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Aula 01 Natália Gindri Fiorenza Maria Paula de Souza Sampaio Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial Diretor Executivo DAVID LIRA STEPHEN BARROS Diretora Editorial ANDRÉA CÉSAR PEDROSA Projeto Gráfico MANUELA CÉSAR ARRUDA Autor EDUARDO NASCIMENTO DE ARRUDA Desenvolvedor CAIO BENTO GOMES DOS SANTOS NATÁLIA FIORENZA Olá. Meu nome é Natália Fiorenza. Sou formada em Ciências Biológicas, com mestrado e doutorado na área de Ciências da Saúde. Passei por diferentes laboratórios de pesquisa, publicando trabalhos científicos e participando de muitos Congressos e Cursos em diferentes áreas de saúde e educação. Fui professora universitária e tutora durante 4 anos do curso de medicina, onde me conectei com minha paixão pela docência e por metodologias ativas de ensino. Sou ávida por aprender e ensinar e por trocar conhecimentos quer na area científico-acadêmica, quer na área de desenvolvimento humano e autoconhecimento. Recebi com muita alegria o convite da Editora Telesapiens para integrar seu elenco de autores independentes, pois tenho como propósito transmitir aquilo que sei e auxiliar outras pessoas no início de sua jornada profissional. Estarei com você nessa caminhada de muito estudo e trabalho. Conte comigo! MARIA PAULA SAMPAIO Meu nome é Maria Paula, sou graduada em Biomedicina, habilitada em Citopatologia. Além da prática com a minha habilitação, pude realizar um curso avançado em Citopatologia Cérvico-Vaginal. Atualmente, sou voluntária de um projeto de pesquisa na Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ) sobre Patologia Mamária Comparada, onde fiz iniciação científica por um ano. Em minha jornada de estudante pude participar ativamente de congressos e projetos de estudo, e sempre tive uma paixão por ensinar. Junto com Natália, pretendo transmitir todo o ensinamento que obtive até aqui, buscando sempre aprender mais. Estamos juntos nesse aprendizado! Autoras INTRODUÇÃO: para o início do desenvolvimen- to de uma nova competência; DEFINIÇÃO: houver necessidade de se apresentar um novo conceito; NOTA: quando forem necessários obser- vações ou comple- mentações para o seu conhecimento; IMPORTANTE: as observações escritas tiveram que ser prioriza- das para você; EXPLICANDO MELHOR: algo precisa ser melhor explicado ou detalhado; VOCÊ SABIA? curiosidades e inda- gações lúdicas sobre o tema em estudo, se forem necessárias; SAIBA MAIS: textos, referências bibliográficas e links para aprofun- damento do seu conhecimento; REFLITA: se houver a neces- sidade de chamar a atenção sobre algo a ser refletido ou discutido sobre; ACESSE: se for preciso aces- sar um ou mais sites para fazer download, assistir vídeos, ler textos, ouvir podcast; RESUMINDO: quando for preciso se fazer um resumo acumulativo das últimas abordagens; ATIVIDADES: quando alguma ativi- dade de autoapren- dizagem for aplicada; TESTANDO: quando o desen- volvimento de uma competência for concluído e questões forem explicadas; Iconográficos Olá. Meu nome é Manuela César de Arruda. Sou a responsável pelo pro- jeto gráfico de seu material. Esses ícones irão aparecer em sua trilha de aprendizagem toda vez que: SUMÁRIO Estrutura e propriedades do material genético 10 A descoberta do DNA 10 Lei da Hereditariedade de Mendel 11 Especulações sobre o gene e sua descoberta 12 Estrutura do DNA 14 Pareamento de bases 16 Conformações do DNA 16 Fluxo de informação genética 20 Replicação do DNA 22 Mecanismo da DNA-polimerase 23 Término da replicação 27 Telômero e a telomerase 28 A transcrição do RNA em eucariotos 29 A transcrição do RNA em procariotos 31 RNA mensageiro 32 Tradução proteica 34 Iniciação da tradução 36 Elongação proteica 37 Código genético, suas características e a determinação da cadeia proteica 39 Características do código genético 39 Expressão gênica de células eucariotas e procariotas 42 Regulação gênica dos eucariotos 43 Interação entre proteínas regulatórias e DNA 44 Metilação do promotor 46 Splicing alternativo 46 Regulação da estabilidade do mRNA 47 miRNA e siRNA 47 Regulação gênica nos procariotos 47 Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial 7 UNIDADE 01 Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial8 Você sabia que a área da Biologia Molecular abrange variados temas que envolvem estrutura, organização e função de diversas moléculas? Essas moléculas estão presentes em todos os seres vivos e é de extrema importância o conhecimento da funcionalidade de cada uma. O entendimento de processos que ocorrem desde o estudo do genoma dos organismos até a síntese de proteínas, entre os materiais genéticos, será essencial para o aprendizado. Para que tudo fique claro, primeiramente, será introduzida uma temática voltada para os primeiros estudos dessas moléculas, com importantes descobrimentos históricos. Até que sejam explicados os processos que envolvem a biologia molecular. Entendeu? Ao longo desta unidade letiva você vai mergulhar neste universo! INTRODUÇÃO Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial 9 Seja muito bem-vindo à Unidade 1. Nosso objetivo é auxiliar você no desenvolvimento das seguintes competências profissionais até o término desta etapa de estudos: 1. Compreender a estrutura da molécula elementar da heredita- riedade e a trajetória até a sua descoberta. 2. Entender a maquinaria celular de garantia do fluxo de informação genética. 3. Conhecer a respeito do código genético, suas características e a determinação da cadeia proteica. 4. Aprender sobre a expressão gênica de células eucariotas e procariotas. Então? Preparado para uma viagem rumo ao conhecimento? Ao trabalho! OBJETIVOS Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial10 Estrutura e propriedades do material genético INTRODUÇÃO: Durante o capítulo, você irá mergulhar na complexa trajetória caminhada por cientistas de toda área (geneticista, biólogos, matemáticos, bioquímicos, físicos...) até a descoberta do DNA e de sua estrutura helicoidal. Entenderá a morfologia do DNA, postulada por Watson e Crick, que os laurearam ao Nobel em 1962, e compreenderá a função de cada unidade dessa molécula afim de manter a estabilidade estrutural e funcional. A compreensão dessa etapa inicial é extremamente importante para o entendimento de seus processos fisiológicos que formam a base para a manutenção da complexidade de cada organismo e da hereditariedade. E então? Motivado para desenvolver essa competência? Então vamos lá. Avante! A descoberta do DNA A genética sempre foi discutida, mesmo quando desconheciam o que era genética, pois a humanidade se questionava como era possível um homem e uma mulher gerar um outro ser humano. Perguntavam-se qual era o fator responsável pela característica herdada dos pais pelo filho, como era a formação de um embrião, seria um pequeno humano dentro de um espermatozoide (homúnculo) ou um zigoto amorfo que ia se formando aos poucos até gerar um organismo complexo? Seria possível o filho de um homem sem braço nascer com um braço, ou ele nasceria sem o mesmo braço que o progenitor não tinha? Todas essas perguntas foram feitas, desde a época de Aristóteles e culminou nas leis da hereditariedade (hoje Leis de Mendel). SAIBA MAIS: O austríaco Gregor Johann Mendel, monge, biólogo e botânico postulou as leis da hereditariedade ao realizar cruzamentos entre ervilhas com diversas características (cor: amarelo e verde; aspecto: liso e rugoso...) e descobrir que o fator da hereditariedade, na verdade, era transmitido em unidades autorreplicáveis (posteriormente denominado de gene). Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial 11 Lei da Hereditariedade de Mendel Mendel era um jovem disciplinado, laborioso e respeitoso que entrara no mosteiro de Brno para estudar ciências da natureza. Naquela época, acreditava-se muito na misturade fluídos de dois seres, macho e fêmea, que acabaria levando na geração de um intermediário entre eles. Por exemplo, se o pai era alto e a mãe baixa, o filho teria uma altura média. Apesar de ser um raciocínio óbvio para a época, era ainda assim totalmente equivocado, já que, isso não explicava o caso de uma ovelha negra nascida de duas brancas. Um caso bem incomum, já que duas ovelhas brancas tendem a ter um descendente com pele branca. Entretanto, se esse descendente nascer com pele escura, significa dizer que dentro da linhagem dessas ovelhas, houve um cruzamento, no mínimo, entre uma ovelha branca com uma ovelha negra. Tal pensamento descarta completamente a teoria da mistura e é justamente nessa linha de raciocínio que os experimentos de Mendel com as ervilhas seguem. Os experimentos de Mendel se baseavam no cruzamento de ervilhas com características distintas, como coloração (amarelo ou verde), formato da semente (liso rugoso), forma da vagem (cheia ou enrugada) e comprimento da haste (longo ou curto), trazendo descendentes denominados de geração F1. Durante os cruzamentos, ele percebeu que algumas características eram dominantes e outras eram recessivas. O cruzamento das gerações F1 com F1 gerou na proporção de 75% dos descendentes dominantes e 25% recessivos. Após muitos cruzamentos, ele percebeu que essa proporção sempre era de 3:1. Cruzando os F2, notou que os descendentes (F3) eram progênies puras, ou seja, todos os descendentes F2 com traços recessivos, geraram descendentes totalmente recessivos, e os dominantes dividiram-se em dois: 1/3 era puro, somente características dominantes, já os 2/3 restantes tinham características mistas. A partir daí, Mendel constatou que cada ervilha continha 2 fatores para uma única característica (gene), sendo cada fator (alelo) herdado do pai e da mãe, podendo ser recessivos ou dominantes, denominando assim um genótipo, para a geração de um fenótipo. Por exemplo, uma ervilha rugosa (rr) é fecundada com uma lisa (RR), gerando uma ervilha filha (Rr) lisa. O genótipo dessa ervilha é heterozigoto para a característica (fenótipo) “formato da Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial12 semente” gerando uma ervilha lisa. Para que uma ervilha, desse mesmo cruzamento, seja rugosa, o genótipo dela deve ser homozigoto (rr) para o fenótipo rugoso, já que rugoso é uma característica recessiva. Com esses dados revolucionários em mãos, depois de milhões de cruzamentos, Mendel publicou dois artigos: “Ensaio com plantas híbridas” e “Hierácias obtidas pela fecundação artificial” e apresentou-os, em 1865, em dois encontros da Sociedade de História Natural de Brno. Apesar da genialidade, o trabalho de Mendel foi deixado de lado por décadas, sendo encontrado e difundido somente a partir de 1900 por um biólogo inglês, William Bateson, em Londres. Em 1902, Bateson nomeou o termo “genética” para designar o estudo da hereditariedade. Especulações sobre o gene e sua descoberta Após a difusão mundial das leis da hereditariedade de Mendel, o mundo científico entrou em uma corrida em busca da molécula da hereditariedade. Essa corrida atraiu cientistas de diversas áreas de atuação, como a matemática e a física, e atiçou o desejo de muitos outros, incluindo os que não estavam na área científica, em aplicar a tática de Mendel, porém em humanos. O conceito de Eugenia foi postulado por Francis Galton, em 1883, a partir da teoria da evolução das espécies de Darwin, para ideologizar uma raça superior e evoluída. Com a união das leis de Mendel e a teoria das espécies, muito se especulava sobre o cruzamento de genes “superiores”, como os que davam força física e inteligência, para a criação de uma raça humana superior e livre de doenças. A partir dessa concepção, alguns países começaram programas de esterilização gênicas para retirar os direitos de pessoas consideradas como “imbecis” de gerarem descendentes férteis, espalhando o “gene impuro”. Essa mesma lógica levou à criação do Nazismo, gerando em todos os seus males já muito bem discutidos. Entretanto, uma das grandes descobertas que futuramente iria impactar positivamente na descoberta do DNA foi a transformação bacteriana, ao descobrir que bactérias podem mudar sua forma ou ter funções diferentes quando incubadas com extratos de bactérias mortas. Essa descoberta, feita por Federick Griffith, demonstrou que aquela transformação bacteriana só foi um sucesso por cona da presença da molécula da hereditariedade, Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial 13 desconhecida e que muitos chamavam de inútil. O DNA já era conhecido, assim como os cromossomos e os ácidos nucleicos, entretanto, se pensava que o DNA servia somente para dar suporte aos nucleossomos, mas que as proteínas eram as verdadeiras moléculas responsáveis pela hereditariedade. Até que em 1944 um cientista chamado Oswald Avery publicou um artigo abordando que a molécula que gerava a transformação bacteriana era o DNA e não as proteínas, como se pensavam. A partir de então, os cientistas focaram suas atenções no Ácido Desoxirribonucleico (DNA) para entender sua estrutura. A partir de 1950, uma mulher chamada Rosalind Franklin começara a trabalhar com máquina de difração de raios X para identificar a estrutura do DNA. Apesar dos esforços, a primeiro impacto seus resultados não estavam dando muito progresso, devido a forma helicoidal, até então não conhecida, do DNA. Até que ela descobriu que o DNA possui conformações diferentes a depender da umidade. Utilizando essa lógica, ela conseguiu desenvolver um mecanismo engenhoso que elevava a umidade dentro da câmara onde o DNA estava, através de uma técnica que borbulhava hidrogênio em água salgada. Devido as propriedades químicas do DNA (debatidas melhor mais para frente), Rosalind conseguiu obter fibras de DNA em uma conformação excelente que lhe permitiu ótimas fotografias. Em uma corrida para identificar a estrutura do DNA, com isso, ela disparou na frente de um pesquisador da mesma instituição e que trabalhava com o mesmo princípio de difração de raios X, Maurice Wilkins. Em uma palestra, Wilkins mostrou um dos resultados da difração de raios X em DNA para o público. Apesar da imagem não ter obtido uma melhor qualidade, foi o suficiente para agradar o biólogo James D Watson e animá-lo a entrar nessa corrida à estrutura do DNA. Pouco tempo depois, conheceu seu parceiro de laboratório, Francis Crick, e então começaram pensar em uma metodologia para desvendar a estrutura do DNA. A partir da leitura do artigo de Linus Pauling sobre a conformação de hélice de uma proteína, Watson e Crick decidiram criar uma esquematização da molécula de DNA a partir da imagem de difração de raios X de Maurice Wilkins e Rosalind Franklin e uma montagem de palitos e bolinhas, tomando como consideração o “senso comum” – qual molécula gostaria de ficar próxima de quem. Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial14 Seus primeiros modelos foram duramente criticados por Rosalind, já que eles tinham proposto a tripla hélice e um modelo invertido da hoje conhecida cadeia helicoidal do DNA (os fosfatos da cadeia voltados para “dentro”). Rosalind foi brilhante com suas fotografias, entretanto, o maior dos seus problemas foi a dificuldade interpretativa da imagem gerada. Como ela não conseguia interpretar seus dados, então acabou perdendo a corrida para a estrutura molecular do DNA, finalizada, proposta por Watson e Crick. Um outro trabalho que foi de grande ajuda aos dois geneticistas, foi o de Erwin Chargaff, em 1950, o qual identificou que as bases nitrogenadas A e T estavam presentes em proporções idênticas na cadeia do DNA, assim como C e G. Sendo assim, esse trabalho deu a ideia a Watson de que as bases fiquem pareadas, umas de frente às outras, e a cadeia de açúcar que contémo fosfato ficasse na parte externa, funcionando como a espinha dorsal da molécula. Assim, a estrutura da molécula de DNA estava pronta e perfeita para ser difundida ao mundo inteiro. VOCÊ SABIA? Em 1953 eles finalizaram o trabalho e em 1962 ganharam o prêmio Nobel de fisiologia ou Medicina: James D. Watson, Francis Crick e Maurice Wilkins, apesar de os resultados virem, em sua grande importância, das imagens obtidas da difração de raios X e das duras críticas de Rosalind Franklin, que acabou não sendo laureada ao prêmio e muito menos a homenagem póstumas. Estrutura do DNA Apesar de descoberto a estrutura do DNA, as perguntas não cessaram, muito pelo contrário, muito se questionava sobre qual característica ela possui que a denomina molécula da hereditariedade? Qual característica da dupla hélice lhe permitia conter o código da vida? Como esse código era transcrito e traduzido para a forma e função de um microrganismo? Porque duas hélices e não uma, três ou quatro? Porque a conexão das bases nitrogenadas? Muitas pesquisas foram montadas com base nessas perguntas, a fim de desvendar os mistérios do DNA, afinal, apesar de descoberta a sua estrutura molecular, tudo aquilo era só o começo. Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial 15 No final de seu artigo, Watson acrescentou na última linha “Não nos escapou a possibilidade de que o pareamento específico que postulamos sugere de imediato um possível mecanismo de cópia para o material genético”. Apesar de tantas perguntas no ar, uma coisa tinha ficado claro, ao menos para ele: a simetria que uma cadeia tem com a outra pode servir de base para a geração de outra estrutura semelhante. Entretanto, não se sabia como e não se tinha a total certeza do porquê. A estrutura do DNA, quando explorada, consegue ser autoexplicativa para algumas situações, como por exemplo a técnica de Rosalind que levou em uma conformação mais estável da molécula, permitindo ótimos retratos. As cadeias nucleotídicas presentes no DNA O DNA é composto por cadeias nucleotídicas, que são divididos em (I) uma cadeia de açúcar pentâmera denominada de desoxirribose (2’-desoxirribose), a qual está conectada a (II) uma cadeia fosfato negativamente carregada, na posição do carbono 5’ e uma (III) base nitrogenada que pode ser uma purina ou pirimidina. Essa base é conectada à pentose através de uma ligação glicosídica, retirando o grupo hidroxila (OH-) do carbono 1’ da pentose um hidrogênio da base nitrogenada. O açúcar pentose se chama “desoxirribose” por conta da ausência de uma hidroxila na posição 2’ do açúcar. Quando a pentose está ligada somente à base nitrogenada, ela é chamada de nucleosídio, entretanto, para gerar um nucleotídeo, precisa ter uma ligação fosfoester entre o carbono 5’, liberando água do composto e adicionando o fosfato. Cada nucleotídeo é interligado entre si através de ligações fosfodiéster. Essas ligações são feitas através da interação entre um fosfato com dois nucleotídeos, uma ligação com a hidroxila do carbono 3’, vindo de baixo, e a outra com a hidroxila do carbono 5’, vindo de cima, formando uma longa cadeia de DNA que vai do sentido 5’-3’, de baixo para cima. Essa cadeia tem complementariedade com uma cadeia antiparalela, 3’-5’ (de cabeça para baixo) com orientação espacial para a direita (dextrogira). Devido à geometria espacial que os açúcares se projetam dos pares de base, acaba formando fendas mais abertas ou mais estreitas. A mais estreita tem uma angulação de 120º, enquanto que a fenda mais aberta tem uma angulação de 240°. Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial16 Pareamento de bases Como já dito anteriormente, os pares de bases existentes são classificados em purinas – Adenina (A) e Guanina (G) – e pirimidinas – Citosina (C) e Timina (T). As purinas se diferenciam das pirimidinas pelo número de anéis cíclicos. As purinas possuem 2 anéis cíclicos, já as pirimidinas possuem somente um. Apesar das bases se complementarem, em alguns momentos elas podem assumir conformações tautoméricas diferentes, ou seja, a posição do hidrogênio nas pirimidinas pode mudar, levando à base adotar uma forma diferente (imino) da sua forma preferencial (amino) que é capaz de realizar ligações de complementaridade de bases. A mesma coisa funciona para as purinas, onde há a modificação da conformação ceto para enol por conta de posição alterada do oxigênio. Essa mudança de conformação favorece eventos indesejáveis como erros durante a síntese do DNA. No entanto, são logo reparadas durante o processo da replicação do DNA, devido a função revisora da DNA polimerase. Quando as bases estão na conformação normal, elas seguem a regra de Ghargaff, onde a proporção de A é muito semelhante à de T e a de C à de G, devido a interação entre A e t e C e G. A ligação entre as bases é por ligação de hidrogênio, onde as ligações C-G possuem uma maior estabilidade térmica, devido à quantidade de ligações feitas (3) entre ambos ser maior do que a interação A-T. Conformações do DNA Durante os experimentos para a visualização do DNA, alongados em fibras finas para serem detectados por difração de raios X, revelou- se, inicialmente, a existência de 2 formas do DNA: A e B. A forma observada por Rosalind Franklin em seus experimentos, foi a do DNA B, que sob condições de umidade elevada, acabou adotando uma formação rigorosamente semelhante à estrutura do DNA sob condições fisiológicas. Isso por dois motivos: (I) a umidade criada levou ao posicionamento da água entre os aceptores e receptores de hidrogênio entre as ligações promovidas pelas bases nitrogenadas, formando uma cadeia altamente semelhante à cadeia de DNA presente no núcleo das células. Quando a molécula de DNA está em meio aquoso, as pontes Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial 17 de hidrogênio geradas entre os pares de bases e as moléculas de água (antes de gerar as pontes de hidrogênio entre os pares de base) formam uma variação de energia livre no sistema, dando assim a estabilidade da dupla hélice. (II) A outra possível explicação seria o fato de borbulhar a água salgada, possivelmente água + NaCl ou outro sal que tenha um cátion monovalente, fazer com que o sal presente interaja com o elétron livre do fosfato da cadeia de DNA, estabilizando-o eletricamente, permitindo uma maior interação com a cadeia complementar. A forma B apresenta 10 pares de base por volta e uma ampla fenda maior. Já a estrutura A é encontrada em meios de baixa umidade, com 11 pares de bases por volta e suas fendas estão alteradas em relação a B. A maioria do DNA dos seres vivos estão na conformação B, entretanto, a interação com algumas proteínas gera a conformação A. Além disso, a forma A é semelhante a uma estrutura formada por dupla cadeia de RNA pareada. Entretanto, apesar do formato B apresentar uma estrutura ideal, ela ainda pode diferir do DNA presente nas células. Primeiro, o DNA real é muito mais torcido do que da forma B, apresentando 10,5 pares de bases por volta. Segundo, a forma B é uma estrutura proporcional, enquanto que o DNA real não é perfeitamente regular, apresentando várias variações em sua estrutura em relação aos pares de base. A rotação do DNA real nunca é exatamente o mesmo para todos, já que o DNA pode apresentar uma disposição de hélice torcida, levando-a a girar no sentido anti-horário. Assim, as hélices de DNA nunca são duplas-hélices perfeitamente regulares. Sua conformação exata depende de qual par de bases está presente ao longo da cadeia. O DNA Z é quando o DNA está em uma conformação semelhante a um ziguezague, isso porque os pareamentos entre as bases estão de uma forma que leva à cadeia de DNA tomar uma orientação para esquerda (levogira). Em solução, os resíduos alternados de purina e pirimidina só atingem a conformação levogira quando há umapresença maciça de íons carga positiva (como os cátions monovalentes), que são capazes de cobrir o fosfato negativo da cadeia. Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial18 Desnaturação do DNA A característica da ligação entre os pares de base do DNA dá brechas a muitas técnicas em biologia molecular utilizarem o DNA para amplificação de um gene ou hibridização a partir de uma molécula de DNA ou RNA. Sob temperaturas elevadas (100°C) ou sob condições de pH elevado, as fitas complementares de DNA se desnaturam, ocorrendo a separação das fitas complementares em duas fitas desassociadas. Embora as fitas possam ser separadas, sob processos de resfriamento, as fitas conseguem voltar à conformação natural, como acontece com as proteínas. A desnaturação pode ocorrer também em ambientes com baixas taxas de sais monovalentes, já que sem que haja sais para estabilizar a carga negativa do fosfato, ambas as cadeias tendem a se dissociarem por repulsão eletroestática. Estrutura dos cromossomos e os telômeros O DNA, em células eucariotas, fica armazenado no núcleo celular, em forma altamente condensada e aglomerada, denominada de cromossomos. Nas células do organismo humano, por exemplo, pode ser encontrada dois tipos de células: haploides e diploides. As células diploides possuem duas cópias de um mesmo cromossomo. Em um ser humano, as células somáticas (do corpo) possuem 2 cópias de um mesmo cromossomo, totalizando 46 cromossomos, caracterizando as células diploides. As células que fazem parte da fecundação (gametas – óvulos ou espermatozoides), possuem somente uma cópia dos cromossomos, totalizando 23 cromossomos, caracterizando as células haploides. Esses cromossomos são estruturas que, em divisão, são completamente condensados e, em não período divisório, possuem partes bem condensadas e partes não condensadas, sendo chamadas agora de cromatina. As partes bem condensadas são chamadas de heterocromatina, já as não condensadas são chamadas de eucromatina. A condensação das cromatinas será mais explicada no capítulo de regulação gênica. O DNA está inserido nessa cromatina a partir de sua união com uma estrutura proteica formada por um octâmero, chamada de histonas. A união de DNA + histonas forma os nucleossomos ou nucleoproteína. Quando em divisão celular, os cromossomos podem Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial 19 ser visualizados e são divididos em: centrômeros, o centro de cada cromossomo, que divide em duas partes, as cromátides e os telômeros, porções de material genético que fica no topo de cada cromossomo. Os telômeros são regiões que contêm sequências de DNA “TTAGG” repetidas várias vezes na porção superior de cada cromossomo. Os telômeros atuam protegendo os genes internos do cromossomo ao desgaste a cada ciclo replicativo. Essa parte do entendimento dos telômeros e da telomerase ficarão para o próximo capítulo, depois que vocês compreenderem o processo replicativo do DNA. ACESSE: Quer se aprofundar neste tema? Recomendamos o acesso à seguinte fonte de consulta e aprofundamento: Artigo: “O ensino de Genética no nível médio: a importância da contextualização histórica dos experimentos de Mendel para o raciocínio sobre os mecanismos da hereditariedade” (BRANDAO & FERREIRA), acessível pelo link: https://bit.ly/31ZdeBI RESUMINDO: E então? Gostou do que lhe mostramos? Aprendeu mesmo tudinho? Agora, só para termos certeza de que você realmente entendeu o tema de estudo deste capítulo, vamos resumir tudo o que vimos. Você deve ter visto que Mendel descobriu e descreveu os fatores hereditários, primeiramente, em 1865. Conheceu sobre os estudos que foram realizados ao longo dos anos, que foram necessários para aprimorar os conhecimentos que temos hoje. Viu que a hereditariedade é controlada pelos cromossomos e que os genes possuem formas distintas, que são os alelos. Entendeu como aconteceram os processos e estudos que foram desenvolvidos para compreender a estrutura dos genes e mecanismo de controle das características celulares. Conheceu sobre a estrutura do DNA, a molécula que será frequentemente abordada nos próximos capítulos e próximas unidades, bem como as cadeias de nucleotídeos que estão presentes. Aprendeu sobre a estrutura dos cromossomos e telômeros. Viu também que normalmente os genes são muito estáveis. E todos os assuntos abordados até aqui serão cruciais para o entendimento dos próximos capítulos. https://bit.ly/31ZdeBI Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial20 Fluxo de informação genética INTRODUÇÃO: Ao término deste capítulo você será capaz de entender como funciona o processo de fluxo de informação genética. Isto será fundamental para entender sobre as etapas da replicação e principais moléculas envolvidas nesse processo. E então? Motivado para desenvolver esta competência? Então vamos lá. Avante! O material genético armazena informações necessárias para organizar e produzir os processos que ocorrem nos seres vivos. Os organismos possuem estruturas celulares e material genético composto por ácido desoxirribonucleico (DNA) ou ácido ribonucleico (RNA), sendo que essas moléculas são polímeros constituídos por quatro tipos de nucleotídeos, que irão se diferenciar com relação às bases nitrogenadas, no RNA, a base pirimídica uracila está presente no lugar da timina. O RNA é uma molécula composta por fita simples e seus nucleotídeos estão ligados covalentemente por ligações fosfodiester3’-5’. O DNA se diferencia do RNA pelo açúcar composto em sua estrutura, sendo o açúcar desoxirribose do DNA e ribose do RNA. Observou-se que o RNA não possuía as mesmas quantidades de bases adenina-uracila e guanina-citosina, e então, foi suposto que essa molécula não possuía dupla hélice. Todavia, o RNA presente em solução molda uma arquitetura tridimensional formada por regiões de dupla hélice onde há sequência de bases complementares, causada pelo seu dobramento em si mesma. Figura 1: Fórmula estrutural da ribose contendo uma hidroxila (OH) adicional, comparando-a com a fórmula da desoxirribose Fonte: http://bit.ly/2OSn43o Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial 21 As moléculas do RNA, diferentes das de DNA, são capazes de catalisar reações biológicas e são chamadas de ribozimas quando atuam como enzimas catalisadoras. As células eucariotas são mais complexas e maiores que as células procariotas e os seus genomas também são maiores e mais complexos. Toda a complexidade presente nos genomas e nas células eucariotas leva a diferenças radicais nas funções celulares. O dogma central da biologia molecular foi suposto em 1958, por Francis Crick, explicando como ocorre o fluxo de informações do código genético. O dogma resume os principais mecanismos de funcionamento dos genes na célula, definindo que a informação genética e os genes são perpetuados através da replicação do DNA, demonstrando esse processo. Figura 2: O dogma central da biologia Fonte: http://bit.ly/2OSn43o Algumas mudanças já foram feitas nesse dogma, devido aos estudos realizados que permitiram descobrir que algumas enzimas são capazes de utilizar o RNA para produzir DNA, como as transcriptases reversas, e descobriram classes de moléculas de RNA que não conseguem ser traduzidas. As células possuem diversos tipos de RNA, sendo que os tipos podem ser divididos em RNA funcionais e RNA que contém a informação genética necessária para a síntese proteica. Na tabela abaixo, veremos resumidamente os tipos de RNA e suas respectivas funções. Tabela 1: Principais tipos de RNA produzidos nas células. Tipo de RNA Função RNA mensageiro (mRNA). Codificam proteínas. RNA ribossomal (rRNA). Compõe a estrutura básica do ribossomo e catalisa a síntese proteica. RNA transportador (tRNA). Funciona como adaptador entre o mRNA e os aminoácidos. Aplicação da Biologia Molecular noDiagnóstico Laboratorial22 Pequenos RNAs nucleares (snRNA). Atuam em uma série de processos nucleares, como o splicing do pré-mRNA. Pequenos RNAs nucleolares (snoRNA). Utilizados para processar e modificar quimicamente os rRNAs. Pequenos RNAs de Cajal (scaRNAs). Utilizados para modificar snoRNAs e snRNAs. microRNAs (miRNAs). Regulam a expressão gênica pelo bloqueio da tradução de mRNAs selecionados. Pequenos RNAs de interferência (siRNAs). Desligam a expressão de genes pela degradação direta de mRNAs selecionados e pelo estabelecimento de estruturas de cromatina compacta. Outros RNAs não- codificantes. Atuam em processos celulares, como síntese de telômeros, inativação do cromossomo X, transporte de proteínas para o retículo endoplasmático. Replicação do DNA Quando a dupla hélice foi descoberta, Watson tinha percebido que a maior característica envolvendo a fita, a sua complementaridade com uma fita inversa, poderia significar uma capacidade de se auto replicar para gerar uma outra dupla hélice de DNA. Afinal, o dogma central proposto por Crick previa que a informação genética contida no DNA teria que ser expressada em forma de uma proteína e como a progênies de cada célula tinha a mesma capacidade de geração de uma proteína a partir do DNA, então essa molécula teria a necessidade de passar por um processo de replicação para, assim, repassar a informação adiante. A replicação do DNA ocorre quando a célula está entrando em processo de mitose ou meiose, mais necessariamente na fase G2 da interfase. Nessa etapa, o conteúdo de material genético se duplica, gerando cromossomos duplicados para que a nova célula possa receber sua quantidade ideal de cromossomos. O processo replicativo é denominado como um processo semicon- servativo. Entretanto, até que isso tenha sido descoberto, se pensava que a replicação poderia ser, além de semiconservativa, conservativa e Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial 23 dispersa. O processo ser semiconservativo, significa dizer que uma fita de DNA vai gerar em duas fitas de DNA sendo que, nelas duas, haverá a fita que foi molde para o processo replicativo. Sendo assim, é como se a molécula precursora de DNA se repartisse e agora cada fita está nas 2 novas dupla fitas. Para que a replicação ocorra, a DNA polimerase precisa ancorar em uma região específica chamada de origem da replicação. Essa região se caracteriza por sequencias nucleotídicas específicas metiladas e que tem a capacidade de se ligarem a proteínas específicas, que por sua vez, irá iniciar o processo replicativo do DNA. Nos eucariotos podem haver mais de uma origem da replicação durante o processo, sendo aberta mais de uma forquilha da replicação que podem se encontrar e formar uma única forquilha, podendo ela tomar um sentido bidirecional, sendo assim as DNA polimerases podendo atuar para ambas as direções. Mecanismo da DNA-polimerase Tanto em procariotos, quanto em eucariotos, o operador responsável pelo processo replicativo é a DNA-polimerase. As DNA- polimerases podem ter suas diferenças entre procariotos e eucariotos, mas suas funções são praticamente as mesmas: adição de nucleotídeos no sentido 5’-3’, remoção de nucleotídeos no sentido 3’-5’ ou 5’-3’ e função revisadora, apesar de essas polimerases nos eucariotos exercerem atividades adicionais. A DNA-polimerase utiliza um único sítio ativo para catalisar a adição de 4 desoxinucleosídeos trifosfatados A, T, C, G. A adição desses nucleotídeos na cadeia acontece por meio da geometria praticamente idêntica que os pares de bases têm A:T e C:G. EXPLICANDO MELHOR: Um A:C não seria permitido o encaixe pela DNA-polimerase, porque pares de bases incorretas em contato não teriam a conformação ideal tanto para reação fosfodiester entre o carbono 3’ de um nucleotídeo e o trifosfato do novo nucleotídeo. Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial24 Apesar disso, essa interação levaria em reduções drásticas nas taxas de adição de nucleotídeos devido ao alinhamento cataliticamente desses substratos. Além do mais, as DNA-polimerases possuem a capacidade de distinguirem os desoxiribonucleosídeos (dNTPs) dos ribonucleosídeos (rNTPs) através da presença do OH- no carbono 2’. Isso por conta de uma inibição estérica, já que a DNA-polimerase possui resíduos de aminoácidos que normalmente fazem contato com o anel de açúcar da dNTP através de interações de van der Waals. E com a presença do OH a mais, acaba “não tendo espaço” para que o rNTP se acomode. Entretanto, a troca nesses aminoácidos gera uma capacidade reduzida da polimerase em discriminar os dNTPs dos rNTPs. As DNA-polimerases são enzimas processivas, com a capacidade de adicionar uma enorme quantidade de nucleotídeos por segundo. Por exemplo, nos procariotos a principal polimerase responsável pela replicação é a DNA-polimerase III, por possuir uma alta capacidade processiva, adicionando 1.000 pares de base por segundo, significando que ao final da reação, ela terá adicionado mais de 500.000 pares de base. A taxa de incorporação de um nucleotídeo incorreto fica drasticamente reduzida (cerca de 10.000 vezes reduzida) em relação a um pareamento correto de bases. Apesar da DNA-polimerase III ser eficientemente processiva, outras DNA-polimerases não possuem uma velocidade tão imensa na incorporação do nucleotídeo, como a DNA-polimerase I das bactérias. Essa DNA-polimerase possui, além da capacidade de adição 5’-3’, a habilidade exonucleásica 3’-5’, que representa a função revisora e reparadora quando um nucleotídeo é adicionado de forma incorreta, e a função 5’-3’ exonucleásica, devido a sua participação na retirada de fragmentos de primers (iniciadores) tanto da fita líder, quanto da fita tardia. A DNA-polimerase II das bactérias possui capacidade de adição nucleotídica e função exonuclease 5’-3’. IMPORTANTE: As DNA-polimerases dos eucariotos não se diferem em suas funções, algumas, porém exercem função nos eucariotos que não exercem nos procariotos. Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial 25 A polimerase Y que participa da replicação do DNA mitocondrial e a polimerase a que realiza a síntese dos primers, fechamento dos espaços e a replicação do DNA (mais para frente essas características serão mais discutidas). Síntese do DNA Para que aconteça a replicação do material genético, é necessário que a dupla fita de DNA se separe, formando assim dois moldes de DNA para formar suas cadeias moldes complementares. A união de duas fitas moldes recém-separadas e da fita não replicada totalmente é denominada de forquilha da replicação. A abertura da forquilha de replicação só é possível com a atuação de uma enzima chamada helicase. A primeira barreira encontrada pela célula para a efetiva replicação é superar a natureza antiparalela do DNA que chega a ser incompatível com a ação da DNA-polimerase. A polimerase tem a capacidade de sintetizar uma nova fita simples de DNA no sentido 5’-3’ de forma contínua na fita principal, chamada de fita líder. Essa fita líder tem orientação 3’-5’. Entretanto, pela complementariedade antiparalela, existe também uma fita com orientação 5’-3’, a antiparalela, que dificulta a atuação da polimerase. Não tem como a polimerase exercer uma síntese simultânea no sentido 5’-3’ nas duas fitas, afinal, é impossível montar uma fita com sentido 5’-3’ com complementariedade a outra fita com o mesmo sentido. Portanto, para superar essa barreira, a DNA-polimerase é capaz de gerar fragmentos de DNA, denominados de fragmentos de Okazaki, na fita antiparalela, fita tardia. Figura 3: O sentido da replicação do DNA Fonte: http://bit.ly/2DjStX6 Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial26 Entretanto, a DNA-polimerase só pode começar a adicionar qualquer nucleotídeo caso tenha uma sequência nucleotídica já aderidaao molde. Isso por conta da sua função revisora, que só a permite adicionar novos nucleotídeos, caso o anterior esteja bem interligado. Devido a isso, entrará uma RNA-polimerase, a primase, especializada em adicionar um molde primário de RNA à cadeia de DNA, chamado primer. O primer sendo adicionado na fita molde permite que a DNA-polimerase adicione os nucleotídeos correspondentes. Entretanto, na fita líder, esse processo será contínuo, mas na tardia, ela será fragmentada: a primase será responsável por inserir vários fragmentos separados de primer ao longo da fita tardia, permitindo que a DNA-polimerase acrescente mini sequências de DNA por vez na fita tardia. Então, o movimento da DNA- polimerase será de ida, polimerizando em uma fita contínua que terá um único primer, e parando para polimerizar pequenos fragmentos, como se tivesse “retardando” o processo da polimerase, por isso a fita antiparalela ser chamada de fita tardia. VOCÊ SABIA? Existe um motivo para que não seja possível a formação de uma fita de DNA no sentido 3’-5’: Além da conformação interna da DNA-polimerase, a reação fosfodiester só ocorre no sentido 5’-3’ porque o grupo trifosfato do nucleotídeo fica anexado ao carbono 5’ do açúcar e será a energia contida dentro das ligações entre os fosfatos que vai levar na união do fosfato presente no carbono 5’ de um nucleotídeo com o carbono 3’ de outro nucleotídeo. Essa reação vai gerar a liberação de energia para a união dos dois nucleotídeos e uma molécula de pirofosfato contendo duas moléculas de fosfato. Portanto, por mais que, de alguma forma, tentem realizar suma síntese de sentido 5’-3’ em uma fita com o sentido 5’-3’, ao invés dessa síntese acompanhar a fita líder, ela se tornaria uma nova síntese, possivelmente mediada por uma outra DNA-polimerase, pois tomaria um sentido diferente da fita líder. Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial 27 Figura 4: Processo replicativo do DNA Fonte: pixabay As primases têm a capacidade de sintetizar uma fita de RNA a partir de um trímero de ssDNA (single strand DNA) – GTA. A atividade da primase é bastante aumentada quando ela se associa à helicase. Existem outras proteínas essenciais para a replicação do DNA: proteínas de ligação à fita simples de DNA têm a função de manter a dupla fita separada uma das outras; e DNA girase (topoisomerase II) tem a função de aliviar a tensão causada pela helicase, ao abrir o DNA levando em um aumento da tensão na dupla hélice fechada. Término da replicação Após o alongamento, a replicação precisa ser finalizada e, dependendo da célula, ela vai terminar de duas formas diferentes: para os procariotos, a replicação só finaliza quando a DNA-polimerase se encontra com sequências terminadoras TerB, TerD, TerA, entre outros. Essas sequências estão dispostas tanto para uma replicação em sentido horário, quanto para sentido anti-horário. Já em eucariotos, a replicação se estende por todo o DNA (de uma extremidade a outra), chegando até o telômero. Não há uma região terminadora, há o “final de linha” literalmente para a replicação. Para que a replicação seja encerrada, os primers precisam ser removidos de ambas as fitas do DNA molde. Para isso, entrará em ação uma enzima chamada RNase H e uma enzima com função exonuclease 5’-3’. A RNase H é uma enzima que cliva o RNA a partir da junção nucleotídica ribose-ribose, ou seja, ela irá clivar todo o trecho https://pixabay.com/pt/vectors/diagrama-dna-biologia-rotulado-41531/ Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial28 do RNA exceto o ultimo nucleotídeo ligado diretamente ao DNA. Por isso que entrará em ação a exonuclease 5’-3’, tipo a DNA-polimerase I bacteriana, que irá remover o ultimo nucleotídeo que restou do RNA. Na fita líder, esse processo acontecerá uma vez só, entretanto, na fita tardia, esse procedimento ocorrerá várias vezes por conta dos fragmentos de Okazaki. Entretanto, ao retirar os antigos trechos de primer, restam pequenos espaços entre cada pedaço de fita montada. Então, a DNA- polimerase irá criar os restantes de DNA que restam a partir das fitas fragmentadas, deixando somente uma “quebra” entre os nucleotídeos recém-criados com os fragmentos anteriores. Por isso, uma enzima chamada de DNA-ligase promoverá a ligação entre esses nucleotídeos “quebrados”, finalizando a replicação, gerando duas fitas em um processo semiconservativo. Telômero e a telomerase Então, chegou a hora de comentar sobre a ação das telomerases nos telômeros e como isso ajuda em evitar danos maiores e permanentes ao DNA dos eucariotos. A replicação do DNA dos eucariotos abrange o DNA inteiro, ou seja, ele acontece somente quando a célula entra em divisão celular. Porém, há uma outra barreira que a célula precisa superar: o DNA dos eucariotos possui extremidades e a replicação só acontece na presença de fragmentos de RNA (primers), mas quando esses primers são removidos do DNA, nas extremidades das fitas tardia e líder, há um espaço em branco, “uma parte faltando”. Essa “parte faltando” pode interferir no armazenamento da informação genética, porque cada vez que o DNA se replicar e quando os primers saíssem do DNA, não teria como repor esses conteúdos, já que seria uma reação de adição do sentido 3’-5’, levando ao encurtamento gradativo do cromossomo humano. A célula iria perdendo trechos de DNA e informação gênica, já que não teria como repor essa parte. Entretanto, a ação da telomerase repõe essa “parte em falta” do DNA. Os telômeros são sequências de DNA compostas de repetições em tandem de uma sequência rica em T e G. Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial 29 A telomerase é uma enzima que em sua estrutura contém proteína e RNA, sendo assim denominada uma ribonucleoproteína. Assim como toda DNA-polimerase, ela é capaz de alongar o DNA no sentido 5’-3’, entretanto, ela possui uma atividade diferenciada por não precisar de um molde de RNA como base para adicionar as bases nitrogenadas. O componente RNA pertencente a essa polimerase serve como modelo para acrescentar novas bases nitrogenadas na sequência a partir do carbono 3’ do telômero. Acrescentará nucleotídeos do sentido 5’-3’, alongará a sequência no sentido 3’ e formará uma fita de DNA muito mais alongada, porém fita simples. Essa DNA-polimerase da telomerase faz parte de uma classe de DNA-polimerases chamadas de transcriptase reversa, que usa um molde de RNA para produzir DNA. Em seguida, a telomerase desliga-se do DNA formado e religa-se para gerar uma DNA complementar ao DNA recém-formado, a partir de um primer. Tendo recuperado o fragmento em falta, o primer e a sequência estendida sairão do DNA. A transcrição do RNA em eucariotos As enzimas que catalisam a síntese de RNA são chamadas de polimerases, que utilizam como molde a fita de DNA, processo chamado de transcrição. Essas polimerases conseguem iniciar uma nova cadeia de RNA, a partir desse molde, sem precisar de um primer (iniciador), o que não ocorre com o DNA. Os seres eucariotos possuem 3 tipos de polimerases enquanto os seres procariotos possuem apenas 1, e o processo de transcrição é basicamente o mesmo nos dois tipos celulares. EXPLICANDO MELHOR: Ou seja, são sequência padrões para diferentes seres vivos com células eucarióticas que se repetem ao decorrer dos telômeros – por exemplo: 5’-TTAGGG-3’ que se repetem bastante. Portanto, depois de cada replicação, essa parte do telômero, na nova fita de DNA, fica em falta, necessitando a ação de uma DNA-polimerase diferenciada chamada telomerase. Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial30 Os tipos de polimerase de RNA presentes nos eucariotos trazem mais complexidade, sendo cada uma responsável pela transcrição de um conjunto de genes específicos. As polimerases I, II e III do RNA precisam do auxílio de várias proteínas adicionais,os fatores gerais de transcrição (GTFs), que devem estar ligadas anteriormente ao promotor para que haja um posicionamento correto da polimerase e inicie a transcrição. A RNA- polimerase 1 transcreve genes do rRNA, a RNA-polimerase II transcreve todos os genes que codificam proteínas, além de genes que codificam snoRNA, miRNA, siRNA e a maioria dos genes de snRNA, por fim, a RNA- polimerase III transcreve genes de tRNA, rRNA 5S, alguns snRNA e genes de outros pequenos RNAs. A transcrição inicia-se quando a polimerase se liga a uma sequência especial de DNA (promotor), que está localizada no início de um gene. No sítio de iniciação está presente a primeira base de DNA a ser transcrita em RNA, a partir daí a polimerase se locomove ao longo do molde, fazendo a síntese de RNA, até alcançar uma sequência de terminalização da transcrição. Uma unidade de transcrição é composta pela sequência de DNA transcrita em uma única molécula de RNA. VOCÊ SABIA? As células contêm grandes quantidades de polimerase do RNA e suas concentrações são reguladas individualmente de acordo com a taxa de crescimento da célula. IMPORTANTE: O processo de transcrição do RNA é altamente seletivo, apenas uma pequena quantidade de genes é copiada em RNA em um dado momento. Para cada gene, apenas uma das cadeias do DNA é utilizada como molde na transcrição, e essa cadeia pode variar entre os genes. A transcrição será sempre iniciada na extremidade 3’ da cadeia molde (5’ do RNA transcrito) e finalizada na ponta 5’ do DNA molde (3’ do RNA transcrito), isso servirá para qualquer gene. O início da transcrição pela RNA-polimerase II se dá a partir da atração dessa polimerase através Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial 31 dos GTFs, posicionando-a onde iniciará a transcrição, esse processo é chamado de pré-iniciação. Quando a sequência nucleotídica de promotores é alinhada, pode-se observar sequências conservadas. A TATA Box é uma dessas sequências alinhadas, rica por adenina e timina, e é reconhecido por uma proteína TBP (tata binding protein). O RNA-polimerase II possui uma cauda proteica (CTD – carboxi-terminal domain) que está localizada no local onde o RNA transcrito aparece. O término da fase e a transcrição para a fase de alongamento do transcrito estão relacionados com a fosforilação da cauda. A cauda CTD é muito importante em outras fases da síntese e amadurecimento do mRNA. Figura 5: Ilustração de transcrição de RNA Fonte: http://bit.ly/2QTFp2D A transcrição do RNA em procariotos As etapas da transcrição do RNA em procariotos se diferem das etapas que ocorrem em eucariotos. Primeiro ocorre o reconhecimento do molde do DNA, onde as moléculas livres de polimerases do RNA se chocam ao acaso com o DNA e podem se ligar fracamente. A transcrição inicia-se quando o primeiro nucleotídeo trifosfatado, com a ação da polimerase, posiciona-se sobre a cadeia molde do DNA. Essa Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial32 fase termina quando a polimerase estende a síntese e segue para a fase de alongamento. A fase de alongamento ocorre quando os fatores de alongamento são associados à polimerase, se movem ao longo do DNA, alongando a molécula de RNA. Quando ocorre essa locomoção pelo DNA, a polimerase desenrola a hélice, deixando um novo segmento exposto. A fase do término está relacionada com o reconhecimento de uma sequência sinalizadora, que indica quando a transcrição deve parar. IMPORTANTE: Enquanto nos seres eucariotos os promotores possuem quantidades variadas e podem ocorrer em diferentes tipos de sequências consenso, em bactérias os promotores possuem as mesmas sequências consenso (localizadas nas posições -10 e -35). Além disso, a iniciação procariótica não possui necessidade de ligação ao DNA de várias proteínas, antes da ligação da polimerase. RNA mensageiro São os RNAs que contêm informação para a síntese proteica, nos eucariontes a síntese e a maturação desses RNAs mensageiros ocorrem apenas no núcleo, já nos procariontes o mRNA é transcrito e traduzido em um único compartimento celular. Figura 6: Diferenças entre a estrutura do mRNA em seres eucariotos e procariotos Fonte: http://bit.ly/2OSn43o Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial 33 Essa diferença entre os seres mostra que o mRNA em eucariontes é monocistrônico, ou seja, codifica para apenas uma cadeia polipeptídica (na maioria das vezes), enquanto em procariontes é policistrônico, codificando para várias proteínas, frequentemente. Os transcritos primários, moléculas mensageiras recém-sintetizadas pela polimerase II, foram originalmente denominados de RNA heterogêneo nuclear (hnRNA), pois possuíam uma grande variação em tamanho. Essa variação ocorre devido a presença de grandes sequências de nucleotídeos (íntrons) que se intercalam na sequência codificadora que será expressa, gerando blocos (éxons). O íntrons são retirados do transcrito através de splicing (recomposição). IMPORTANTE: Reações como a adição de uma extremidade 5’CAP e da cauda de poli-A são necessárias para o funcionamento do mRNA maduro. O processamento descreve as modificações co-transicionais (que ocorrem simultaneamente à transcrição do mRNA) aos quais os transcritos primários são submetidos, como adição de 5’CAP, cauda de poli-A e o splicing. Para produzir mRNA todo o segmento do gene é transcrito em uma longa molécula de RNA (pré-mRNA). Todas as sequências de íntrons são retiradas e os éxons são unidos entre si, antes que o RNA deixe o núcleo, deixando a molécula do RNA mais curta, com uma sequência codificadora sem interrupções. Os íntrons são removidos através de enzimas, as partículas responsáveis pelo splicing são chamadas de snRNPs e existem 5 tipos delas, cada uma carregando uma molécula de snRNA. Por fim, a molécula de mRNA maduro e funcional poderá deixar o núcleo e ser traduzida em proteínas. O splicing alternativo é o processo onde diversas proteínas podem ser sintetizadas a partir do mesmo gene, gerando isoformas proteicas. Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial34 Figura 7: Transcrição e processamento de mRNA em eucariotos Fonte: http://bit.ly/2OKGZ3X VOCÊ SABIA? Apesar de se esperar, há algumas décadas, que deveríamos ter cerca de 100.000 genes codificados de proteínas, estima-se que há apenas cerca de 21.000 genes que codificam. Isso ocorre porque um mesmo mRNA primário pode sofrer splicing de diversas formas. Tradução proteica As proteínas são consideradas as moléculas funcionais do nosso organismo. Toda a informação genética contida no genoma humano, necessária para a formação de cada parte do corpo, tem que ser repassada para uma molécula capaz de exercer essas funções, as proteínas. O processo de fabricação das proteínas se resume na tradução da informação genética em uma ação, gerando uma molécula funcionante a partir de um grande livro de receitas moleculares, o DNA. Portanto, existe um processo gramatical onde a célula utiliza o alfabeto dela não extenso (A, C, G, T) para formar um enorme dicionário com palavras diferentes inclusas em uma finita combinação de letras para formar um significado. Fazendo parte desse mecanismo de tradução proteica há moléculas anteriormente já ditas: tRNA, rRNA e mRNA, uma organela que funciona mais como uma máquina produtora de proteínas, o ribossomo, e outras proteínas auxiliadoras do processo, como as chaperonas, fatores de iniciação, elongação e terminação. A seguir, explicaremos detalhadamente as etapas da tradução. Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial 35 Estrutura do ribossomo Os ribossomos são organelas que podem ou não estar anexadas em outra organela, o retículo endoplasmático. O ribossomo possui duas subunidades que podem variar de tamanho entre os eucariotos e procariotos. Nos procariotos a sua subunidade menor é a 30S ea maior 50S, já nos eucariotos, a subunidade menor é a 40S e a maior 50S. Essa organela se associa ao RNA ribossômico (rRNA) e a função dessa associação será mais detalhada pra frente. Os ribossomos possuem três sítios internos: sítio A, sítio de entrada do tRNA; sítio P, sítio de síntese proteica; e sítio E, sítio de saída do tRNA. Os ribossomos não ficam em sua forma ativa o tempo inteiro, por conta dos fatores de iniciação, que impedem que se juntem precocemente. Após a tradução, essas duas subunidades se separam. RNA transportador (tRNA) O tRNA tem a finalidade de transportar os aminoácidos até o sítio P dos ribossomos, para que haja a formação de uma cadeia proteica. Esse RNA possui uma conformação totalmente diferente. Eles possuem um formato de cruz, onde sua parte superior é dedicada à ligação do tRNA ao aminoácido alvo e a parte inferior é dedicada à sua ligação ao mRNA nos ribossomos. Figura 8: Estrutura do RNA transportador Fonte: http://bit.ly/35xqDCs Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial36 A ligação do tRNA ao aminoácido é mediada por uma enzima chamada t-RNA aminoacil transferase, sendo cada uma dessa enzima específica para cada um dos 20 aminoácidos existentes. Sendo assim, a tryptophanyl t-RNA sintetase, por exemplo, é específica à ligação de um triptofano ao seu correspondente cognato tRNA e assim por diante. Como veremos mais pra frente, um aminoácido pode se ligar a mais de um tRNA, mas um tRNA só pode se ligar a um aminoácido. Essas enzimas possuem dois sítios, o do aminoácido e o do tRNA. Assim como a DNA-polimerase, a adição de um tRNA não cognato na enzima vai levar na diminuição do processo de adição do aminoácido ao tRNA, entretanto, a dissociação desse tRNA incorreto será muito mais rápida, o suficiente para o tRNA dissociar da enzima antes de se associar ao aminoácido. Porém, caso seja o tRNA correto, a associação será rápida, mas a dissociação lenta. Na parte inferior do tRNA há o anticódon, essencial para a ligação ao códon do mRNA. Cada mRNA vai ser lido a partir de uma trinca de bases denominadas de códon. E ela só pode ser lida dessa forma, já que a trinca de base é equivalente à quantidade de aminoácidos existentes, 20, que podem ser inseridos na cadeia polipeptídica. Isso faz parte da característica do código genético, que será ainda mais discutida. Portanto, toda trinca de base do mRNA, códon, possui seu complementar, o anticódon. E será esse anticódon que irá se ligar ao mRNA no sítio A dos ribossomos, sendo os códons específicos a um único aminoácido. Os braços laterais do tRNA servirão para entrar em contato com o RNA ribossomal (rRNA), permitindo assim, sua entrada no ribossomo. Iniciação da tradução A tradução começa com a formação do mRNA e sua interação com o ribossomo. Essa interação vai diferir a depender do tipo celular. Nos procariotos, há uma sequência denominada de sequência de Shine- Delgarno. São sequências que estão localizadas no mRNA antes do códon de iniciação, que geralmente é AUG. Essas sequências serão reconhecidas pelo rRNA 16S, essa interação vai permitir que o ribossomo consiga mover o mRNA para que ele fique no sítio exato ribossômico, que é o sítio P. Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial 37 Apesar de o sítio A ser o de entrada, o primeiro aminoácido da cadeia é acrescentado na região P do ribossomo, e então, a partir daí os outros tRNA entram pelo sítio A. Antes que o mRNA interaja com a subunidade do ribossomo, essas subunidades estão ligadas a fatores de iniciação (IF), que impedem a união precoce das subunidades ribossomais. Nos eucariotos não há a sequência de Shine-Delgarno, entretanto, o mRNA antes de sair do núcleo passa por modificações pós transcricionais, já mencionadas, como a adição da Cap5’ e PoliA nas extremidades do mRNA. Essas duas adições fazem o papel da sequência de Shine-Delgarno, ao elas interagirem com os fatores de iniciação presentes no ribossomo, que por sua vez irá interagir com a unidade 40S do ribossomo, posicionando o mRNA na região correta para a leitura durante a fase de elongação. Elongação proteica A fase de elongação é idêntica tanto para procariotos quanto para eucariotos. Vai envolver fatores proteicos chamados de fatores de elongação (TU), que levar o tRNA ao ribossomo e dar energia para que a cadeia polipeptídica em crescimento desconecte do tRNA no sítio P e vá para o tRNA no sítio A. Esse fator estará acompanhando o tRNA até o sítio de entrada do ribossomo. Chegando no ribossomo, a molécula de GTP, que acompanha o TU, vai fornecer energia para que o peptídeo pré-formado no sítio P vá para o tRNA que acabara de chegar no sítio A e que está migrando para o sítio P em um processo denominado de transpeptização. Tendo o anticódon do tRNA interagido com o códon do mRNA e a cadeia pré-peptídica migrado ao recém-chegado tRNA, então o antigo tRNA sairá pelo sítio E e o anterior irá para o sítio P. Esse processo ocorre de forma progressiva até que a tradução termine. IMPORTANTE: Há uma diferença na tradução nos eucariotos para os procariotos: a tradução nos procariotos ocorre de forma simultânea e rápida quando comparada aos eucariotos, ou seja, nas bactérias enquanto o mRNA é formado no citosol, os ribossomos já vão sintetizando a cadeia proteica, ao contrário dos eucariotos, que é um processo mais lento. Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial38 Terminação da tradução O processo de elongação vai acontecendo até encontrar um códon específico, que na verdade podem ser 3 códons, para o término da tradução: UAG, UAA e UGA. Ao chegar nesse códon, nenhum aminoácido será introduzido e mais nenhum tRNA participará do processo, dando a vez ao fator de terminação interagir com um desses 3 códons, para quebrar a ligação da proteína com o tRNA no sítio P e desfazer o ribossomo, terminando a tradução. Em alguns casos, o mRNA pode ser degradado por RNases presentes no citosol. As proteínas formadas sofrerão processos pós- traducionais envolvendo as chaperonas, capazes de pegar a cadeia linear proteica e enovela-las, dando-as a conformação ativa e outros processos como formações de pontes de sulfetos entre as subunidades, glicosilação, fosforilação, acetilação/metilação e adição de âncoras lipídicas também podem ocorrer, a depender da função da proteína recém-formada. SAIBA MAIS: Quer se aprofundar neste tema? Recomendamos o acesso à seguinte fonte de consulta e aprofundamento: Artigo: “A genética em transformação: crise e revisão do conceito de gene” (JOAQUIM & EL-HANI), acessível pelo link https://bit. ly/2KPxnEv RESUMINDO: E então? Gostou do que lhe mostramos? Aprendeu mesmo tudinho? Agora, só para termos certeza de que você realmente entendeu o tema de estudo deste capítulo, vamos resumir tudo o que vimos. Você deve ter aprendido que, de acordo com o dogma central, o fluxo da informação gênica vai do DNA para o RNA e para a proteína. Aprendeu que o material genético pode ser constituído por DNA ou RNA, sendo que essas moléculas se diferem quanto ao açúcar presente em suas cadeias. A transmissão da informação genética envolve várias etapas, como transcrição, replicação e tradução. Em cada etapa dessa ocorrem processos biológicos que envolvem genes que possuem funções distintas, tais funções foram descritas nesse capítulo amplamente. https://bit.ly/2KPxnEv https://bit.ly/2KPxnEv Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial 39 Código genético, suas características e a determinação da cadeia proteica RESUMINDO: Também foi possível entender as principais diferenças entre os processos que ocorrem nos seres eucariotos e nos procariotos, além de conhecer a respeito dos tipos de RNAs que estão envolvidos durante todas as etapas (RNA mensageiro, RNA transportador, RNA ribossômico, entre outros). Conseguiu compreender a importância doconhecimento do código genético, que permite predizer as sequências que codificam as proteínas a partir da sequência molde de DNA. INTRODUÇÃO: O objetivo deste capítulo é apresentar a importância do código genético para a formação das moléculas ativas de todas as células vivas e dos vírus. No final desse capítulo, entenderá as leis do dogma central que dá significado a cada sequência nucleotídica de DNA que é repassada para o RNA e por final traduzida em proteína. Características do código genético Como introduzido anteriormente, o mRNA possui sequências que serão lidas em formas de trincas de base, chamadas de códons, pelo ribossomo. O segredo para a tradução proteica são as trincas de base, já que elas são correspondentes a 1 aminoácido. Mas por quê trincas de base? São 20 aminoácidos que serão utilizados pelas células para a produção das proteínas necessárias, portanto, caso fossem duplas de base, seriam 2 combinações de 4 pares de base (42) que daria 16 aminoácidos. 16 é um número insuficiente para abranger os 20 aminoácidos possivelmente utilizáveis. Portanto, quando pensa em 3 aminoácidos (43), o resultado vai gerar em 64 combinações de aminoácidos, podendo ser repetidos. 64 abrange os 20 aminoácidos e os 3 códons de parada, sendo o suficiente. Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial40 Figura 9: Código genético universal Fonte: http://bit.ly/35GiJqr O código genético é degenerado Cada aminoácido é capaz de se ligar na enzima t-RNA aminotransferase a tRNAs diferentes, entretanto, um tRNA só pode se ligar a um aminoácido. Levando isso à linguagem do código genético, dois códons diferentes podem gerar um mesmo aminoácido, por exemplo, a fenilalanina que pode ser traduzida tanto pelo UUU quanto pelo UUC. Essa característica degenerativa ajuda na manutenção da função fisiológica das proteínas celular, mesmo com a presença de um polimorfismo em um nucleotídeo. Base oscilante A base oscilante é quando um anticódon pode ser reconhecido por mais de um códon diferente, quando há uma alteração do último nucleotídeo da trinca. Por exemplo, quando o anticódon é C ele só vai reconhecer o G e quando for A só reconhecerá o U. Quando o anticódon for U, ele pode reconhecer 2 códons diferentes: o A e o G. Quando o anticódon for o G, reconhece o C e o U. Quando o anticódon for I, ele pode reconhecer o A, U ou C. Essa é uma característica que ajuda a evitar que pequenas alterações no anticódon possam comprometer a tradução proteica. A interação entre o 3 anticódon com o 3 códon sempre é fraca, por isso que existe a oscilação das bases. Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial 41 Janela de leitura e a continuidade do códon Uma das características do código genético é que ele é contínuo, ou seja, sempre será lido de trinca em trinca. Entretanto, o que vai depender se a leitura ocorrerá de forma certa é a janela de leitura (ou open Reading frame – ORF) do mRNA. Imagine uma sequência 5’-AUG CAC UUU ACU AAC CGU UAU UCC-3’ que é lida a partir do AUG, codificando o aminoácido metionina. Essa janela de leitura vai gerar em uma proteína X que é fisiológica para a célula. Entretanto, por alguma razão, o código de leitura pode ser alterado, sendo começado a ler a partir do UG, excluindo o A, ficando assim 5’- A/ UGC ACU UUA CUA ACC /GU – 3’. Sendo assim, traduzindo em uma proteína totalmente diferente do que era pra ter sido. Portanto, a mudança da janela de leitura leva a maior variabilidade proteica que uma mesma sequência de mRNA pode gerar. Outra situação é a presença de inserções e deleções. As inserções são os acréscimos de bases na sequência de mRNA a partir do DNA. Isso pode acontecer a depender do tipo de reparo de DNA (reparo por não homologia) ou pelas transposições de DNA que normalmente acontece no genoma dos humanos, por exemplo. Então uma sequência de mRNA pode receber inserções aleatórias de bases, criando um códon de parada precoce, interrompendo a produção da proteína na metade. Deleções seguem a mesma lógica, mas a diferença é que deleções sofrem a perda de bases nitrogenadas. O código genético é universal Uma característica muito importante do código genético é que ele é universal, ou seja, o mesmo AUG que gera uma metionina em células humanas, gera em células da maioria dos seres vivos, salve algumas exceções. Significa dizer que um gene de organismo humano, como a insulina, pode ser produzido em outros seres vivos como bactérias. SAIBA MAIS: Quer se aprofundar neste tema? Recomendamos o acesso à seguinte fonte de consulta e aprofundamento: Tese: “Estrutura e evolução do código genético” (Sávio Torres de Farias), acessível pelo link https://bit.ly/2ZmRUEe https://bit.ly/2ZmRUEe Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial42 RESUMINDO: E então? Gostou do que lhe mostramos? Aprendeu mesmo tudinho? Agora, só para termos certeza de que você realmente entendeu o tema de estudo deste capítulo, vamos resumir tudo o que vimos. Você deve ter aprendido que existe um código genético que é composto pelas combinações que podem ser feitas com as trincas de base (códons), essas combinações feitas entre os aminoácidos podem gerar diversas proteínas. Entendeu que o código genético é degenerado, pois dois códons diferentes podem gerar um mesmo aminoácido. Além disso, entendeu que a base oscila quando um anticódon pode ser reconhecido por mais de um códon diferente, quando há uma alteração do último nucleotídeo da trinca. E que existe uma janela de leitura do código, que vai garantir que a leitura seja feita de maneira correta. Descobriu que podem haver acréscimos e perdas de base na sequência do mRNA a partir do DNA. Por fim, compreendeu que o código genético é universal, ou seja, um mesmo códon que gera um aminoácido em seres humanos pode gerar esse mesmo aminoácido em outros seres vivos. Expressão gênica de células eucariotas e procariotas INTRODUÇÃO: Ao final deste capítulo, você entenderá os mecanismos de regulação dos eucariotos e procariotos, compreendendo como cada organismo possui sua complexidade, assim como cada célula de um ser vivo pode possuir funções diferentes, mesmo possuindo o mesmo genoma. Entender a regulação gênica irá requerer conceitos já abordados neste capítulo, como a estrutura do DNA, replicação, transcrição, elementos essenciais para a transcrição, processamento do RNA, tradução proteica e estrutura de um cromossomo. Então vamos lá finalizar essa unidade com chave de ouro! Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial 43 Regulação gênica dos eucariotos Compreender os mecanismos de fluxo da informação genética não era o suficiente para acalmar os ânimos dos curiosos, afinal, já que todas as células do organismo possuem o mesmo DNA, como a célula da pele não é capaz de produzir conexões sinápticas como os neurônios do SNC? O que explicaria a hemoglobina estar presente somente nas hemácias e não em outras células do organismo? Como uma célula fecundada pode gerar um organismo contendo células tão especializadas? O macaco possui 98,5% de similaridade genética com o ser humano, o que explica o fato de ambos seres vivos serem tão diferentes fenotipicamente? A ideia de que no DNA de todo ser vivo há “interruptores” capazes de “ligar” ou “desligar” expressões proteicas foi aceita, quando descobriram que bactérias em meio de cultivo que degradavam somente a glicose, quando inseridas em um meio de cultivo contendo glicose e lactose, passava a degradar a lactose. É como se fosse possível conectar um método alternativo de digestão alimentar, o qual era desligado quando estava na presença da glicose. E foi assim que, mais uma vez, a genética foi sendo ampliada através do mundo microbiológico bacteriano. Não bastava somente entender que uma molécula de DNA servia de molde, através de uma de suas cadeias polinucleotídicas, para a geraçãode uma fita complementar de DNA ou de RNA e que esse RNA servia de molde para a produção de proteínas no ribossomo, gerando assim um repasse da informação até o elemento efetor. Agora havia sido descoberto que moléculas ativadoras ou repressoras existiam e tinha a finalidade de se ligar a uma região regulatória, ficando próximo de um promotor ou não, iniciando ou inibindo a transcrição celular. Hoje sabemos que um ativador ou repressor é capaz de realizar modificações em níveis cromossômicos, ativando ou reprimindo a transcrição de um gene através de interações complexas e específicas. Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial44 Interação entre proteínas regulatórias e DNA Nos eucariotos, várias proteínas, exclusivamente, se ligam ao DNA como heterodímeros, apesar de muitas interações que ocorrem nos eucariotos serem iguais às que ocorrem nos procariotos. Esses heterodímeros ampliam a possibilidade de especificidade de ligação ao DNA, já que cada monômero tem uma especificidade diferente de ligação ao DNA, tornando o sítio reconhecido por heterodímeros serem diferentes de homodímeros (procariotos). Esses dímeros representam domínios de ligação da proteína regulatória ao DNA. Esses domínios de ligação ao DNA são variados, sendo um deles o zinc finger (dedo de zinco), muito utilizado para técnicas de edição gênica, no reconhecimento de cadeias de DNA a partir da ligação a três pares de base daquela cadeia. VOCÊ SABIA? O zinco auxilia na ligação ao DNA a partir de sua interação com resíduos de cisteína e histidina, dando integridade na interação da proteína regulatória com o DNA. A α-hélice dessa proteína interage com a fenda maior do DNA, sendo assim, abrangendo uma maior porção de bases nucleotídicas reconhecidas. Outro domínio é o motivo zíper de leucina. Esse domínio possui duas longas α-hélices formando uma pinça, onde cada alfa hélice irá interagir com a fenda maior do DNA, uma em cada borda formada pela cadeia nucleotídica. As leucinas mantêm as duas porções proteicas, que formam uma estrutura helicoidal, através de interações hidrofóbicas. Essas interações e mais outras (proteína homeodomínio, hélice-alça-hélice e proteínas HMG) possuem a função de gerar interações importantes no DNA, afim de gerar expressão aumentada ou anulada de proteínas. Entretanto, a função regulatória não fica somente a critério de proteínas, o nível de condensação que o DNA está em um cromossomo também interfere na regulação gênica. Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial 45 Compactação do genoma eucarioto Como já dito anteriormente, o genoma da célula humana está contido de uma forma densa e enovelada em histonas, formando assim os nucleossomos. Cada histona é formada por 8 subunidades proteicas e, em sua maioria, resíduos de lisinas. Esse aminoácido é responsável pela ligação ao DNA através do fosfato presente na dupla hélice. A lisina é carregada positivamente, enquanto que o fosfato é negativamente, gerando assim interação e enovelamento da fita de DNA nas histonas, portanto, escondendo regiões promotoras como TATAbox, impedindo o acesso da RNA polimerase e os fatores de transcrição associados. Portanto, imagina que quanto maior a concentração de resíduos de lisina no nucleossomo, menor a expressão de um determinado gene, sendo assim, as regiões de heterocromatina são as mais “fechadas” para o processo da transcrição. Entretanto, existem formas de acessar regiões inacessível pela RNA polimerase e uma dela é a acetilação das histonas. A acetilação é mediada por uma enzima chamada histona acetil transferase (HAT), a qual vai acrescentar um grupo acetil na porção positiva no aminoácido Lisina, levando a perda do enovelamento que o DNA tinha com a histona, deixando uma área livre para a RNA polimerase, permitindo a transcrição. Em uma célula eucariótica em contato com a galactose, o fator de transcrição Gal4 liga-se à sequência ativadora UAS, ativando a transcrição do gene Gal1. Entretanto, na presença da glicose, o fator de transcrição Mig1 liga-se ao sítio Mig1 e recruta o fator Tup1. Esse fator recruta uma histona desacetilase, condensando a cromatina e inibindo a transcrição. Regiões controladoras do locus (LCR) LCR são sequências de DNA essenciais para o estabelecimento da configuração “aberta” da cromatina. São capazes de inibir a transcrição normal de áreas de um gene a partir da ativação de um outro locus. Normalmente age em diferentes fases diferentes de um organismo. Por exemplo, durante a vida de todo ser humano, o gene da β-globina vai alternando a expressão das cadeias globínicas até chegar na cadeia α2β2. O LCR, na fase gestacional, se liga diretamente à porção ζ do gene da β-globina formando a ζ2ε2. Após o nascimento, a LCR se liga à porção ϒ do gene, automaticamente inibindo a transcrição de outras cadeias, Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial46 formando a α2ϒ2 (hemoglobina fetal). Na fase adulta a cadeia α2β2 está presente porque a LCR, após o período pós parto, se ligou à região β do gene, inibindo a transcrição de outas cadeias e estimulando a cadeia β. Metilação do promotor Em algumas regiões transcricionais, há regiões com a presença de radicais metil acopladas às citosinas. A metilação desses promotores impede a interação de fatores de transcrição ou da RNA polimerase, impedindo assim a transcrição. Normalmente, essas regiões são ricas em sequências C e G a jusante do sítio de transcrição, sendo chamada de ilhas CpG. Para que haja a transcrição de determinado gene, precisa haver a demetilação dessa região, permitindo assim a interação da RNA polimerase com seu promotor. Em células sanguíneas vermelhas de humanos, o DNA envolvido com a produção de hemoglobina está quase ou completamente não- metilado. Splicing alternativo O splicing alternativo é um procedimento já comentado anterior- mente, entretanto, vale ressaltar sua importância para a regulação da expressão de genes, já que ele é o responsável pela produção alternativa de mRNAs capazes de gerar proteínas diferentes. O vírus linfotrófico da células T (HTLV) expressa um pré-RNA que não sofreu o processo de splicing. Três caminhos podem ser tomados a partir desse pré-RNA: (I) ele pode sofrer um único splicing, formando um mRNA capaz de gerar a proteína de envelope (env); (II) a segunda via é um duplo splicing no RNA, produzindo um mRNA capaz de gerar duas proteínas transativadora da região X, tax e rex; (III) a última opção é não sofrer splicing, sendo esse RNA capaz de decodificar proteínas e enzimas das regiões gag, pro e pol. Assim como o HTLV, promovido pela proteína rex, no genoma do eucarioto também há, em diferentes tecidos, o splicing alternativo de um RNA, gerando mRNAs diferentes para um mesmo gene. Aplicação da Biologia Molecular no Diagnóstico Laboratorial 47 Regulação da estabilidade do mRNA No final da produção do mRNA, ele é processado no interior do núcleo com a adição da Cap 5’ e da cauda poliA. Entretanto, quando aquele mRNA não é desejável, um dos processos é a regulação a partir de 3 etapas: desadenilação, remoção do Cap 5” e degradação exonucleotídica. miRNA e siRNA Uma das outras formas de regulação direta em mRNA é via miRNA (micro RNA) ou siRNA (small interference RNA). Ambos RNAs fazem parte de um grupo de moléculas nucleotídicas capazes de promover regulações pós-transcricionais, interferindo na tradução proteica ou são capazes de degradar o mRNA. Ambas são moléculas de dupla fita de RNA, entretanto, a diferença entre ela é que uma é dupla fita perfeita (siRNA), já a outra vem de uma dupla fita irregular (smRNA), com trechos não pareados. Regulação gênica nos procariotos Ao contrário dos eucariotos, os procariotos possuem uma estrutura e funcionalidade muito mais simples envolvidos tanto na transcrição quanto na regulação da expressão gênica.
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