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1 UNIVERSIDADE JEAN PIAGET DE ANGOLA Licenciatura em Medicina Dentária BIOQUÍMICA ESTRUTURAL DOCENTES: Amélia da Costa – PhD Ester Simão – MD, MSc studant Nilda Tatiana Ramos - MSc Matondo Tandu – MSc SUMÁRIO: Enzimas. Generalidades. Cinética enzimática. Regulação . TEMA 5: ENZIMAS DEFINIÇÃO Enzimas: são catalisadores biológicos responsável pelo suporte de quase todas as reacções que mantém o equilíbrio animal 4 ENZIMAS Estrutural Proteínas Com exceção de um pequeno grupo de moléculas de RNA com propriedades catalíticas, chamadas de RIBOZIMAS. Função: Catalisadores biológicos Aminoácidos: H R C* COOH NH2 5 ENZIMAS – PROTEÍNA Classificação proteínas Proteínas globulares Proteínas fibrosas Estrutura das proteínas Primaria Secundaria Terciária Quaternária ENZIMAS Proteínas globulares Estrutura terciária Proteínas com alto peso molecular, maioria entre 15 a 1000 Kilo Daltons Unit (KD) OBS: 1 Dalton = 1 unidade de peso molecular (AMU) PARTICIPAM DAS VIAS BIOQUÍMICAS Enzimas realizam o controlo preciso do metabolismo celular O metabolismo energético é um dos principais temas de estudo da bioquímica Permitem resposta e adaptação a um meio em mudança PROPRIEDADES 1. Proteínas altamente especializadas Alto grau de especificidade com substratos 2. Poder catalítico - Aumentam a velocidade das reações químicas em condições suaves temperatura e Ph Actuam de forma organizada catalisado centenas de reações que degradam as moléculas dos nutrientes e conservam suas energia a actividade enzimática no soro DIAGNÓSTICO ENZIMOLÓGICO Determinação da actividade enzimática no soro pode fornecer informações ao diagnóstico em relação ao local e extensão da lesão Por que a catálise enzimática é mais eficiente ? 1) Aumento da concentração dos reagentes na superfície da enzima 2) Orientação correta dos reagentes (substratos) 3) Aumento da reatividade dos reagentes 4) Indução de deformação física no substrato, lento rápido rápido Muito rápido Sem catálise Catálise ácida Catálise básica Catálise ácido-básica lento Cadeias laterais de aminoácidos no sítio ativo de uma enzima hidrolítica Água, um dos substratos A hidrólise não enzimática de uma ligação peptídica é lenta e requer condições drásticas de pH e temperatura CENTRO ACTIVO 9 Região da molécula enzimática que participa da reação com o substrato. Pode possuir componentes não protéicos:cofatores. Possui aminoácidos específicos. CENTRO ACTIVO Componente químico adicional necessário para a sua função – Cofator: iões inorgânicos – Coenzima: moléculas orgânicas complexas – Se liga muito firmemente: grupo prostético • Enzima completa: holoenzima – Parte protéica: apoenzima ou apoproteína 1. Óxido-redutases ( Reações de óxido- redução). Transferência de elétrons Se uma molécula se reduz, há outra que se oxida. 2. Transferases (Transferência de grupos funcionais) •grupos aldeído •gupos acila •grupos glucosil •grupos fosfatos (quinases) 3. Hidrolases (Reações de hidrólise) •Transformam polímeros em monômeros. Atuam sobre: •Ligações éster •Ligações glicosídicas •Ligações peptídicas •Ligações C-N 4. Liases (Adição a ligações duplas) •Entre C e C •Entre C e O •Entre C e N 5. Isomerases (Reações de isomerização) 6. Ligases (Formação de laços covalentes com gasto de ATP) •Entre C e O •Entre C e S •Entre C e N •Entre C e C Classificação das Enzimas: considera tipo de reação e substratos Nomenclatura oficial das enzimas é dada pela Enzyme Comission da International Union for Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB) : ATPase (Adenosinatrifosfatase): EC 3.6.1.3 - é uma hidrolase.........................3 - atua num anidrido......................3.6 - o anidrido contém fosfato..........3.6.1 - esse anidrido é ATP..................3.6.1.3 Números identificam o tipo de reação e o tipo de substrato alvo NOMENCLATURAS DAS ENZIMAS Normalmente se adiciona o sufixo ase ao nome do substrato ou à atividade realizada Urease – hidrolisa a uréia DNA-polimerase – polimeriza DNA Pepsina – pepsis vem do grego (digestão) Sistema de classificação enzimático – EC number Quatro números: 2.7.1.1 2: transferase 7: fosfotransferase 1: transfere P para grupo OH- 1: tem D-glicose com aceptor REAÇÃO ENZIMÁTICA • Reação se dá em fases: • Enzima aumenta a velocidade das reações ( reduzem a energia de ativação sem alterar a constante de equilíbrio acelerando o processo da reação) ESPECIFICIDADE ENZIMÁTICA Deriva da formação de múltiplas interações fracas entre a enzima e a molécula do substrato específico Formas rígidas E e S se deformam, para otimizar o encaixe Emil Fisher, na década de 1950, propôs o modelo chave-fechadura • explica o reconhecimento (especificidade) do substrato pela enzima. •Nesse modelo, o centro activo da enzima é pre-formado e tem a forma complementar à molécula do Substrato, de modo que outras moléculas não teriam acesso a ela. •não explica a interação das enzimas com inibidores e análogos dos substratos. Na década de 1970, Daniel Kosland propôs o modelo de encaixe induzido •contacto com a molécula do substrato induz mudanças conformacionais na enzima, que otimizam as interações com os resíduos do sítio ativo. Esse é o modelo aceito hoje em dia. ENZIMAS SÃO ESPECÍFICAS PARA O RECONHECIMENTO DE SEUS SUBSTRATOS. Modelo Chave-Fechadura Modelo Chave-Fechadura Cinética Enzimática CINÉTICA ENZIMÁTICA Estrutura Enzimática Constituição em Aminoácidos Mecanismos de Acção Enzimática São difíceis de definir quantitativamente Determinar constantes da reacção catalisada influenciam é necessário Pelo que CINÉTICA ENZIMÁTICA Cinética Enzimática Estudo da velocidade de uma reacção química que ocorre na presença de um enzima Permite elucidar sobre: •Os pormenores do mecanismo catalítico das enzimas •O papel das enzimas no metabolismo •Controle da actividade •Mecanismos de inibição PASOS DA REACÇÃO ENZIMATICA Leonor Michaelis e Maud Menten (1913) • E combina-se reversivelmente com k1 E + S ES k-1 • Complexo ES se rompe E e P k2 ES E + P FATORES QUE INFLUENCIAM concentração do substrato temperatura ph concentração da enzima ; INFLUÊNCIA DO SUBSTRATO Efeito de [S]: varia durante o curso de uma reação INFLUÊNCIA DO SUBSTRATO [E] = cte [S] = V0 linear [S] = V0 V0 = Vmáx Constante de Michaelis – kM = [S] – correspondente a ½ Vmax; INFLUÊNCIA DO SUBSTRATO Qualquer instante da reação existe : E e ES; [S] = velocidade da reação depende [S]; Vmáx = todas as moléculas de E se encontram na forma ES enzima “saturada”; Quando [S] tende a zero (reação de 1ª ordem) Quando [S] tende para infinito (reação de ordem zero) Constante de Michaelis-Menten (Km) É a concentração do substrato [S], quando Vo = Vmax/2 EQUAÇÃO MICHAELIS-MENTEN Curva: possui a mesma forma para a maioria das enzimas; Expressa pela Equação de Michaelis e Menten; Hipótese: limitante quebra de ES E + P. EQUAÇÃO MICHAELIS-MENTEN Equação da velocidade para uma reação catalisada enzimaticamente e com um único substrato; Relação quantitativa entre a V0, Vmáx e a [S] inicial relacionadas através de Km. SK SV V m máx 0 Equação MICHAELIS-MENTEN -KM Relação numérica: V0 é metade de Vmáx; km = “ afinidade ” pelo substrato; Km afinidade máxVV 2 1 0 Vmáx é proporcional à [E]. PARÂMETROS CINÉTICOS Lineweaver-Burk máxmáx m VSV K V 111 A forma dos inversos da equação de Michaelis- Menten ou equação de Lineweaver-Burk Modo mais correto de se determinar Vmax e Km PARÂMETROS CINÉTICOS Exemplo: [S] (g/L) Vo (g/L.h) 0,25 0,78 0,51 1,25 1,03 1,66 2,52 2,19 4,33 2,35 7,25 2,57 0,0 1,0 2,0 3,0 0 2 4 6 8 [S] (g/L) V o ( g /L .h ) PARÂMETROS CINÉTICOS Exemplo: Lineweaver-Burk y = 0,228x + 0,3668 R 2 = 0,9991 0,0 0,4 0,8 1,2 1,6 0 1 2 3 4 5 1/[S] (L/g) 1 /V o ( L .h /g ) L g K V K hL g V V SV VSV K V m máx m máx máx máxmáx m 622,0228,0 73,23668,0 1 Portanto, 3668,0 1 228,0 1 111 0 0 INHIBIDORES • A ligação do inibidor altera os parâmetros cinéticos, tornando a reação mais lenta • Os inibidores irreversíveis ligam-se covalentemente ou destroem grupos funcionais da enzima INIBIDORES COMPETITIVOS Inibidor compete pela ligação ao sítio ativo Forma estrutural = substrato competição; Não altera a velocidade máxima da reação, porém aumenta a constante de Michaelis-Menten ou seja: V’max = Vmax K’m > Km INIBIDOR COMPETITIVO Inibição competitiva pode ser revertida por aumentos na concentração do substrato Admitindo-se que o inverso de Km represente a afinidade enzimática, pode afirmar que este inibidor diminui a afinidade da enzima pelo substrato INIBIDORES COMPETITIVOS INIBIDORES NÃO-COMPETITIVOS Ocupa outro centro ES, EI e EIS; Vmáx e Km normal. INIBIDORES INCOMPETITIVOS Bloqueio de ES; 2 centros activos I se fixa no complexo ES; ESI = não forma P; Vmáx e Km INIBIDORES IRREVERSÍVEIS Combinam-se com um grupo funcional destruição; União covalente inibidor e enzima. Vmáx e Km = cte INFLUÊNCIA DO pH Valor de pH óptimo = atividade máxima; Maior velocidade está normalmente associada ao pH do ambiente onde a enzima actua INFLUÊNCIA DO pH pH 5 e 8 = não afeta a atividade; Declínio entre pH 6,8-8 e 6,8-5 = forma iônica não adequada; 5 > pH > 8 = inativação irreversível. INFLUÊNCIA DA TEMPERATURA T velocidade de reação = energia cinética; T muito elevadas = desnaturação da enzima • Rompidas as pontes de hidrogênio alterações estruturas = nova conformação; • T desnaturação pouco acima da T ótima. EFEITO DA TEMPERATURA NA ATIVIDADE ENZIMÁTICA 10 20 30 40 50 60 70 Temperatura (°C) Vo A atividade aumenta com a temperatura até o ponto onde a enzima não se desnatura EFEITO DA CONCENTRAÇÃO DE ENZIMA NA ATIVIDADE ENZIMÁTICA Concentração de Enzima (mM) Vo (mmol/s) [S] em excesso Se o substrato não estiver em excesso, a velocidade da reação atinge um valor máximo e permanece constante OBRIGADA
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