; portanto, se 'A' for dominante sobre 'a', então A/A e A/a apresentam o mesmo fenótipo; Alelo recessivo: Alelo cujo efeito fenotípico não é expresso em um heterozigoto. Laura Freitas Expressão gênica: Processo por meio do qual a sequência de DNA de um gene é transcrita em RNA e, para os genes que codificam proteínas, posteriormente traduzidos em um polipeptídeo (proteínas); Transcrição: Síntese de RNA a partir de um molde de DNA; Tradução: Produção de um polipeptídeo (proteína), cuja sequência de aminoácidos é derivada da sequência de códons de uma molécula de mRNA (RNA mensageiro). Herança: Trata da transmissão da informação genética de uma geração para a próxima, normalmente se referindo ao modo de transmissão; Herança simples: Tipo de herança no qual apenas um (ou alguns poucos) gene(s) está(ão) envolvido(s) e no qual o ambiente apresenta pouco ou nenhum efeito sobre o fenótipo; os traços categóricos com frequência exibem herança simples; Herança complexa: Tipo de herança exibida pelos traços afetados por uma mistura de fatores genéticos e ambientais. Os traços contínuos, tais como a altura, tipicamente apresentam herança complexa; Característica (ou traço) categórico: Traço em relação ao qual os indivíduos podem ser classificados em grupos discretos (discerníveis) ou descontínuos, tal como as ervilhas verdes e amarelas nos trabalhos de Mendel; Característica (ou traço) contínuo: Traço que pode adotar um número possivelmente infinito de estados em uma variação contínua, tal como a altura em seres humanos. Traço em relação ao qual os indivíduos não podem ser classificados em grupos discretos, a não ser de modo arbitrário; Característica (ou traço) quantitativo: Qualquer traço que exiba herança complexa, em virtude de ser controlado por uma mistura de fatores genéticos e ambientais; Característica (ou traço) de limiar: Traço categórico em relação ao qual a expressão dos diferentes estados fenotípicos depende de uma combinação de múltiplos fatores genéticos e/ou ambientais que posicionam um indivíduo acima ou abaixo de um valor crítico em relação à expressão da característica; Hipótese multifatorial: Hipótese que explica a variação quantitativa ao propor que as características (traços) são controlados por um grande número de genes, cada um com um pequeno efeito sobre a característica; Herdabilidade (sentido amplo): Proporção da variância fenotípica total, no nível populacional, que pode ser atribuída à variância genética; Variância: Medida estatística utilizada para mensurar o quanto os valores de traço dos indivíduos se desviam da média da população; Expressividade: Grau até o qual um determinado genótipo é expresso no fenótipo. Se a expressividade de uma característica for variável, isto pode interferir na análise dos padrões de herança; Penetrância: Proporção dos indivíduos com um genótipo específico que manifesta aquele genótipo no nível fenotípico. Se a penetrância de uma característica for incompleta, isto pode interferir na análise dos padrões de herança. Laura Freitas Replicação do DNA e divisão celular A informação contida no genoma precisa ser copiada de forma fiel: Replicação do DNA É um processo coordenado que envolve a participação de um grande número de proteínas A replicação é semi-conservativa, ou seja, uma molécula de DNA mãe produz duas moléculas filhas contendo, cada, uma fita da molécula mãe e uma fita recém-sintetizada; A replicação do DNA se inicia em locais específicos, chamados de origem de replicação Nesse ponto, pela ação de proteínas específicas, ocorre a separação entra as duas fitas de DNA, resultando na forquilha de replicação, e as fitas filhas são sintetizadas simultaneamente. Uma enzima, chamada DNA polimerase, catalisa a incorporação de nucleotídeos livres (A,T,C e G) na fita nascente, promovendo sua polimerização, sempre na direção 5’-3’, utilizando a fita mãe como molde Utiliza para isso o princípio de complementação entre as bases A-T e C-G Dois fatos importantes: A DNA polimerase não é capaz, sozinha, de iniciar a polimerização a partir de uma molécula única (fita simples). Uma enzima, chamada primase, sintetiza um fragmento curto (8-12 bases) de RNA, que provê um trecho em fita dupla para início da replicação Devido ao sentido 5’-3’ obrigatório da síntese, enquanto uma fita consegue ser sintetizada de modo contínuo (filamento contínuo ou fita leading), a outra precisa ser sintetizada de forma descontínua, em partes (filamento descontínuo ou fita lagging). Esses fragmentos descontínuos, que variam entre 1000 e 2000 bases, são chamados de Laura Freitas fragmentos de Okasaki. Após a síntese, esses fragmentos são unidos por uma enzima chamada DNA ligase. O processo de replicação se inicia em diversos pontos ao longo do cromossomo e a forquilha de replicação se move em ambos os sentidos em cada um deles O genoma humano possui diferentes tipos de DNA polimerase. Na replicação do DNA, atuam as DNA polimerases delta e épsilon. A processividade média da replicação é de 2 Kb/min e a taxa de erro média é de 1 a cada 107 de nucleotídeos copiados (300 erros a cada 3 Gb) Para iniciar o processo de replicação, a DNA polimerase é atraída por um primer de RNA: na fila contínua, um primer somente, e na fita descontínua, vários primers entre os fragmentos. No entanto, no final desse processo, a extremidade 3’ fica sem ser replicada pois não há onde encaixar o primer de RNA. Essa extremidade consiste no telômero. A enzima telomerase reconhece a região e, utilizando um molde interno, sintetiza nucleotídeos para aumentar o telômero. Depois a DNA primase adiciona um primer de RNA e a polimerase sintetiza a fita de DNA complementar A região que sobrou se perde Com isso não há perda significativa do cromossomo durante as replicações A atividade da telomerase reduz com o passar do tempo e o encurtamento do telômero, com a consequente perda de pedaços funcionais do cromossomo, é associada ao processo de envelhecimento. Síndrome de Werner: Mutação no gene WRN, que codifica uma proteína relacionada a manutenção e reparo do DNA (incluindo integridade do telômero), o que resulta em envelhecimento precoce Conjunto de processos pelos quais a célula se prepara para a divisão e gera novas células A geração de novas células resulta no crescimento e desenvolvimento normal dos tecidos e órgãos O período em que a célula está se preparando para a divisão é chamado de Interfáse. G1: Duplicação dos componentes celulares (organelas) S: Duplicação do DNA e dos cromossomos G2: “Ponto de checagem” Laura Freitas Caso o ciclo celular seja interrompido,a célula não mais se divide (fase G0) A divisão celular pode ser por mitose ou meiose O ciclo é controlado por sinais internos e externos Sinais internos incluem o perfil de expressão e atividade de dois tipos de proteínas: as ciclinas e as quinases dependentes de ciclinas (CDK) Sinais externos incluem fatores de crescimento de ação à longa distância (hormônios) e sinais de contato célula-célula e com a matriz extracelular Processo de divisão que origina duas células-filhas com o mesmo número de cromossomos da célula mãe Divisão equacional, sem alteração do número de cromossomos Permite o crescimento do organismo, a substituição das células que morrem por outras novas e a regeneração de partes lesionadas do organismo Ocorre em todas as células do corpo (somáticas), com exceção das células de linhagem germinativa (produtoras de gametas) Prófase: Cada cromossomo possui duas cromátides (irmãs), existem duas cópias de cada gene, cromossomos se condensam e o envelope nuclear começa a se desfazer Pró-metáfase: Envelope nuclear desaparece, as fibras do fuso ligam-se ao cinetócoro (lembrar das regiões repetitivas de alfa-satélite no centrômero) Metáfase: Os cromossomos se se alinham ao longo da placa metafásica (equatorial) Anáfase: Uma cópia de cada cromátide migra para cada polo da célula Telófase/Citocinese: Cada núcleo recém-formado possui os mesmos cromossomos e alelos que o núcleo parental; a citocinese começa com a formação de um sulco celular que constringe gradualmente a célula Laura Freitas Estruturas importantes: Centríolos: Organela celular que serve como foco para as fibras do fuso mitótico e meiótico; a duplicação dos centríolos é coordenada com a replicação do DNA Cinetócoro: Complexo de proteínas que liga o centrômero às fibras do fuso Citoesqueleto: Microtúbulos (fuso mitótico) – segregação dos cromossomos na divisão celular; Fibras de actina e miosina (anel contráctil) – separação das duas células filhas, na citocinese Processo de divisão que origina quatro células-filhas com metade do número de cromossomos da célula mãe Divisão reducional, com redução pela metade, do número de cromossomos Ocorre em células especiais, chamadas meiócitos. Em humanos, é o processo envolvido na formação de gametas (gametogênese) É precedida de uma etapa de replicação do DNA, formando cromátides irmãs, como na mitose É composta de duas divisões celulares sucessivas, chamadas meiose I e meiose II, ambas divididas em fases equivalentes às da mitose Meiose I: Prófase I: Cromossomos começam a se condensar, separação dos centríolos, membrana nuclear se desfaz; Início do pareamento dos cromossomos homólogos (tétrates ou bivalentes), junção máxima desses cromossomos; nesse momento, há recombinação entre partes dos cromossomos homólogos (crossing over); depois, os quiasmas ficam aparentes Metáfase II: Cromossomos alinhados na placa equatorial, membrana nuclear totalmente desintegrada. Não há divisão dos centrômeros, os cinetócoros das duas cromátides se comportam como uma unidade e se ligam a fibras do fuso que promoverão a migração para polos opostos. Laura Freitas Anáfase I: Migração dos cromossomos para os polos da célula, membros de um mesmo par de cromossomos homólogos migram para polos opostos Telófase I e Citocinese Meiose II: Semelhante a mitose, diferindo apenas pelo fato de que ocorre em uma célula com número haploide (N) de cromossomos. Nesse passo, não há nova síntese de DNA (replicação) Laura Freitas Gametogênese: Gametas femininos: Nas duas divisões celulares, um dos produtos se degenera (corpúsculo polar). Apenas um produto da meiose é funcional como gameta. Gametas masculinos: Os quatro produtos da meiose são funcionais, após a diferenciação (espermatogênese) Consequências da meiose Redução do número de cromossomos Geração da variabilidade: 1. Por segregação independente dos homólogos paternos e maternos 2. Pela ocorrência de recombinações cromossômicas, com consequente troca de fragmentos A segregação dos cromossomos na meiose, juntamente com a ocorrência de troca de pedaços entre os cromossomos (crossing-over), compreende meios de geração de diversidade na espécie humana. Isso implica que cada indivíduo tem sua própria constituição de variantes gênicas (alelo) Laura Freitas Estrutura e função dos genes O DNA pode ser entendido como uma fonte de informação digital, “codificada” na sequência específica com que suas quatro bases (A, T, C e G) estão dispostas na molécula Proteínas e moléculas de RNA são elementos efetores, responsáveis pela execução de várias funções no nível molecular/celular: Estrutural (proteínas do citoesqueleto e da matriz extracelular) Catalisação de reações metabólicas (enzimas) Regulação (fatores de transcrição, RNAs regulatórios) Manutenção (proteínas de reparo do DNA) Sinalização, incluindo reconhecimento e transdução do sinal Dogma central da biologia molecular: Replicação do DNA: uma molécula é utilizada como molde para a produção de novas moléculas Transcrição: DNA é usado como molde para produzir RNA Tradução: RNA é usado como base para a produção de um polipeptídio/proteína Expressão gênica As reações metabólicas são feitas através de enzimas são proteínas codificadas pelos genes – cada gene tem informações para produzir uma proteína ou mais Essa transposição entre a informação do genoma e os elementos efetores se dá nessa relação: um gene – uma ou mais proteínas Interligações e interações entre vias bioquímicas: Fenilalanina Tirosina Produção de energia, eumelaninas, catecolaminas (dopamina, epinefrina, etc.) O produto de um gene não atua isoladamente dentro de uma célula – o produto de ação de uma enzima serve como substrato para outra Laura Freitas A ação de um produto gênico depende da ação de outro produto gênico Não atua no fenótipo de maneira pontual Amplificação da informação Através das diferentes interações Os genes não são expressos sempre e em todos os lugares: eles têm padrão temporal e espacial Gene eucariótico (modelo): Região regulatória: Próximo ao gene se chama promotor; regula a transcrição Região codificante/transcrita: Tem a informação para produtos funcionais Expressão gênica: Processo por meio do qual a sequência de DNA de um gene é transcrita em RNA e, para os genes que codificam proteínas, posteriormente traduzida em um polipeptídio (proteínas) Ácido ribonucleico; macromolécula com composição bastante semelhante à do DNA, com algumas modificações O açúcar é uma ribose ao invés de uma desoxirribose Possui adenina, guanina, citosina e uracila (ao invés da timina) como bases nitrogenadas O polímero de RNA também é sintetizado de modo polarizado, no sentido 5’-3’ Ao contrário do DNA, o RNA existe de forma estável como uma molécula de fita simples Transcrever: escrever novamente, reproduzir, copiar Transcrição (sentido biológico): Síntese de uma molécula de RNA a partir de um molde de DNA Para genes codificadores de proteína, o RNA sintetizado é chamado de mensageiro (RNAm) O RNA é sintetizado utilizando uma das fitas do DNA (fita molde) e tem a mesma sequência da fita complementar da molécula de DNA (fita codificante ou codante). Laura Freitas Por definição, a sequência da fita codificante é mostrada quando nos referimos à sequência de DNA de um gene RNA polimerase: Enzima com várias subunidades que catalisa a síntese do RNA Se associa com diversos fatores de transcrição. Alguns fatores de transcrição são essenciais para o processo, enquanto outros são específicos e determinam o local (tipo de célula ou órgão), tempo (no desenvolvimento/emresposta a algum estímulo) e intensidade da transcrição. São das diferenças específicas no padrão de expressão dos genes entre as células dos diferentes tecidos/órgãos que conferem a elas suas propriedades específicas O padrão de expressão dos genes também é diferente ao longo dos períodos de desenvolvimento (embrionário, fetal, crianças, adultos, etc) Promotores: Regiões de sequência conservada que são reconhecidas por fatores de transcrição e promovem a expressão gênica OBS: Pseudogenes compreendem regiões de sequências similares a outros genes, mas que não estão associados a produção de uma proteína funcional (seja por mutações em suas regiões regulatórias ou codificantes) Regiões distantes do genoma podem influenciar no processo de transcrição e regular a expressão gênica (acentuadores, insuladores e regiões de controle de locus) – regulam principalmente a intensidade Região transcrita: Toda a região do gene que será “copiada” em RNA Contém regiões que vão ser transcritas e utilizadas na produção de proteínas: Éxon Contém regiões que vão ser transcritas, mas não utilizadas na produção de proteínas: Íntron Região de terminação da transcrição UTR (regiões não traduzidas) 5’ e 3’: regiões transcritas, mas não traduzidas Após o início da transcrição, o RNAm recém-sintetizado é alterado para aumentar sua estabilidade (ele não é muito estável considerando que nossa célula tem mecanismos de defesa que degradam RNA) Ele vai receber um ‘cap’ (capuz) na sua extremidade 5’ para sinalizar esse RNA e ele não ser degradado Laura Freitas 5’ capping: adição de uma 7-metil-guanosina Proteção do RNAm e reconhecimento pela maquinaria de tradução Splicing (Recomposição dos éxons): Processo de retirada dos íntrons do RNA mensageiro, o qual é feito por um processo de proteínas denominado spliceossomo As UTRs permanecem no RNAm, pois tem informações necessárias para a regulação da síntese da proteína Os íntrons não podem ser considerados “DNA lixo” pois podem ter informações sobre a regulação da síntese também O splicing pode ser padrão, feito a imagem acima, ou ser alternativo (faz com que um grande número de proteínas diferentes possa ser produzido a partir de um mesmo gene) A região transcrita do gene, contém, assim: Duas regiões não traduzidas (5’ e 3’) de função regulatória e que atuam também na estabilidade do RNAm Regiões transcritas e traduzidas, cuja sequência de nucleotídeos determinará a sequência de aminoácidos na proteína a ser sintetizada (éxons) Laura Freitas Regiões transcritas, porém, não traduzidas, que se localizam entre os éxons. Essas regiões serão removidas do transcrito primário por um processo denominado de recomposição do RNAm (splicing) Término: indicado pelo sinal de poliadenilação – adição de várias adeninas à extremidade 3’ do RNAm (cauda poli-A) Sinal: AAUAA Aumenta a estabilidade do RNA Após a transcrição e o processamento, o RNA mensageiro sai do núcleo e segue para o citoplasma No citoplasma, o RNA mensageiro é reconhecido pelos ribossomos, que se ligam a ele e iniciam o processo de tradução Tradução: Produção de um polipeptídio (proteína), cuja sequência de aminoácidos é derivada da sequência de códons de uma molécula de RNAm A tradução é feita a partir da leitura de trincas de nucleotídeos, que compõem um códon Códon de início (iniciador): ATG/AUG Códon de parada: TGA, TAA, TAG A sequência da proteína é determinada pela sequência do RNAm, interpretada segundo um códon – é chamado de código genético O mesmo aminoácido pode ser determinado por vários códons – código genético é degenerado 64 códons = 20 aminoácidos Laura Freitas Após a tradução, os polipeptídios são modificados (estruturalmente e/ou quimicamente) para poderem exercer suas funções Os genes do genoma mitocondrial também são transcritos e traduzidos Na transcrição, todos os genes do genoma circular são transcritos em conjunto, sendo separados posteriormente Não há splicing dos íntrons, dado que os genes mitocondriais não possuem íntrons A tradução ocorre dentro da própria mitocôndria, pois a organela possui ribossomos Genes que codificam RNA não são traduzidos em proteínas, sendo o próprio RNA a molécula efetora Enquanto alguns genes são expressos de modo contínuo (proteínas que atuam em processos celulares), outros genes são expressos apenas em momentos específicos (proteínas que atuam na resposta a stress fisiológico) A expressão gênica é um fenômeno finamente regulado Essa regulação ocorre integrando-se informações genéticas (sequência do DNA, fatores de transcrição, RNAs regulatórios) e epigenéticas Epigenética: Alterações químicas não genéticas, reversíveis, em histonas (proteínas associadas ao DNA) ou no próprio DNA, que alteram a expressão gênica sem alterar a sequência do DNA) Essas alterações podem ser transitórias (em resposta a um estímulo específico) ou mais duradouras (sendo inclusive transmitida às células filhas) Possui papel importante na etiologia de algumas doenças humanas, em resposta a influências ambientais e/ou estilo de vida Em última instância, regulam o acesso da maquinaria de transcrição ao DNA a ser transcrito, interferindo assim na expressão gênica Metilação do DNA: Adição de um grupamento metil na base nitrogenada citosina INFORMAÇÕES ADICIONAIS Laura Freitas Leva ao silenciamento da expressão gênica, através do recrutamento de proteínas que se ligam ao DNA e alteram a estrutura da cromatina Ocorre de maneira programada ao longo do processo de desenvolvimento e diferenciação celular. Na formação de gametas, ocorre uma desmetilação extensa do DNA Padrões alterados de metilação do DNA são comumente encontrados em células neoplásicas Modificações nas caudas de histonas: Diferentes modificações de histonas deixam o DNA mais ou menos acessível ao complexo de transcrição: Código de Histonas Ex: Acetilação, metilação, fosforilação Alterações epigenéticas levam também a alterações na arquitetura da cromatina, as quais interferem no padrão de expressão gênica de diferentes formas (por exemplo, aproximando elementos reguladores de longa distância de genes a serem expressos ou silenciados) A regulação da expressão gênica ocorre integrando-se informações genéticas e epigenéticas Mesmo gêmeos monozigóticos, que possuem exatamente a mesma sequência de DNA no genoma (mesmos alelos em seus genes) podem apresentar diferenças na expressão gênica devido a fatores epigenéticos. Desequilíbrio alélico na expressão: Para todos os genes do genoma humano, as duas cópias do gene presentes nos cromossomos homólogos se expressam e se manifestam, no entanto, em alguns casos, apenas uma das cópias é expressa e se manifesta no fenótipo. Imprinting genômico (ou parental): Apenas o alelo herdado de um parental é expresso, o outro permanece silenciado por mecanismos que envolvem, entre outros fatores, a metilação do DNA. É uma marcação reversível, sendo refeita na produção de gametas. Inativação do cromossomo X em mulheres: Silenciamento por condensação de uma das cópias do cromossomo X (aleatório) presente em mulheres (compensação de dose); ocorre nas primeiras semanas do desenvolvimento e as células filhas dessa linhagem manterão o mesmo cromossomo inativo (fenótipo) Corpúsculo de Barr Laura Freitas Diversidade: Mutações e polimorfismos Nem toda mutação ou polimorfismo levam a doenças, mas muitas doenças são causadas por isso Uma alteração genética leva a alteração na expressão gênica ou na função da proteína Isso causa um desbalanço do produto gênico funcional, alterando a fisiologia Fenótipo (doença) Condiçãobásica para que ocorram processos evolutivos Processo que cria variabilidade: mutação Ampliação da variabilidade: recombinação genética A informação contida no genoma é copiada pelo processo de replicação do DNA e transmitida ao longo das gerações celulares e indivíduo por mitose ou meiose A informação não é estática: ela sofre alterações (mutações) resultantes do próprio processo de replicação ou de alterações químicas que ocorrem nas moléculas de DNA Mutação: Processo que altera a sequência nucleotídicas de um gene ou um conjunto cromossômico, diferindo da sequência nucleotídicas do tipo selvagem Tipo selvagem: Genótipo ou fenótipo que é observado na natureza definido como padrão em relação a um organismo Tipos de mutação: 1. Mutação gênica ou pontual: alterações no DNA que envolvem a substituição, inserção ou deleção de um único nucleotídeo ou de um segmento pequeno de DNA 2. Mutações cromossômicas: Mudam segmentos cromossômicos, alterando o número de cópias de uma determinada região ou alterando o arranjo dessas partes em um mesmo cromossomo ou em cromossomos diferentes Laura Freitas 3. Mutações genômicas: Não alteram a estrutura do DNA e do cromossomo como um todo, mas altera o número de cromossomos presentes no genoma As enzimas DNA polimerases humanas têm uma taxa de erro de 1 base em 105 a 107 bases inseridas A incorporação incorreta de nucleotídeos durante a replicação do DNA tem como consequência o estabelecimento de mutações na linhagem de uma das células-filhas resultantes daquela divisão celular “Escorregamento” da DNA polimerase Durante a replicação do DNA, a DNA polimerase pode se desassociar da fita de DNA que está sendo copiada, retornando logo em seguida Em regiões do genoma que possui sequências nucleotídicas repetidas, a enzima pode retornar antes ou depois do ponto que está sendo copiado (slippage ou escorregamento), resultando no aumento ou diminuição do número de cópias daquela repetição Laura Freitas Exemplo: Geração de variação do número de nucleotídeos em regiões de microssatélites – utilizado em testes de paternidade Alguns erros gerados na replicação ocorrem devido a mudanças químicas espontâneas no DNA, gerando bases nitrogenadas tautoméricas (isômeros estruturais das bases frequentes no DNA) Isso causa pareamentos anômalos Desaminação: Perda de grupo químico amino, devido a um dano oxidativo (por exemplo, ação do peróxido de hidrogênio) Laura Freitas Metilação da citosina: Inserção do grupo metil Marcação epigenética comum encontrada no genoma realizada por enzimas DNA- metiltransferases A desaminação da 5-metilcitosina gera timina Na próxima replicação, se pareará com adenina Alguns agentes físicos e químicos podem induzir mutações no DNA Agentes mutagênicos: Radiações ionizantes e substâncias químicas Ex: Luz ultravioleta e formação de dímeros de pirimidina (atrapalha a replicação) Análogos de bases nitrogenadas: Devido à sua semelhança com determinadas bases nitrogenadas, eles podem ser incorporados ao DNA, substituindo-as A estrutura da 5-bromouracil (5-BU) é análoga a timina, porém, sua forma enólica pareia com a guanina Dessa forma, na replicação seguinte, o par A-T muda para G-C Além de gerar mutações pontuais, aumenta a sensibilidade da molécula à luz UV 5-BU é um dos compostos usados em tratamentos de neoplasmas Agentes alquilantes Adicionam grupo alquil, principalmente nas guaninas, que vão se parear com a timina Usados em quimioterapia (agentes antineoplásicos) Agentes intercalantes: Químicos que possuem afinidade pelo DNA Usados na pesquisa para detectar e quantificar DNA e no tratamento ao câncer como agente antineoplásico Laura Freitas Posicionam-se entre duas bases vizinhas de uma mesma cadeia da hélice do DNA, aumentando a distância entre elas e distorcendo a hélice. Pode ocorrer um escorregamento e pode causar mutação (inserção/deleção) Nem todas as mutações que ocorrem no genoma se mantêm após a replicação do DNA ou a transmissão do mesmo pelas linhagens celulares Parte da informação contida no genoma é voltada para a própria manutenção do DNA (Sistemas de reparo de danos ao DNA) Podem agir durante a replicação ou em pontos de checagem do ciclo celular Algumas DNA polimerases humanas possuem atividade exonuclease 3’-5’ que remove nucleotídeos mal pareados, por isso a taxa de erros é tão baixa Reparo por excisão (retirada) de bases nitrogenadas: A desaminação de citosina gera uma uracila e resulta na troca de pares GC para AT após o próximo passo de replicação/divisão celular Uracilas na molécula do DNA são retiradas pela Uracil-glicosilase, tornando o sítio apurínico (sem bases purinas) Enzima APEX (nuclease) cliva a fita de DNA DNApol+DNA ligase+XRCC (proteína de reparo) repõem o nucleotídeo faltante Reparo por excisão (retirada) de nucleotídeos acoplado a transcrição: O processo de transcrição é interrompido em sítios com mutação e moléculas de controle do reparo do DNA são acionadas (ex: P53) Uma vez que o dano é reconhecido pelas proteínas CS, um complexo proteico de reparo é montado na região danificada (proteínas XPs de reparo + proteínas RPA de ligação à fita simples de DNA + fator de transcrição TF) Outras proteínas (XPG e ERCC) clivam o DNA na extremidade 5’ e 3’ do local danificado DNA polimerase (+PCNA) recupera a região retirada, com base na fita íntegra Reparo de mal pareamento – inserções, deleções e incorporação errada de nucleotídeos no DNA Laura Freitas Reparo de quebra de fita dupla de DNA: Reparo por recombinação homóloga: Cromossomo homólogo íntegro é utilizado como molde para o reparo Junção de extremidades não homólogas ou recomposição da cromátide: Quebra da fita dupla de DNA aciona uma série de proteínas que se ligam à extremidade da molécula quebrada Tais proteínas adequam o DNA para se reconectar Um complexo proteico (Artemis+PK) é recrutado mantendo a união das extremidades lesionadas do DNA Nucleotídeos são inseridos pela DNApol até as fitas complementares se reconectarem (pontes de hidrogênio) É um mecanismo com chance de mal pareamento das estruturas, usado somente em situações muito específicas Quanto ao tipo de célula em que ocorre: Células somáticas: Em geral, tem pouca influência no indivíduo como um todo, contudo, o acúmulo de mutações em regiões responsáveis pelo controle do ciclo celular pode levar ao câncer Células embrionárias: Altera partes (tecidos e órgãos) do corpo derivados da célula que sofre alteração em seu genoma Células germinativas: Influencia a próxima geração ou a sua formação ou o seu desenvolvimento Quanto ao fenótipo: Inexistente ou imperceptível: Em regiões não codificantes e que também não estão envolvidas em mecanismos de regulação da expressão gênica/em regiões codificantes sem alterar a sequência das proteínas Pouca consequência (com ou sem consequência clínica): Variabilidade anatômica, fisiológica, intolerâncias alimentares, susceptibilidade a infecções, predisposição a tipos de câncer, resposta terapêutica ou adversa à medicamentos, diferenças de personalidade, aptidão atlética e talento artístico Grande consequência: Mutações de grande efeito fenotípico, muitas vezes associadas a condições patológicas Quando ocorre em regiões codificantes de proteína: Laura Freitas Mutação silenciosa (troca de nucleotídeo em um códon que continua codificando o mesmo aminoácido, já que temos degeneração do código genético) Mutação conservativa (troca de um nucleotídeo em um códon que leva a troca do aminoácido por outro com propriedades químicas semelhantes) Mutação de troca de sentido (troca de um nucleotídeo de um códon que codificapara aminoácido diferente com propriedades químicas diferentes) Ex: Anemia falciforme (glutamato vira valina) Mutação sem sentido (troca de um nucleotídeo em um códon, resultando em um códon de término da tradução – o códon de parada) Mutação de matriz de leitura (inserções ou deleções de nucleotídeos não múltiplos de 3 em uma região codificante que alteram a sequência de leitura do RNAm e na tradução) Quanto ao funcionamento dos genes e doenças humanas com base genética: Mutações pontuais podem levar a perda de função (ausência ou redução da atividade original da proteína) ou ganho de função (a proteína modificada tem uma função alterada com relação a original) Mutações pontuais podem alterar a expressão de um gene se ocorrerem em regiões regulatórias (promotor, acentuadores...), inibindo sua expressão ou alterando o padrão espaço-temporal em que ele é expresso Doença de Huntington Repetições localizadas em regiões não codificantes, geralmente Mutação no gene que codifica a proteína huntingtina (alta expressão no cérebro) Essa mutação é caracterizada por repetições anormais da sequência CAG Repetição que codifica o aa glutamina Huntingtina: migração vesicular e exocitose de substâncias como neurotransmissores e enzimas, apoptose celular Mutação: Expansão de uma repetição altamente polimórfica na região 5’ do gene CAG (poliglutamina) Síndrome do X frágil Repetição expandida (CGG) da região 5’UTR desencadeia a metilação do promotor e previne a transcrição Distrofia miotônica Repetição expandida (CTG) na região 3’UTR provoca o sequestro de fatores de splicing nucleares, impedindo o splicing correto de diversos genes não-relacionados Laura Freitas A variabilidade genética humana pode ser gerada por vários mecanismos de mutação Duas pessoas não aparentadas têm cerca de 99,5% de similaridade de sequências nucleotídicas em seu genoma nuclear, dessa forma, a variação genética é regra A ocorrência de múltiplos alelos de um mesmo locus genético, com frequência acima de 1%, é chamado de polimorfismo genético Principais tipos: SNP: Polimorfismo de nucleotídeo único Polimorfismos por substituição de um único nucleotídeo Grande densidade no genoma: distribuição não homogênea, menos frequentes em regiões codificantes 80-90% da variabilidade do DNA Tipicamente dois alelos Estáveis, sem escorregamentos Excelentes marcadores para gerar mapas genéticos densos (facilidade de genotipagem) – potencial para doenças complexas Inserções e deleções – poucos pb Repetição de sequência: Polimorfismo de número variável de repetições em tandem 1. STR 2. VNTR Variação de número de cópias (CNV) Mutação x Polimorfismo Polimorfismo: Em uma população, é a coexistência de dois ou mais alelos em determinado loco cromossômico, onde o mais raro tem uma frequência maior do que 1% Projeto 1000 genomas Cada pessoa carrega cerca de 250-300 variantes de perda de função em genes conhecidos Possuem de 50-100 variantes já implicadas em distúrbios genéticos hereditários 20% de loci heterozigotos no genoma de uma pessoa Laura Freitas Bases moleculares das doenças genéticas Alteração genética: Expressão gênica ou alteração da função da proteína: Desbalanço do produto gênico funcional: Fisiologia alterada: Fenótipo (doença) Doenças cuja patogenia é uma alteração genética, provocada por um processo de mutação, herdada ou adquirida, em um ou mais genes, afetando suas estruturas e/ou suas expressões. Mutações de perda de função: alterações no gene (região codificante+regulatória) e/ou na expressão dele que resultam na perda do produto gênico (total ou reduzida) A gravidade dos sintomas depende da quantidade de função perdida, incluindo se o indivíduo é homo ou heterozigoto para a mutação Haploinsuficiência: Quando 50% do gênico não é suficiente para realizar as atividades celulares daquela proteína/enzima Lembrar: Imprinting genômico (epigenético) Mutações de ganho de função: Alterações que intensificam uma ou mais funções da proteína Mutações que aumentam a produção da proteína normal: base para doenças genéticas associadas à trissomias e duplicações de segmentos cromossômicos Mutações que intensificam a função normal da proteína: a proteína está presente na mesma proporção, mas realiza a função original com maior intensidade (ex: hemoglobina de Kempsey – não libera o O2 facilmente) As mutações que resultam na geração de doenças genéticas podem trazer consequências em diferentes etapas da expressão gênica Durante a transcrição, há a atuação dos fatores de transcrição (reconhecem a região promotora e ativam a RNA polimerase), então a mutação na região promotora/nos fatores de transcrição/na RNA polimerase podem inibir a transcrição Algumas doenças podem resultar de mutações que afetam o processamento e splicing do RNA: mutações em região no íntron, dependendo do tipo, podem fazer com que ele não seja reconhecido e não haja splicing – exemplo: Distrofia miotônica do tipo 2 (expansão na região UTR 3’, o que também prejudica o processamento do RNA de uma forma geral) A mutação pode alterar o transporte do RNA do núcleo para o citoplasma para a tradução – ex.: doença de Tay-Sachs (prejuízo no transporte e na formação de proteína) Também existem mutações que alteram a tradução, afetando o RNAr/RNAt, a montagem do cromossomo, as proteínas efetoras da tradução A montagem da proteína também pode ser prejudicada (sua configuração) – ex.: osteogênese imperfeita A composição alélica de um gene em um cromossomo de um indivíduo, o genótipo, resulta no fenótipo. Tal genótipo pode ter como consequência a variação da apresentação clínica de uma doença por diferentes processos, como: Heterogeneidade alélica: Mutações em diferentes posições no gene resultam em diferentes alelos; diferentes alelos podem resultar na mesma alteração geral do fenótipo, com variação na apresentação clínica Exemplo: Fibrose cística (diferentes mutações no gene CFTR) Heterogeneidade gênica (ou de loco): Mutações em diferentes genes podem resultar na mesma característica fenotípica Laura Freitas Exemplo: Hipercolesterolemia familiar (gene receptor de LDL ou gene apoproteína B) A hemoglobina é uma proteína tetramérica formada por duas cadeias de proteínas tipo alfa- globina e duas cadeias tipo beta-globina, com afinidade por O2, que, por sua vez, se prende à hemoglobina por meio do grupo heme. Os genes que produz as globinas estão agrupados em diferentes cromossomos: cromossomo 11 (beta) e cromossomo 16 (alfa) O padrão de expressão dos genes da globina varia ao longo do desenvolvimento humano (tempo-dependente) Mecanismo de ‘liga e desliga’ dos genes de globina: As diferentes Hb apresentam diferentes afinidades pelo O2 A região controladora de loco (LCR) interfere no padrão de acesso da cromatina a maquinaria de transcrição (empacotamento genético) Laura Freitas O padrão ‘liga e desliga’ dos genes que produzem globina, além de ter um padrão temporal distinto, também apresenta um padrão tecido específico (espaço dependente) Tipos de hemoglobinopatias: Variantes estruturais: Alteram a sequência de aminoácidos de uma ou de ambas as cadeias de globina da Hb, interferindo em sua função (ligação e transporte do oxigênio) e/ou na sua estabilidade Instabilidade da proteína, que leva à desnaturação, precipitação e hemólise (anemia hemolítica) Diminuição ou aumento da afinidade da hemoglobina ao oxigênio, interferindo no transporte Redução da disponibilidade de uma das cadeias de globina, por alterações na estabilidade do RNA mensageiro (fenótipo similar a talassemia – baixa quantidade de hemoglobina nos eritrócitos) Essasmutações podem estar em qualquer lugar da hemoglobina Anemia falciforme: HbS Mutação de sentido trocado na cadeia betaglobina A HbS transporta oxigênio normalmente. Contudo, em baixa pressão de O2 sanguíneo, a solubilidade da proteína diminui e as globinas se polimerizam em forma de bastões ou fibras A hemácia com HbS é menos elástica e o formato em foice impede que ela percorra os vasos de calibre mais fino, causando oclusão e dor aguda no local afetado Uma vez na forma de foice, a hemácia não retorna ao estado anterior Duração da HbS é reduzida (10-20 dias) Presença do alelo S confere maior resistência à malária (alta frequência na África sub-saariana, no Brasil varia nos estados devido à miscigenação) Laura Freitas Talassemias: Conjunto de doenças que resultam da expressão diminuída de uma ou mais cadeias globinas. As condições patológicas surgem do desequilíbrio na proporção das cadeias alfa/beta (a cadeia em excesso se acumula, precipita e provoca hemólise) Alfa-talassemias: Deleções do gene da cadeia alfa, como consequência de crossing over desigual Beta-talassemias: Mutações de ponto que resultam na menor produção da cadeia de betaglobina, envolvem alterações na transcrição/splicing do RNA/sítio de CAP/matriz de leitura/códon final Essas mutações afetam a Hb do adulto Persistência hereditária da hemoglobina fetal – reduz a gravidade da beta- talassemia Beta-talassemias mais complexas: podem surgir de grandes deleções no cromossomo 11, acometem a região controladora de lócus Expressão heterocrônica: Alteração do perfil de expressão temporal dos genes de globina, como a persistência da Hb fetal na vida adulta (condição que pode ser herdada sem manifestações clínicas) Princípios gerais: Genes que codificam proteínas de manutenção geral (essenciais) – efeito sistêmico, mas afetam tecido/órgão mais sensível ou com maior expressão daquele gene Exemplo: Tay-Sachs Genes que codificam proteínas célula/tecido específicas – são produzidas em algumas células e tem função específica, afetam o tecido onde o gene se expressa, mas podem afetar outros órgãos mais sensíveis que não expressam o gene em questão Exemplo: PKU (fenilcetonúria) Exemplos de genes Enzimas (enzimopatias) Receptores de membranas Transporte intracelular Proteínas estruturais Proteínas envolvidas com distúrbios neurodegenerativos Mitocondriais Doenças metabólicas (erros inatos do metabolismo) Laura Freitas Causadas por um defeito específico que leva ao bloqueio de uma determinada rota metabólica Base molecular da doença: Causada por mutações de perda de função no gene que codifica a enzima fenilalanina hidroxilase (PAH) A atividade da enzima inferior a 1% resulta no acúmulo da fenilalanina (substrato) não metabolizada e pode danificar células nervosas Em casos graves, os sintomas iniciam nos primeiros meses de vida, incluindo convulsões, atraso no desenvolvimento, alterações de comportamento e problemas psiquiátricos a longo prazo (danos neurológicos permanentes); além disso, a pele e os cabelos são mais claros que em parentes não afetados Tratamento: Dieta com restrição de fenilalanina Variantes alélicas para fenilcetonúria (heterogeneidade alélica) – mutações que reduzem a atividade da enzima; portadores de diferentes alelos possuem restrições de quantidades diferentes de fenilalanina na dieta Devido à heterogeneidade alélica, os sintomáticos podem ser geneticamente heterozigotos compostos (possuem mutações diferentes nos dois alelos do gene) Faz parte de um grupo de doenças chamadas hiperfenilalaninemias não relacionadas ao gene fenilalanina hidroxilase (PAH): Heterogeneidade de loco Mutações em genes relacionados à produção de tetrahiidrobiopterina, co-fator para algumas enzimas Por afetar outras vias, gera um quadro com sintomas mais amplos que a fenilcetonúria clássica Tratamento envolve a administração do co-fator oralmente Mucopolissacaridoses (MPSs) Degradação dos glicosaminoglicanos (GAGs) Laura Freitas Polissacarídeos longos não ramificados, componentes fundamentais da matriz extracelular, possuem alta capacidade de absorção de água Sinalização de fatores de crescimento, adesão celular e interação com a matriz extracelular Mais de 11 enzimas envolvidas com a degradação dos GAGs (tipos diferentes de MPSs) Altos níveis de lipídeos plasmáticos (colesterol e triglicerídios) – pode levar a aterosclerose prematura, aumento do risco de ataque cardíaco e acidente vascular cerebral Heterogeneidade de loco Doença multissistêmica e progressiva Pulmões: Aumento da viscosidade bloqueia as vias aéreas propiciando a proliferação bacteriana – infecção crônica, lesão pulmonar, óbito por disfunção respiratória Pâncreas: Obstrução dos ductos – enzimas digestivas não chegam no intestino, má absorção de nutrientes Mutações no gene que produz uma proteína transmembrânica que funciona como canal iônico – os íons não passam e há formação de muco Gene CFTR (proteína transmembrana transportadora de cloreto) Laura Freitas Grupo de doenças (I a IV) Má-formação esquelética e fragilidade óssea Fraturas frequentes 95%: genes do colágeno COL1A1 e COL1A2 Heterogeneidade clínica Heterogeneidade de lócus+alélica Cadeias de pró-colágeno afetadas Tipo e local da variante genética no lócus Durante a replicação do DNA, a polimerase pode se desassociar da fita de DNA, retornando logo em seguida Em regiões repetitivas do genoma, a enzima pode retornar antes ou depois do ponto sendo copiado (‘deslize’), resultando no aumento ou diminuição do número de cópias da repetição Mutações dinâmicas (uma vez que o número de repetições pode variar a cada ciclo de replicação) envolvidas na gênese de algumas doenças Laura Freitas Associadas com o fenômeno da antecipação: quanto maior o número de repetições, mais precoce o surgimento da doença e mais graves podem ser os sintomas – acompanhar gerações Genes ligados ao metabolismo oxidativo e geração de ATP (energia) Genes para 13 proteínas que atuam no complexo da fosforilação oxidativa e outras 75 que são produzidas por genes nucleares Mutações nesses genes afetam, principalmente, tecidos e órgãos com alta demanda energética (cérebro e músculos) Particularidades: Muitas das proteínas que atuam na mitocôndria são sintetizados no núcleo Mutações podem ser herdadas maternalmente ou adquiridas de novo em células somáticas Gravidade dos sintomas é bastante variável devido a heteroplasmia (presença de variantes genéticas distintas no genoma mitocondrial de uma mesma célula – 1000 mitocôndrias em 1 célula) Dessa forma, as células podem apresentar-se em homoplasia (todas as mitocôndrias com DNAmt normal ou mutado) ou em um grau variável de heteroplasmia Mitocôndria tem replicação independente do núcleo celular; durante as divisões celulares as cópias de DNA mitocondrial são distribuídas aleatoriamente entre as células filhas – segregação replicativa Laura Freitas Laura Freitas Bases cromossômicas das doenças genéticas Mutações pontuais, cromossômicas e genômicas Compactação da cromatina (cromossomo) Cariótipo Alterações cromossômicas: 40-50% dos abordos espontâneos, grande parte das malformações congênitas e síndromes que incluem comprometimento intelectual Papel importante na patogênese do câncer São anormalidades que ocorrem na estrutura ou no número de cromossomos Alterações estruturais: rearranjos não balanceados (perda de conteúdo gênico) ou rearranjos balanceados (reorganização do conteúdo gênico) Alterações numéricas: euploidia (alteração do número de cromossomos totais) ou aneuploidia (alteraçãono número de um conjunto de cromossomos) Laura Freitas Rearranjos não balanceados: Resultam na perda ou ganho de porções cromossômicas Deleções: Resulta na perda de um segmento do cromossomo O efeito depende do tamanho e do número de genes presentes no segmento perdido, mas o produto gênico daquele loco ficará pela metade (haploinsuficiência) Duplicações: Resulta em trissomia parcial do loco gênico. A consequência depende do número de genes presente no segmento duplicado O principal mecanismo molecular de geração de duplicações ou deleções é recombinação (crossing over) desigual entre os cromossomos homólogos em regiões repetidas do DNA Laura Freitas Síndrome de Cri-du-chat Deleção do braço pequeno do cromossomo 5 Choro agudo, comprometimento intelectual e atraso no desenvolvimento, microcefalia, baixo peso e na infância e hipotonia Gravidade dos sintomas depende do tamanho do segmento deletado Configuração cariotípica: 46 X_; del (5p) Efeitos do genitor de origem (imprinting genômico parental) e deleções: Imprinting genômico parental: Isso acontece com duas regiões gênicas no cromossomo 15 Laura Freitas Com deleção paterna: Síndrome de Prader-Willi Ausência do produto gênico SPW Configuração cariotípica: 46, XY, del15p11-13 Hipotonia, crescimento reduzido e desenvolvimento comprometido (incluindo comprometimento intelectual moderado e atraso na puberdade), hiperfagia Com deleção materna: Síndrome de Angelman Ausência de produto gênico AS Configuração cariotípica: 46, XX, del15p11-13 Afeta principalmente o sistema nervoso, com atraso de desenvolvimento, comprometimento intelectual, problemas de fala, ataxia, epilepsia, hiperatividade Também pode ocorrer devido à dissomia uniparental (herança dos dois cromossomos de mesma origem parental devido a um erro de separação cromossômica durante a meiose) Genes silenciados por imprinting parental Rearranjos balanceados: Ocorre reestruturação do cromossomo sem perda de pedaços de cromossomos Translocações: Troca de segmentos cromossômicos entre cromossomos não homólogos Sem repercussões fenotípicas em seus portadores, pois mantém o conjunto de genes inalterado Contudo, podem resultar em alguma condição clínica quando a quebra ocorre dentro de regiões gênicas Laura Freitas Devido ao pareamento das porções homólogas dos cromossomos durante a meiose, as translocações podem resultar em gametas com desbalanceamento gênico Portadores de translocação robertsoniana entre cromossomo 14 e 21 tem chance aumentada em ter filhos com trissomia do 21 Laura Freitas Trissomia do 21 por translocação robertsoniana: 46, X_ rob (14;21) (q14; q21) +21 Euploidias: Alterações no número de conjuntos cromossômicos Inviáveis, mas há relatos na literatura de fetos triploides (3n) e tetraploides (4n) Evento de dispermia é o mecanismo mais comum que resulta em triploides Aneuploidias: Alterações no número de apenas um elemento do conjunto cromossômico Nulissomias: 2n-2, um par cromossômico totalmente ausente Monossomias: 2n-1, apenas um cromossomo homólogo ausente (45, X_) Trissomias: 2n+1, um par do cromossomo homólogo a mais (47, X_, +21) A compatibilidade com a sobrevivência depende da quantidade de genes presente no cromossomo: Cromossomos autossomos () versus sexuais (↑) Monossomias () versus trissomias (↑) Síndrome de Down: Causa mais comum de deficiência intelectual moderada Apenas 20-25% dos conceptor com trissomia do 21 sobrevivem até o nascimento 1-2% é provocado com mosaicismo 4% dos casos devido a translocação robertsoniana 95% dos casos é provocado por trissomia livre Laura Freitas Síndrome de Edwards: Trissomia do cromossomo 18 Síndrome de Patau: Trissomia do cromossomo 13 Origem das aneuploidias: Mecanismo de não-disjunção cromossômica durante a meiose I ou meiose II (90% materna em meiose I e 10% paterna em meiose II) Laura Freitas Há influência da idade materna na concepção pela natureza da gametogênese no sexo feminino, onde o ovócito primário fica por longos períodos de pausa da divisão celular meiótica (prófase I) Cromossomos sexuais: Genes relacionados às diferenças específicas de cada sexo Alterações no número e na estrutura dos cromossomos sexuais apresentam implicações diferentes das dos autossomos e relacionados às características de cada sexo Nulissomia do cromossomo X é compatível com a sobrevivência devido ao comportamento haplossuficiente da maioria dos genes (1 cópia = função normal) Cromossomo Y: Possui genes ligados à determinação do sexo masculino e à espermatogênese SRY: Região do Y determinante do sexo (ou fator determinante do testículo – TDF) – a presença desse produto gênico desencadeia a diferenciação, no embrião do tecido primordial de gônadas em gônadas e genitália externa do sexo masculino Se essa região for ausente, há formação da genitália feminina Laura Freitas Mutações (gênicas ou cromossômicas) em diversos genes podem resultar em diferenças entre sexo gonadal/genital e sexo cariotípico Translocação da região SRY para o cromossomo X resulta na diferença do sexo cariotípico e gonadal Cromossomo X Possui vários genes essenciais para a manutenção da vida São em sua maioria expressõs a partir de uma única cópia do cromossomo X (haplosuficientes) em mulheres (inativação do X) e em homens (1 cópia do X) A inativação de um dos cromossomos X é aleatória e ocorre a partir do 4º dia da concepção Porém, quando há anomalias estruturais em um dos cromossomos X, o cromossomo alterado é preferencialmente inativado Além disso, em casos de aneuploidias, o sistema de inativação do cromossomo X mantém apenas um cromossomo X ativo por célula (corpúsculo de Barr) Laura Freitas A inativação é realizada por meio de mudanças epigenéticas (RNA de interferência expressado pelo gene Xist) Apesar da inativação, 15% dos genes do X são expressados Laura Freitas Padrões de herança de doenças monogênicas Herança monogênica Mendelismo: Mendel (Pai da genética) – Descobriu as bases da hereditariedade Conceito de gene Herança particulada: As características são determinadas por unidades discretas, herdadas intactas através das gerações Enfoque experimental: Realização de cruzamentos controlados e cuidados na tabulação dos resultados, tratamento estatístico, proposição de hipótese Ervilhas: Fácil cultivo, tempo de geração curto, grande número de descendentes, diferentes características hereditárias, autofecundação Obtenção de linhagens puras: Geração parental (P) – Verde x Amarelo Cruzamento das puras: Primeira geração filial (F1): Expressão de uma só característica - Amarelo Autopolinização da F1: Segunda geração filial (F2) – 3:1 Amarelo x Verde Conclusões de Mendel: Dois fatores codificando as características: F1 tem fenótipo de apenas um genitor mas deve ter fatores de ambos Relação de dominância: Quando alelos estão apresentados juntos o fator recessivo é mascarado Dois fatores se separam na formação dos gametas (com igual probabilidade) e se encontram no zigoto Primeira Lei de Mendel (Princípio da Segregação): Os dois membros de um par de genes se segregam um do outro para os gametas, de modo que metade dos gametas tem um membro do par e a outra metade tem o outro membro No processo de formação dos gametas, o número cromossômico é reduzido à metade pela separação dos cromossomos homólogos, de tal forma que os alelos de cada gene são separados em diferentes gametas Laura Freitas Quadro dePunet: Previsão de cruzamentos genéticos Relações entre os alelos: Dominância: Mascara o recessivo em heterozigose Dominância incompleta: Fenótipo intermediário (ex.: flor) Co-dominância: Quando dois alelos são capazes de se expressar independentemente no fenótipo de um heterozigoto (ex.: grupo sanguíneo ABO) Herança monogênica ou mendeliana: Determinada por um gene apenas Genótipos e fenótipos com padrões característicos Responsável por distúrbios genéticos raros As características aparecerem nas famílias em proporções semelhantes as ervilhas Pesquisa de registros para identificar reproduções informativas Análise de heredogramas (genealogias): padrão de transmissão nas famílias Padrões de herança: Como a doença passa dos pais para os filhos: Autossômico ou ligado ao sexo? Laura Freitas Dominante ou recessivo? Um indivíduo tendo um alelo alterado, seu produto gênico total dá conta da função fisiológica? SIM (recessivo) /NÃO (dominante) Dominante: Se manifesta mesmo quando o gene que a determina encontra-se em dose simples (heterozigoto) Recessivo: Manifesta-se apenas quando o gene está em dose dupla (homozigoto para o gene) Padrões de herança clássicos: 1. Autossômico dominante 2. Autossômico recessivo 3. Ligado ao X dominante 4. Ligado ao X recessivo Heredogramas: Obtenção de informações sobre a história familiar do paciente e resumo dos detalhes sob a forma de um heredograma Representação gráfica de uma árvore genealógica usando uma série de símbolos padronizados Cada geração deve ser identificada por um algarismo romano, sendo o menor a geração mais remota Os indivíduos de uma mesma geração recebem algarismo arábico que crescem da esquerda para a direita Indivíduos da mesma geração estão na mesma linha horizontal Propósito (probando ou caso-indíce): indivíduo pelo qual a genealogia foi construída (deve ser identificado como uma seta) Laura Freitas Autossômico dominante: Autossômica: Distribuição igual nos dois sexos Dominante: Ocorre em todas as gerações, sempre um afetado tem um genitor afetado (heraça vertical) Risco de recorrência: 50% Exemplo: Acondroplasia Mutação no gene para o receptor do fator de crescimento fibroblástico FGFR3 Mutação na guanina 1138 nesse gene: Receptor sempre ativado, inibindo a proliferação de condrócitos dentro da placa de crescimento Homozigose pode ser letal Autossômico recessivo Autossômico: Distribuição igual nos dois sexos Recessiva: Salto de gerações, afetado não é filho de genitores não afetados Presença de casamentos consanguíneos Risco de recorrência: 25% - Heterozigotos de genes autossômicos recessivos são mais comuns que os homozigotos afetados (Aa/Aa) Exemplo: Fibrose cística Mutação no gene CFTR Mais frequente: deleção de um códon para fenilalanina na posição 508, heterogeneidade alélica Herança ligada ao sexo Mulheres podem ser: XDXD (homozigotas) ou XDXd (heterozigotas) Homens são hemizigotos (XDY ou XdY) Laura Freitas Ligado ao X recessivo: Maior frequência em homens afetados Prole de homens não são afetados, mas as filhas são portadoras (pula gerações) Metade dos filhos homens nascidos de mulheres portadoras são afetados Nenhum filho de um homem afetado possuirá ou passará o gene para seus descendentes Mulheres heterozigotas em geral não são afetadas, mas algumas podem expressar a condição com gravidade variável: variabilidade de expressão em mulheres heterozigotas, inativação desfavorável Exemplo: Hemofilia A – mutação no gene do fator VIII (F8C), sendo a mais comum inversão do íntron 22 que deleta terminam carboxila do fator VIII Ligado ao X dominante: Homens afetados terão sempre filhas afetadas, mas não passarão o alelo para nenhum dos filhos homens Mulheres afetadas heterozigotas casadas com homens normais transmitem a característica para metade dos filhos homens e mulheres Mulheres afetadas homozigotas terão todos os filhos homens e mulheres afetados Exemplo: Raquitismo hipofosfatêmico – mutação no gene PHEX Herança ligada ao Y (holândrica): Herança de genes situados no cromossomo Y e restrito aos homens Sem relação de dominância e recessividade Ex: Fertilidade masculina reduzida ligada ao Y Herança mitocondrial (materna): Em animais, de modo geral, o zigoto recebe mitocôndrias apenas do gameta materno Genes localizados no genoma mitocondrial: Transmitidos de modo exclusivamente materno A mitocôndria contém genes relacionados ao metabolismo oxidativo e são conhecidas diversas doenças associadas a mutações (ex.: neuropatia hereditária óptica de Leber – genes ND1, 4, 4L ou 6) Expressão variável devido à heteroplasmia: Presença de diferentes cópias do genoma mitocondrial em uma mesma célula Condição patológica se manifesta a partir de um certo limiar (número de genomas mitocondriais com o gene mutado) Divisão aleatória – descendentes diferem quanto à composição do mtDNA Laura Freitas Mulheres homoplasmáticas: 100% filhos e filhas herdarão mutação Homem homoplasmáticos: 0% filhos e filhas herdarão a mutação Fatores que afetam o reconhecimento do padrão de herança: Mutação novas: Indivíduo afetado sem histórico familiar da doença Penetrância: Proporção dos portadores de genótipo mutado que de fato expressam a característica fenotipicamente (no caso, a condição patológica) Expressividade: Variação no grau de expressão fenotípica de um determinado genótipo (no caso, severidade da condição patológica) Pleiotropia: A interconectividade entre os sistemas celulares e bioquímicos/metabólicos faz com que a mutação em um único gene afete diversas características fenotípicas Heterogeneidade gênica ou de locus: A complementaridade e/ou redundância dos sistemas faz com que mutações em diferentes genes produzam efeitos similares no fenótipo Heterogeneidade alélica: Quando um mesmo locus possui diferentes alelos, com relações variáveis de dominância Letalidade: Se o alelo mutado for letal em homozigose, a proporção da progênie difere do padrão esperado pela genética mendeliana Idade do aparecimento da condição patológica Mutações instáveis: antecipação hereditária e aumento da severidade Síndrome do X frágil Distrofia miotônica Doença de Huntington Autossômico dominante Incapacidade neurológica progressiva Homozigoto e heterozigotos com fenótipo igual Gene IT15 codifica proteína hutingnina, expressa muitas células diferentes pelo SNC Mutação: expansão da repetição altamente polimórfica na região ‘ do gene CAG (poliglutamina) Laura Freitas Distúrbios multifatoriais e herança complexa É um padrão de herança não mendeliano Não tem padrão aparente ou acontecem mais esporadicamente Mais difícil encontrar as causas (multifatorial) O que está atuando geneticamente? Mais de um gene atuando (poligênicas) Muitos genes com efeitos pequenos – efeito aditivo A presença de muitos genes explica uma herança complexa? NÃO O ambiente apresenta papel muito importante nas maiorias das doenças complexas Identificação dos fatores genéticos e ambientais podem ajudar na compreensão da etiologia: Planejamento em saúde pública; Alteração de estilo de vida e recomendação de ênfase na descrição do histórico familiar É difícil identificar o que é ambiente e o que é genética: indivíduos de uma mesma família compartilham genética e ambiente Os genes interagem entre si e com os fatores ambientais, podem atuar diretamente ou através dessas interações Características complexas: Contínuas ou quantitativas Pressão sanguínea Altura Níveis de colesterol Níveis glicêmicos Descontínuas ou qualitativas Laura Freitas Malformações congênitas:Fenda labial palatina, defeitos do tubo neural, estenose pilórica Doenças comuns: Diabetes, autismo, hipertensão Muitos genes influenciando o genótipo (poligenes) Cada um agindo com um pequeno efeito de um modo aditivo São cumulativos – nenhum é recessivo ou dominante sobre o outro Genes individuais de traço multifatorial, como altura, seguem os princípios mendelianos de segregação A diferença é que eles afetam o fenótipo de maneira conjunta Os fatores ambientais interagem com os genes para gerar susceptibilidade com distribuição normal na população Maior número de genes: Mais fenótipos População: Distribuição de curva normal Vários genótipos: Fenótipos similares AaBB = AABb Modelo de propensão/limiar: Teoria poligênica para explicar doenças multifatoriais descontínuas Ex.: Pressão sanguínea A susceptibilidade aumenta até chegar em um limiar que a pessoa pode ser classificada como doente Todos os fatores que influenciam o desenvolvimento de um distúrbio multifatorial (genético ou ambiental) podem ser considerados uma única entidade: Propensão/suscetibilidade A susceptibilidade dos indivíduos em uma população forma uma variável contínua que tem uma distribuição normal Laura Freitas Incidência é maior entre os parentes dos pacientes mais gravemente afetados Maior número de alelos de susceptibilidade em casos graves Exemplo: Fenda palatina em parentes de primeiro grau Risco é maior entre os parentes mais próximos do caso índice e diminui rapidamente para parentes mais distantes Maior número de alelos de susceptibilidade compartilhados Exemplo: Espinha bífida Quando há mais de um parente afetado, os riscos para os demais parentes é maior Maior número de alelos de susceptibilidade segregando Exemplo: Espinha bífida Se a condição é mais comum em indivíduos de um determinado sexo, os parentes de um indivíduo afetado do sexo menos afetado estarão em mais risco Características com diferenças entre os sexos (possivelmente por influências hormonais) Exemplo: Estenose pilórica (homens>mulheres, 5:1) Mutações x Polimorfismos Polimorfismos, alelos diferentes para cada locus Vários locus envolvidos, cuja contribuição para o fenótipo depende dos alelos presentes Combinações particulares de alelos em cada indivíduo Interação entre tudo isso, deixando o indivíduo mais ou menos predisposto geneticamente Sobre essa predisposição agem os fatores ambientais ESTUDOS GENÉTICOS CLÁSSICOS: Fornecem evidências da existência de componentes genéticos (e ambientais) Agregação familiar: Parecem ocorrer mais frequentemente em parentes de indivíduos afetados do que na população em geral Relações de parentesco: Quanto mais relacionados na família, mais alelos dois indivíduos terão em comum Comparação de parentes mais e menos relacionados: Avaliação da contribuição genética – a concordância aumenta conforme o grau de parentesco aumenta Variação descontínua: Pessoas diferentes expostas aos mesmos agentes ambientais são bastantes variáveis em relação aos fenótipos Genótipos iguais podem resultar em fenótipos diferentes e genótipos diferentes podem resultar em fenótipos iguais. Laura Freitas Risco relativo (recorrência): A agregação familiar de uma doença pode ser medida por meio da comparação da frequência da doença nos parentes do afetado com a população em geral ↪ Frequência nos parentes estima o papel dos genes e na população a chance do acaso Variação contínua: Não conseguimos comparar prevalências Correlação: A tendência dos valores reais de uma medida fisiológica serem mais similares entre os parentes do que entre a população em geral Quanto mais intimamente relacionados os indivíduos da família, maior a probabilidade de compartilharem os alelos nos locos que determinam o traço quantitativo Herdabilidade: Contribuição genética em uma característica complexa, embora não seja possível acessar a propensão individual para uma doença complexa, é possível estimar a proporção da etiologia que pode ser atribuída a fatores genéticos em oposição aos ambientais H: Porcentagem da variação populacional de uma característica que é devida a diferenças genéticas entre os indivíduos Estudos clássicos: Estudo de famílias: Frequência de uma doença mais alta na família do que na população em geral Agregação familiar não prova susceptibilidade genética (pode ter fatores ambientais) Estudo com gêmeos: Medem a concordância (% de pares de gêmeos que concordam quanto a uma característica) Alta concordância de uma doença para monozigóticos não é necessariamente sinal de influência genética – genes e ambientes comuns, qualquer discordância é fator ambiental Concordância entre dizigóticos: Compartilham o mesmo ambiente mas diferem no compartilhamento de seus genes Comparação dessas concordâncias: Influência genética (herdabilidade) Doença totalmente genética: Gêmeos MZ são igualmente afetados, mas DZ podem diferir Doença totalmente ambiental: Gêmeos MZ e DZ terão concordâncias semelhantes Concordâncias menores para doenças infecciosas Maiores para doenças como esquizofrenia Valores de correlação e da concordância entre gêmeos podem ser usados para medir a herdabilidade da característica ou doença Limitações: Pressuposição que similaridade ambiental é a mesma para MZ e DZ Estudo com adotados: Laura Freitas Limitações: 1. Processos adotivos não são aleatórios: Casais tendem a adotar com determinadas características semelhantes às da família adotiva 2. Número de casos de adoção é pequeno: Baixo poder estatístico para análises ESTUDOS GENÉTICOS MOLECULARES: Permitem identificar quais são estes componentes Estudos de associação genética: Investigam polimorfismos em genes candidatos, definidos a partir de hipóteses biológicas para o fenótipo, buscando verificar relação entre alelos Ou estudos genômicos sem hipótese a priori Bastante indicados para doenças multifatoriais, que lidam com vários genes de pequeno efeito Caso-controle ou famílias Exemplo: Associação em doenças psiquiátricas Estudos genéticos – GWAS: Maior foco em variantes genéticas comuns Sem hipótese biológica prévia Sugere novas rotas biológicas, novas regiões e novos genes Chips de SNP: 700.000 a 5 milhões de SNPs, cópias de DNA imobilizadas em esferas, cada sonda específica para um SNP Esquizofrenia: Doença multifatorial (genética e ambiente) Herdabilidade alta Estudo: Caso controle e trios de famílias 108 marcadores associados, associações relevantes: dopamina, glutamato, plasticidade sináptica, canais de cálcio, canais de potássio, receptores nicotínicos e neurodesenvolvimento Resultados pouco conclusivos para a maioria das doenças e características Por que é tão complicado? Grande número de genes envolvidos na característica Efeito pequeno de cada gene Interações gene/gene e gene/ambiente Extensão dos efeitos ambientais podem variar de doença para a doença Separação dos efeitos dos genes e do ambiente Heterogeneidade genética e fenotípica Diferenças entre populações: Frequências gênicas e fatores ambientais Perspectivas Laura Freitas Genética do câncer Doença de células somáticas que altera as funções celulares Crescimento independente de sinalização Insensibilidade a sinais de anticrescimento Evasão da morte celular programada (apoptose) Potencial ilimitado de replicação (telômeros) Sustenta a angiogênese Adquirem formas não diferenciadas, perdendo suas estrutura e função Geram tumores: Tumores benignos ou neoplasia, aumento do número de células, permanecem no local Tumores malignos ou câncer sofrem metástase Causas do câncer: