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1 Introdução Quando falamos de estrutura de DNA, estamos falando da molécula que representa a vida, ou seja, temos que entender como ela é estruturada e como o processo de duplicação dela é importante para a hereditariedade. A lógica molecular da vida é formada por um conjunto de leis físicas e químicas que elucidam o genoma humano, que deve ser organizado, por isso o código genético, essa organização corrobora com a hereditariedade e manutenção das características genéticas. Com a descoberta do genoma em 2001, muitos pesquisadores acharam que o destino da resolução de muitas doenças estavam traçados, porém, não é bem assim pois as doenças podem ter várias mutações em diferentes genes, mudar esses genes pode influir em outras vias gênicas que podem gerar outras doenças, você mexer com o gene da pessoa abre portas para a seleção gênica da espécie humana via não evolutiva, o que é muito perigoso, pois isso pode ser usado de forma inadequada. Princípios da lógica molecular 1. Organismos vivos com as mesmas espécies de moléculas fundamentais vem de um ancestral em comum. 2. Identidade de cada espécie tem como base em um conjunto distinto de ácidos nucleicos e proteínas. 3. Todas as biomoléculas possuem funções distintas dentro de uma célula. Tudo isso é altamente organizado, para que possa funcionar corretamente, tendo níveis diferentes de organização. Biomoléculas São as macromoléculas formadas pelas suas unidades fundamentais: Macromolécula Unidades fundamentais Proteínas Aminoácidos Lipídios Ácidos Graxos Polissacarídeos Monossacarídeos Ácidos Nucléicos Nucleotídeos As unidades fundamentais das biomoléculas são formadas por átomos, principalmente o carbono, hidrogênio, oxigênio, nitrogênio, fósforo e enxofre. Além disso, temos os oligoelementos que atuam como cofatores de algumas reações enzimáticas do nosso organismo (são meio que os outros elementos da tabela, como zinco). Esses elementos se organizam por meio de ligações químicas, como pontes de hidrogênio e ligação covalente (ligação fosfo-di-éster é um exemplo). O esqueleto do DNA é formado por alguns tipos de ligações, entre os pares de base temos as pontes de hidrogênio, que sozinhas são ligações muito fracas, porém, levando em consideração que elas estão entre todas as bases nitrogenadas (que são 2 ou 3 a cada par de base) do DNA acaba por se tornar uma ligação forte (ligação intermolecular forte), no esqueleto açúcar fosfato há as ligações covalentes, que nele são as fosfo-di-éster. As caracteristicas estruturais do DNA vão ter uma importância funcional. Pois, de acordo com a estrutura, função e mecanismo temos diferentes processos acontecendo dentro da célula, associado a um maquinário celular, que é composto principalmente pelas enzimas celulares. Falando em maquinário celular, podemos citas o exemplo dos replissomos, que são o maquinário celular que fazem o processo de replicação. Se houver alteração na sequencia do DNA podem haver mutações que propiciem o surgimento de algum câncer (o que já foi bem tratado na aula passada). OBS: Ela citou o mecanismo de reparo do DNA, falando que a todo momento o nosso DNA é bombardeado por algo que consumimos, por exemplo, e que isso tem um limite, e quando passa desse limite que pode haver o surgimento de uma doença, ou seja, se você fuma 1 maço de cigarro por dia, a sua chance de desenvolver câncer de pulmão é bem alta. Estrutura do DNA Histórico O que as pessoas sabiam até o momento sobre DNA: 1. Os genes são os fatores hereditários descritos por Mendel, porém sua natureza física não era compreendida. O que se sabia era que um gene controlava a produção de uma proteína, o que 2 estava errado, pois um gene pode gerar várias proteínas diferentes. Isso acontece por causa do splicing alternativo, que é uma reorganização da estrutura do gene, ou seja, dos íntrons e éxons. OBS: Lembrar dos íntrons e éxons, os éxons produzem as proteínas, porém os íntrons servem para alguma coisa, então falar que os íntrons não tem uma função é incorreto. Portanto, no final de tudo o gene é o mesmo, mas como houve uma reorganização, o meu RNA mensageiro não é o mesmo, ou seja, não vou gerar a mesma proteína, mas essas diferentes proteínas geradas não são completamente diferentes, elas têm algumas semelhanças 2. Sabia-se que as mutações alteravam o funcionamento do gene, mas não se sabia com precisão o que era uma mutação. 3. Genes estavam contidos nos cromossomos. 4. Os cromossomos consistem em DNA e proteínas. Falando em cromossomos temos que lembrar das histonas que são as proteínas de carga positiva (pois o DNA é ácido e possui carga negativa) que fazem o empacotamento do DNA. Depois de todo esse histórico é importante saber os dois experimentos que comprovaram que o DNA é o material genético e está ligado a hereditariedade. Experimento 1: Nesse primeiro experimento os cientistas pegaram bactérias da pneumonia, que normalmente são letais em camundongos. Em laboratório desenvolveram outro conjunto com essas mesmas células que não são letais em camundongos. As células virulentas foram aquecidas e aplicadas em camundongos, o resultado desse teste não matou os camundongos. As células virulentas aquecidas foram combinadas com células não virulentas e aplicadas nos camundongos. Essa aplicação causou a morte dos camundongos, pois as células não virulentas fizeram o processo de transformação, introduzindo o DNA das células virulentas mortas no seu, se tornando letais. Nessa parte do experimento foi concluído que o material genético era o responsável pelas alterações que acabavam tornando a célula virulenta e matando o camundongo, a esse experimento chamamos de descoberta da transformação. Experimento 2: Depois disso era necessário descobrir qual componente químico da célula que causava essa alteração e a morte do camundongo. 3 Então os pesquisadores foram usando reagentes que destruíam todos os componentes da célula, mas deixavam 1, e então esse que sobrou era aplicado. Se esse componente matasse os camundongos, ele era o responsável pela carga genética. EX: Usaram um componente químico que digeriu tudo da célula, menos proteínas. Injetaram essas proteínas nos ratos, mas eles sobreviveram, então não são as proteínas que são responsáveis pela carga genética. Quando isolaram o DNA e aplicaram nos camundongos, houve a morte deles, o que comprovou a teoria de que o DNA seria mesmo o material genético. A demonstração de que o DNA é o principio transformante foi a primeira prova de que os genes são compostos por DNA. Experimento 3: Muitos cientistas não levaram muito a sério os experimentos passados, então começaram a desenvolver outro trabalho. Trabalharam com o fago, ou seja, o vírus que infecta bactéria, e ele é constituído por uma capa proteica que protege o DNA que fica dentro. Marcaram DNA e proteína com radioisótopos diferentes, ou seja, com um elemento que não há em um e vice-versa, esses elementos são o enxofre, que só há nas proteínas e não no DNA (então a capsula do fago foi marcada com enxofre), e o fósforo que só há no DNA (então o DNA do fago foi marcado com fósforo radioativo). Depois de injetar o material genético na bactéria o vírus se livra do seu corpo, que é chamado de ghost, depois as amostras foram colocadas em uma centrifuga, que separava os ghosts das bactérias infectadas. Então se as proteínas fossem responsáveis pela mutação, quando centrifugada a mistura com a marcação na capa proteica, as radioatividade deveria estar dentro das células. Se o DNA fosse responsável, quando centrifugada a mistura na qual o DNA foi marcado, a radioatividade deveria estar nas células. Na amostra em que a capa foi marcada, após a centrifugação,a radioatividade estava nos ghosts, que se separaram das bactérias. Na amostra com o DNA foi marcado, após a centrifuga, a radioatividade estava nas bactérias, pois os vírus injetaram o DNA nelas, chegando na conclusão de que o DNA que era responsável pela produção de novos fagos, e não as proteínas (que se encontravam na capsula), lembrando que essa conclusão foi muito importante na época, mesmo que pareça simples hoje em dia. Composição A composição básica do DNA são os nucleotídeos, que são formados por bases nitrogenadas (ATGC), açúcar (a desoxirribose) e fosfato. As bases nitrogenadas possuem duas classificações, as purínicas (formada por 2 núcleos/anéis, que são 4 adenosina e guanina) e pirimidínicas (formadas por 1 núcleo/anel, que são citosina e timina). OBS: A uracila, que faz parte da composição do RNA, possui apenas um núcleo, então é classificada como pirimidina. O açúcar do DNA (desoxirribose) se difere do açúcar do RNA pois possui uma hidroxila ligada ao carbono 2’, enquanto o açúcar do RNA (ribose), possui um grupo hidroxila no carbono 2’. OBS: Para saber a orientação de transcrição olhamos o carbono 5’ e 3’ do açúcar, pois são esses que vão estar na ponta dos filamentos para ordenar a síntese da fita a partir da formação das ligações fosfo-di-éster, mas, para diferenciar RNA de DNA temos que olhar para o carbono 2’ do açúcar, que vai ser ali que vamos diferenciar uma ribose de uma desoxirribose. Na combinação das bases nitrogenadas é necessário que haja a interação entre uma base purínica com uma pirimidínica, pois, a combinação dessas duas tem o tamanho exato para a formação do DNA, tal informação foi obtida por meio dos experimentos de Watson e Crick. OBS: A diferença entre nucleotídeo e nucleosídeo é a presença ou ausência do fosfato, os nucleotídeos possuem fosfato e os nucleosídeos não possuem fosfato. Quando falamos de nucleotídeo temos que pensar em base + açúcar + fosfato, e quando falamos em nucleosídeo temos que pensar em base + açúcar só. Semelhanças e diferenças DNA e RNA A fita dupla é DNA e fita simples é RNA, mas nem sempre o RNA é fita simples, pois em alguns momentos dentro da célula o RNA pode adquirir uma conformação de duas fitas, mas em geral possui uma só. Outras informações importantes A estrutura helicoidal do DNA pode ser percebida por uma experimento chamado de difração de raios X no DNA, constatando que a molécula de DNA é espiral e helicoidal. Os dados dessa pesquisa propuseram que o DNA é longo e fino, e tem duas partes que são paralelas e correm ao longo da molécula. O DNA tem dupla hélice. Cada nucleotídeo se liga ao próximo por uma ligação fosfo-di-éster, que é uma ligação covalente, que acontece entre o carbono 3’ de uma desoxirribose, com o carbono 5’ da desoxirribose adjacente, então o que sobra livre na ponte é um 5’ e um 3’, sendo o famoso sentido 5’ – 3’, mas isso 5 tudo é uma convenção que indica a transcrição de algo. As duas hélices são mantidas juntas por pontes de hidrogênio. Há 3 pontes de hidrogênio entre a guanina e citosina e 2 pontes de hidrogênio entre a adenina e timina. Há um empilhamento central na dupla-hélice que confere uma estabilidade a molécula do DNA, garantindo a exclusão da água, formando um sulco maior (mostra os giros adjacentes de duas voltas de dupla hélice, por ser maior, as proteínas, por uma questão física, interagem melhor ao DNA nessa parte) e um sulco menor (mostra as pontes de hidrogênio entre as bases complementares). Cada par de base consiste em uma base purínica e uma pirimidínica. Os cromossomos são formados de duas longas moléculas de DNA que permanecem juntas devido a interações eletrostáticas de curta distância, que são as pontes de hidrogênio. Interações de curta distância, individualmente, são de fraca intensidade, porém, numerosos pontos de interação entre moléculas complementares formam uma ligação de alta intensidade. Quando vamos abrir um DNA por meio de aquecimento, quanto maior for a intensidade das ligações, maior vai ser temperatura necessária. Em qual DNA eu devo ter uma maior temperatura, em um rico em ligações G – C, ou em um rico em ligações A -T? Em um rico em G – C, pois essas bases possuem 3 ligações de hidrogênio entre elas, enquanto as ligações A – T possuem 2 pontes de hidrogênio só, ou seja, quanto maior for a porcentagem de ligações G-C, maior vai ser a temperatura necessária. As fitas são antiparalelas. Replicação semiconservativa O processo de replicação é chamado de semiconservativo, pois, a dupla fita é aberta pela 6 helicase, porém, eu mantenho a fita mãe, e uma fita nova vai ser formada a partir da mãe. No fim desse processo, como cada base se associa somente ao seu par, há a formação de duas cópias da dupla fita original. OBS: Na pesquisa para descobrir como o DNA era replicado, Watson e Crick também levaram em consideração os modelos conservativo e dispersivo. Adendo na matéria Como o DNA adquire um nível de empacotamento? Cromossomo é composto por uma única molécula de DNA muito longa e proteínas associadas que contém uma parte ou toda a informação genética de um organismo, é visível no microscópio no período de divisão celular. Essas proteínas associadas ao DNA possuem um implicação muito importante quando falamos de epigenética. A epigenética não é a informação que está dentro da fita de DNA, mas é aquilo que influencia na expressão gênica, ou seja, as histonas que fazem o empacotamento do DNA estão relacionadas a epigenética, ou seja, uma alteração nas histonas podem mudar o nível de empacotamento do DNA, que pode causar alguma coisa no organismo, isso é epigenética. Cromatina é o complexo de DNA, histonas e proteínas não-histonas, encontrado no núcleo de uma célula eucariótica, organizada em octâmeros. A representação do conjunto total de cromossomos de uma célula, organizados de acordo com o tamanho, forma e número é chamada cariótipo. Existem 3 elementos de sequências de DNA presentes nos cromossomos: Origem: local onde se inicia a duplicação do DNA, ou seja, há um local especifico que a dupla fita vai abrir e enzimas especificas vão agir. Como nosso DNA é muito grande, preciso de várias origens ao mesmo tempo para dar conta da quantidade de DNA que preciso replicar. 7 Centrômero: é uma região do cromossomo que mantem as cromátides unidas. Telômero: É a extremidade de um cromossomo. Estrutura do cromossomo As histonas são responsáveis pelo primeiro e mais básico nível de compactação cromossômica, o nucleossomo (histona + DNA), ou seja, são as unidades básicas da estrutura do cromossomo. Microscopia eletrônica de uma cromatina condensada e uma descondensada. O nucleossomo é importante no mecanismo de reparo, replicação e transcrição do DNA. Cada partícula do cerne do nucleossomo consiste de um complexo de oito proteínas histonas: duas moléculas de cada uma das histonas H2A, H2B, H3 e H4, e uma dupla fita de DNA. Cada partícula do cerne do nucleossomo é separado por um segmento de DNA de ligação, de até 80 pares de nucleotídeos. O nucleossomo reduz a molécula de DNA em uma fita de cromatina com 1/3 do seu comprimento inicial. OBS: A ligação que prevalece entre histonas e DNA é a interação do tipo ácido-base, sendo o DNA ácido e as histonas bases. Existem 2 formas da cromatina aparecer no nucleo, a eucromatina, que é a descondensada e ativa transcricionalmente, e a heterocromatina, que é a condensada e inativa transcricionalmente. Existem 2 tipos de herança, a genética e a epigenética, mas existe uma diferença entre as duas, a genética é relacionada ao DNA, ou seja, uma alteração na sequência de DNA em si provoca algumaalteração na transcrição de um gene. 8 Uma herança epigenética é uma mudança na estrutura do DNA que altera a função sem alterar a sequência, ou seja, pode ser uma alteração de histonas, que vão promover uma alteração da conformação e isso pode mudar a função do DNA. As histonas são proteínas, por exemplo, elas podem ter um resíduo de lisina que pode ser acetilado, ou seja, eu modifiquei quimicamente, mudando a estrutura da histona, que vai provocar uma modificação na estrutura do DNA, que pode ajudar ou prejudicar o acesso ao DNA, a acetilação contribui para o acesso ao DNA, ou seja, o enovelamento do DNA fica meio que mais frouxo, favorecendo a ligação de fatores de transcrição. Gene É a unidade responsável pelo controle da hereditariedade do DNA, ou seja, uma região do DNA que controla uma característica hereditária particular, geralmente correspondente a uma proteína ou RNA. Quando falamos de gene falamos de uma estrutura completa, e que comporta 3 estruturas básicas, região promotora, éxon (sequência de DNA codificante) e íntron (sequências reguladoras não-codificantes). Éxon é a regiao que vai gerar RNA mensageiro, os íntrons são as regiões que são retiradas no processo de transcrição. Replicação do DNA Para que eu tenha a hereditariedade, é necessário que uma molécula de DNA possa dar origem a duas moléculas filhas de DNA com a mesma composição. O processo de replicação é muito complexo, o que vamos aprender é a ponta do iceberg, então, há muito mais coisa que influencia no processo que não nos cabe saber. Depois da replicação, o DNA vai ser transcrito em RNA e depois traduzido em proteínas. A principal enzima do processo de duplicação é a DNA polimerase (DNA pol III), é uma enzima que adiciona desoxirribonucleotídeo na ponta 3’ de um nucleotídeo em crescimento, usando como molde um único filamento de DNA, exposto na deselicoidização. 9 Essa é a localização da DNA polimerase III, perto da forquilha de replicação e uma para cada fita. O sentido 5’ 3’ é mantido por uma enzima que faz uma reação enzimática de adição, que sempre vai adicionar na ponta 3’, ou seja, 5’ 3’ é o sentido da replicação tanto quimicamente, como dito anteriormente com a relação dos carbonos, quanto enzimaticamente, pois a enzima só atua sob essas condições. A DNA polimerase catalisa a reação de alongamento da cadeira sendo que a energia para tal reação vem da quebra de ATP. A reação catalisa pela DNA polimerase III é uma quebra na ligação de fósforo de alta energia, e essa energia liberada é usada para a formação da ligação fosfo-di- éster, sendo liberado um difosfato ou um pirofosfato. Princípios gerais da replicação do DNA 1. Uma fita molde é necessária. 2. A replicação se dá por meio da complementaridade das bases nitrogenadas. 3. A enzima DNA polimerase catalisa uma reação de polimerização do DNA. 4. A reação só funciona quando eu tenho desoxirribonucleosídeos disponíveis. 5. A atividade da polimerase é de 5’-3’. 6. A enzima requer uma extremidade 3’-OH livre para que a reação acontece, é necessário pois é onde a reação vai acontecer, ou seja, sem ela estar livre não há reação. Forquilha de replicação Onde se inicia a replicação do DNA? Se inicia num local chamado de origem, onde eu tenho uma forquilha de replicação. Origem é o local onde abriu a sua fita de DNA (não confundir com bolha de transcrição), é a regiao da dupla hélice, onde ela é desenrolada e as duas fitas são separadas, e em cada ponta dessa abertura temos uma forquilha. Então, após a abertura da fita, a forquilha é a zona onde a dupla hélice está se desenrolando. O processo de transcrição tem que estar próximo da forquilha, ou seja, a extremidade 3’ tem que estar perto da região da forquilha, mas uma não está, então há um mecanismo para produzir esse filamento, mantendo a ponta 3’ perto. Para um filamento o processo pode ser continuo, ou seja, filamento continuo ou leading, que é o filamento onde a ponta 3’ naturalmente se encontra perto da forquilha. OBS: Por que mais próximo da forquilha? Quanto mais próximo, o maquinário fica organizado, ou seja, você diminui a quantidade de erros no processo. A síntese do outro filamento também ocorre na extremidade 3’, mas ela está no sentido oposto, pois a sua ponta 3’ está longe, ou seja, ele é chamado de filamento descontinuo ou lagging, que quer dizer que o local da adição de novos nucleotídeos está longe da forquilha. 10 Como a síntese dos filamentos tem que estar próxima da forquilha, a síntese do filamento descontinuo ocorre em segmentos curtos, que depois são unidos, pois a sua ponta 3’ vai se afastando da forquilha à medida que a dupla hélice vai abrindo. O mecanismo que o nosso organismo desenvolveu foi fabricar um primer de RNA, onde a polimerase III replica as bases de acordo com a fita molde, porém em fragmentos, e essa associação entre DNA e primer de RNA se pareia com a fita mãe uma atrás da outra, depois esses primers são retirados e as fitas de DNA são ligadas. A esses fragmentos damos o nome de fragmentos de Okazaki. Os primers de RNA são produzidos pela primase (é um tipo de RNA polimerase e faz parte de um conjunto denominado primossomo) pois a enzima DNA polimerase III não consegue iniciar o processo, a função dela é estender, ou seja, ela precisa de um “substrato” para isso, que nesse caso é o primer. Depois dos fragmentos formados, eu preciso retirar os meus primers e complementar o meu filamento com o que eu removi. Então a DNA polimerase I remove o primer na ponta 5’ de cada fragmento e preenche o espaço, caracterizando-se como uma exonuclease. Depois disso, é necessária fazer a ligação de todos os fragmentos do DNA, que é feita pela DNA ligase, catalisando a formação de uma ligação fosfo-di-éster entre a ponta 5’fosfato de um nucleotídeo e um grupo 3’OH adjacente. A característica da replicação do DNA é a sua fidelidade. Parte do motivo da precisão da replicação do DNA é que a DNA polimerase (I e II) exerce atividade de exonuclease, tendo uma função de “revisão”, ao retirar bases inseridas erroneamente. Outra característica da replicação do DNA é a velocidade, porém, o que é incrível nesse processo é que ele não sacrifica a velocidade da replicação pela sua qualidade (acurácia), ou seja, o processo de replicação é ao mesmo tempo veloz e com pouquíssimos erros. 11 Essa relação pode ser explicada por causa da existência do replissomo, que é um conjunto de enzimas que formam um maquinário celular e são responsáveis por várias etapas dentro do processo de replicação (não é só algumas enzimas sozinhas, é todo um complexo atuando em conjunto, por isso temos a velocidade unida da qualidade). A topoisomerase e a helicase desenrolam e abrem, respectivamente, a dupla hélice na preparação para a replicação do DNA (vai haver o detalhamento do mecanismo mais para frente). Quando a dupla hélice está desenrolada, as proteínas de ligação à fita simples (SSB) impedem que a dupla hélice se reconstitua. Uma importante proteína acessória chamada grampo beta circunda o DNA como uma rosca e mantém a pol III ligada à molécula de DNA, comprovando a ideia de um complexo que trabalha junto. Como pode o DNA ser deselicoidizado rapidamente e como não helicoidizar mais ainda o DNA atrás da forquilha? As helicases são enzimas que quebram as pontes de hidrogênio entre as bases e abrem o DNA. Após fazer essa quebra, o DNA é desenrolado e estabilizado pelas SSB. O desenrolamento da forquilha de replicação pelas helicases causa torções extras em outras regiões, formando super-hélices para aliviar a pressão da torção. Essas super-hélices podem ser relaxadas pelas enzimas topoisomerases, que quebram ofilamento de DNA, para permitir que ele gire sem causar torções, e após isso ela reúne os filamentos da molécula de DNA relaxada. O nome da topoisomerase que faz esse processo pe a DNA girase. Depois de fazer a replicação, é necessário que o DNA volte a ser nucleossomo para uma melhor organização da célula, ou seja, há uma enzima que faz esse processo, pegando uma histona e adicionando ela ao DNA, formando um nucleossomo, quem faz isso é a CAF-1. Replicação do DNA e o ciclo celular O ciclo celular é dividido em 4 fases, G1, S, G2 e M. A fase de G1 é onde ocorre a síntese de proteínas para aumentar a massa e poder duplicar a célula, em S ocorre a duplicação do DNA, em G2 acontece a síntese de proteínas importantes para a divisão celular, e em M ocorre a mitose. 12 O que aconteceria se houvessem alterações na sequência do DNA? Embora as sequências de DNA do genoma humano tenham uma grande identidade umas com as outras, existem variações entre indivíduos. Quando a variação do DNA (gene p/ uma característica) entre indivíduos é maior que 1% na população, chama-se polimorfismo. Toda vez que uma base nucleotídica é alterada, pode (ou não) ser gerado um aminoácido diferente, já que o nosso código genético é degenerado, nem sempre a mudança de uma base causa um prejuízo. Os polimorfismos implicam na atuação dos medicamentos, por exemplo, ou seja, em uma pessoa sem polimorfismo o medicamento pode agir de uma jeito, e em outra pessoa com o polimorfismo o medicamento pode ter outra ação. Exemplo clássico para entender polimorfismo: Indivíduos com mutações em um gene que é responsável por gerar uma enzima que metaboliza um determinado fármaco. O indivíduo A tem uma mutação deletéria, o individuo B tem o gene normal e o individuo C tem uma mutação com ganho de função. Se a enzima que metaboliza o fármaco estiver inativa, eu não preciso de uma grande quantidade de fármaco, pois não vou degradar o fármaco. Ao contrário, se a minha enzima estiver com muita atividade, preciso de uma dose maior de fármaco. Término da replicação em eucariotos Durante o processo de replicação, o filamento lagging foi construído com a presença dos primers, que devem ser retirados. Como entre os primers eu consigo fazer a replicação convencional pois possuo uma extremidade 3’, eu preencho o meu DNA, porém, no espaço terminal, eu não possuo uma ponta 3’, então eu encurto o meu telômero a cada ciclo de replicação. Esse encurtamento de telômeros é perigoso, pois informações importantes podem ser perdidas. O corpo então desenvolveu um mecanismo para controlar essa diminuição na ponta dos telômeros, o que acontece é que a enzima telomerase adiciona repetições curtas na extremidade 3’ da molécula de DNA que não possuem nenhuma informação, então não tem problema em serem perdidas. 13 Além de impedir a erosão do material genético após cada rodada de replicação, os telômeros preservam a integridade cromossômica por associação a proteínas, formando revestimentos protetores que sequestram o prolongamento unifilamentar 3 ', impedindo que outras coisas se liguem a ele e possa desencadear algum processo que seja prejudicial. Exercícios da aula 1. Como a replicação do DNA é limitada à Fase S? R: O método de controle é ligar a montagem do replissomo ao ciclo celular. São necessárias três proteínas para começar a montagem do replissomo. O complexo de reconhecimento de origem (ORC) primeiro liga-se a sequências nas origens de levedura, como a proteína DnaA faz em E. coli. O ORC na origem serve para recrutar duas outras proteínas, Cdc6 e Cdt1. Essas proteínas mais o ORC então recrutam a helicase, chamada de complexo MCM, e outros componentes do replissomo. A replicação é ligada ao ciclo celular pela disponibilidade de Cdc6 e Cdt1. Em levedura, essas proteínas são sintetizadas durante o final da mitose e o intervalo 1 (G1) e são destruídas por proteólise após a síntese ter começado. Desse modo, o replissomo pode ser montado apenas antes da fase S. Quando começa a replicação, novos replissomos não podem formar-se nas origens, pois Cdc6 e Cdt1 são degradadas durante a fase S e não estão mais disponíveis. 2. Descreva o mecanismo de ação da Telomerase; R: Resumidamente, a RNA telomerase primeiro se liga ao prolongamento 3' do DNA, que é então ampliado com o uso de dois componentes da telomerase: o pequeno RNA (como molde) e a proteína (como atividade de polimerase). Após o acréscimo de alguns nucleotídeos ao prolongamento 3 ', a RNA telomerase move-se ao longo do DNA, de modo que a ponta 3' possa ser mais estendida por sua atividade de polimerase. A ponta 3' continua a ser ampliada pelo movimento repetido da RNA telomerase. A primase e a DNA polimerase usam, então, o prolongamento 3' muito longo como molde para preencher o final do outro filamento de DNA. A telomerase leva uma curta molécula de RNA que atua como um molde para o acréscimo de uma sequência de DNA complementar, que é adicionada ao prolongamento 3'. Para acrescentar outra repetição, a telomerase transloca-se para a ponta da repetição que foi adicionada. O prolongamento 3' estendido pode, então, servir como molde para a replicação convencional do DNA. 3. Como explicar a Síndrome de Werner e o surgimento do Câncer com base nas características dos Telômeros/Telomerase? R: As pessoas com a síndrome de Werner sofrem a manifestação precoce de muitos eventos relacionados ao envelhecimento, incluindo rugas na pele, cataratas, osteoporose, cabelos grisalhos e doença cardiovascular. Os estudos genéticos e bioquímicos revelaram que as pessoas acometidas têm telômeros mais curtos que as pessoas normais, em decorrência de uma mutação em um gene chamado WRN, que codifica uma proteína (uma helicase) que faz parte da estrutura de revestimento do telômero. Essa mutação supostamente rompe o telômero normal, o que resulta em instabilidade cromossômica e no fenótipo de envelhecimento prematuro. 14 Ao contrário das células somáticas normais, a maioria das células cancerosas tem atividade de telomerase. A capacidade de manter telômeros funcionais pode ser um dos motivos pelos quais as células cancerosas, mas não as normais, podem crescer em culturas de células por décadas, e são consideradas imortais. 1 Introdução Na genética temos o dogma central que se apoia em 2 princípios: 1. Perpetuação da informação genética de geração em geração. 2. Controle da expressão gênica. Na época em que os cientistas estavam estimando o número de genes do ser humano, eles propuseram que o número variasse entre 26.000 e 150.000, levando em consideração que a E.coli, uma bactéria simples, possuía cerca de 3.200 genes, logo, um organismo com uma complexidade maior possuiria muito mais genes que uma bactéria simples. Entretanto, a descoberta foi de que o genoma humano possui aproximadamente 25.000 genes, que foi um dos menores números apostatos, isso se dá por causa da característica degenerada do nosso código genético e pelo processo de splicing, que recombina informações. A função do DNA e RNA é baseada na complementaridade de bases, que vai ser responsável por determinar tanto a minha sequência de DNA, como aminha sequência de RNA transcrito. Além disso, as interações entre o DNA e RNA para a realização da transcrição ocorrem pelo pareamento de bases. Éxons e íntrons Os genes dos eucariotos são compostos por duas moléculas, os éxons e o íntrons. Os éxons são as regiões expressas e são elas que codificam as partes das proteínas, já os íntrons tem a função de separação, ou seja, eles separam os éxons e funcionam como regiões intercalares. Quando um RNA é transcrito a partir de uma molécula de DNA ele é gerado com todos os íntrons e éxons,porém, uma estrutura chamada spliceossomo remove todos os íntrons, que são as regiões de separação e não codificam proteínas, gerando uma cadeia com informação continua para a síntese de uma proteína. Após retirar os íntrons, o RNA passa por um processo de recombinação, chamado de splicing, onde o RNA é recomposto de modos alternativos, gerando uma grande diversidade de RNA no final (essa recombinação faz com que o número de genes necessários para codificar proteínas seja menor, pois a mesma sequencia de RNA, após ser recombinado pode gerar diferentes sequencias, que vão gerar diferentes proteínas). O DNA está no núcleo, mas as proteínas são transcritas no citoplasma, essas informações geradas no núcleo são levadas até o citoplasma por meio de um intermediário, que é o RNA mensageiro (mRNA), fazendo com que a síntese de proteínas aconteça no citoplasma. OBS: A diferença entre eucariotos (que realizam o processo acima) e procariotos é que os procariotos não possuem membrana nuclear que separa esses dois processos em dois compartimentos diferentes. Experimento pulso-caça Marcaram uracila com radioatividade e viram que no início, o qual eles chamaram de pulso, a radioatividade estava no núcleo, e após a celula ser lavada, essa radioatividade teria ido para o citoplasma, período denominado de caça, ou seja, o RNA sintetizado saiu do núcleo e foi para o citoplasma, isso comprovou que o RNA é um bom candidato para ser um intermediário na transferência de informação entre o DNA e a proteína. OBS: O RNA pode possuir função catalítica, ou seja, pode atuar como enzimas, sendo denominados riboenzimas. Propriedades do RNA Ele é unifilamentar, mas não podemos falar que ele sempre será unifilamentar, pois em alguns momentos intracelulares ele pode adquirir a característica de dupla fita. O RNA possui ribose como seu açúcar, diferente do DNA que possui a desoxirribose. A diferença entre as duas é o grupo ligado ao carbono 2’, na ribose é a hidroxila e na desoxirribose é só o hidrogênio, sendo que, a hidroxila nessa posição facilita a ação do RNA em muitos processos biológicos. 2 Ao contrário do DNA, o RNA apresenta uracila ao invés de timina, e essa uracila vai formar ligações com a adenina. Além disso, como dito anteriormente, o RNA possui a função de enzimas, diferente do DNA que não possui essa função, sendo chamadas de ribozimas, isso nos mostra que a função de catalisar reações biológicas não é exclusiva das proteínas. OBS: Alguns nucleotídeos possuem uma função reguladora, como é o caso da adenina no ATP, ela possui uma função reguladora e energética em muitos mecanismos celulares. Classes de RNA Existem duas grandes classes de RNA, os que codificam as proteínas, que são os RNA mensageiro, e os que são funcionais, que são os RNA funcionais. O mRNA é chamado de RNA informacional, que é aquele que carrega a informação para a que uma proteína seja gerada, ou seja, ele é um intermediário na síntese de proteínas. Os RNA funcionais são aqueles que são ativos como RNA, eles nunca são traduzidos em polipeptídios, eles contribuem para várias etapas. Dentro dessa classe temos que destacar dois tipos, o RNA ribossômico e o RNA transportador. O RNA transportador é aquele que leva o aminoácido certo até o RNA mensageiro durante o processo de tradução. O RNA ribossômico é o principal componente dos ribossomos e guiam a montagem de cadeias de aminoácidos, por exemplo. OBS: Esses 3 principais RNA são importantes par o funcionamento da célula, então eles possuem uma transcrição constitutiva, ou seja, sempre estão sendo produzidos. Exemplo de RNA mensageiro. Exemplo de RNA ribossômico. Além desses principais RNA, nós temos os pequenos RNA nucleares, que estão envolvidos na formação do spliceossomo, os micro RNA, pequenos RNA de transferência, RNA de interação piwi e RNA não codificante. OBS: Surto da aula, mecanismos aditivos e cinéticos de medicamentos, os mecanismos aditivos são aqueles que juntam são a sua soma, ou seja, um medicamento tem o efeito de 20% e o outro tem de 30%, quando combinados o efeito gerado é de 50%. Os mecanismos cinéticos são aqueles que quando combinados dão um efeito maior que a soma dos efeitos desses mecanismos, gerado por uma certa reação que amplificou o efeito desses medicamentos, ou seja, um medicamento com efeito de 10% e um com 20%, quando combinados dão um efeito de 40%. Síntese: Possuímos 2 grandes principais classes de RNA, o informacional e que codifica as proteínas (mRNA) e os funcionais que participam de alguns processos, como a síntese de proteínas (tRNA e rRNA), processamento do RNA (snRNA), regulação da expressão gênica (miRNA) e defesa do genoma (siRNA). Transcrição Significa produzir um filamento de RNA cuja sequência é complementar a sequência de bases do DNA molde. Visão geral Partindo do conhecido que o filamento de RNA transcrito vai ser complementar ao DNA molde, o 3 processo de transcrição começa com a abertura da dupla fita de DNA, mas , somente um desses filamentos de DNA vai ser usado como molde para a transcrição (vemos uma diferença em relação a replicação do DNA), quem faz o processo de transcrição é a RNA polimerase, que dispõe dos ribonucleotídeos já produzidos e se encontram perto desse sítio de reação. Assim como no DNA, o crescimento da fita de RNA ocorre no sentido 5’ – 3’, então, o filamento molde de DNA deve ser aquele que é orientado no sentido 3’ – 5’, com os ribonucleotídeos sendo adicionados na ponta 3’ do RNA em formação. À medida que a fita de RNA vai crescendo, a ponta 5’ vai ficando para trás, mas ela é desacoplada do molde e a bolha de transcrição (que é como se fosse a forquilha no DNA) vai se fechando, enrolando o DNA novamente. OBS: A fita de RNA formada tem uma certa semelhança com a fita não molde do DNA (a única coisa de diferente em que ao invés de timina tem uracila), então, por elas serem praticamente iguais, o filamento de DNA não molde também é chamado de filamento codificante/codificador. EX: Transcrição de 2 genes em sentidos opostos, como acontece? No exemplo da imagem abaixo, eu tenho 2 RNA polimerases em diferentes pontos, uma está se deslocando para a esquerda, lendo a fita de baixo, que é a que o sentido é oposto ao 5’ – 3’. A outra enzima está se deslocando para a direita, onde a fita molde está em cima, que é o sentido oposto ao 5’ – 3’. Estágios da transcrição A parte que guarda a informação para a produção de funções é o gene, mas, além de ser pequeno, ele está inserido em algo muito maior, que é o cromossomo, então, há a necessidade de ter um local certo nesse cromossomo para começar e termina a transcrição do RNA, passando pelo gene e pegando as bases que vão representar a função daquele gene, se isso não tivesse um local certo para a transcrição, o cromossomo é tão grande que talvez a transcrição não pegaria um gene certo, ou por completo, ou nem pegaria um gene. Então, a transcrição é dividida em 3 estágios, o de iniciação, alongamento e término. OBS: Informação aleatória, para direcionar essa transcrição correta do gene eu preciso de um promotor. Semelhanças e diferenças da replicação e transcrição do DNA. SEMELHANÇAS DIFERENÇAS Mecanismos químicos. Tem a mesma direção de síntese, ou seja, 5 para 3. Possuem um molde. Tem 3 fases, iniciação, alongamento e término. A transcrição não requer iniciador, a replicação exige os primers. Na transcrição, apenas segmentos limitados de DNA são transcritos, na replicação, todo o material genético pode ser replicado. Na transcrição, apenas uma fita funciona como molde, na replicação são as duas. Transcrição em procariotos Iniciação A RNA polimerase encontra o ponto correto para iniciara transcrição por meio de um promotor, que é uma região reguladora a curta distância na frente do gene. Logo depois que termina a sequencia do promotor, a primeira base a ser transcrita é chamada de sítio de início de transcrição, sendo essa por convenção numerada como +1. Tudo que vem antes dessa base adquire o sinal negativo, e tudo que vai ser transcrito depois dela vai ter o sinal positivo. 4 Upstream é tudo aquilo que vem antes da primeira base transcrita e possui um sinal negativo. Downstream é tudo aquilo que vem depois da base transcrita e possui um sinal positivo. Temos inúmeros promotores para diferentes genes nessa E.coli, mas eles sempre vão possuir alguma semelhança, que é o local onde a polimerase vai ligar para começar a agir, esse local é chamado de sequência de reconhecimento, no livro ele diz que elas podem estar a -35 ou -10. RNA polimerase dos eucariotos Essa enzima possui várias subunidades com uma função especifica cada uma, as subunidades alfa ajudam na montagem da enzima e promove interação com enzimas regulares, as subunidades beta e beta’ ativam a catalise e se ligam ao DNA com a função de localização espacial, respectivamente. A subunidade ômega tem importância na montagem da enzima e também da regulação da expressão gênica, e a subunidade sigma, ou fator sigma vai se ligar a regiões do promotor, proporcionando a orientação da posição do complexo e a abertura das fitas de DNA para o início da transcrição. Alongamento À medida que a RNA polimerase se move ao longo do DNA, desenrola o DNA à frente dela e enrola de novo o DNA que já foi transcrito. Desse modo, ela mantém uma região do DNA unifilamentar, chamada de “bolha de transcrição”, dentro da qual o filamento que serve de molde é exposto, e a RNA polimerase vai formando o RNA por meio do processo de complementaridade de bases. Término O alongamento vai continuar até que a polimerase vai encontrar com sinais de término presentes na cadeia de DNA, esse sinal de termino acontece por meio da formação de uma alça em grampo, que força a polimerase a liberar o RNA nascente e terminar o processo, esse mecanismo é conhecido como mecanismo intrínseco, que é o principal da E.coli. O término causado pelo mecanismo intrínseco é por causa de uma grande sequencia de GC, que no molde dará CG, que como possuem ligações de hidrogênio conjuntas mais fortes vão formar o grampo. Depois dessa grande sequencia de GC, eu tenho uma grande sequência de U, que no RNA vai ser transcrito como A, esses pares possuem pontes de hidrogênio conjuntas com uma menor força, a polimerase na presença disso para a transcrição e tenta voltar, só que o grampo formado impede com que ela volte, dando fim a transcrição. Transcrição em eucariotos É mais complicada que em procariotos por 3 motivos principais: 1. Genomas eucarióticos são maiores e tem muito mais genes a serem reconhecidos e transcritos. Para auxiliar nesse processo, os eucariotos possuem 3 classes de RNA polimerases: RNA pol 1 Transcreve genes de RNA ribossômico. RNA pol 2 Transcreve todos os genes codificadores, que depois dos processos de processamento vão se tornar mRNA, além de snRNA. 5 RNA pol 3 Transcreve os pequenos genes de RNA funcionais. Dado os conceitos dessas polimerases, vemos que quem faz o processo de transcrição é a polimerase tipo 2, porém, ela não se liga espontaneamente ao DNA, ela precisa de fatores gerais de transcrição (GTF), que vão possibilitar a ligação delas com o DNA e o início da transcrição, pois fazem o reconhecimento dos promotores. 2. Nos eucariotos, o processo de transcrição e tradução ocorrem em compartimentos celulares diferentes, após a polimerase 2 transcrever, os filamentos de RNA precisam passar por um processo de processamento do RNA, onde o transcrito primário é transformado em mRNA, por esse motivo que a RNA polimerase 2 possui vária subunidades, pois, ao mesmo tempo que ela tem que estar coordenando a transcrição, ela tem que coordenar uma gama de processos, como esse de processamento do RNA. 3. Nos eucariotos, o molde para a transcrição está organizado em cromatina, enquanto nos procariotos está praticamente nu, o que facilita a transcrição. Iniciação É necessário que seja formado um complexo de pré- iniciação (PIC) para que a transcrição comece, esse complexo é formado pela união de uma proteína GTF com o promotor e a polimerase 2. O promotor nesse caso é marcado por uma sequência de TATA situada cerca de 30 pares do sítio de início da transcrição, essa sequência é chamada de TATA boxe e o GTF específico que se liga nessa região é a proteína de ligação a TATA (TBP). Essa ligação entre o GTF e o TATA boxe atrai mais GTF’s para o local, além de atrair o cerne da polimerase 2, que se liga no local onde está o GTF, assim se forma o complexo de pré-iniciação. Ela chamou atenção para um GTF chamado de TFIIH, que possui uma função de helicase, ou seja, abre a fita de DNA para posicionar o complexo. Além disso, essa TFIIH possui uma função importante para o alongamento, que é fosforilar o CTD (domínio carboxila terminal) da polimerase 2. Essa fosforilação causa um suposto enfraquecimento na ligação entre a RNA polimerase II e as GTF’s, fazendo com que a polimerase possa andar e começar a alongar o RNA. Alongamento, término e processamento de RNA em eucariotos A transcrição nos eucariotos acontece em um sentido de 5’ – 3’ dentro da bolha transcricional, porém, a ponta 5’ vai emergindo da RNA polimerase a medida que acontece o alongamento do RNA. Foi descoberto que o processamento do RNA ocorre de uma forma cotranscricional, ou seja, ao mesmo tempo que uma ponta de RNA está sendo transcrita, a outra já vai sofrendo o processo de processamento. O CTD é uma estrutura que fica perto de onde sai a ponta 5’ do RNA transcrito, então ele possui o papel de controlar todos os eventos do processamento, o estado fosforilado desse CTD determina que proteínas do processamento possam se ligar a ele e realizar tal processo, então o CTD determina a tarefa a ser desempenhada após o RNA começar a emergir, baseado no seu estado de fosforilação. Processamento das linhas 5’ e 3’: Quando o RNA emerge, a cap é adicionada a sua ponta 5’, essa cap tem a função de proteger o RNA da degradação. O alongamento do RNA continua até ser reconhecida uma sequência AAUAAA (sinal de poliadenilação), quando isso acontece há uma enzima que corta o RNA, a essa ponta cortada é adicionado um trecho de 150 a 200 nucleotídeos de adenina, o que consiste na cauda poli(A). Recomposição do RNA e remoção de íntrons A fita de RNA vai possuir duas subdivisões, os éxons e os íntrons, os éxons são aqueles que vão realmente codificar alguma proteína, então eles vão ser mantidos, e como os íntrons não fazem nada, eles vão ser 6 removidos, isso também ocorre a medida que o RNA vai sendo transcrito, após a inserção do cap. Essa remoção dos íntrons, que gera a união dos éxons é chamada de recomposição (splicing). Recomposição alternativa (splicing alternativo) Um modo como um gene pode gerar diferentes proteínas é por meio da recombinação de seus éxons, após a remoção dos íntrons, esse processo causa um embaralhamento desses éxons, gerando uma sequencia que vai codificar uma proteína diferente. Um mesmo transcrito primário pode produzir diferentes mRNAs, recompondo diferentes combinações de éxons. Síntese do processo de transcrição: 1. Processo pelo qual um molécula de RNA é gerada a partir de um molde de DNA. 2. Reconhecimento do promotor. 3. Estabilização com complexo RNA polimerase. 4. Separação das fitas – formação da bolha de transcrição. 5. RNA polimerase se desliga da subunidade sigma (procariotos) ou dos fatoresde transcrição (eucariotos) e inicia-se o alongamento. 6. Alongamento em eucariotos: revestimento, recomposição, clivagem e poliadenilação. 7. Término de transcrição: alça grampo e poliA. Remoção de íntrons e recomposição de éxons Cada íntron é cortado em cada ponta, e as extremidades do íntron geralmente tem GU na ponta 5’ e AG na ponta 3’ (a regra GU–AG). Existe uma maquinaria que faz esse processo, que foi descoberta por acaso, que se chama spliceossomo. O spliceossomo depende de ribonucleoproteínas nucleares (snRNP = U1, U2, U4, U5 e U6) para seu funcionamento, já que são essas ribonucleoproteínas que reconhecem os nucleotídeos conservados no transcrito de RNA. Mecanismo 7 Quais são as reações de recomposição? Mundo do RNA A partir de estudos que comprovaram a função de catalise do RNA, cientistas propuseram a teoria de que o RNA foi necessariamente o material genético nas primeiras células, porque só o RNA sabidamente codifica a informação genética e catalisa reações biológicas. microRNA A maioria do microRNA reprimem a expressão de genes, muitos microRNA são transcritos pela polimerase II como microRNA de cadeia mais longa, esse RNA é processado no núcleo, não chegando ainda na sua forma final, esse RNA é transportado para o citoplasma, onde duas maquinas biológicas vão clivar esse RNA em fragmentos de 22 nucleotídeos. A primeira maquina biológica é denominada DICER, que é um complexo que reconhece os RNA bifilamentares longos e os cliva em RNA bifilamentares menores. Depois de sair dessa primeira máquina, ele se liga a segunda máquina denominada RISC, que vai desenrolar esses filamentos de RNA quebrados pela DICER e transformá-los em um filamento único, biologicamente ativo. O evento final é esse microRNA regular a tradução de genes, esse complexo de microRNA com RISC liga-se ao RNAm, esse complexo pode reprimir a tradução desses RNAm em proteínas, ou podem remover a causa poliA, o que acelera a degradação do meu RNAm. 1 - Tradução - Introdução A tradução é a síntese de um polipeptídio dirigida por uma sequência de RNA, é o estágio final da transferência genética. Algumas classes de antibióticos inibem a síntese proteica, um exemplo que a professora deu em sala foi a inibição da síntese dessa proteína por meio do local de saída dessa proteína do ribossomo, se eu bloqueio a proteína não é produzida. OBS: A eritromicina (vermelho) bloqueia o túnel através do qual uma proteína recém-sintetizada emerge do ribossomo bacteriano e não afeta ribossomos humanos. Além do RNA informacional, que é o mensageiro, algumas classes de RNA funcionais são importantes na síntese de proteínas, como os RNA de transferência e os RNA ribossômicos. Os tRNA são os adaptadores do códon de três nucleotídeos no mRNA ao aminoácido correspondente, que é levado pelo tRNA ao ribossomo no processo de tradução. Além disso, os rRNA são os principais componentes dos ribossomos, os ribossomos são compostos de vários tipos de rRNA e de proteínas diferentes, o ribossomo é formado por duas subunidades, uma maior e uma menor, com 3 sítios possíveis de ligação quando essas subunidades se juntam, chamado de sítio E, P e A. OBS: O RNAm é um filamento bem mais instável do que o tRNA e o rRNA, portanto, ele está em menor quantidade dentro da célula, estando presente só em momentos necessários. A diferença básica da tradução em eucariotos e procariotos é a localização, ou seja, o processo ocorre no mesmo local nos procariotos e em compartimentos diferentes nos eucariotos. Revision time... As proteínas são compostas por subunidades chamadas de aminoácidos, que possuem a seguinte estrutura: De acordo com o radical desse aminoácido, a proteína que vai ser formada vai possuir diferentes funções e diferentes conformações. Esses aminoácidos são ligados por meio de uma ligação peptídica, por meio da perda de água, formando um grupamento amida. 2 Estrutura das proteínas A sequência linear de aminoácidos em uma cadeia polipeptídica constitui a estrutura primária da proteína. Regiões locais da cadeia polipeptídica dobram-se em formas específicas, chamadas de estrutura secundária da proteína. As estruturas secundárias mais comuns são a a-hélice e a conformação beta (folha beta pregueada). A estrutura terciária é produzida pelo dobramento da estrutura secundária. A estrutura quaternária é formada por proteínas com 2 ou mais cadeias polipeptídicas. OBS: Surtou falando da PFK-1 que atua na via glicolítica, no fim é para saber que essa enzima atua conjuntamente com a actina e em células cancerígenas, a sua ação está aumentada de vido a grande necessidade de se produzir glicose para suprir as necessidades de proliferação celular. Conhecer a estrutura das proteínas é muito importante para a compreensão da sua função, principalmente de patógenos, pois podemos usar da farmacologia sobre essas estruturas para evitar ou combater doenças. Código genético É por meio do código genético que a sequencia de DNA dita a sequência da proteína a ser produzida. As propriedades do código genético são: • O código genético é composto por trincas de nucleotídeos, que são os códons que conhecemos normalmente. • O código genético é não superposto. No código superposto as duas últimas bases de um códon também são as duas primeiras bases do códon seguinte, o que não ocorre no nosso organismo. • O código genético não apresenta pontuação, eles são lidos continuamente até um códon de parada. • O código genético é redundante (ou degenerado). 3 • O código genético é ordenado. • O código genético contém códons de início e término. • O código genético é praticamente universal. OBS: No final do processo de tradução o que separa a ligação peptídica é uma molécula de água. tRNA Os RNA transportadores são os adaptadores, os aminoácidos se ligam a esses filamentos para serem transportados até o ribossomo para constituir a cadeia da proteína. Estruturalmente esse RNA possui uma forma de trevo, e possui o segredo da especificidade entre um códon e um RNA mensageiro. Possui uma sequência em seu centro que é complementar a do códon que ele transporta. Nesse RNA temos que identificar a alça do anticódon e o sitio de transporte do aminoácido. Os aminoácidos são ligados aos tRNA por enzimas denominadas aminoacil-tRNA sintetase, quando ligado ao aminoácido chamamos ele de carregado, sendo que cada aminoácido tem uma enzima específica que o liga a apenas o seu tRNA correspondente. A ligação formada na reação dessa enzima é uma ligação covalente, produzindo um éster. O código genético é traduzido por meio de duas reações que agem uma após a outra, primeira a reação é a de carregamento do tRNA, que pode ser feito por meio de duas ações, a de síntese, que é quando o aminoácido correto entra no sítio certo da enzima, e pode ser feito o processo de edição, que é quando o aminoácido errado entra na enzima, então ele é liberado para que não ocorra erros. A segunda reação é a que os aminoácidos são adicionados a extremidade C terminal de uma cadeia polipeptídica em crescimento. No fim de tudo, as duas reações importantes são a adição do aminoácido ao tRNA certo e a ligação peptídica na junção desse aminoácido na cadeia polipeptídica. Ribossomo É feito de RNA ribossômico e proteínas, sendo o eucariótico diferente do procariótico. São sintetizados no nucléolo e ficam no RER, mitocôndria e citoplasma. O ribossomo consiste em uma subunidade maior e menor (50 e 30S) que se juntam na hora de sintetizar as proteínas, além disso, eles possuem 3 sítios, E (exit), P (peptidil), A (aminoacil). 4O sítio A (de Aminoacil) liga um aminoacil-tRNA que chega (cujo anticódon corresponde ao códon do sítio A), sendo um sítio de reconhecimento, também chamado de centro decodificador. O códon seguinte interage com o anticódon do tRNA no sítio P (de Peptidil), ligando a aminoácido a cadeia crescente por meio de uma ligação peptídica. O sítio E (de saída, Exit) contém um tRNA desacilado (não leva mais um aminoácido), que está́ pronto para ser liberado do ribossomo. Relação com a farmacologia... Os macrolídios (antibióticos eritromicina e azitromicina) inibem a síntese de proteínas pois ligamse a uma região específica no RNA e bloqueiam o chamado túnel de saída por onde o polipeptídio nascente emerge dessa subunidade. As bactérias patogênicas que desenvolveram resistência a alguns desses antibióticos parecem ter mutações ribossômicas que tornam o túnel de saída maior. Fases da tradução São o início, alongamento e termino, para que essas fases ocorram eu tenho que ter fatores específicos para procariotos e eucariotos. São processos relativamente simples, mas temos que entender como tudo acontece, existem fatores específicos para procariotos e eucariotos que regulam o processo de transcrição (quando estamos falando de eucariotos sempre tem um ‘e’ na frente). Os fatores de início para cada um são: Os fatores de alongamento são: Os fatores de término são: Início da tradução O processo de tradução tem que iniciar com um RNA transportador em um determinado lugar no ribossômico, inicialmente ele se ligaria no sitio A, mas isso não ocorre, ele se liga no sitio P. O papel dessa etapa é posicionar o primeiro aminoacil tRNA no sito P e assim estabelecer a matriz de leitura correta do RNA (AUG é a sequência de início que representa o aminoácido metionina), ou seja, o RNA de início é aquele que traz a metionina para começar a síntese. Como inicia o processo a partir do AUG? Em procariotos, o códon AUG é precedido da sequência de shine dalgarmo, essa sequência vai fazer com que a subunidade menor do ribossomo se localize ali, organizando toda a estrutura do processo, é como se fosse um indicador. Princípio da complementaridade acontecendo entre RNA mensageiro e RNA ribossômico. Esse pareamento posiciona corretamente o códon de início no sitio P para iniciar o processo de síntese. Para esse início em procariotos tenho que ter 3 proteínas especiais if1, if2, if3, que são fatores de iniciação para procariotos, a função de cada um deles é importante saber. O if3 é necessário para manter a subunidade 30s dissociada da 60s, pois no início do processo não quero as duas acopladas, os if1 e if2 garantem que o tRNA iniciador vá se acoplar de maneira correta no sitio P. Isso é o que chamamos de complexo de iniciação 30s, que é composto pelo RNA mensageiro, RNA transportador iniciador e ribossomo 30s corretamente alocados. 5 Depois da formação do complexo de iniciação, o ribossomo 70s vai ser formado com a saída dos fatores de iniciação e a entrada do meu ribossomo 50s, ai eu formei o complexo de iniciação 70s. Em eucariotos, os fatores de iniciação são eIF4A, B e G. A capsina, que tem na ponta do meu RNA mensageiro, que atua como proteção do RNA é um dos fatores de reconhecimento, ou seja, os fatores de iniciação vão se associar ao cap em 5’, associando a subunidade 40s com o RNA transportador de iniciação e os fatores, ligando os dois, formando o meu complexo de iniciação em eucariotos. OBS: Em procariotos esse processo é guiado por shine dalgarmo, em eucariotos isso é feito pelo cap. Esse complexo vai se mover no sentido 5 para 3, localizando o meu RNA transportador no códon AUG. Depois disso, o complexo de iniciação é unido a subunidade 60s, formando o ribossomo 80s, e há as saídas dos fatores de iniciação eucarióticos, antes que a fase de alongamento comece. Alongamento da tradução Durante esse processo o ribossomo se assemelha a uma fábrica, cada aminoácido trazido pelo RNAm vai sendo adicionado à cadeia polipeptídica crescente enquanto o tRNA desacilado é reciclado pela adição de outro aminoácido. Em procariotos, os fatores proteicos, chamados fator de alongamento Tu (EF Tu) e fator de alongamento G (EFG) participam desse processo. Os aminoaciltRNA se associam ao fator EFTu para formar um complexo ternário composto de tRNA, aminoácido e EFTu, esse complexo ternário é que vai entra no sitio A onde vai acontecer a identificação tipo códon – anticódon. O ciclo de alongamento começa com o tRNA com a metionina associada no sitio P, com o sitio A pronto para aceitar um complexo ternário, que é o meu tRNA com o aminoácido e o fator de alongamento. O tRNA que vai ser aceito ali é aquele que possuir complementaridade em relação a fita de RNA (um sinônimo de sitio A é o complexo decodificador, pois é ali que você tem a decodificação entre o códon e o anticódon). Quando há essa correspondência o ribossomo muda de conformação e libera o fator de alongamento e as duas extremidades aminoacil são justapostas no centro de peptidiltransferase da subunidade maior, onde vai começar a haver a formação da ligação peptídica entre os dois aminoácidos, com a transferência da metionina do aminoácido que estava no sitio P, para o aminoácido que estava no sítio A, nesse processo começa uma inclinação para meio que andar com os tRNA e possibilitar a entrada de outro, ou seja, um processo continuo. Tenho que ter um outro fator de alongamento EF- G que vai para o sitio A, empurrando todos os tRNA depois da formação da ligação peptídica, para os próximos sítios, ou seja, quem estava em P foi para E, quem estava em A foi para P, além 6 disso, o RNA mensageiro anda, posicionando o próximo códon no sitio P. Depois disso o EFG vai deixar o ribossomo, deixando o sitio A livre para o próximo tRNA complementar ao códon se ligar. Quando o tRNA sem aminoácido chega no sitio E, ele sai antes de outro aminoácido ligar no sitio A. A medida que o alongamento progride, a extremidade aminoterminal do polipeptídio crescente emerge do túnel da subunidade 50s do ribossomo. OBS: Esse túnel pode ser impedido por algum medicamento, inibindo a síntese de proteínas de bactérias, isso causa efeito em nós pois, além das bactérias patogênicas serem inibidas, a bactérias da nossa microbiota também são prejudicadas. Para casa: Alongamento da tradução em eucariotos. O alongamento em eucariotos é semelhante a procariotos, porém, com fatores diferentes, ou seja ao invés de usar os fatores EF-Tu e EF-G, eles utilizam outros fatores de alongamento, como eEF-1alfa, eEF-1beta, eEF-2, mas o processo de ligação do aminoacil tRNA ao ribossomo no sitio P e o todo o resto desse processo é bem semelhante. Término da tradução Existem 3 códons de termino não especificam nenhum aminoácido, e não existe RNA transportador que reconhece códon de término. Quem vai reconhecer esses códons são os fatores de término, chamados de RF, os códons de fim são UGA, UAA, UAG. RF1, RF2, RF3 em bactérias vão reconhecer esses códons, esses são fatores de liberação, a molécula que entra para desfazer todo o processo é a molécula de água, entrando no centro peptidiltransferase, e sua presença leva a liberação do polipeptídio do RNA transportador do sitio P. OBS: Fator de termino é a mesma coisa que fator de liberação. Para ter o término, eu preciso de códon de termino, proteína RF e água. As subunidades 7 ribossômicas se separam e a subunidade 30s está pronta para formar outro complexo novamente. Termino da tradução em eucariotos é semelhante ao dos procariotos, porém com fatores diferentes. Dever de casa: Descrever o término da tradução em eucariotos.Nos eucariontes, existe apenas um fator de terminação, o chamado eRF. Para o eRF se ligar ao ribossomo é necessário GTP, que provavelmente é clivado após a conclusão da etapa de terminação. A reação de terminação consiste na liberação do polipeptídeo pronto do RNAt, expulsão do último RNAt do ribossomo e dissociação do ribossomo do RNAm. Relação espacial das subunidades • O RNAm está localizado em 30s, o meu anticódon está em 30s, mas o meu aminoácido está em 50s. • O centro decodificador está em 30s. • O centro peptidiltransferase está em 50s. Proteoma É o conjunto completo de proteínas de cada organismo, órgão, tecido ou célula. O proteoma é enriquecido por dois processos, recomposição alternativa do pré-mRNA e modificações pós- traducionais. Surto completo e aleatório Após a síntese de proteínas elas ainda não estão na sua conformação correta, então é necessária a função das chaperonas, que vão fazer o enovelamento correto dessas proteínas. Você precisa ter um maquinário para fazer o enovelamento correto das proteínas, quem faz isso são as ativações. Além disso, o processo de fosforilação e defosforilação, forma inteligente de comandar alguns mecanismos dentro da célula (cinase e fosforilase, respectivamente). A fosforilação nem sempre ativa uma proteína, pois tudo depende do local onde ocorre, alguns sítios fosforilados ativam, outros fosforilados desativam, podemos então ter fosforilações ativadores ou desativadoras, essas fosforilações vão determinar o caminho de vias de segundos mensageiros dentro das células, por isso são muito importantes. O primeiro evento pós-tradução é o dobramento de proteínas, ou seja, enovelada de maneira correta feito por chaperonas moléculas. O próximo mecanismo é a ubiquitinização, só ocorre em eucariotos, a ubiquitina se liga a diferentes proteínas, que marcam ela para o proteossomo, ele vai fazer a degradação de proteínas, que são aquelas mutadas. Dever de casa: descrever como ocorre o processo de ubiquitinização e degradação do proteossomo. Surpreendentemente, uma das modificações pós- tradução mais comuns não é sutil, como a adição de um grupo fosfato. Em vez disso, essa modificação visa à degradação da proteína por uma máquina biológica e uma protease denominada proteossomo 26S. A modificação que 8 marca uma proteína para ser degradada é o acréscimo de cadeias de múltiplas cópias de uma proteína chamada ubiquitina à e-amina dos resíduos lisina (processo conhecido como ubiquitinação). A ubiquitina contém 76 aminoácidos e é encontrada apenas nos eucariotos, sendo altamente conservada nas plantas e animais. Duas grandes classes de proteínas são alvo de destruição pela ubiquitinação: proteínas de vida curta, como as reguladoras do ciclo celular, ou proteínas danificadas ou mutadas. Interactoma Analise das complexas interações proteicas, é a rede de interações, que é muito complexo. Essas interações são importantes pois podem levar a descoberta de novas terapias para doenças. 1 Introdução Ela começou fazendo uma revisão do capitulo 2, que trata da herança monogênica, tendo como destaque a seguinte sentença: O enfoque genético para compreender uma propriedade biológica é descobrir que genes a controlam. Um enfoque para a descoberta do gene é isolar os mutantes e verificar em cada um os padrões de herança monogênica. Mendel foi um pioneiro e visionário da genética, assim ele pode começar a construção dessa base da genética por meio de seus experimentos, que permitiram deduzir o padrão monogênico de herança. Estudos de Mendel 1. Autofecundação: Cruzamento entre indivíduos iguais de F1: se o organismo que estiver sendo testado for heterozigoto, será encontrada uma proporção de 3:1 na prole. 2. Cruzamento teste: Cruzamento de um organismo de genótipo desconhecido ou um heterozigoto com um testador (genitor totalmente recessivo). A esquerda a autofecundação e a direita o cruzamento teste. Conclusões de Mendel a partir de seus estudos: 1. Um fator hereditário chamado gene é necessário para produzir a cor da ervilha. 2. Cada planta tem um par deste tipo de gene. 3. O gene existe em duas formas, chamadas de alelos. Mendel chamou um alelo de Y (fenótipo amarelo) e o outro de y (fenótipo verde). 4. Uma planta pode ser Y/Y, y/y ou Y/y. Uma planta com um par de alelos idênticos é chamada de homozigota, e uma planta em que os alelos do par diferem é chamada heterozigota. 5. Na planta Y/y, o alelo Y domina, de modo que o fenótipo será amarelo. Isto define o alelo Y como dominante e o alelo y como recessivo. 6. Na meiose, os membros de um par de genes separam-se igualmente nos gametas (cada gameta tem igual probabilidade de obter cada membro do par de gene). Essa separação tornou-se conhecida como primeira lei de Mendel ou lei da segregação igual. Assim, um único gameta contém apenas um membro de cada par. 7. Na fertilização, os gametas se fundem de maneira aleatória, independentemente de qual dos alelos ele carrega. Heredogramas Distúrbios autossômicos recessivos As características básicas que devem ser lembradas quando falamos desses distúrbios são: 1. Geralmente o distúrbio aparece na prole de genitores não afetados. 2. A prole afetada inclui tanto homens quanto mulheres, essa característica faz com que nós descartamos a relação dessa doença com o cromossomo sexual. 2 O nascimento de uma pessoa afetada depende da rara união aleatória de genitores heterozigotos não aparentados, a endogamia (reprodução entre parentes) aumenta essa chance. O albinismo é um exemplo de distúrbio autossômico recessivo que resulta de deficiência na enzima tirosinase, que metaboliza a tirosina, um intermediário na via de síntese do pigmento melanina marrom ou preto. Distúrbios autossômicos dominantes O alelo normal é recessivo, enquanto o alelo defeituoso é dominante. Os principais indícios para a identificação de distúrbios autossômicos dominantes com herança mendeliana são: 1. O fenótipo tende a aparecer em todas as gerações do heredograma. 2. Os pais e as mães afetados tendem a transmitir o fenótipo para os filhos e filhas. O nanismo é um exemplo desse distúrbio, que é causado por uma mutação do gene COMP que interfere no crescimento dos ossos longos durante o movimento. Para casa: Explicar como ocorrem os padrões de herança monogênica ligada ao sexo, assim como os distúrbios através de análise dos heredogramas humanos. Quadro de Punnett O quadrado de Punnett mostra a constituição genotípica e fenotípica prevista da geração F2 de um cruzamento di-híbrido. 3 Tudo que foi dito até agora foi uma revisão para ela entrar no capítulo 6, que é realmente interação gênica. Alguns conceitos: Os alelos mutantes conhecidos de um gene e seu alelo selvagem são chamados alelos múltiplos ou série alélica. A dominância é a manifestação da maneira pela qual os alelos de um único gene interagem em um heterozigoto. “+” simboliza tipo Selvagem, ou “WT” do inglês Wild Type; “m” significa mutante (m1/m2). Dominância total ou completa Um alelo completamente dominante é expresso quando existir apenas uma cópia, como no heterozigoto, enquanto o alelo alternativo será recessivo, ou seja, não conseguimos diferenciar o AA do Aa. Mutações recessivas A PKU (fenilcetonúria) é causada por um alelo defeituoso do gene codificador da enzima fenilalanina hidroxilase (PAH). Na ausência de PAH normal, a fenilalanina que entra no corpo pelos alimentos não é degradada e, portanto, acumula-se. Em tais condições, a fenilalanina é convertida em ácido fenilpirúvico, que no cérebro ocasiona retardo mental. Mutações dominantesUm mecanismo comumente encontrado é que o alelo do tipo selvagem de um gene é haploinsuficiente. Na haploinsuficiência, uma dose do tipo selvagem não é suficiente para atingir os níveis normais de função biológica! Dentro das mutações dominantes vamos ter as mutações dominantes negativas, ou seja, os polipeptídios com esse tipo de mutação atuam como “destruidores”. Codominância É a expressão de ambos os alelos de um heterozigoto, vemos isso corriqueiramente no sistema ABO, nessa série alélica, os alelos determinam a existência e a forma de uma molécula de açúcar complexa presente na superfície de hemácias. Mais conceitos Alelo é uma das diferentes formas de um gene que pode existir em um único locus. Locus é o local especifico em um cromossomo onde um gene está localizado. Alelo dominante é o alelo que expressa seu efeito fenotípico mesmo quando heterozigoto com um alelo recessivo, portanto, se A é dominante sobre a, AA e Aa tem o mesmo fenótipo. Alelo recessivo, quando o efeito fenotípico não se manifesta no indivíduo heterozigoto. Alelo letal, é aquele cuja expressão resulta na morte do organismo que o expressa. Para casa: Como a proporção de 2:1 pode ser explicada? 4 Teste de complementação Permite verificar se duas mutações estão no mesmo locus (um) ou em loci (vários) diferentes. 1. É feito o cruzamento entre indivíduos para mutações recessivas diferentes; 2. Observar se a prole tem o fenótipo do tipo selvagem; 3. Caso afirmativo, as duas mutações recessivas obrigatoriamente ocorrem em genes diferentes, porque os respectivos alelos do tipo selvagem implicam função do tipo selvagem, caso em que as duas mutações são consideradas como tendo se complementado. Complementação é a produção de um fenótipo do tipo selvagem quando dois genomas haploides com mutações recessivas diferentes são unidos na mesma célula. Quando há a complementação os mutantes estão em genes diferentes e por isso restauram o fenótipo selvagem. Quando NÃO há a complementação os mutantes estão no mesmo gene e por isso não conseguem restaurar o fenótipo selvagem. Para casa: Explicar como ocorre: a) Proporção de 9:3:4 – epistasia recessiva – p. 195; b) Letais sintéticos - proporção de 9:3:3 – p. 199. 1 2 Alterações Cromossômicas Introdução Mostrou um cariótipo e disse que houve uma troca entre partes de dois cromossomos corados, o que representa um alteração cromossômica. As alterações cromossômicas são grandes o suficiente para serem vistas em um cariótipo, sejam essas vistas em diferentes exames, isso significa mais ou menos 1 megabase, ou seja, a partir de 1 milhão de bases você consegue ver, em cariótipos de interfase, essas alterações já começam a ser vistas em 500kB, ou seja, 500 mil bases. Quando falamos de alterações gênicas falamos de coisas que não vemos no cariótipo, as alterações cromossômicas são aquelas que vemos no cariótipo. O diagnóstico de cariótipo normal é feito por um exame bem grosseiro, não podemos falar para o paciente que está tudo certo, pois ainda tem as alterações genéticas que não podem ser vistas nesse exame, quando ele está normal tem uma menor probabilidade de ele ter alguma coisa, mas não significa que ele não tem nada. O que é mutação? Do ponto de vista genético, nem toda variante é uma mutação. A mutação é uma variante genética que tem frequência menor que 1% na população, causando ou não causando doenças, qualquer variante acima desse 1% seria polimorfismo. Além disso, temos que considerar outros fatores para definir mutação, por exemplo, se aparecer uma pessoa negra de olho verde na África pode ser uma mutação, pois a maioria da população lá não possui essa característica, mas entre a nossa população, o olho verde já não é uma mutação. Por que que as mutações geralmente causam doenças? Muito frequente existe um relação entre mutação e doença, pois quando vemos uma mutação no nosso dia a dia, normalmente ela está relacionada a uma doença, criamos esse conceito na nossa cabeça, mas isso não é uma verdade. Qual a importância médica da mutação em humanos e nos patógenos? Uma mutação pode beneficiar o patógeno para ele escapar da sua resposta imunitária ou do seu tratamento, o próprio câncer possui uma taxa mutacional que acaba por escapar das terapias alvo que são realizados, no momento inicial ele responde e depois ele volta a crescer. SNPS – polimorfismo de nucleotídeo único, variação da sequência de DNA que afeta só uma base, são chamados de polimorfismos pois tem uma taxa de presença na população acima de 1%, mesmo que envolva somente 1 coisa. Xeroderma Pigmentoso Baseado em um caso do Thompson. É uma doença causada por genes que consertam o nosso DNA aos danos causados pela luz UV, ou seja, são indivíduos que não devem trabalhar na luz solar, ficam com a pele grossa e apergaminhada e possui uma hipersensibilidade a luz. A incidência do Xeroderma é 10x maior na descendência japonesa do que em outras descendências. É uma doença de caráter autossômico recessivo, pan-étnica, é um defeito de reparo e sensibilidade a radiação UV, defeito no reparo por excisão (NER) e pode ser causada por outros tipos de reparo, como o de pós- replicação. Os principais sintomas do Xeroderma Pigmentoso são sensibilidade solar, sardas, fotofobia, envelhecimento cutâneo precoce, ceratose actínica, neoplasias, como basocelulares e espinocelulares, sendo que a idade média de aparecimento de neoplasias cutâneas é a partir de 8 anos de idade. Geralmente esses pacientes morrem em decorrência de melanoma, que mata frequentemente. O tratamento é a utilização de filtros solares e roupas que protejam a maior superfície de pele possível. 3 Nariz com carcinoma espinocelular, que é uma região muito afetada pela doença. Doença em estado tão avançado que o indivíduo precisou de uma prótese de face. Termos importantes Euplóides: Indivíduos que tem múltiplos de um conjunto básico de cromossomos. Poliploides: são indivíduos com mais de um conjunto básicos, como nós, que somos diplóides, ou seja, 2n. Dentro desses com mais de um conjunto temos: 1. Triploide: 3n. 2. Tetraploide: 4n. 3. Pentaploide: 5n Monoplóides x Haplóides: O indivíduo é considerado monoplóide quando todas as células que constituem o seu corpo são n. Quando o indivíduo é diploide e possui células n ele é considerado haploide. A exemplo de indivíduos monoplóides temos alguns insetos, como os zangões, e temos os seres humanos como exemplo de indivíduos haplóides, pois dentro de todas as nossas células temos os nossos gametas, que são células n. Mola hidatiforme: Pode ser parcial ou completa, geralmente tem um conteúdo alterado de n, ou seja, tetra, tri, penta, diploide, quando ela é diploide ela carrega todo o conteúdo genético 2n vindo do pai, o embrião não se desenvolve como embrião, é uma massa de crescimento disforme dentro do utero. Se essa massa infiltrar dentro da parede do utero pode gerar um tumor maligno chamado de coriocarcinoma. Temos 2 situações de poliploidia, a autopoliploidia e a alopoliploidia, múltiplos de n da mesma espécie são autopoliploides e múltiplos de n de espécies diferentes são alopoliploides, como o burro e a mula que são frutos do cruzamento de um jumento com uma égua, entretanto, o burro e a mula não conseguem se reproduzir pois possuem cromossomos homeólogos, que são cromossomos que não conseguem se parear completamente pois são de espécies
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